# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.061 0.076 0.101 0.066 0.055 0.127 0.014 0.026 0.010 0.067 0.058 0.143 0.109 0.011 0.040 2 S 0.043 0.153 0.207 0.150 0.003 0.034 0.011 0.117 0.008 0.003 0.014 0.033 0.082 0.003 0.118 0.021 3 G 0.030 0.039 0.170 0.235 0.007 0.100 0.019 0.005 0.088 0.062 0.043 0.014 0.077 0.008 0.003 0.101 4 W 0.241 0.129 0.214 0.323 0.003 0.017 0.004 0.005 0.003 0.001 0.017 0.016 0.015 0.002 0.005 0.006 5 Y 0.006 0.024 0.188 0.751 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.006 6 E 0.005 0.006 0.138 0.806 0.005 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 7 L 0.003 0.021 0.022 0.901 0.006 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 8 S 0.001 0.084 0.023 0.770 0.010 0.089 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 9 K 0.004 0.056 0.046 0.728 0.018 0.094 0.002 0.008 0.003 0.001 0.025 0.005 0.006 0.001 0.001 0.003 10 S 0.006 0.015 0.013 0.025 0.260 0.560 0.017 0.006 0.002 0.002 0.051 0.026 0.009 0.006 0.001 0.001 11 S 0.004 0.063 0.010 0.015 0.209 0.021 0.050 0.078 0.002 0.001 0.449 0.025 0.009 0.051 0.010 0.002 12 N 0.004 0.063 0.010 0.009 0.002 0.009 0.007 0.185 0.029 0.014 0.015 0.174 0.011 0.003 0.453 0.013 13 D 0.035 0.027 0.094 0.015 0.001 0.011 0.014 0.007 0.198 0.034 0.034 0.019 0.061 0.004 0.024 0.423 14 Q 0.591 0.078 0.223 0.046 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.036 15 F 0.049 0.005 0.802 0.094 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 16 K 0.003 0.062 0.292 0.638 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.007 0.039 0.942 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.002 0.002 0.955 0.010 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.001 0.037 0.006 0.572 0.318 0.043 0.001 0.010 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.003 0.019 0.004 0.128 0.351 0.310 0.005 0.132 0.004 0.004 0.027 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 22 G 0.001 0.031 0.006 0.013 0.615 0.031 0.051 0.073 0.012 0.033 0.085 0.009 0.002 0.034 0.002 0.002 23 N 0.022 0.077 0.007 0.029 0.001 0.008 0.001 0.585 0.027 0.008 0.014 0.019 0.002 0.001 0.196 0.003 24 G 0.035 0.028 0.075 0.045 0.001 0.010 0.002 0.001 0.539 0.076 0.018 0.016 0.007 0.001 0.001 0.145 25 E 0.732 0.016 0.171 0.071 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 V 0.008 0.008 0.546 0.328 0.001 0.100 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 27 I 0.002 0.030 0.053 0.888 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 28 L 0.001 0.010 0.007 0.903 0.035 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 29 T 0.002 0.066 0.044 0.735 0.018 0.080 0.001 0.026 0.002 0.001 0.012 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 30 S 0.005 0.017 0.013 0.176 0.026 0.609 0.003 0.012 0.011 0.022 0.042 0.034 0.027 0.001 0.001 0.001 31 E 0.016 0.120 0.021 0.116 0.015 0.068 0.003 0.023 0.004 0.002 0.486 0.059 0.056 0.002 0.005 0.004 32 L 0.009 0.194 0.035 0.263 0.005 0.028 0.006 0.011 0.018 0.005 0.033 0.321 0.043 0.002 0.010 0.019 33 Y 0.017 0.014 0.152 0.056 0.040 0.068 0.204 0.004 0.005 0.006 0.020 0.037 0.293 0.044 0.012 0.029 34 T 0.013 0.062 0.146 0.123 0.004 0.052 0.009 0.110 0.002 0.001 0.069 0.029 0.294 0.003 0.056 0.028 35 G 0.012 0.016 0.011 0.038 0.003 0.231 0.008 0.005 0.037 0.093 0.067 0.102 0.342 0.004 0.004 0.028 36 K 0.015 0.008 0.004 0.004 0.012 0.039 0.017 0.002 0.001 0.001 0.429 0.047 0.368 0.049 0.002 0.002 37 S 0.001 0.023 0.006 0.006 0.001 0.004 0.003 0.011 0.001 0.001 0.063 0.521 0.309 0.004 0.043 0.003 38 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.006 0.064 0.871 0.002 0.006 0.031 39 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.963 0.004 0.001 0.002 40 M 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.008 0.039 0.858 0.060 0.009 0.003 41 N 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.887 0.002 0.040 0.026 42 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.967 0.001 0.001 0.017 43 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.982 0.002 0.001 0.001 44 E 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.965 0.001 0.002 0.001 45 S 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.974 0.003 0.001 0.005 46 V 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.970 0.002 0.003 0.004 47 Q 0.001 0.003 0.007 0.008 0.004 0.005 0.080 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.737 0.131 0.003 0.013 48 T 0.006 0.012 0.024 0.025 0.004 0.009 0.028 0.027 0.001 0.001 0.014 0.004 0.533 0.081 0.193 0.038 49 N 0.008 0.061 0.100 0.037 0.001 0.006 0.013 0.006 0.036 0.006 0.006 0.012 0.090 0.012 0.040 0.566 50 S 0.423 0.018 0.230 0.035 0.003 0.057 0.020 0.004 0.004 0.005 0.010 0.009 0.095 0.004 0.023 0.061 51 P 0.049 0.040 0.139 0.025 0.008 0.375 0.009 0.007 0.002 0.003 0.194 0.021 0.101 0.006 0.004 0.019 52 I 0.012 0.154 0.017 0.066 0.004 0.120 0.004 0.010 0.004 0.001 0.290 0.251 0.056 0.004 0.005 0.004 53 E 0.008 0.087 0.069 0.088 0.001 0.043 0.008 0.005 0.005 0.001 0.104 0.385 0.163 0.002 0.015 0.015 54 A 0.010 0.022 0.160 0.079 0.001 0.057 0.010 0.001 0.004 0.001 0.049 0.144 0.414 0.003 0.005 0.041 55 R 0.013 0.030 0.146 0.119 0.002 0.031 0.010 0.002 0.001 0.001 0.029 0.076 0.516 0.003 0.004 0.016 56 Y 0.005 0.026 0.099 0.235 0.002 0.045 0.007 0.002 0.002 0.001 0.022 0.034 0.488 0.004 0.006 0.023 57 A 0.006 0.027 0.103 0.329 0.004 0.079 0.008 0.003 0.003 0.001 0.020 0.020 0.364 0.005 0.004 0.025 58 K 0.011 0.050 0.069 0.378 0.001 0.050 0.004 0.004 0.002 0.001 0.027 0.027 0.351 0.002 0.006 0.016 59 E 0.010 0.052 0.082 0.387 0.005 0.090 0.008 0.002 0.004 0.001 0.027 0.029 0.275 0.004 0.003 0.021 60 V 0.016 0.063 0.131 0.297 0.016 0.099 0.015 0.009 0.002 0.001 0.053 0.032 0.236 0.008 0.009 0.013 61 A 0.004 0.034 0.034 0.050 0.165 0.264 0.069 0.012 0.004 0.003 0.056 0.045 0.173 0.064 0.011 0.013 62 K 0.008 0.053 0.018 0.019 0.129 0.023 0.131 0.069 0.004 0.001 0.163 0.024 0.056 0.234 0.048 0.020 63 N 0.007 0.027 0.022 0.012 0.002 0.007 0.008 0.145 0.023 0.008 0.013 0.033 0.028 0.005 0.629 0.032 64 D 0.035 0.050 0.118 0.020 0.001 0.003 0.006 0.002 0.151 0.010 0.005 0.005 0.014 0.002 0.006 0.571 65 K 0.805 0.010 0.130 0.029 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.008 66 P 0.022 0.011 0.717 0.067 0.001 0.167 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 67 Y 0.003 0.197 0.029 0.754 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.002 0.004 0.012 0.975 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 N 0.001 0.007 0.127 0.844 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.004 0.004 0.949 0.003 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.001 0.047 0.014 0.779 0.055 0.078 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 72 A 0.001 0.005 0.002 0.106 0.768 0.063 0.007 0.011 0.001 0.001 0.022 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 73 A 0.001 0.042 0.011 0.032 0.302 0.050 0.043 0.353 0.005 0.006 0.062 0.025 0.008 0.038 0.020 0.002 74 N 0.005 0.028 0.010 0.026 0.005 0.025 0.009 0.305 0.122 0.099 0.059 0.033 0.028 0.005 0.222 0.020 75 H 0.117 0.103 0.060 0.036 0.002 0.009 0.005 0.012 0.306 0.024 0.036 0.038 0.020 0.002 0.011 0.218 76 Q 0.640 0.014 0.252 0.055 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.002 0.014 77 I 0.025 0.003 0.743 0.044 0.010 0.150 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 78 I 0.004 0.237 0.078 0.612 0.004 0.023 0.002 0.016 0.001 0.001 0.009 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 79 G 0.002 0.012 0.007 0.731 0.076 0.101 0.007 0.004 0.009 0.015 0.012 0.010 0.010 0.002 0.001 0.002 80 T 0.023 0.071 0.134 0.446 0.015 0.109 0.002 0.058 0.004 0.002 0.077 0.027 0.027 0.001 0.003 0.002 81 S 0.005 0.026 0.018 0.191 0.008 0.366 0.003 0.009 0.024 0.033 0.070 0.173 0.067 0.001 0.002 0.003 82 Q 0.023 0.098 0.044 0.154 0.010 0.062 0.005 0.008 0.004 0.002 0.328 0.099 0.149 0.003 0.004 0.009 83 M 0.011 0.100 0.058 0.193 0.006 0.048 0.012 0.008 0.008 0.003 0.049 0.322 0.147 0.006 0.009 0.020 84 Y 0.008 0.021 0.157 0.067 0.004 0.094 0.033 0.005 0.003 0.002 0.027 0.043 0.489 0.006 0.017 0.025 85 S 0.010 0.067 0.101 0.146 0.002 0.064 0.006 0.010 0.003 0.002 0.086 0.043 0.411 0.002 0.008 0.039 86 S 0.016 0.018 0.015 0.039 0.002 0.254 0.008 0.002 0.005 0.003 0.059 0.111 0.452 0.005 0.002 0.009 87 T 0.006 0.013 0.013 0.017 0.002 0.027 0.004 0.002 0.001 0.001 0.356 0.054 0.491 0.008 0.003 0.004 88 A 0.001 0.018 0.008 0.012 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.025 0.377 0.524 0.005 0.011 0.007 89 A 0.001 0.002 0.011 0.004 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.910 0.004 0.009 0.018 90 R 0.002 0.002 0.009 0.003 0.002 0.013 0.028 0.002 0.001 0.001 0.016 0.010 0.863 0.029 0.007 0.014 91 D 0.001 0.004 0.006 0.002 0.009 0.004 0.079 0.004 0.001 0.001 0.030 0.014 0.260 0.556 0.019 0.009 92 N 0.005 0.011 0.022 0.014 0.001 0.003 0.003 0.027 0.003 0.001 0.014 0.057 0.291 0.003 0.481 0.065 93 G 0.012 0.001 0.014 0.003 0.001 0.007 0.003 0.001 0.012 0.017 0.007 0.019 0.661 0.001 0.001 0.241 94 I 0.039 0.002 0.005 0.003 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.062 0.012 0.856 0.004 0.001 0.001 95 K 0.001 0.142 0.019 0.038 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.132 0.645 0.002 0.005 0.003 96 S 0.001 0.001 0.007 0.024 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.923 0.003 0.002 0.009 97 V 0.001 0.001 0.013 0.006 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.948 0.002 0.002 0.003 98 M 0.001 0.008 0.005 0.019 0.009 0.012 0.055 0.003 0.001 0.001 0.005 0.014 0.781 0.073 0.006 0.006 99 E 0.002 0.006 0.007 0.011 0.032 0.003 0.104 0.010 0.001 0.001 0.012 0.003 0.199 0.545 0.050 0.014 100 N 0.007 0.023 0.046 0.020 0.002 0.004 0.010 0.067 0.016 0.003 0.003 0.008 0.074 0.013 0.480 0.225 101 G 0.105 0.008 0.094 0.020 0.003 0.023 0.023 0.003 0.057 0.082 0.007 0.006 0.114 0.012 0.019 0.425 102 K 0.474 0.087 0.086 0.035 0.002 0.061 0.006 0.009 0.003 0.003 0.077 0.017 0.096 0.004 0.012 0.029 103 T 0.031 0.230 0.173 0.215 0.002 0.100 0.004 0.005 0.017 0.002 0.047 0.090 0.050 0.002 0.003 0.028 104 T 0.028 0.047 0.434 0.351 0.003 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.019 0.032 0.046 0.001 0.004 0.007 105 T 0.005 0.047 0.177 0.348 0.005 0.192 0.010 0.002 0.002 0.001 0.021 0.051 0.119 0.001 0.001 0.017 106 I 0.008 0.014 0.050 0.250 0.045 0.208 0.027 0.007 0.002 0.001 0.121 0.024 0.225 0.011 0.002 0.004 107 K 0.003 0.378 0.045 0.231 0.005 0.031 0.005 0.030 0.003 0.002 0.025 0.121 0.098 0.004 0.013 0.008 108 D 0.009 0.024 0.033 0.161 0.012 0.234 0.017 0.005 0.035 0.006 0.032 0.048 0.307 0.005 0.009 0.063 109 L 0.048 0.044 0.202 0.055 0.031 0.034 0.049 0.013 0.004 0.002 0.161 0.037 0.232 0.043 0.009 0.034 110 T 0.022 0.135 0.085 0.066 0.013 0.141 0.027 0.073 0.007 0.005 0.026 0.117 0.149 0.018 0.098 0.019