# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.011 0.039 0.050 0.111 0.005 0.176 0.026 0.010 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.043 0.021 0.261 0.075 0.072 0.078 0.001 2 S 0.021 0.033 0.071 0.070 0.141 0.003 0.173 0.010 0.006 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.031 0.026 0.084 0.061 0.096 0.160 0.002 3 G 0.035 0.045 0.092 0.062 0.237 0.004 0.052 0.008 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.005 0.039 0.077 0.070 0.066 0.068 0.120 0.004 4 W 0.073 0.114 0.085 0.073 0.201 0.001 0.047 0.008 0.001 0.001 0.009 0.010 0.023 0.019 0.103 0.073 0.037 0.033 0.035 0.031 0.024 5 Y 0.185 0.230 0.067 0.035 0.163 0.001 0.012 0.009 0.001 0.001 0.023 0.020 0.048 0.023 0.039 0.080 0.002 0.011 0.015 0.010 0.027 6 E 0.200 0.197 0.166 0.117 0.041 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.041 0.028 0.056 0.024 0.074 0.021 0.001 0.003 0.004 0.002 0.020 7 L 0.221 0.227 0.012 0.027 0.245 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.034 0.035 0.084 0.022 0.017 0.044 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 8 S 0.167 0.176 0.136 0.261 0.039 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.023 0.020 0.037 0.011 0.092 0.013 0.002 0.002 0.005 0.005 0.005 9 K 0.089 0.100 0.026 0.085 0.484 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.009 0.010 0.020 0.005 0.020 0.057 0.025 0.014 0.013 0.022 0.004 10 S 0.044 0.041 0.127 0.212 0.174 0.004 0.044 0.015 0.005 0.003 0.004 0.004 0.009 0.002 0.044 0.014 0.034 0.037 0.082 0.099 0.001 11 S 0.013 0.010 0.081 0.097 0.170 0.002 0.054 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.008 0.291 0.048 0.057 0.125 0.001 12 N 0.012 0.014 0.049 0.049 0.185 0.004 0.263 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.141 0.069 0.045 0.125 0.001 13 D 0.019 0.028 0.093 0.102 0.193 0.005 0.175 0.023 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.009 0.076 0.137 0.049 0.066 0.001 14 Q 0.081 0.125 0.150 0.106 0.295 0.003 0.037 0.023 0.002 0.001 0.004 0.003 0.008 0.001 0.017 0.013 0.035 0.027 0.027 0.038 0.004 15 F 0.189 0.301 0.098 0.111 0.173 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 0.009 0.007 0.020 0.004 0.015 0.006 0.007 0.008 0.008 0.008 0.011 16 K 0.278 0.465 0.040 0.039 0.078 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.015 0.010 0.030 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 17 F 0.306 0.528 0.019 0.036 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.018 0.012 0.034 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 18 V 0.307 0.516 0.005 0.013 0.067 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 0.013 0.036 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 19 L 0.331 0.498 0.030 0.065 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.009 0.026 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 20 K 0.297 0.415 0.011 0.035 0.171 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.010 0.008 0.021 0.002 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 21 A 0.186 0.228 0.089 0.287 0.102 0.001 0.007 0.003 0.013 0.009 0.005 0.005 0.011 0.001 0.010 0.003 0.006 0.004 0.016 0.014 0.002 22 G 0.063 0.054 0.056 0.072 0.348 0.001 0.026 0.003 0.008 0.007 0.002 0.002 0.005 0.001 0.022 0.014 0.209 0.015 0.025 0.065 0.002 23 N 0.025 0.043 0.062 0.086 0.136 0.003 0.293 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.025 0.009 0.078 0.068 0.040 0.111 0.004 24 G 0.024 0.034 0.025 0.015 0.434 0.001 0.112 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.020 0.092 0.020 0.124 0.041 0.037 0.005 25 E 0.061 0.058 0.521 0.143 0.018 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.017 0.005 0.106 0.007 0.004 0.008 0.014 0.010 0.009 26 V 0.164 0.163 0.023 0.023 0.281 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.048 0.035 0.087 0.037 0.013 0.045 0.002 0.004 0.013 0.005 0.055 27 I 0.177 0.185 0.095 0.085 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.034 0.083 0.058 0.177 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 28 L 0.175 0.222 0.032 0.076 0.075 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 0.042 0.080 0.107 0.052 0.063 0.004 0.001 0.004 0.006 0.018 29 T 0.137 0.191 0.030 0.071 0.154 0.002 0.009 0.007 0.001 0.001 0.026 0.030 0.067 0.073 0.097 0.041 0.024 0.010 0.007 0.011 0.012 30 S 0.091 0.107 0.066 0.126 0.125 0.006 0.050 0.029 0.006 0.002 0.017 0.016 0.055 0.029 0.077 0.044 0.038 0.023 0.043 0.042 0.009 31 E 0.052 0.051 0.089 0.079 0.095 0.007 0.042 0.044 0.003 0.001 0.005 0.005 0.011 0.006 0.077 0.022 0.260 0.030 0.038 0.078 0.004 32 L 0.021 0.033 0.030 0.036 0.168 0.021 0.201 0.107 0.005 0.003 0.005 0.003 0.011 0.004 0.021 0.025 0.132 0.074 0.037 0.059 0.003 33 Y 0.017 0.015 0.075 0.083 0.064 0.016 0.114 0.113 0.010 0.003 0.005 0.003 0.007 0.003 0.044 0.020 0.124 0.065 0.119 0.100 0.002 34 T 0.005 0.005 0.032 0.029 0.089 0.005 0.072 0.066 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.025 0.017 0.353 0.062 0.061 0.164 0.001 35 G 0.002 0.003 0.018 0.019 0.055 0.009 0.141 0.097 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.106 0.111 0.146 0.253 0.001 36 K 0.001 0.001 0.012 0.011 0.012 0.004 0.019 0.064 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.630 0.051 0.078 0.086 0.001 37 S 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.013 0.060 0.386 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.449 0.011 0.014 0.048 0.001 38 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.006 0.120 0.758 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.040 0.030 0.010 0.018 0.001 39 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.021 0.841 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.083 0.009 0.009 0.011 0.001 40 M 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.008 0.023 0.835 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.108 0.002 0.001 0.002 0.001 41 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.045 0.914 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 42 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.021 0.875 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.043 0.017 0.004 0.007 0.001 43 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.032 0.795 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.122 0.006 0.004 0.004 0.001 44 E 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.043 0.075 0.800 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 0.006 0.001 0.003 0.001 45 S 0.003 0.004 0.002 0.004 0.018 0.018 0.116 0.692 0.014 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.009 0.047 0.028 0.012 0.017 0.001 46 V 0.003 0.009 0.006 0.006 0.081 0.002 0.042 0.444 0.006 0.003 0.001 0.002 0.002 0.011 0.029 0.042 0.115 0.069 0.046 0.079 0.001 47 Q 0.005 0.004 0.029 0.023 0.012 0.031 0.119 0.353 0.036 0.007 0.002 0.002 0.004 0.012 0.050 0.021 0.171 0.031 0.041 0.045 0.002 48 T 0.004 0.005 0.011 0.015 0.046 0.023 0.249 0.165 0.033 0.010 0.002 0.002 0.004 0.010 0.014 0.023 0.245 0.059 0.029 0.049 0.003 49 N 0.002 0.002 0.014 0.016 0.029 0.005 0.301 0.043 0.010 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.019 0.147 0.154 0.117 0.093 0.001 50 S 0.001 0.001 0.022 0.015 0.021 0.001 0.017 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.135 0.084 0.177 0.474 0.001 51 P 0.001 0.001 0.009 0.006 0.063 0.003 0.040 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.029 0.286 0.072 0.101 0.320 0.001 52 I 0.001 0.002 0.024 0.024 0.025 0.006 0.102 0.174 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.012 0.334 0.044 0.079 0.126 0.001 53 E 0.002 0.003 0.015 0.014 0.035 0.006 0.124 0.385 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.245 0.032 0.037 0.077 0.001 54 A 0.003 0.006 0.010 0.014 0.046 0.015 0.178 0.528 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.010 0.080 0.043 0.022 0.030 0.001 55 R 0.010 0.017 0.021 0.026 0.078 0.005 0.112 0.503 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.012 0.082 0.044 0.025 0.036 0.001 56 Y 0.020 0.031 0.026 0.033 0.127 0.005 0.089 0.480 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.012 0.011 0.059 0.026 0.021 0.042 0.001 57 A 0.022 0.036 0.036 0.053 0.117 0.009 0.076 0.468 0.008 0.003 0.003 0.002 0.005 0.003 0.015 0.009 0.046 0.034 0.022 0.033 0.002 58 K 0.028 0.046 0.032 0.043 0.183 0.009 0.064 0.393 0.007 0.003 0.003 0.002 0.006 0.002 0.015 0.014 0.061 0.029 0.023 0.035 0.002 59 E 0.022 0.033 0.060 0.090 0.116 0.013 0.064 0.374 0.010 0.004 0.004 0.003 0.007 0.002 0.021 0.009 0.051 0.034 0.044 0.037 0.003 60 V 0.017 0.024 0.034 0.058 0.168 0.010 0.079 0.249 0.012 0.007 0.003 0.002 0.005 0.002 0.018 0.013 0.147 0.040 0.045 0.064 0.002 61 A 0.011 0.018 0.057 0.093 0.096 0.014 0.137 0.169 0.020 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.017 0.006 0.132 0.045 0.079 0.088 0.001 62 K 0.005 0.005 0.040 0.070 0.129 0.014 0.125 0.026 0.031 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.005 0.326 0.059 0.059 0.069 0.001 63 N 0.003 0.005 0.029 0.041 0.111 0.003 0.317 0.010 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.148 0.060 0.070 0.181 0.001 64 D 0.003 0.005 0.022 0.026 0.207 0.001 0.184 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.104 0.226 0.081 0.104 0.001 65 K 0.012 0.013 0.277 0.135 0.062 0.003 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.011 0.045 0.035 0.126 0.212 0.001 66 P 0.027 0.033 0.073 0.049 0.481 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.004 0.024 0.041 0.033 0.029 0.068 0.099 0.007 67 Y 0.078 0.093 0.163 0.120 0.128 0.001 0.016 0.009 0.001 0.001 0.021 0.017 0.043 0.022 0.152 0.041 0.015 0.009 0.030 0.020 0.022 68 F 0.210 0.186 0.109 0.107 0.073 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.034 0.034 0.067 0.031 0.051 0.027 0.007 0.004 0.012 0.012 0.021 69 N 0.173 0.243 0.030 0.045 0.272 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.027 0.026 0.056 0.026 0.021 0.035 0.004 0.005 0.005 0.005 0.016 70 L 0.224 0.268 0.051 0.082 0.085 0.001 0.005 0.023 0.001 0.001 0.018 0.030 0.059 0.030 0.073 0.017 0.008 0.003 0.005 0.005 0.013 71 K 0.206 0.299 0.044 0.067 0.140 0.002 0.015 0.043 0.001 0.001 0.015 0.013 0.038 0.019 0.045 0.014 0.013 0.007 0.005 0.007 0.008 72 A 0.141 0.141 0.080 0.217 0.157 0.006 0.029 0.015 0.025 0.013 0.012 0.009 0.025 0.008 0.023 0.014 0.019 0.012 0.034 0.017 0.004 73 A 0.052 0.051 0.054 0.070 0.216 0.002 0.079 0.008 0.011 0.006 0.003 0.003 0.010 0.007 0.078 0.027 0.234 0.018 0.024 0.044 0.003 74 N 0.014 0.030 0.032 0.068 0.100 0.003 0.360 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.004 0.031 0.018 0.069 0.091 0.044 0.116 0.003 75 H 0.015 0.023 0.023 0.014 0.308 0.001 0.087 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.031 0.159 0.028 0.148 0.062 0.080 0.003 76 Q 0.030 0.032 0.420 0.137 0.028 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.020 0.017 0.160 0.018 0.009 0.020 0.044 0.032 0.011 77 I 0.077 0.063 0.029 0.023 0.256 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.043 0.031 0.083 0.093 0.039 0.110 0.007 0.010 0.046 0.018 0.066 78 I 0.061 0.066 0.117 0.073 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.024 0.048 0.127 0.377 0.025 0.004 0.002 0.008 0.006 0.014 79 G 0.068 0.081 0.030 0.057 0.103 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.030 0.034 0.055 0.221 0.079 0.162 0.011 0.004 0.016 0.029 0.015 80 T 0.050 0.077 0.033 0.061 0.114 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.015 0.020 0.045 0.158 0.207 0.068 0.067 0.014 0.013 0.025 0.011 81 S 0.057 0.075 0.045 0.071 0.110 0.005 0.089 0.041 0.003 0.001 0.015 0.014 0.048 0.058 0.095 0.089 0.050 0.032 0.041 0.052 0.009 82 Q 0.065 0.064 0.115 0.110 0.088 0.008 0.034 0.057 0.003 0.001 0.009 0.008 0.019 0.014 0.081 0.029 0.127 0.042 0.044 0.078 0.005 83 M 0.038 0.056 0.029 0.035 0.221 0.013 0.106 0.139 0.006 0.002 0.009 0.006 0.023 0.012 0.024 0.051 0.096 0.050 0.036 0.039 0.006 84 Y 0.038 0.041 0.112 0.118 0.052 0.010 0.097 0.147 0.006 0.002 0.007 0.005 0.014 0.007 0.068 0.022 0.107 0.038 0.045 0.062 0.003 85 S 0.018 0.021 0.027 0.037 0.237 0.004 0.079 0.119 0.005 0.002 0.004 0.003 0.007 0.003 0.022 0.033 0.119 0.079 0.048 0.130 0.002 86 S 0.008 0.010 0.047 0.057 0.056 0.007 0.031 0.233 0.008 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.022 0.009 0.086 0.050 0.130 0.232 0.001 87 T 0.002 0.002 0.010 0.008 0.016 0.011 0.014 0.264 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.612 0.012 0.012 0.020 0.001 88 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.022 0.092 0.798 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.006 0.004 0.005 0.001 89 A 0.001 0.002 0.002 0.002 0.019 0.001 0.067 0.827 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 0.021 0.005 0.020 0.001 90 R 0.002 0.002 0.005 0.006 0.009 0.008 0.064 0.737 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.108 0.012 0.015 0.013 0.001 91 D 0.002 0.002 0.008 0.013 0.013 0.028 0.077 0.418 0.086 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.294 0.019 0.008 0.011 0.001 92 N 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.015 0.220 0.607 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.012 0.007 0.021 0.001 93 G 0.001 0.001 0.004 0.003 0.016 0.005 0.044 0.525 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.110 0.208 0.029 0.029 0.001 94 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.007 0.019 0.665 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.229 0.009 0.017 0.016 0.001 95 K 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.014 0.021 0.895 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.042 0.003 0.001 0.004 0.001 96 S 0.002 0.002 0.001 0.002 0.011 0.021 0.034 0.880 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.006 0.003 0.005 0.001 97 V 0.001 0.004 0.003 0.004 0.027 0.001 0.015 0.824 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.008 0.048 0.012 0.009 0.019 0.001 98 M 0.002 0.002 0.005 0.006 0.006 0.022 0.095 0.681 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.110 0.006 0.007 0.008 0.001 99 E 0.002 0.003 0.007 0.010 0.010 0.051 0.211 0.409 0.065 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.154 0.023 0.010 0.015 0.001 100 N 0.001 0.001 0.002 0.004 0.026 0.008 0.504 0.092 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.174 0.085 0.028 0.035 0.001 101 G 0.001 0.001 0.020 0.014 0.022 0.004 0.119 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.100 0.201 0.238 0.218 0.001 102 K 0.001 0.001 0.017 0.009 0.054 0.004 0.058 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.021 0.309 0.109 0.100 0.275 0.001 103 T 0.002 0.002 0.025 0.025 0.061 0.009 0.171 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.024 0.101 0.103 0.233 0.175 0.001 104 T 0.003 0.003 0.054 0.031 0.060 0.004 0.055 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.062 0.046 0.218 0.075 0.159 0.191 0.001 105 T 0.004 0.009 0.037 0.033 0.168 0.005 0.069 0.055 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.038 0.081 0.069 0.079 0.143 0.191 0.002 106 I 0.008 0.009 0.032 0.037 0.135 0.003 0.075 0.077 0.002 0.001 0.004 0.004 0.007 0.014 0.112 0.118 0.125 0.055 0.096 0.083 0.003 107 K 0.016 0.022 0.123 0.105 0.069 0.008 0.133 0.092 0.002 0.001 0.005 0.003 0.011 0.009 0.123 0.026 0.113 0.034 0.040 0.060 0.003 108 D 0.013 0.015 0.035 0.082 0.213 0.014 0.099 0.047 0.008 0.003 0.007 0.004 0.010 0.005 0.020 0.056 0.043 0.077 0.146 0.098 0.002 109 L 0.008 0.010 0.055 0.061 0.129 0.002 0.053 0.024 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.096 0.030 0.266 0.058 0.079 0.111 0.001 110 T 0.007 0.009 0.044 0.055 0.093 0.008 0.153 0.040 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.031 0.026 0.111 0.074 0.125 0.211 0.001