# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.016 0.446 0.007 0.031 0.014 0.001 0.001 0.005 0.210 0.142 0.041 0.077 2 S 0.018 0.008 0.407 0.031 0.026 0.008 0.001 0.001 0.005 0.146 0.193 0.051 0.105 3 G 0.045 0.007 0.193 0.037 0.029 0.016 0.001 0.001 0.008 0.144 0.283 0.146 0.091 4 W 0.196 0.005 0.087 0.014 0.010 0.006 0.007 0.001 0.009 0.015 0.040 0.049 0.561 5 Y 0.476 0.003 0.022 0.010 0.002 0.004 0.025 0.001 0.008 0.003 0.002 0.321 0.122 6 E 0.647 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.035 0.001 0.005 0.001 0.001 0.145 0.153 7 L 0.588 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.032 0.001 0.003 0.001 0.001 0.091 0.266 8 S 0.368 0.002 0.014 0.027 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.002 0.002 0.363 0.201 9 K 0.165 0.006 0.043 0.008 0.002 0.002 0.005 0.001 0.006 0.015 0.010 0.126 0.611 10 S 0.022 0.008 0.352 0.014 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.056 0.039 0.243 0.256 11 S 0.004 0.003 0.068 0.009 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.139 0.686 0.027 0.040 12 N 0.001 0.001 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.876 0.007 0.002 13 D 0.006 0.009 0.075 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.467 0.392 0.016 0.025 14 Q 0.068 0.019 0.326 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.078 0.044 0.159 0.268 15 F 0.314 0.007 0.036 0.020 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.004 0.005 0.166 0.428 16 K 0.686 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.117 0.153 17 F 0.765 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.058 18 V 0.811 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.116 19 L 0.693 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.172 0.104 20 K 0.425 0.002 0.017 0.012 0.001 0.003 0.009 0.001 0.006 0.004 0.005 0.114 0.401 21 A 0.127 0.006 0.071 0.070 0.020 0.011 0.006 0.001 0.005 0.048 0.205 0.141 0.290 22 G 0.027 0.004 0.043 0.038 0.019 0.007 0.001 0.001 0.002 0.183 0.562 0.089 0.026 23 N 0.008 0.003 0.061 0.016 0.011 0.005 0.001 0.001 0.002 0.242 0.612 0.012 0.028 24 G 0.023 0.010 0.241 0.037 0.013 0.011 0.002 0.001 0.007 0.221 0.322 0.044 0.069 25 E 0.167 0.024 0.149 0.025 0.007 0.016 0.045 0.010 0.041 0.046 0.014 0.234 0.221 26 V 0.426 0.008 0.014 0.007 0.002 0.007 0.117 0.034 0.030 0.003 0.002 0.107 0.243 27 I 0.402 0.006 0.016 0.036 0.002 0.008 0.139 0.057 0.029 0.002 0.003 0.181 0.119 28 L 0.300 0.005 0.042 0.052 0.005 0.014 0.115 0.043 0.038 0.011 0.010 0.206 0.159 29 T 0.264 0.006 0.120 0.035 0.011 0.030 0.039 0.020 0.062 0.043 0.037 0.115 0.219 30 S 0.115 0.011 0.240 0.050 0.043 0.060 0.014 0.008 0.042 0.123 0.077 0.114 0.103 31 E 0.054 0.017 0.223 0.021 0.094 0.069 0.008 0.003 0.019 0.135 0.169 0.094 0.094 32 L 0.029 0.023 0.257 0.010 0.097 0.089 0.005 0.002 0.011 0.135 0.200 0.033 0.108 33 Y 0.023 0.021 0.325 0.010 0.066 0.130 0.003 0.001 0.011 0.166 0.154 0.052 0.038 34 T 0.010 0.026 0.292 0.004 0.048 0.133 0.001 0.001 0.008 0.230 0.169 0.020 0.057 35 G 0.003 0.015 0.398 0.003 0.026 0.192 0.001 0.001 0.004 0.206 0.114 0.012 0.026 36 K 0.001 0.005 0.137 0.002 0.057 0.646 0.001 0.001 0.001 0.090 0.051 0.004 0.007 37 S 0.001 0.003 0.031 0.001 0.114 0.721 0.001 0.001 0.001 0.033 0.090 0.001 0.004 38 G 0.001 0.001 0.019 0.001 0.102 0.794 0.001 0.001 0.001 0.013 0.067 0.001 0.001 39 A 0.001 0.003 0.014 0.001 0.029 0.917 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.001 0.002 40 M 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.944 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.001 0.001 41 N 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.932 0.001 0.001 0.001 0.004 0.046 0.001 0.001 42 G 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 43 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 44 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 45 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.003 46 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.004 47 Q 0.001 0.001 0.011 0.002 0.078 0.844 0.001 0.001 0.001 0.005 0.049 0.004 0.004 48 T 0.001 0.001 0.014 0.001 0.055 0.746 0.001 0.001 0.003 0.009 0.161 0.002 0.006 49 N 0.001 0.006 0.087 0.003 0.028 0.379 0.001 0.001 0.004 0.088 0.388 0.007 0.009 50 S 0.001 0.009 0.528 0.001 0.009 0.071 0.001 0.001 0.002 0.244 0.111 0.015 0.008 51 P 0.001 0.005 0.713 0.001 0.010 0.082 0.001 0.001 0.001 0.097 0.077 0.003 0.011 52 I 0.001 0.011 0.397 0.004 0.066 0.203 0.001 0.001 0.004 0.151 0.146 0.009 0.009 53 E 0.001 0.005 0.245 0.005 0.135 0.362 0.001 0.001 0.004 0.066 0.143 0.005 0.027 54 A 0.004 0.007 0.147 0.007 0.145 0.499 0.001 0.001 0.009 0.040 0.076 0.013 0.052 55 R 0.020 0.009 0.080 0.007 0.070 0.581 0.003 0.001 0.011 0.019 0.037 0.050 0.112 56 Y 0.045 0.008 0.052 0.011 0.033 0.559 0.005 0.001 0.015 0.011 0.031 0.049 0.179 57 A 0.089 0.005 0.052 0.021 0.022 0.495 0.005 0.001 0.009 0.012 0.039 0.126 0.125 58 K 0.136 0.006 0.049 0.019 0.020 0.356 0.005 0.001 0.008 0.019 0.042 0.071 0.268 59 E 0.136 0.008 0.078 0.021 0.016 0.213 0.005 0.001 0.007 0.020 0.039 0.248 0.208 60 V 0.078 0.016 0.099 0.018 0.034 0.137 0.003 0.001 0.006 0.024 0.060 0.088 0.435 61 A 0.020 0.013 0.302 0.021 0.032 0.075 0.002 0.001 0.004 0.049 0.166 0.160 0.154 62 K 0.006 0.006 0.077 0.009 0.046 0.050 0.001 0.001 0.002 0.089 0.649 0.033 0.034 63 N 0.001 0.003 0.027 0.002 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.086 0.846 0.013 0.008 64 D 0.005 0.014 0.206 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.331 0.374 0.021 0.034 65 K 0.008 0.012 0.399 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.163 0.030 0.326 0.041 66 P 0.022 0.015 0.209 0.019 0.006 0.007 0.003 0.001 0.009 0.033 0.054 0.022 0.601 67 Y 0.174 0.008 0.121 0.112 0.007 0.013 0.014 0.002 0.016 0.014 0.021 0.371 0.129 68 F 0.467 0.003 0.025 0.009 0.001 0.006 0.044 0.002 0.013 0.005 0.002 0.194 0.226 69 N 0.506 0.002 0.009 0.004 0.001 0.003 0.054 0.002 0.005 0.001 0.001 0.096 0.315 70 L 0.426 0.005 0.014 0.024 0.002 0.009 0.026 0.003 0.011 0.003 0.002 0.290 0.187 71 K 0.166 0.008 0.058 0.030 0.008 0.020 0.016 0.003 0.013 0.012 0.012 0.117 0.537 72 A 0.132 0.011 0.109 0.034 0.060 0.042 0.008 0.002 0.011 0.047 0.116 0.161 0.266 73 A 0.036 0.006 0.058 0.076 0.043 0.029 0.002 0.001 0.007 0.114 0.501 0.085 0.041 74 N 0.005 0.002 0.036 0.018 0.013 0.007 0.001 0.001 0.002 0.146 0.748 0.014 0.009 75 H 0.016 0.010 0.408 0.019 0.018 0.010 0.002 0.001 0.007 0.230 0.172 0.028 0.078 76 Q 0.075 0.030 0.281 0.015 0.007 0.015 0.024 0.011 0.071 0.077 0.017 0.262 0.115 77 I 0.190 0.025 0.084 0.010 0.005 0.014 0.105 0.045 0.071 0.017 0.014 0.094 0.327 78 I 0.141 0.018 0.138 0.090 0.005 0.017 0.100 0.057 0.075 0.022 0.019 0.194 0.125 79 G 0.106 0.008 0.232 0.041 0.007 0.032 0.035 0.022 0.078 0.072 0.025 0.202 0.140 80 T 0.067 0.010 0.232 0.022 0.023 0.085 0.026 0.011 0.057 0.083 0.069 0.056 0.258 81 S 0.063 0.017 0.205 0.049 0.074 0.176 0.012 0.008 0.042 0.093 0.090 0.094 0.078 82 Q 0.057 0.014 0.142 0.020 0.113 0.246 0.009 0.003 0.017 0.077 0.123 0.077 0.102 83 M 0.040 0.017 0.157 0.010 0.097 0.298 0.008 0.003 0.014 0.063 0.134 0.028 0.131 84 Y 0.032 0.013 0.129 0.010 0.050 0.476 0.003 0.002 0.009 0.071 0.119 0.053 0.034 85 S 0.023 0.011 0.128 0.005 0.029 0.535 0.001 0.001 0.005 0.109 0.092 0.018 0.043 86 S 0.008 0.005 0.132 0.004 0.022 0.638 0.001 0.001 0.002 0.084 0.075 0.010 0.019 87 T 0.003 0.002 0.030 0.002 0.039 0.831 0.001 0.001 0.001 0.025 0.056 0.002 0.008 88 A 0.002 0.002 0.017 0.002 0.052 0.837 0.001 0.001 0.001 0.013 0.067 0.002 0.007 89 A 0.002 0.002 0.019 0.001 0.092 0.784 0.001 0.001 0.001 0.011 0.081 0.002 0.006 90 R 0.001 0.002 0.014 0.001 0.039 0.859 0.001 0.001 0.001 0.012 0.066 0.001 0.004 91 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.027 0.891 0.001 0.001 0.001 0.011 0.057 0.001 0.001 92 N 0.001 0.002 0.013 0.001 0.024 0.734 0.001 0.001 0.001 0.029 0.196 0.001 0.001 93 G 0.001 0.007 0.071 0.001 0.015 0.753 0.001 0.001 0.001 0.031 0.117 0.001 0.003 94 I 0.001 0.002 0.042 0.001 0.004 0.923 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.001 0.001 96 S 0.001 0.001 0.008 0.001 0.029 0.935 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.001 0.006 97 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 98 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.134 0.834 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.002 99 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.076 0.797 0.001 0.001 0.001 0.003 0.116 0.001 0.002 100 N 0.001 0.003 0.024 0.002 0.029 0.410 0.001 0.001 0.002 0.031 0.493 0.002 0.003 101 G 0.001 0.012 0.427 0.002 0.024 0.128 0.001 0.001 0.003 0.205 0.177 0.012 0.010 102 K 0.001 0.005 0.548 0.002 0.009 0.059 0.001 0.001 0.006 0.171 0.185 0.006 0.008 103 T 0.001 0.013 0.384 0.004 0.032 0.045 0.001 0.001 0.011 0.218 0.277 0.006 0.009 104 T 0.002 0.016 0.570 0.007 0.038 0.051 0.002 0.002 0.034 0.173 0.068 0.014 0.023 105 T 0.009 0.031 0.395 0.006 0.048 0.052 0.011 0.015 0.193 0.075 0.031 0.049 0.085 106 I 0.010 0.045 0.234 0.015 0.144 0.116 0.028 0.019 0.124 0.035 0.054 0.028 0.149 107 K 0.015 0.021 0.201 0.032 0.100 0.117 0.019 0.019 0.127 0.063 0.062 0.177 0.048 108 D 0.016 0.029 0.330 0.008 0.070 0.075 0.006 0.006 0.058 0.114 0.070 0.032 0.185 109 L 0.005 0.029 0.538 0.012 0.026 0.051 0.002 0.002 0.031 0.170 0.065 0.034 0.035 110 T 0.001 0.004 0.807 0.002 0.008 0.013 0.001 0.001 0.006 0.105 0.019 0.019 0.015