# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.542 0.242 0.107 0.070 0.032 0.008 0.001 2 S 0.672 0.241 0.062 0.018 0.006 0.001 0.001 3 G 0.435 0.315 0.158 0.074 0.015 0.003 0.001 4 W 0.111 0.269 0.322 0.198 0.082 0.017 0.001 5 Y 0.019 0.043 0.093 0.216 0.405 0.215 0.010 6 E 0.020 0.143 0.302 0.332 0.158 0.043 0.001 7 L 0.016 0.055 0.131 0.222 0.334 0.235 0.007 8 S 0.095 0.300 0.354 0.182 0.064 0.006 0.001 9 K 0.333 0.422 0.161 0.067 0.016 0.001 0.001 10 S 0.388 0.338 0.180 0.074 0.018 0.001 0.001 11 S 0.598 0.295 0.078 0.024 0.005 0.001 0.001 12 N 0.638 0.299 0.050 0.011 0.002 0.001 0.001 13 D 0.528 0.357 0.087 0.024 0.004 0.001 0.001 14 Q 0.118 0.409 0.324 0.113 0.032 0.004 0.001 15 F 0.004 0.023 0.063 0.191 0.470 0.233 0.016 16 K 0.002 0.044 0.226 0.470 0.200 0.056 0.002 17 F 0.001 0.004 0.008 0.023 0.153 0.694 0.118 18 V 0.001 0.021 0.132 0.388 0.297 0.146 0.015 19 L 0.001 0.007 0.018 0.059 0.215 0.571 0.129 20 K 0.009 0.080 0.272 0.336 0.216 0.079 0.008 21 A 0.041 0.099 0.163 0.296 0.275 0.117 0.009 22 G 0.220 0.370 0.222 0.111 0.060 0.016 0.001 23 N 0.289 0.360 0.179 0.109 0.044 0.016 0.002 24 G 0.091 0.151 0.200 0.250 0.219 0.078 0.011 25 E 0.077 0.182 0.231 0.253 0.160 0.087 0.011 26 V 0.034 0.067 0.105 0.161 0.266 0.299 0.068 27 I 0.033 0.036 0.067 0.137 0.202 0.334 0.189 28 L 0.019 0.028 0.049 0.085 0.164 0.371 0.283 29 T 0.038 0.065 0.105 0.173 0.244 0.227 0.149 30 S 0.065 0.108 0.124 0.163 0.214 0.235 0.091 31 E 0.189 0.273 0.180 0.157 0.123 0.066 0.012 32 L 0.170 0.232 0.195 0.188 0.131 0.073 0.012 33 Y 0.092 0.114 0.219 0.265 0.223 0.081 0.008 34 T 0.388 0.345 0.161 0.072 0.025 0.008 0.001 35 G 0.197 0.203 0.219 0.203 0.132 0.043 0.003 36 K 0.165 0.231 0.227 0.220 0.119 0.036 0.002 37 S 0.402 0.307 0.164 0.084 0.034 0.008 0.001 38 G 0.190 0.308 0.290 0.154 0.044 0.011 0.001 39 A 0.054 0.058 0.108 0.222 0.341 0.195 0.023 40 M 0.105 0.240 0.296 0.225 0.101 0.032 0.002 41 N 0.156 0.325 0.282 0.173 0.047 0.015 0.001 42 G 0.019 0.049 0.122 0.249 0.291 0.232 0.038 43 I 0.009 0.019 0.034 0.090 0.296 0.447 0.105 44 E 0.046 0.224 0.278 0.245 0.141 0.059 0.006 45 S 0.025 0.130 0.223 0.311 0.227 0.075 0.009 46 V 0.006 0.017 0.034 0.095 0.301 0.482 0.064 47 Q 0.026 0.101 0.232 0.360 0.218 0.060 0.004 48 T 0.235 0.400 0.214 0.102 0.036 0.012 0.001 49 N 0.089 0.151 0.282 0.302 0.139 0.035 0.002 50 S 0.239 0.197 0.198 0.195 0.128 0.041 0.002 51 P 0.401 0.317 0.174 0.075 0.025 0.007 0.001 52 I 0.490 0.243 0.141 0.088 0.031 0.007 0.001 53 E 0.660 0.248 0.060 0.022 0.008 0.002 0.001 54 A 0.458 0.309 0.122 0.073 0.030 0.007 0.001 55 R 0.148 0.202 0.255 0.222 0.134 0.037 0.002 56 Y 0.112 0.176 0.258 0.263 0.150 0.038 0.001 57 A 0.266 0.307 0.229 0.123 0.062 0.014 0.001 58 K 0.198 0.213 0.260 0.219 0.092 0.017 0.001 59 E 0.496 0.317 0.122 0.045 0.017 0.003 0.001 60 V 0.444 0.303 0.166 0.071 0.014 0.002 0.001 61 A 0.538 0.229 0.150 0.065 0.016 0.002 0.001 62 K 0.720 0.202 0.058 0.017 0.003 0.001 0.001 63 N 0.724 0.212 0.046 0.014 0.003 0.001 0.001 64 D 0.610 0.291 0.068 0.024 0.007 0.001 0.001 65 K 0.263 0.399 0.211 0.091 0.029 0.006 0.001 66 P 0.046 0.137 0.205 0.296 0.237 0.074 0.005 67 Y 0.015 0.080 0.216 0.340 0.227 0.113 0.009 68 F 0.009 0.028 0.058 0.123 0.308 0.415 0.058 69 N 0.015 0.095 0.241 0.348 0.205 0.085 0.011 70 L 0.008 0.022 0.043 0.128 0.318 0.406 0.075 71 K 0.020 0.110 0.226 0.314 0.216 0.104 0.010 72 A 0.068 0.133 0.199 0.269 0.221 0.099 0.010 73 A 0.189 0.311 0.265 0.156 0.058 0.020 0.002 74 N 0.216 0.259 0.199 0.179 0.103 0.040 0.006 75 H 0.148 0.194 0.218 0.220 0.151 0.061 0.009 76 Q 0.147 0.231 0.216 0.204 0.124 0.068 0.010 77 I 0.072 0.092 0.122 0.193 0.237 0.227 0.057 78 I 0.073 0.068 0.099 0.187 0.214 0.249 0.110 79 G 0.079 0.102 0.141 0.179 0.208 0.207 0.084 80 T 0.111 0.170 0.192 0.211 0.168 0.104 0.045 81 S 0.138 0.143 0.136 0.175 0.188 0.162 0.057 82 Q 0.190 0.241 0.184 0.164 0.128 0.077 0.017 83 M 0.153 0.168 0.172 0.205 0.170 0.109 0.023 84 Y 0.117 0.126 0.167 0.217 0.227 0.128 0.018 85 S 0.310 0.279 0.193 0.130 0.060 0.026 0.004 86 S 0.309 0.207 0.181 0.160 0.098 0.039 0.005 87 T 0.394 0.298 0.178 0.089 0.031 0.010 0.001 88 A 0.300 0.212 0.218 0.174 0.073 0.021 0.002 89 A 0.313 0.295 0.202 0.118 0.055 0.017 0.001 90 R 0.137 0.161 0.197 0.255 0.180 0.065 0.005 91 D 0.355 0.353 0.165 0.081 0.036 0.009 0.001 92 N 0.255 0.355 0.229 0.123 0.030 0.007 0.001 93 G 0.069 0.121 0.203 0.280 0.228 0.090 0.009 94 I 0.028 0.054 0.115 0.230 0.352 0.206 0.015 95 K 0.136 0.410 0.270 0.120 0.053 0.012 0.001 96 S 0.082 0.265 0.278 0.252 0.101 0.020 0.001 97 V 0.013 0.033 0.074 0.179 0.412 0.276 0.014 98 M 0.062 0.189 0.330 0.299 0.103 0.017 0.001 99 E 0.406 0.432 0.120 0.033 0.008 0.001 0.001 100 N 0.194 0.325 0.291 0.159 0.028 0.004 0.001 101 G 0.098 0.087 0.243 0.329 0.207 0.035 0.001 102 K 0.610 0.322 0.053 0.012 0.003 0.001 0.001 103 T 0.742 0.228 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 104 T 0.459 0.304 0.138 0.078 0.019 0.002 0.001 105 T 0.349 0.389 0.174 0.066 0.019 0.003 0.001 106 I 0.127 0.118 0.266 0.300 0.158 0.031 0.001 107 K 0.497 0.345 0.111 0.033 0.012 0.002 0.001 108 D 0.549 0.283 0.107 0.045 0.013 0.003 0.001 109 L 0.395 0.188 0.193 0.156 0.054 0.012 0.001 110 T 0.755 0.186 0.040 0.013 0.005 0.001 0.001