# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5762 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.085 0.107 0.138 0.168 0.135 0.095 0.067 0.046 0.034 0.016 0.006 0.003 0.001 2 S 0.069 0.097 0.105 0.159 0.159 0.128 0.108 0.069 0.047 0.033 0.015 0.006 0.003 0.002 3 G 0.058 0.053 0.077 0.108 0.128 0.126 0.129 0.078 0.080 0.070 0.059 0.021 0.008 0.006 4 W 0.015 0.024 0.041 0.072 0.113 0.128 0.135 0.132 0.107 0.082 0.089 0.036 0.016 0.012 5 Y 0.008 0.004 0.006 0.012 0.016 0.037 0.063 0.100 0.136 0.164 0.177 0.157 0.086 0.033 6 E 0.004 0.008 0.014 0.034 0.054 0.057 0.107 0.294 0.161 0.120 0.074 0.043 0.021 0.009 7 L 0.003 0.002 0.003 0.006 0.012 0.032 0.041 0.140 0.132 0.207 0.194 0.131 0.082 0.015 8 S 0.024 0.034 0.063 0.123 0.169 0.148 0.128 0.101 0.091 0.064 0.025 0.018 0.005 0.005 9 K 0.080 0.075 0.085 0.153 0.183 0.116 0.086 0.062 0.076 0.050 0.023 0.009 0.002 0.002 10 S 0.118 0.158 0.176 0.209 0.144 0.088 0.046 0.027 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 11 S 0.307 0.290 0.169 0.118 0.054 0.029 0.015 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.332 0.282 0.191 0.093 0.057 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.365 0.271 0.171 0.079 0.056 0.031 0.015 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.066 0.101 0.109 0.162 0.244 0.130 0.083 0.045 0.031 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 15 F 0.008 0.008 0.015 0.040 0.073 0.116 0.159 0.201 0.131 0.109 0.082 0.036 0.016 0.006 16 K 0.009 0.015 0.021 0.046 0.069 0.091 0.110 0.170 0.157 0.112 0.088 0.075 0.024 0.014 17 F 0.003 0.001 0.002 0.004 0.007 0.016 0.030 0.107 0.148 0.207 0.189 0.185 0.080 0.021 18 V 0.004 0.007 0.012 0.025 0.047 0.054 0.081 0.192 0.190 0.170 0.086 0.075 0.036 0.020 19 L 0.006 0.005 0.008 0.014 0.023 0.050 0.061 0.104 0.136 0.200 0.178 0.123 0.062 0.031 20 K 0.024 0.041 0.071 0.125 0.163 0.142 0.144 0.090 0.092 0.050 0.028 0.016 0.006 0.008 21 A 0.019 0.027 0.041 0.086 0.122 0.161 0.159 0.115 0.114 0.081 0.047 0.016 0.007 0.004 22 G 0.058 0.113 0.141 0.164 0.161 0.143 0.096 0.067 0.033 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 23 N 0.120 0.157 0.158 0.151 0.154 0.090 0.061 0.056 0.028 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 24 G 0.072 0.089 0.100 0.143 0.177 0.151 0.102 0.073 0.047 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 25 E 0.079 0.089 0.095 0.142 0.163 0.130 0.108 0.071 0.060 0.032 0.019 0.007 0.003 0.002 26 V 0.031 0.024 0.041 0.069 0.098 0.133 0.151 0.144 0.127 0.078 0.055 0.026 0.015 0.008 27 I 0.023 0.015 0.025 0.043 0.078 0.102 0.119 0.142 0.137 0.111 0.085 0.063 0.038 0.018 28 L 0.024 0.010 0.013 0.022 0.035 0.057 0.080 0.122 0.133 0.154 0.144 0.112 0.069 0.023 29 T 0.030 0.025 0.032 0.069 0.091 0.106 0.121 0.110 0.123 0.108 0.083 0.059 0.026 0.016 30 S 0.042 0.032 0.036 0.065 0.085 0.114 0.128 0.111 0.133 0.100 0.085 0.043 0.016 0.009 31 E 0.058 0.069 0.083 0.130 0.144 0.140 0.125 0.098 0.070 0.041 0.026 0.009 0.004 0.002 32 L 0.068 0.082 0.096 0.127 0.154 0.143 0.111 0.088 0.067 0.037 0.017 0.006 0.002 0.001 33 Y 0.082 0.065 0.102 0.126 0.163 0.165 0.119 0.083 0.050 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 34 T 0.239 0.169 0.163 0.146 0.118 0.065 0.043 0.028 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 35 G 0.206 0.141 0.135 0.144 0.136 0.092 0.058 0.042 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 36 K 0.114 0.118 0.135 0.172 0.173 0.112 0.078 0.051 0.028 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 37 S 0.457 0.199 0.128 0.084 0.055 0.036 0.021 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 38 G 0.229 0.180 0.192 0.145 0.130 0.064 0.032 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.027 0.018 0.033 0.086 0.154 0.216 0.198 0.131 0.081 0.041 0.010 0.003 0.002 0.001 40 M 0.122 0.164 0.184 0.200 0.163 0.089 0.044 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 41 N 0.403 0.234 0.148 0.094 0.056 0.031 0.015 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 42 G 0.033 0.042 0.060 0.161 0.206 0.189 0.157 0.089 0.042 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 43 I 0.013 0.022 0.052 0.096 0.162 0.200 0.194 0.145 0.071 0.030 0.011 0.003 0.001 0.001 44 E 0.357 0.251 0.156 0.102 0.061 0.035 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.123 0.116 0.170 0.169 0.158 0.118 0.080 0.033 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 46 V 0.026 0.020 0.042 0.085 0.169 0.204 0.197 0.127 0.078 0.034 0.012 0.004 0.002 0.001 47 Q 0.167 0.181 0.188 0.179 0.124 0.074 0.047 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 48 T 0.486 0.190 0.123 0.078 0.058 0.031 0.017 0.008 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 49 N 0.156 0.127 0.141 0.181 0.175 0.102 0.058 0.030 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 50 S 0.236 0.141 0.144 0.146 0.131 0.087 0.056 0.032 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 51 P 0.338 0.171 0.144 0.124 0.098 0.061 0.032 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 52 I 0.363 0.154 0.123 0.126 0.103 0.062 0.033 0.015 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 53 E 0.389 0.215 0.158 0.106 0.069 0.030 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.423 0.168 0.132 0.099 0.081 0.046 0.025 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 55 R 0.204 0.117 0.142 0.159 0.165 0.089 0.059 0.036 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.151 0.078 0.098 0.146 0.164 0.147 0.092 0.068 0.028 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 57 A 0.374 0.172 0.121 0.128 0.106 0.042 0.024 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 58 K 0.302 0.152 0.146 0.157 0.103 0.062 0.035 0.021 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 59 E 0.464 0.163 0.134 0.092 0.077 0.041 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.315 0.132 0.147 0.180 0.131 0.050 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.516 0.151 0.093 0.114 0.070 0.032 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 K 0.580 0.206 0.101 0.069 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 N 0.637 0.193 0.089 0.046 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.503 0.246 0.126 0.059 0.037 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.250 0.187 0.159 0.132 0.132 0.065 0.039 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 66 P 0.058 0.042 0.059 0.108 0.169 0.182 0.148 0.110 0.053 0.038 0.023 0.007 0.003 0.001 67 Y 0.050 0.052 0.066 0.107 0.153 0.146 0.136 0.097 0.076 0.045 0.036 0.025 0.007 0.004 68 F 0.038 0.016 0.021 0.042 0.050 0.082 0.103 0.149 0.137 0.152 0.100 0.071 0.031 0.010 69 N 0.037 0.043 0.060 0.088 0.123 0.109 0.127 0.140 0.112 0.067 0.042 0.032 0.012 0.008 70 L 0.021 0.010 0.017 0.027 0.045 0.091 0.090 0.133 0.127 0.177 0.130 0.075 0.046 0.013 71 K 0.055 0.067 0.107 0.181 0.203 0.125 0.106 0.052 0.051 0.028 0.012 0.009 0.002 0.003 72 A 0.050 0.037 0.050 0.104 0.129 0.160 0.127 0.101 0.095 0.083 0.040 0.016 0.005 0.002 73 A 0.098 0.123 0.131 0.172 0.159 0.125 0.078 0.060 0.034 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 74 N 0.108 0.125 0.114 0.174 0.161 0.107 0.070 0.064 0.040 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 75 H 0.148 0.149 0.143 0.149 0.144 0.104 0.068 0.041 0.029 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 76 Q 0.183 0.137 0.139 0.130 0.118 0.098 0.071 0.045 0.036 0.018 0.016 0.004 0.002 0.001 77 I 0.049 0.034 0.055 0.091 0.140 0.156 0.140 0.115 0.089 0.056 0.039 0.019 0.010 0.006 78 I 0.037 0.023 0.030 0.052 0.091 0.112 0.129 0.153 0.125 0.093 0.066 0.050 0.029 0.010 79 G 0.050 0.030 0.033 0.063 0.080 0.104 0.117 0.150 0.119 0.102 0.073 0.046 0.026 0.009 80 T 0.062 0.052 0.062 0.105 0.121 0.127 0.118 0.078 0.095 0.067 0.059 0.034 0.012 0.008 81 S 0.093 0.060 0.072 0.099 0.116 0.132 0.115 0.071 0.093 0.063 0.050 0.023 0.009 0.004 82 Q 0.149 0.144 0.137 0.148 0.125 0.094 0.081 0.049 0.034 0.017 0.015 0.004 0.002 0.001 83 M 0.111 0.097 0.118 0.113 0.132 0.133 0.114 0.082 0.049 0.026 0.018 0.005 0.002 0.001 84 Y 0.080 0.062 0.093 0.122 0.171 0.162 0.122 0.091 0.046 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 85 S 0.196 0.140 0.150 0.143 0.143 0.077 0.057 0.045 0.027 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 86 S 0.258 0.127 0.109 0.135 0.130 0.092 0.054 0.044 0.025 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 87 T 0.319 0.211 0.158 0.134 0.088 0.040 0.023 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 88 A 0.269 0.122 0.137 0.149 0.120 0.095 0.054 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 89 A 0.348 0.192 0.160 0.128 0.092 0.042 0.020 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.316 0.177 0.129 0.159 0.103 0.060 0.028 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 91 D 0.541 0.252 0.116 0.047 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.349 0.205 0.162 0.131 0.078 0.039 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 G 0.227 0.151 0.135 0.131 0.139 0.100 0.059 0.029 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 94 I 0.026 0.034 0.058 0.130 0.232 0.190 0.123 0.100 0.049 0.038 0.014 0.004 0.002 0.001 95 K 0.418 0.207 0.119 0.101 0.056 0.038 0.027 0.015 0.008 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 96 S 0.120 0.107 0.165 0.161 0.165 0.115 0.073 0.038 0.029 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 97 V 0.022 0.013 0.020 0.045 0.099 0.151 0.155 0.215 0.149 0.076 0.032 0.014 0.007 0.002 98 M 0.071 0.120 0.159 0.232 0.167 0.109 0.069 0.034 0.018 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 99 E 0.564 0.180 0.109 0.055 0.037 0.023 0.014 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 100 N 0.131 0.122 0.152 0.176 0.190 0.107 0.063 0.031 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 101 G 0.087 0.081 0.094 0.149 0.168 0.146 0.119 0.086 0.043 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 102 K 0.311 0.207 0.163 0.124 0.091 0.052 0.027 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 103 T 0.438 0.186 0.173 0.084 0.057 0.028 0.016 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 104 T 0.228 0.109 0.116 0.139 0.153 0.117 0.063 0.037 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 105 T 0.186 0.164 0.131 0.163 0.157 0.080 0.054 0.037 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 106 I 0.082 0.045 0.062 0.110 0.145 0.177 0.142 0.116 0.058 0.041 0.013 0.005 0.002 0.001 107 K 0.311 0.165 0.154 0.138 0.102 0.062 0.033 0.016 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 108 D 0.366 0.143 0.137 0.119 0.105 0.054 0.031 0.017 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 109 L 0.177 0.102 0.106 0.163 0.157 0.123 0.078 0.044 0.026 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 110 T 0.394 0.187 0.153 0.098 0.065 0.045 0.028 0.015 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001