# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.114 0.022 0.041 0.040 0.067 0.112 0.026 0.580 2 S 0.116 0.016 0.041 0.045 0.065 0.170 0.033 0.514 3 G 0.096 0.010 0.039 0.056 0.055 0.100 0.026 0.619 4 W 0.102 0.005 0.044 0.053 0.099 0.177 0.008 0.514 5 Y 0.049 0.006 0.057 0.290 0.342 0.096 0.005 0.155 6 E 0.023 0.003 0.050 0.299 0.494 0.041 0.002 0.089 7 L 0.004 0.004 0.033 0.369 0.459 0.020 0.001 0.110 8 S 0.005 0.004 0.033 0.352 0.553 0.016 0.001 0.036 9 K 0.011 0.009 0.019 0.306 0.472 0.032 0.002 0.149 10 S 0.014 0.014 0.021 0.191 0.530 0.052 0.006 0.172 11 S 0.059 0.012 0.014 0.055 0.119 0.139 0.020 0.582 12 N 0.056 0.010 0.006 0.024 0.028 0.436 0.048 0.392 13 D 0.301 0.017 0.011 0.041 0.020 0.095 0.135 0.380 14 Q 0.327 0.004 0.015 0.018 0.042 0.506 0.010 0.078 15 F 0.059 0.008 0.026 0.239 0.275 0.170 0.007 0.217 16 K 0.019 0.002 0.014 0.285 0.613 0.038 0.001 0.027 17 F 0.002 0.001 0.008 0.427 0.514 0.008 0.001 0.039 18 V 0.001 0.001 0.009 0.343 0.630 0.004 0.001 0.012 19 L 0.001 0.002 0.007 0.425 0.550 0.003 0.001 0.012 20 K 0.002 0.005 0.011 0.369 0.581 0.007 0.001 0.025 21 A 0.006 0.007 0.024 0.300 0.588 0.015 0.003 0.058 22 G 0.020 0.010 0.029 0.141 0.278 0.080 0.017 0.425 23 N 0.087 0.004 0.018 0.047 0.052 0.139 0.057 0.595 24 G 0.252 0.009 0.088 0.095 0.042 0.095 0.121 0.298 25 E 0.223 0.001 0.162 0.061 0.130 0.258 0.008 0.156 26 V 0.003 0.001 0.105 0.142 0.141 0.031 0.001 0.577 27 I 0.004 0.002 0.274 0.201 0.435 0.025 0.001 0.058 28 L 0.006 0.003 0.389 0.216 0.247 0.025 0.002 0.112 29 T 0.005 0.006 0.207 0.162 0.410 0.037 0.002 0.170 30 S 0.016 0.009 0.112 0.108 0.357 0.091 0.005 0.300 31 E 0.052 0.009 0.052 0.041 0.113 0.187 0.010 0.536 32 L 0.074 0.015 0.027 0.027 0.053 0.259 0.014 0.532 33 Y 0.208 0.048 0.033 0.039 0.065 0.227 0.025 0.356 34 T 0.125 0.095 0.029 0.030 0.039 0.123 0.013 0.545 35 G 0.061 0.079 0.019 0.015 0.030 0.118 0.015 0.663 36 K 0.111 0.130 0.047 0.016 0.049 0.088 0.012 0.547 37 S 0.011 0.080 0.009 0.005 0.013 0.097 0.004 0.780 38 G 0.050 0.184 0.005 0.005 0.011 0.126 0.008 0.611 39 A 0.109 0.637 0.008 0.003 0.007 0.043 0.007 0.186 40 M 0.035 0.851 0.006 0.003 0.005 0.021 0.005 0.075 41 N 0.045 0.865 0.003 0.004 0.003 0.006 0.008 0.067 42 G 0.088 0.749 0.013 0.004 0.006 0.011 0.018 0.112 43 I 0.020 0.894 0.011 0.005 0.008 0.009 0.005 0.048 44 E 0.021 0.808 0.020 0.008 0.014 0.038 0.010 0.082 45 S 0.032 0.865 0.007 0.005 0.005 0.010 0.006 0.071 46 V 0.051 0.802 0.020 0.004 0.008 0.012 0.011 0.093 47 Q 0.017 0.889 0.014 0.006 0.006 0.011 0.006 0.051 48 T 0.032 0.802 0.012 0.005 0.007 0.010 0.023 0.109 49 N 0.235 0.458 0.024 0.008 0.007 0.013 0.105 0.150 50 S 0.307 0.200 0.044 0.017 0.011 0.056 0.042 0.324 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 52 I 0.011 0.023 0.009 0.008 0.029 0.207 0.004 0.709 53 E 0.121 0.068 0.009 0.003 0.006 0.183 0.009 0.601 54 A 0.106 0.304 0.006 0.005 0.006 0.097 0.007 0.469 55 R 0.220 0.456 0.011 0.009 0.012 0.061 0.008 0.223 56 Y 0.051 0.699 0.013 0.021 0.028 0.028 0.006 0.154 57 A 0.036 0.600 0.008 0.035 0.073 0.033 0.009 0.206 58 K 0.043 0.626 0.010 0.043 0.052 0.028 0.013 0.185 59 E 0.046 0.669 0.009 0.047 0.049 0.026 0.011 0.143 60 V 0.057 0.495 0.016 0.058 0.080 0.032 0.010 0.253 61 A 0.037 0.496 0.014 0.090 0.107 0.036 0.014 0.206 62 K 0.111 0.268 0.021 0.045 0.051 0.047 0.037 0.421 63 N 0.175 0.126 0.011 0.027 0.027 0.108 0.085 0.441 64 D 0.404 0.042 0.015 0.017 0.012 0.027 0.210 0.273 65 K 0.341 0.008 0.057 0.030 0.037 0.296 0.019 0.212 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 67 Y 0.014 0.002 0.052 0.124 0.498 0.116 0.002 0.192 68 F 0.084 0.005 0.085 0.253 0.285 0.064 0.003 0.221 69 N 0.015 0.005 0.059 0.315 0.425 0.024 0.001 0.154 70 L 0.013 0.005 0.045 0.314 0.513 0.018 0.001 0.091 71 K 0.011 0.010 0.042 0.275 0.498 0.033 0.002 0.129 72 A 0.016 0.020 0.044 0.244 0.475 0.046 0.006 0.150 73 A 0.036 0.038 0.041 0.158 0.249 0.093 0.018 0.366 74 N 0.157 0.015 0.030 0.054 0.066 0.095 0.090 0.494 75 H 0.403 0.010 0.100 0.044 0.029 0.083 0.072 0.257 76 Q 0.131 0.005 0.312 0.070 0.088 0.187 0.015 0.191 77 I 0.014 0.004 0.149 0.081 0.136 0.058 0.004 0.553 78 I 0.009 0.004 0.415 0.127 0.222 0.044 0.002 0.176 79 G 0.007 0.008 0.268 0.150 0.164 0.077 0.003 0.324 80 T 0.010 0.012 0.204 0.077 0.215 0.073 0.003 0.405 81 S 0.018 0.024 0.089 0.064 0.160 0.169 0.006 0.470 82 Q 0.078 0.027 0.035 0.028 0.064 0.275 0.011 0.482 83 M 0.105 0.108 0.030 0.027 0.047 0.214 0.012 0.457 84 Y 0.143 0.297 0.044 0.043 0.068 0.138 0.021 0.247 85 S 0.133 0.409 0.030 0.031 0.041 0.084 0.019 0.253 86 S 0.083 0.378 0.030 0.026 0.046 0.046 0.018 0.372 87 T 0.039 0.288 0.020 0.013 0.036 0.055 0.008 0.540 88 A 0.036 0.399 0.012 0.012 0.027 0.147 0.010 0.357 89 A 0.075 0.608 0.006 0.007 0.016 0.114 0.011 0.162 90 R 0.060 0.836 0.003 0.002 0.005 0.013 0.007 0.075 91 D 0.061 0.824 0.007 0.003 0.003 0.016 0.011 0.075 92 N 0.109 0.751 0.010 0.006 0.004 0.013 0.030 0.077 93 G 0.546 0.219 0.011 0.005 0.006 0.015 0.059 0.140 94 I 0.084 0.405 0.226 0.019 0.034 0.043 0.011 0.178 95 K 0.024 0.333 0.053 0.021 0.045 0.151 0.009 0.363 96 S 0.044 0.536 0.026 0.014 0.022 0.066 0.008 0.284 97 V 0.045 0.698 0.022 0.008 0.024 0.030 0.007 0.165 98 M 0.012 0.883 0.015 0.006 0.010 0.015 0.004 0.055 99 E 0.055 0.816 0.007 0.009 0.009 0.014 0.028 0.061 100 N 0.564 0.202 0.009 0.005 0.006 0.008 0.102 0.105 101 G 0.470 0.179 0.077 0.020 0.022 0.020 0.046 0.166 102 K 0.007 0.017 0.027 0.007 0.010 0.058 0.008 0.865 103 T 0.040 0.024 0.020 0.013 0.024 0.080 0.018 0.780 104 T 0.343 0.034 0.084 0.025 0.029 0.096 0.017 0.373 105 T 0.060 0.024 0.080 0.032 0.039 0.208 0.010 0.548 106 I 0.052 0.032 0.158 0.073 0.125 0.072 0.006 0.482 107 K 0.039 0.050 0.098 0.143 0.197 0.117 0.005 0.351 108 D 0.048 0.064 0.053 0.113 0.165 0.068 0.014 0.475 109 L 0.123 0.053 0.132 0.062 0.157 0.082 0.016 0.375 110 T 0.051 0.030 0.023 0.047 0.075 0.381 0.013 0.379