# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.131 0.075 0.052 0.044 0.151 0.043 0.060 0.112 0.081 0.184 0.067 2 S 0.126 0.181 0.110 0.070 0.166 0.053 0.054 0.060 0.059 0.082 0.039 3 G 0.083 0.134 0.087 0.066 0.161 0.076 0.098 0.075 0.062 0.111 0.047 4 W 0.273 0.109 0.015 0.011 0.347 0.010 0.043 0.036 0.033 0.059 0.064 5 Y 0.219 0.107 0.010 0.002 0.608 0.005 0.006 0.009 0.006 0.006 0.023 6 E 0.203 0.078 0.005 0.001 0.680 0.003 0.007 0.005 0.002 0.002 0.013 7 L 0.392 0.073 0.007 0.003 0.388 0.003 0.002 0.005 0.003 0.011 0.112 8 S 0.184 0.177 0.068 0.027 0.372 0.026 0.022 0.023 0.011 0.027 0.063 9 K 0.127 0.164 0.047 0.026 0.245 0.036 0.052 0.085 0.076 0.092 0.052 10 S 0.124 0.209 0.210 0.043 0.166 0.023 0.031 0.066 0.047 0.052 0.029 11 S 0.040 0.031 0.027 0.029 0.045 0.073 0.137 0.242 0.241 0.100 0.034 12 N 0.064 0.340 0.175 0.065 0.110 0.043 0.057 0.033 0.040 0.056 0.017 13 D 0.058 0.037 0.037 0.042 0.054 0.043 0.037 0.068 0.078 0.385 0.161 14 Q 0.107 0.359 0.050 0.007 0.309 0.008 0.045 0.026 0.023 0.044 0.022 15 F 0.313 0.058 0.003 0.002 0.568 0.007 0.013 0.005 0.003 0.005 0.021 16 K 0.269 0.067 0.004 0.004 0.604 0.008 0.018 0.004 0.002 0.003 0.017 17 F 0.258 0.040 0.003 0.001 0.689 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 18 V 0.254 0.043 0.002 0.001 0.672 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 19 L 0.299 0.097 0.008 0.002 0.500 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.084 20 K 0.255 0.132 0.038 0.040 0.312 0.043 0.042 0.009 0.005 0.037 0.086 21 A 0.089 0.166 0.320 0.129 0.108 0.034 0.030 0.028 0.031 0.030 0.034 22 G 0.025 0.019 0.050 0.157 0.023 0.171 0.185 0.157 0.128 0.061 0.026 23 N 0.045 0.232 0.134 0.165 0.088 0.072 0.067 0.025 0.039 0.108 0.026 24 G 0.050 0.044 0.027 0.064 0.048 0.052 0.037 0.023 0.035 0.438 0.181 25 E 0.123 0.232 0.026 0.003 0.556 0.003 0.015 0.011 0.009 0.009 0.012 26 V 0.256 0.058 0.003 0.001 0.666 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.008 27 I 0.290 0.101 0.008 0.006 0.490 0.015 0.015 0.010 0.005 0.006 0.054 28 L 0.355 0.079 0.016 0.006 0.432 0.007 0.007 0.010 0.004 0.018 0.067 29 T 0.111 0.156 0.058 0.041 0.168 0.040 0.035 0.036 0.038 0.236 0.082 30 S 0.096 0.292 0.154 0.010 0.359 0.005 0.004 0.021 0.020 0.020 0.019 31 E 0.032 0.068 0.021 0.006 0.057 0.021 0.065 0.310 0.337 0.067 0.013 32 L 0.047 0.099 0.032 0.009 0.083 0.012 0.081 0.315 0.167 0.129 0.027 33 Y 0.119 0.071 0.026 0.014 0.122 0.017 0.029 0.222 0.106 0.166 0.109 34 T 0.030 0.191 0.092 0.047 0.069 0.069 0.089 0.243 0.082 0.070 0.018 35 G 0.046 0.137 0.133 0.049 0.064 0.025 0.037 0.217 0.057 0.181 0.053 36 K 0.022 0.034 0.026 0.014 0.040 0.010 0.022 0.542 0.192 0.075 0.023 37 S 0.012 0.089 0.041 0.014 0.028 0.029 0.052 0.559 0.117 0.047 0.012 38 G 0.033 0.054 0.038 0.021 0.036 0.015 0.028 0.426 0.076 0.218 0.055 39 A 0.028 0.020 0.008 0.005 0.031 0.004 0.009 0.704 0.127 0.048 0.017 40 M 0.007 0.009 0.004 0.003 0.011 0.011 0.012 0.785 0.142 0.012 0.005 41 N 0.010 0.029 0.024 0.007 0.016 0.012 0.040 0.753 0.071 0.032 0.006 42 G 0.022 0.030 0.013 0.003 0.023 0.003 0.013 0.756 0.058 0.064 0.014 43 I 0.014 0.005 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.793 0.156 0.008 0.005 44 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 0.021 0.853 0.105 0.004 0.001 45 S 0.012 0.014 0.006 0.002 0.020 0.003 0.031 0.821 0.066 0.023 0.004 46 V 0.044 0.019 0.005 0.002 0.043 0.003 0.020 0.658 0.150 0.036 0.020 47 Q 0.028 0.029 0.011 0.003 0.051 0.011 0.027 0.604 0.192 0.028 0.015 48 T 0.032 0.101 0.021 0.005 0.068 0.015 0.134 0.442 0.122 0.042 0.019 49 N 0.052 0.068 0.052 0.020 0.073 0.028 0.122 0.160 0.093 0.278 0.053 50 S 0.072 0.307 0.163 0.012 0.209 0.008 0.014 0.099 0.045 0.044 0.026 51 P 0.041 0.090 0.025 0.007 0.060 0.016 0.049 0.406 0.195 0.080 0.031 52 I 0.032 0.080 0.037 0.010 0.073 0.011 0.041 0.433 0.199 0.069 0.015 53 E 0.028 0.047 0.017 0.005 0.048 0.010 0.023 0.552 0.188 0.064 0.019 54 A 0.021 0.037 0.013 0.003 0.043 0.006 0.028 0.636 0.139 0.060 0.013 55 R 0.054 0.050 0.014 0.004 0.073 0.008 0.027 0.567 0.113 0.068 0.022 56 Y 0.053 0.103 0.030 0.008 0.110 0.015 0.029 0.480 0.102 0.048 0.023 57 A 0.079 0.083 0.029 0.008 0.133 0.014 0.040 0.435 0.100 0.052 0.027 58 K 0.072 0.135 0.042 0.008 0.156 0.011 0.033 0.365 0.102 0.047 0.028 59 E 0.115 0.124 0.044 0.010 0.224 0.011 0.043 0.274 0.075 0.044 0.037 60 V 0.090 0.115 0.023 0.009 0.171 0.018 0.039 0.320 0.122 0.059 0.035 61 A 0.066 0.086 0.051 0.016 0.094 0.018 0.055 0.391 0.153 0.044 0.027 62 K 0.019 0.013 0.015 0.025 0.019 0.081 0.132 0.386 0.195 0.093 0.021 63 N 0.038 0.455 0.172 0.036 0.115 0.027 0.040 0.042 0.025 0.039 0.011 64 D 0.035 0.012 0.012 0.008 0.019 0.013 0.015 0.024 0.034 0.683 0.145 65 K 0.029 0.632 0.148 0.002 0.159 0.002 0.005 0.007 0.004 0.005 0.005 66 P 0.227 0.159 0.017 0.006 0.403 0.028 0.040 0.026 0.019 0.017 0.058 67 Y 0.306 0.101 0.013 0.015 0.416 0.015 0.032 0.022 0.017 0.014 0.049 68 F 0.173 0.118 0.014 0.002 0.656 0.006 0.005 0.007 0.003 0.004 0.012 69 N 0.274 0.069 0.006 0.001 0.610 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.026 70 L 0.302 0.129 0.015 0.004 0.419 0.004 0.004 0.009 0.005 0.014 0.095 71 K 0.199 0.160 0.062 0.034 0.316 0.046 0.060 0.035 0.013 0.026 0.048 72 A 0.148 0.094 0.107 0.072 0.174 0.030 0.036 0.103 0.102 0.078 0.056 73 A 0.033 0.055 0.045 0.131 0.049 0.157 0.202 0.157 0.103 0.052 0.017 74 N 0.080 0.110 0.091 0.120 0.096 0.052 0.048 0.040 0.043 0.235 0.085 75 H 0.098 0.159 0.054 0.022 0.168 0.023 0.037 0.053 0.058 0.225 0.103 76 Q 0.140 0.191 0.023 0.003 0.571 0.005 0.013 0.020 0.011 0.010 0.013 77 I 0.349 0.077 0.006 0.003 0.502 0.005 0.007 0.011 0.005 0.005 0.030 78 I 0.214 0.147 0.037 0.028 0.340 0.052 0.036 0.026 0.011 0.032 0.076 79 G 0.189 0.186 0.116 0.039 0.279 0.019 0.015 0.039 0.016 0.045 0.056 80 T 0.086 0.129 0.051 0.034 0.141 0.027 0.035 0.163 0.118 0.157 0.058 81 S 0.096 0.184 0.069 0.016 0.232 0.018 0.024 0.173 0.098 0.058 0.033 82 Q 0.049 0.063 0.022 0.007 0.086 0.018 0.041 0.387 0.213 0.085 0.028 83 M 0.065 0.091 0.029 0.009 0.111 0.015 0.045 0.397 0.122 0.086 0.031 84 Y 0.098 0.091 0.027 0.011 0.129 0.016 0.032 0.353 0.097 0.094 0.052 85 S 0.041 0.092 0.042 0.014 0.070 0.024 0.038 0.409 0.135 0.113 0.022 86 S 0.037 0.095 0.043 0.006 0.095 0.006 0.014 0.560 0.103 0.029 0.011 87 T 0.007 0.011 0.004 0.002 0.012 0.004 0.016 0.722 0.196 0.023 0.004 88 A 0.010 0.020 0.008 0.003 0.019 0.006 0.030 0.748 0.118 0.031 0.007 89 A 0.027 0.030 0.010 0.004 0.032 0.008 0.036 0.642 0.113 0.079 0.020 90 R 0.015 0.026 0.016 0.005 0.021 0.007 0.027 0.642 0.148 0.076 0.016 91 D 0.017 0.043 0.025 0.011 0.030 0.023 0.067 0.613 0.107 0.046 0.018 92 N 0.020 0.208 0.142 0.037 0.042 0.034 0.077 0.278 0.055 0.088 0.019 93 G 0.043 0.060 0.035 0.019 0.039 0.008 0.012 0.422 0.068 0.219 0.074 94 I 0.026 0.013 0.002 0.002 0.029 0.002 0.002 0.739 0.164 0.013 0.009 95 K 0.004 0.005 0.003 0.002 0.007 0.012 0.017 0.830 0.112 0.006 0.002 96 S 0.021 0.018 0.007 0.002 0.038 0.003 0.021 0.802 0.063 0.020 0.005 97 V 0.038 0.015 0.004 0.002 0.035 0.002 0.017 0.700 0.149 0.026 0.013 98 M 0.021 0.019 0.010 0.004 0.039 0.013 0.025 0.613 0.223 0.023 0.010 99 E 0.017 0.100 0.029 0.006 0.043 0.019 0.211 0.442 0.102 0.023 0.008 100 N 0.049 0.041 0.047 0.019 0.041 0.021 0.124 0.115 0.056 0.416 0.071 101 G 0.076 0.342 0.184 0.031 0.194 0.014 0.013 0.038 0.032 0.046 0.030 102 K 0.032 0.083 0.044 0.067 0.042 0.110 0.125 0.205 0.169 0.087 0.036 103 T 0.065 0.062 0.045 0.044 0.087 0.018 0.053 0.135 0.131 0.281 0.078 104 T 0.062 0.294 0.106 0.012 0.195 0.015 0.024 0.104 0.067 0.082 0.038 105 T 0.123 0.233 0.053 0.005 0.296 0.007 0.020 0.106 0.043 0.061 0.052 106 I 0.340 0.104 0.018 0.006 0.254 0.008 0.010 0.096 0.066 0.034 0.064 107 K 0.045 0.132 0.051 0.032 0.132 0.158 0.105 0.218 0.067 0.036 0.024 108 D 0.211 0.100 0.048 0.015 0.290 0.009 0.022 0.110 0.047 0.099 0.050 109 L 0.078 0.090 0.041 0.019 0.138 0.024 0.040 0.218 0.164 0.150 0.038 110 T 0.083 0.270 0.154 0.025 0.225 0.021 0.034 0.094 0.038 0.034 0.021