# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.110 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.052 0.131 0.595 2 S 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.023 0.182 0.708 3 G 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.506 0.060 0.096 0.309 4 W 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.505 0.086 0.085 0.277 5 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.002 0.836 0.026 0.019 0.099 6 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.007 0.007 0.851 0.054 0.011 0.035 7 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.050 0.152 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.518 0.048 0.028 0.170 8 S 0.006 0.003 0.001 0.001 0.051 0.270 0.068 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.368 0.076 0.035 0.113 9 K 0.020 0.001 0.007 0.002 0.222 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.078 0.086 0.430 10 S 0.423 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.071 0.053 0.411 11 S 0.131 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.076 0.091 0.674 12 N 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.020 0.172 0.768 13 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.037 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.322 0.031 0.091 0.315 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.409 0.123 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.096 0.016 0.047 0.098 15 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.075 0.007 0.138 0.054 0.014 0.004 0.563 0.019 0.020 0.098 16 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.321 0.210 0.026 0.247 0.010 0.006 0.025 17 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.103 0.026 0.776 0.017 0.004 0.023 18 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.825 0.045 0.006 0.041 19 L 0.004 0.002 0.002 0.002 0.135 0.134 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.591 0.038 0.015 0.045 20 K 0.021 0.001 0.007 0.002 0.117 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.519 0.066 0.040 0.221 21 A 0.437 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.048 0.049 0.349 22 G 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.050 0.116 0.727 23 N 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.022 0.149 0.750 24 G 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.030 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.076 0.089 0.364 25 E 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.201 0.060 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.226 0.115 0.052 0.158 26 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.029 0.005 0.172 0.057 0.013 0.005 0.458 0.075 0.033 0.135 27 I 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.234 0.126 0.018 0.352 0.046 0.024 0.097 28 L 0.024 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.044 0.015 0.600 0.065 0.043 0.150 29 T 0.042 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.451 0.137 0.081 0.260 30 S 0.259 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.205 0.100 0.212 31 E 0.032 0.033 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.274 0.097 0.171 0.381 32 L 0.049 0.046 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.058 0.141 0.539 33 Y 0.138 0.059 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.293 0.113 0.226 34 T 0.006 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.216 0.176 0.472 35 G 0.031 0.702 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.053 0.033 0.166 36 K 0.040 0.890 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.007 0.028 37 S 0.020 0.281 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.573 0.023 0.086 38 G 0.032 0.605 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.261 0.017 0.054 39 A 0.066 0.842 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.008 0.031 40 M 0.040 0.792 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.014 0.109 41 N 0.022 0.529 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.111 0.045 0.263 42 G 0.038 0.597 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.155 0.046 0.130 43 I 0.146 0.569 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.088 0.039 0.126 44 E 0.056 0.205 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.162 0.057 0.402 45 S 0.035 0.116 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.401 0.066 0.241 46 V 0.150 0.048 0.010 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.253 0.092 0.354 47 Q 0.319 0.018 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.066 0.082 0.447 48 T 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.015 0.111 0.827 49 N 0.019 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.023 0.154 0.748 50 S 0.121 0.226 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.074 0.123 0.426 51 P 0.090 0.274 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.048 0.093 0.473 52 I 0.104 0.497 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.044 0.053 0.268 53 E 0.085 0.466 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.058 0.064 0.273 54 A 0.039 0.570 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.057 0.043 0.052 0.218 55 R 0.045 0.412 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.100 0.084 0.058 0.272 56 Y 0.044 0.448 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.145 0.076 0.049 0.215 57 A 0.057 0.333 0.007 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.128 0.111 0.056 0.291 58 K 0.044 0.178 0.008 0.003 0.002 0.009 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.125 0.072 0.387 59 E 0.062 0.083 0.018 0.004 0.012 0.028 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.242 0.074 0.380 60 V 0.078 0.012 0.064 0.004 0.090 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.185 0.074 0.445 61 A 0.301 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.032 0.048 0.597 62 K 0.140 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.030 0.060 0.756 63 N 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.125 0.843 64 D 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.022 0.139 0.730 65 K 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.037 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.088 0.033 0.184 0.538 66 P 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.022 0.004 0.024 0.020 0.006 0.002 0.568 0.036 0.048 0.249 67 Y 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.117 0.091 0.048 0.012 0.406 0.039 0.047 0.210 68 F 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.068 0.013 0.759 0.021 0.012 0.076 69 N 0.010 0.020 0.001 0.001 0.003 0.024 0.046 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.009 0.700 0.071 0.016 0.081 70 L 0.007 0.007 0.009 0.003 0.141 0.050 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.502 0.118 0.022 0.121 71 K 0.088 0.002 0.029 0.003 0.250 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 0.117 0.035 0.193 72 A 0.422 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.040 0.037 0.434 73 A 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.039 0.081 0.776 74 N 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.013 0.129 0.814 75 H 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.061 0.113 0.542 76 Q 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.158 0.052 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.167 0.077 0.059 0.222 77 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.015 0.004 0.148 0.081 0.011 0.005 0.353 0.075 0.051 0.239 78 I 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.228 0.088 0.009 0.276 0.044 0.047 0.163 79 G 0.043 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.043 0.013 0.451 0.104 0.062 0.199 80 T 0.059 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.294 0.132 0.110 0.333 81 S 0.112 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.149 0.128 0.271 82 Q 0.055 0.088 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.289 0.214 0.094 0.253 83 M 0.032 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.424 0.068 0.218 84 Y 0.027 0.329 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.168 0.075 0.245 85 S 0.018 0.473 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.089 0.065 0.292 86 S 0.046 0.760 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.100 0.016 0.062 87 T 0.057 0.834 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.011 0.030 88 A 0.021 0.360 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.490 0.021 0.092 89 A 0.064 0.295 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.452 0.022 0.102 90 R 0.230 0.551 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.026 0.152 91 D 0.057 0.588 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.030 0.294 92 N 0.012 0.417 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.110 0.090 0.345 93 G 0.016 0.736 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.120 0.029 0.082 94 I 0.033 0.892 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.009 0.042 95 K 0.022 0.843 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.016 0.010 0.085 96 S 0.052 0.525 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.221 0.029 0.121 97 V 0.222 0.180 0.036 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.280 0.047 0.196 98 M 0.321 0.031 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.090 0.064 0.449 99 E 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 0.066 0.856 100 N 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.067 0.158 0.704 101 G 0.080 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.134 0.154 0.595 102 K 0.039 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.047 0.106 0.732 103 T 0.033 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.018 0.106 0.790 104 T 0.011 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.211 0.051 0.127 0.551 105 T 0.107 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.005 0.003 0.005 0.004 0.250 0.122 0.084 0.351 106 I 0.137 0.015 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.178 0.155 0.075 0.414 107 K 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.411 0.084 0.083 0.381 108 D 0.063 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.059 0.104 0.601 109 L 0.036 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.046 0.126 0.609 110 T 0.092 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.075 0.141 0.556