# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.133 0.239 0.116 0.126 0.027 0.116 0.044 0.033 0.048 0.001 2 S 0.162 0.099 0.504 0.145 0.036 0.019 0.017 0.002 0.010 0.004 0.002 3 G 0.105 0.126 0.198 0.039 0.240 0.017 0.038 0.098 0.008 0.132 0.001 4 W 0.085 0.483 0.253 0.055 0.071 0.025 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 5 Y 0.010 0.743 0.090 0.011 0.119 0.010 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 6 E 0.016 0.659 0.225 0.005 0.037 0.036 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 7 L 0.022 0.528 0.297 0.016 0.017 0.081 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 8 S 0.031 0.683 0.121 0.021 0.101 0.018 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 9 K 0.063 0.514 0.180 0.036 0.121 0.052 0.007 0.002 0.023 0.002 0.001 10 S 0.091 0.303 0.352 0.058 0.073 0.061 0.016 0.003 0.035 0.008 0.001 11 S 0.487 0.124 0.122 0.129 0.056 0.020 0.017 0.009 0.010 0.023 0.002 12 N 0.059 0.050 0.065 0.456 0.032 0.016 0.281 0.018 0.015 0.007 0.001 13 D 0.021 0.028 0.038 0.074 0.046 0.011 0.422 0.328 0.008 0.023 0.001 14 Q 0.040 0.403 0.425 0.067 0.027 0.012 0.011 0.002 0.011 0.001 0.001 15 F 0.013 0.625 0.275 0.020 0.035 0.017 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 16 K 0.002 0.890 0.048 0.002 0.045 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 17 F 0.001 0.848 0.058 0.001 0.077 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 18 V 0.004 0.718 0.185 0.002 0.030 0.032 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 19 L 0.014 0.486 0.385 0.006 0.028 0.035 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 20 K 0.022 0.774 0.106 0.008 0.061 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 21 A 0.055 0.382 0.336 0.043 0.110 0.033 0.007 0.001 0.024 0.007 0.001 22 G 0.134 0.047 0.058 0.064 0.201 0.009 0.055 0.155 0.005 0.273 0.001 23 N 0.021 0.032 0.076 0.461 0.038 0.014 0.324 0.014 0.012 0.007 0.001 24 G 0.028 0.051 0.087 0.019 0.101 0.008 0.164 0.429 0.007 0.107 0.001 25 E 0.056 0.467 0.380 0.020 0.032 0.026 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 26 V 0.022 0.751 0.156 0.009 0.033 0.021 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 27 I 0.040 0.611 0.217 0.012 0.029 0.055 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 28 L 0.073 0.526 0.224 0.037 0.047 0.049 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 29 T 0.063 0.618 0.117 0.036 0.123 0.017 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 30 S 0.121 0.268 0.269 0.021 0.239 0.026 0.013 0.008 0.018 0.017 0.001 31 E 0.449 0.135 0.243 0.046 0.046 0.049 0.011 0.003 0.014 0.002 0.002 32 L 0.346 0.166 0.203 0.144 0.038 0.047 0.026 0.004 0.023 0.003 0.001 33 Y 0.254 0.339 0.139 0.108 0.080 0.034 0.016 0.003 0.023 0.002 0.001 34 T 0.285 0.153 0.248 0.167 0.041 0.054 0.025 0.002 0.024 0.001 0.001 35 G 0.254 0.034 0.147 0.065 0.147 0.033 0.064 0.099 0.012 0.145 0.001 36 K 0.730 0.040 0.114 0.067 0.014 0.020 0.006 0.001 0.006 0.002 0.001 37 S 0.753 0.029 0.069 0.101 0.013 0.014 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 38 G 0.760 0.007 0.023 0.059 0.043 0.011 0.022 0.052 0.002 0.021 0.001 39 A 0.872 0.018 0.035 0.046 0.010 0.010 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 40 M 0.964 0.007 0.010 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 41 N 0.842 0.003 0.011 0.121 0.002 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 42 G 0.833 0.005 0.017 0.067 0.024 0.004 0.016 0.025 0.001 0.010 0.001 43 I 0.950 0.011 0.024 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 44 E 0.971 0.004 0.007 0.008 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.925 0.007 0.011 0.045 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 46 V 0.852 0.044 0.035 0.044 0.003 0.016 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 47 Q 0.789 0.069 0.045 0.050 0.005 0.024 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 48 T 0.586 0.054 0.035 0.272 0.016 0.016 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 49 N 0.087 0.022 0.043 0.632 0.015 0.035 0.133 0.016 0.015 0.002 0.001 50 S 0.041 0.179 0.450 0.014 0.058 0.016 0.020 0.002 0.209 0.011 0.001 51 P 0.430 0.003 0.509 0.015 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 52 I 0.594 0.072 0.148 0.123 0.021 0.017 0.007 0.003 0.011 0.003 0.001 53 E 0.718 0.032 0.127 0.066 0.018 0.017 0.009 0.003 0.008 0.001 0.002 54 A 0.724 0.053 0.117 0.060 0.010 0.017 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 55 R 0.640 0.170 0.088 0.055 0.017 0.019 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 56 Y 0.484 0.248 0.116 0.052 0.039 0.032 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 57 A 0.576 0.106 0.141 0.065 0.029 0.053 0.014 0.001 0.015 0.001 0.001 58 K 0.558 0.197 0.108 0.058 0.027 0.028 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 59 E 0.541 0.142 0.156 0.069 0.023 0.039 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 60 V 0.456 0.263 0.131 0.061 0.031 0.034 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 61 A 0.615 0.064 0.124 0.106 0.021 0.042 0.016 0.002 0.009 0.002 0.001 62 K 0.488 0.077 0.036 0.288 0.034 0.010 0.033 0.018 0.007 0.009 0.001 63 N 0.059 0.047 0.058 0.401 0.019 0.015 0.368 0.013 0.016 0.003 0.001 64 D 0.032 0.031 0.068 0.167 0.028 0.033 0.435 0.179 0.014 0.012 0.001 65 K 0.013 0.351 0.562 0.007 0.027 0.004 0.002 0.001 0.032 0.002 0.001 66 P 0.066 0.015 0.831 0.012 0.003 0.028 0.001 0.001 0.003 0.001 0.041 67 Y 0.015 0.804 0.049 0.017 0.093 0.007 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 68 F 0.004 0.804 0.074 0.003 0.098 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 69 N 0.012 0.454 0.365 0.007 0.027 0.079 0.005 0.001 0.050 0.001 0.002 70 L 0.036 0.453 0.380 0.015 0.031 0.045 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 71 K 0.048 0.701 0.142 0.012 0.062 0.022 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 72 A 0.092 0.340 0.395 0.024 0.065 0.049 0.004 0.001 0.024 0.004 0.002 73 A 0.464 0.134 0.097 0.181 0.063 0.014 0.016 0.007 0.007 0.015 0.002 74 N 0.015 0.018 0.019 0.318 0.024 0.012 0.545 0.033 0.009 0.006 0.001 75 H 0.050 0.092 0.094 0.072 0.068 0.019 0.382 0.192 0.016 0.016 0.001 76 Q 0.039 0.576 0.297 0.020 0.024 0.019 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 77 I 0.023 0.506 0.367 0.017 0.015 0.056 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 78 I 0.019 0.788 0.097 0.014 0.050 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 79 G 0.046 0.230 0.174 0.012 0.422 0.033 0.008 0.005 0.022 0.048 0.001 80 T 0.183 0.403 0.171 0.043 0.145 0.032 0.005 0.001 0.016 0.002 0.001 81 S 0.218 0.245 0.202 0.040 0.186 0.036 0.025 0.008 0.017 0.021 0.001 82 Q 0.596 0.099 0.130 0.048 0.037 0.061 0.013 0.003 0.011 0.001 0.002 83 M 0.498 0.196 0.113 0.097 0.021 0.042 0.012 0.001 0.020 0.001 0.001 84 Y 0.422 0.203 0.102 0.118 0.065 0.053 0.015 0.001 0.020 0.001 0.001 85 S 0.536 0.091 0.119 0.124 0.050 0.049 0.014 0.002 0.014 0.001 0.001 86 S 0.730 0.046 0.084 0.071 0.034 0.018 0.006 0.001 0.006 0.004 0.001 87 T 0.950 0.005 0.013 0.019 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 A 0.942 0.006 0.009 0.032 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.928 0.008 0.013 0.041 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.961 0.006 0.012 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 D 0.902 0.003 0.005 0.077 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.174 0.003 0.011 0.645 0.004 0.003 0.149 0.009 0.002 0.001 0.001 93 G 0.102 0.004 0.025 0.020 0.037 0.004 0.157 0.541 0.001 0.109 0.001 94 I 0.667 0.052 0.216 0.028 0.006 0.023 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 95 K 0.837 0.042 0.057 0.032 0.010 0.015 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 96 S 0.757 0.066 0.054 0.052 0.042 0.018 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 97 V 0.683 0.171 0.058 0.030 0.013 0.036 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 98 M 0.678 0.156 0.078 0.032 0.012 0.024 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 99 E 0.680 0.068 0.052 0.136 0.019 0.020 0.013 0.001 0.010 0.001 0.001 100 N 0.098 0.019 0.050 0.479 0.014 0.027 0.277 0.016 0.016 0.003 0.001 101 G 0.091 0.032 0.127 0.040 0.118 0.010 0.094 0.216 0.018 0.253 0.001 102 K 0.437 0.031 0.384 0.094 0.014 0.018 0.010 0.002 0.003 0.004 0.003 103 T 0.209 0.131 0.141 0.283 0.089 0.033 0.063 0.017 0.019 0.013 0.001 104 T 0.193 0.315 0.266 0.071 0.108 0.015 0.012 0.004 0.013 0.003 0.001 105 T 0.177 0.327 0.334 0.043 0.029 0.062 0.009 0.001 0.015 0.001 0.002 106 I 0.120 0.535 0.249 0.027 0.023 0.029 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 107 K 0.240 0.433 0.156 0.043 0.061 0.036 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 108 D 0.155 0.163 0.217 0.081 0.062 0.152 0.069 0.009 0.086 0.003 0.002 109 L 0.426 0.132 0.158 0.178 0.027 0.037 0.020 0.006 0.013 0.003 0.001 110 T 0.289 0.188 0.196 0.174 0.067 0.026 0.026 0.004 0.021 0.008 0.001