# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.006 0.002 0.022 0.027 0.056 0.063 0.001 0.001 0.003 0.767 2 S 0.013 0.002 0.001 0.012 0.017 0.027 0.087 0.001 0.001 0.002 0.839 3 G 0.044 0.002 0.001 0.019 0.043 0.061 0.093 0.001 0.001 0.007 0.729 4 W 0.094 0.005 0.003 0.042 0.065 0.084 0.168 0.001 0.001 0.005 0.533 5 Y 0.034 0.007 0.001 0.052 0.342 0.392 0.041 0.001 0.001 0.005 0.125 6 E 0.013 0.006 0.001 0.072 0.332 0.505 0.018 0.001 0.001 0.002 0.051 7 L 0.006 0.007 0.001 0.051 0.396 0.418 0.020 0.001 0.001 0.001 0.100 8 S 0.004 0.004 0.001 0.018 0.341 0.607 0.005 0.001 0.001 0.001 0.021 9 K 0.004 0.008 0.001 0.021 0.337 0.443 0.033 0.001 0.001 0.001 0.151 10 S 0.012 0.005 0.001 0.014 0.314 0.481 0.037 0.001 0.001 0.001 0.133 11 S 0.070 0.005 0.001 0.019 0.090 0.210 0.142 0.001 0.001 0.010 0.450 12 N 0.025 0.007 0.003 0.011 0.034 0.050 0.480 0.001 0.001 0.014 0.376 13 D 0.196 0.008 0.003 0.012 0.054 0.072 0.075 0.002 0.001 0.233 0.345 14 Q 0.206 0.007 0.035 0.012 0.040 0.038 0.439 0.001 0.001 0.016 0.205 15 F 0.056 0.007 0.004 0.015 0.297 0.342 0.100 0.001 0.001 0.009 0.169 16 K 0.023 0.004 0.002 0.012 0.250 0.663 0.014 0.001 0.001 0.001 0.031 17 F 0.003 0.002 0.001 0.009 0.474 0.479 0.008 0.001 0.001 0.001 0.024 18 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.337 0.643 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 19 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.461 0.527 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 20 K 0.001 0.002 0.001 0.005 0.418 0.559 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 21 A 0.002 0.004 0.001 0.004 0.457 0.507 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 22 G 0.017 0.010 0.001 0.015 0.169 0.442 0.109 0.001 0.001 0.005 0.230 23 N 0.114 0.005 0.003 0.016 0.042 0.071 0.234 0.003 0.001 0.025 0.486 24 G 0.292 0.011 0.013 0.037 0.062 0.106 0.095 0.003 0.001 0.072 0.310 25 E 0.254 0.008 0.052 0.072 0.068 0.077 0.291 0.001 0.001 0.020 0.157 26 V 0.023 0.004 0.004 0.097 0.125 0.114 0.105 0.001 0.001 0.004 0.521 27 I 0.008 0.004 0.002 0.146 0.181 0.559 0.020 0.001 0.001 0.002 0.079 28 L 0.013 0.008 0.001 0.210 0.229 0.401 0.028 0.001 0.001 0.003 0.108 29 T 0.010 0.013 0.001 0.110 0.192 0.350 0.056 0.001 0.001 0.002 0.264 30 S 0.012 0.018 0.001 0.078 0.160 0.345 0.060 0.001 0.001 0.003 0.323 31 E 0.017 0.013 0.001 0.042 0.056 0.127 0.240 0.001 0.001 0.010 0.493 32 L 0.095 0.017 0.005 0.025 0.015 0.032 0.345 0.001 0.001 0.024 0.441 33 Y 0.192 0.129 0.008 0.034 0.029 0.062 0.193 0.003 0.001 0.015 0.335 34 T 0.054 0.188 0.006 0.017 0.021 0.030 0.095 0.004 0.001 0.009 0.575 35 G 0.053 0.133 0.011 0.010 0.010 0.024 0.132 0.005 0.001 0.005 0.617 36 K 0.250 0.188 0.011 0.018 0.007 0.026 0.098 0.005 0.001 0.004 0.393 37 S 0.053 0.214 0.006 0.005 0.004 0.006 0.073 0.003 0.001 0.003 0.632 38 G 0.045 0.313 0.010 0.009 0.004 0.008 0.167 0.003 0.001 0.005 0.437 39 A 0.082 0.709 0.008 0.010 0.003 0.007 0.026 0.005 0.001 0.001 0.150 40 M 0.024 0.847 0.002 0.004 0.003 0.004 0.020 0.002 0.001 0.001 0.094 41 N 0.043 0.747 0.003 0.001 0.001 0.002 0.022 0.006 0.001 0.001 0.174 42 G 0.087 0.820 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.001 0.001 0.070 43 I 0.013 0.936 0.013 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.028 44 E 0.004 0.930 0.004 0.002 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.047 45 S 0.008 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.037 46 V 0.029 0.938 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.021 47 Q 0.015 0.945 0.002 0.002 0.009 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.016 48 T 0.083 0.788 0.010 0.004 0.004 0.002 0.006 0.034 0.001 0.001 0.069 49 N 0.337 0.427 0.021 0.007 0.002 0.007 0.005 0.086 0.001 0.001 0.108 50 S 0.394 0.131 0.153 0.021 0.006 0.007 0.030 0.025 0.001 0.003 0.229 51 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.982 52 I 0.025 0.025 0.006 0.021 0.008 0.029 0.245 0.001 0.001 0.004 0.636 53 E 0.150 0.146 0.003 0.012 0.005 0.008 0.158 0.002 0.001 0.008 0.509 54 A 0.097 0.384 0.004 0.009 0.015 0.024 0.079 0.003 0.001 0.004 0.381 55 R 0.112 0.539 0.007 0.009 0.017 0.020 0.053 0.003 0.001 0.003 0.237 56 Y 0.068 0.674 0.004 0.007 0.044 0.044 0.020 0.003 0.001 0.002 0.134 57 A 0.051 0.673 0.005 0.007 0.030 0.043 0.016 0.006 0.001 0.001 0.168 58 K 0.061 0.647 0.006 0.008 0.036 0.043 0.022 0.008 0.001 0.001 0.166 59 E 0.045 0.611 0.004 0.007 0.049 0.057 0.028 0.013 0.001 0.001 0.184 60 V 0.066 0.442 0.007 0.012 0.053 0.085 0.020 0.020 0.001 0.001 0.294 61 A 0.068 0.360 0.007 0.020 0.113 0.106 0.041 0.011 0.001 0.001 0.272 62 K 0.136 0.265 0.007 0.016 0.051 0.050 0.068 0.018 0.001 0.004 0.386 63 N 0.239 0.176 0.010 0.015 0.028 0.048 0.059 0.023 0.001 0.012 0.390 64 D 0.361 0.032 0.028 0.015 0.013 0.024 0.041 0.013 0.001 0.036 0.436 65 K 0.202 0.005 0.101 0.017 0.019 0.015 0.234 0.002 0.001 0.004 0.400 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.970 67 Y 0.012 0.003 0.001 0.042 0.196 0.539 0.036 0.001 0.001 0.001 0.170 68 F 0.063 0.013 0.001 0.063 0.274 0.316 0.045 0.001 0.001 0.003 0.222 69 N 0.020 0.010 0.001 0.040 0.346 0.441 0.032 0.001 0.001 0.002 0.108 70 L 0.008 0.015 0.001 0.024 0.319 0.529 0.015 0.001 0.001 0.001 0.088 71 K 0.006 0.013 0.001 0.025 0.335 0.523 0.027 0.001 0.001 0.001 0.069 72 A 0.011 0.032 0.001 0.020 0.426 0.281 0.057 0.001 0.001 0.002 0.170 73 A 0.024 0.051 0.001 0.021 0.191 0.341 0.119 0.003 0.001 0.003 0.247 74 N 0.173 0.022 0.002 0.025 0.067 0.134 0.118 0.007 0.001 0.040 0.412 75 H 0.421 0.017 0.038 0.031 0.030 0.053 0.091 0.006 0.001 0.032 0.280 76 Q 0.234 0.009 0.057 0.119 0.062 0.061 0.255 0.003 0.001 0.020 0.181 77 I 0.019 0.004 0.009 0.100 0.046 0.050 0.081 0.002 0.001 0.003 0.686 78 I 0.016 0.005 0.003 0.329 0.124 0.370 0.027 0.001 0.001 0.003 0.122 79 G 0.020 0.006 0.002 0.247 0.100 0.185 0.082 0.001 0.001 0.003 0.353 80 T 0.011 0.007 0.001 0.136 0.068 0.151 0.093 0.001 0.001 0.002 0.528 81 S 0.018 0.013 0.001 0.097 0.066 0.167 0.115 0.001 0.001 0.004 0.519 82 Q 0.021 0.016 0.001 0.049 0.026 0.054 0.277 0.001 0.001 0.014 0.540 83 M 0.082 0.053 0.004 0.031 0.018 0.037 0.281 0.001 0.001 0.018 0.476 84 Y 0.140 0.280 0.006 0.028 0.027 0.048 0.139 0.003 0.001 0.011 0.316 85 S 0.066 0.449 0.008 0.014 0.021 0.030 0.083 0.004 0.001 0.005 0.320 86 S 0.059 0.449 0.006 0.008 0.011 0.024 0.059 0.005 0.001 0.003 0.376 87 T 0.113 0.459 0.007 0.007 0.007 0.017 0.048 0.006 0.001 0.005 0.330 88 A 0.065 0.610 0.010 0.004 0.006 0.007 0.088 0.005 0.001 0.002 0.204 89 A 0.047 0.786 0.005 0.003 0.005 0.006 0.048 0.005 0.001 0.001 0.093 90 R 0.041 0.877 0.004 0.003 0.004 0.006 0.008 0.009 0.001 0.001 0.048 91 D 0.045 0.869 0.004 0.002 0.004 0.004 0.013 0.009 0.001 0.001 0.048 92 N 0.152 0.635 0.009 0.002 0.002 0.002 0.017 0.029 0.001 0.004 0.148 93 G 0.292 0.477 0.038 0.004 0.002 0.004 0.026 0.037 0.001 0.005 0.115 94 I 0.058 0.501 0.258 0.015 0.003 0.003 0.044 0.006 0.001 0.001 0.110 95 K 0.009 0.602 0.012 0.017 0.018 0.016 0.057 0.002 0.001 0.002 0.264 96 S 0.011 0.701 0.002 0.008 0.004 0.009 0.058 0.003 0.001 0.001 0.203 97 V 0.017 0.922 0.001 0.009 0.002 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.040 98 M 0.008 0.953 0.001 0.003 0.007 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 99 E 0.045 0.901 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 0.009 0.001 0.001 0.030 100 N 0.261 0.548 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.124 0.001 0.001 0.056 101 G 0.409 0.265 0.182 0.008 0.003 0.004 0.007 0.052 0.001 0.001 0.069 102 K 0.025 0.060 0.078 0.010 0.004 0.003 0.063 0.023 0.001 0.002 0.732 103 T 0.120 0.073 0.025 0.032 0.010 0.022 0.068 0.016 0.001 0.007 0.628 104 T 0.236 0.123 0.026 0.060 0.017 0.021 0.078 0.006 0.001 0.005 0.429 105 T 0.032 0.048 0.008 0.069 0.033 0.041 0.265 0.003 0.001 0.005 0.495 106 I 0.077 0.098 0.012 0.111 0.056 0.103 0.073 0.003 0.001 0.004 0.463 107 K 0.043 0.179 0.003 0.135 0.115 0.128 0.090 0.003 0.001 0.006 0.298 108 D 0.087 0.108 0.003 0.041 0.052 0.071 0.137 0.012 0.001 0.005 0.483 109 L 0.329 0.115 0.010 0.065 0.039 0.107 0.045 0.008 0.001 0.005 0.278 110 T 0.059 0.059 0.014 0.038 0.042 0.051 0.306 0.006 0.001 0.008 0.415