# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.041 0.004 0.021 0.040 0.056 0.088 0.006 0.001 0.048 0.610 2 S 0.018 0.025 0.001 0.019 0.083 0.107 0.119 0.002 0.001 0.051 0.574 3 G 0.014 0.032 0.001 0.041 0.160 0.376 0.070 0.002 0.001 0.050 0.253 4 W 0.006 0.013 0.001 0.039 0.308 0.333 0.050 0.001 0.001 0.038 0.210 5 Y 0.004 0.006 0.001 0.040 0.315 0.478 0.027 0.001 0.001 0.036 0.093 6 E 0.005 0.005 0.001 0.049 0.351 0.395 0.028 0.001 0.001 0.039 0.126 7 L 0.006 0.003 0.001 0.066 0.329 0.403 0.025 0.001 0.001 0.040 0.126 8 S 0.015 0.003 0.001 0.063 0.208 0.363 0.071 0.001 0.001 0.058 0.215 9 K 0.036 0.010 0.003 0.033 0.110 0.164 0.107 0.002 0.001 0.041 0.492 10 S 0.377 0.010 0.003 0.013 0.035 0.058 0.084 0.005 0.001 0.062 0.351 11 S 0.194 0.010 0.001 0.007 0.013 0.019 0.098 0.002 0.001 0.029 0.627 12 N 0.022 0.007 0.001 0.006 0.015 0.028 0.127 0.001 0.001 0.030 0.765 13 D 0.007 0.007 0.001 0.016 0.079 0.156 0.138 0.001 0.001 0.046 0.549 14 Q 0.003 0.005 0.001 0.023 0.214 0.435 0.046 0.001 0.001 0.030 0.243 15 F 0.001 0.002 0.001 0.019 0.339 0.540 0.020 0.001 0.001 0.013 0.064 16 K 0.001 0.005 0.001 0.042 0.461 0.427 0.011 0.001 0.001 0.011 0.043 17 F 0.001 0.003 0.001 0.035 0.296 0.627 0.007 0.001 0.001 0.010 0.021 18 V 0.002 0.008 0.001 0.056 0.335 0.532 0.013 0.001 0.001 0.016 0.038 19 L 0.005 0.006 0.002 0.044 0.340 0.504 0.014 0.001 0.001 0.031 0.053 20 K 0.048 0.010 0.005 0.039 0.211 0.338 0.091 0.002 0.002 0.095 0.158 21 A 0.208 0.014 0.005 0.038 0.080 0.157 0.073 0.004 0.002 0.065 0.354 22 G 0.143 0.006 0.001 0.025 0.049 0.069 0.105 0.002 0.001 0.034 0.566 23 N 0.005 0.005 0.001 0.016 0.036 0.098 0.086 0.001 0.001 0.019 0.735 24 G 0.002 0.004 0.001 0.034 0.168 0.284 0.106 0.001 0.001 0.037 0.365 25 E 0.002 0.001 0.001 0.056 0.231 0.520 0.033 0.001 0.001 0.083 0.075 26 V 0.001 0.002 0.001 0.080 0.386 0.273 0.046 0.001 0.001 0.066 0.145 27 I 0.002 0.003 0.001 0.200 0.316 0.292 0.028 0.001 0.001 0.067 0.091 28 L 0.006 0.013 0.001 0.153 0.232 0.389 0.030 0.001 0.001 0.043 0.133 29 T 0.058 0.090 0.001 0.058 0.127 0.264 0.056 0.003 0.001 0.048 0.294 30 S 0.141 0.095 0.001 0.032 0.074 0.117 0.073 0.004 0.001 0.173 0.288 31 E 0.031 0.159 0.003 0.040 0.052 0.073 0.119 0.003 0.001 0.125 0.395 32 L 0.042 0.244 0.003 0.034 0.048 0.063 0.063 0.006 0.001 0.089 0.406 33 Y 0.087 0.168 0.003 0.021 0.047 0.048 0.086 0.008 0.001 0.173 0.356 34 T 0.021 0.425 0.004 0.013 0.022 0.021 0.074 0.003 0.001 0.079 0.338 35 G 0.014 0.881 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.003 0.001 0.013 0.068 36 K 0.021 0.949 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.014 37 S 0.031 0.535 0.002 0.002 0.003 0.004 0.017 0.004 0.001 0.327 0.074 38 G 0.020 0.695 0.023 0.002 0.003 0.003 0.016 0.004 0.008 0.179 0.047 39 A 0.064 0.865 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.004 0.014 0.032 40 M 0.064 0.743 0.004 0.002 0.004 0.003 0.007 0.007 0.003 0.036 0.127 41 N 0.026 0.428 0.005 0.003 0.008 0.010 0.046 0.006 0.004 0.205 0.260 42 G 0.029 0.717 0.008 0.003 0.004 0.007 0.026 0.007 0.004 0.097 0.099 43 I 0.058 0.783 0.004 0.003 0.004 0.002 0.020 0.004 0.002 0.041 0.078 44 E 0.053 0.318 0.007 0.014 0.015 0.024 0.040 0.007 0.004 0.238 0.281 45 S 0.038 0.080 0.016 0.015 0.017 0.026 0.081 0.006 0.007 0.364 0.352 46 V 0.216 0.053 0.019 0.030 0.021 0.033 0.072 0.013 0.010 0.169 0.363 47 Q 0.146 0.008 0.004 0.029 0.012 0.012 0.091 0.005 0.003 0.085 0.605 48 T 0.013 0.006 0.001 0.015 0.006 0.009 0.098 0.002 0.001 0.015 0.836 49 N 0.028 0.026 0.001 0.008 0.005 0.005 0.102 0.003 0.001 0.020 0.801 50 S 0.185 0.121 0.004 0.017 0.009 0.010 0.140 0.012 0.002 0.056 0.444 51 P 0.084 0.238 0.002 0.007 0.003 0.005 0.082 0.007 0.001 0.030 0.542 52 I 0.148 0.566 0.003 0.006 0.004 0.005 0.028 0.010 0.001 0.033 0.196 53 E 0.101 0.574 0.004 0.007 0.007 0.009 0.037 0.008 0.002 0.048 0.201 54 A 0.039 0.637 0.006 0.007 0.010 0.015 0.028 0.006 0.002 0.045 0.204 55 R 0.064 0.548 0.008 0.008 0.025 0.031 0.033 0.014 0.003 0.060 0.206 56 Y 0.058 0.571 0.009 0.010 0.035 0.034 0.032 0.011 0.003 0.054 0.182 57 A 0.056 0.452 0.007 0.017 0.041 0.057 0.044 0.011 0.003 0.058 0.255 58 K 0.058 0.283 0.007 0.024 0.056 0.062 0.059 0.009 0.004 0.081 0.357 59 E 0.084 0.103 0.021 0.031 0.059 0.078 0.083 0.010 0.010 0.146 0.376 60 V 0.171 0.032 0.031 0.017 0.032 0.047 0.107 0.015 0.014 0.087 0.447 61 A 0.531 0.014 0.004 0.005 0.008 0.014 0.046 0.008 0.003 0.028 0.340 62 K 0.179 0.003 0.001 0.006 0.006 0.009 0.061 0.002 0.001 0.024 0.710 63 N 0.005 0.004 0.001 0.005 0.005 0.007 0.100 0.001 0.001 0.010 0.865 64 D 0.008 0.013 0.001 0.006 0.020 0.043 0.130 0.001 0.001 0.028 0.750 65 K 0.026 0.018 0.001 0.019 0.117 0.137 0.121 0.003 0.001 0.103 0.456 66 P 0.012 0.037 0.001 0.058 0.200 0.333 0.058 0.001 0.001 0.043 0.257 67 Y 0.004 0.036 0.001 0.080 0.264 0.402 0.033 0.001 0.001 0.023 0.156 68 F 0.002 0.027 0.001 0.069 0.261 0.554 0.015 0.001 0.001 0.015 0.056 69 N 0.005 0.043 0.001 0.067 0.276 0.498 0.019 0.001 0.001 0.030 0.059 70 L 0.010 0.026 0.006 0.046 0.380 0.356 0.027 0.002 0.001 0.047 0.098 71 K 0.117 0.023 0.013 0.044 0.146 0.286 0.078 0.006 0.005 0.111 0.171 72 A 0.218 0.014 0.006 0.036 0.061 0.094 0.066 0.006 0.003 0.056 0.441 73 A 0.069 0.011 0.001 0.032 0.038 0.043 0.112 0.003 0.001 0.025 0.665 74 N 0.023 0.010 0.001 0.027 0.037 0.119 0.115 0.002 0.001 0.039 0.628 75 H 0.006 0.009 0.001 0.050 0.096 0.119 0.132 0.001 0.001 0.038 0.549 76 Q 0.008 0.007 0.001 0.124 0.180 0.311 0.079 0.002 0.001 0.079 0.209 77 I 0.006 0.007 0.001 0.108 0.180 0.174 0.109 0.001 0.001 0.088 0.326 78 I 0.007 0.012 0.001 0.271 0.159 0.133 0.077 0.001 0.001 0.097 0.241 79 G 0.022 0.062 0.001 0.149 0.093 0.169 0.086 0.003 0.001 0.070 0.344 80 T 0.071 0.204 0.002 0.064 0.062 0.077 0.051 0.008 0.001 0.083 0.379 81 S 0.081 0.167 0.002 0.043 0.048 0.064 0.055 0.006 0.001 0.265 0.269 82 Q 0.028 0.118 0.003 0.055 0.036 0.059 0.070 0.004 0.001 0.354 0.272 83 M 0.027 0.052 0.005 0.065 0.055 0.058 0.067 0.005 0.002 0.385 0.281 84 Y 0.047 0.269 0.008 0.039 0.062 0.048 0.082 0.005 0.003 0.095 0.341 85 S 0.032 0.581 0.002 0.008 0.017 0.018 0.034 0.006 0.001 0.029 0.273 86 S 0.033 0.834 0.001 0.002 0.007 0.010 0.012 0.006 0.001 0.026 0.067 87 T 0.022 0.887 0.001 0.002 0.005 0.005 0.009 0.002 0.001 0.031 0.035 88 A 0.028 0.385 0.013 0.007 0.008 0.009 0.046 0.005 0.003 0.387 0.110 89 A 0.095 0.368 0.091 0.007 0.010 0.012 0.037 0.015 0.029 0.231 0.104 90 R 0.398 0.353 0.009 0.003 0.005 0.006 0.020 0.013 0.009 0.027 0.158 91 D 0.081 0.311 0.004 0.008 0.009 0.008 0.022 0.008 0.003 0.028 0.519 92 N 0.020 0.239 0.002 0.006 0.007 0.010 0.116 0.004 0.002 0.114 0.479 93 G 0.020 0.749 0.003 0.003 0.002 0.005 0.026 0.008 0.002 0.071 0.110 94 I 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.016 95 K 0.012 0.914 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.032 0.027 96 S 0.026 0.255 0.015 0.008 0.007 0.012 0.027 0.005 0.006 0.513 0.125 97 V 0.154 0.380 0.068 0.015 0.009 0.015 0.037 0.015 0.031 0.179 0.099 98 M 0.419 0.073 0.015 0.016 0.009 0.009 0.038 0.011 0.012 0.080 0.319 99 E 0.044 0.015 0.004 0.013 0.008 0.011 0.051 0.005 0.004 0.042 0.803 100 N 0.018 0.011 0.002 0.007 0.005 0.006 0.102 0.002 0.001 0.041 0.805 101 G 0.082 0.008 0.005 0.020 0.011 0.017 0.214 0.006 0.002 0.133 0.503 102 K 0.058 0.017 0.001 0.022 0.010 0.013 0.194 0.003 0.001 0.027 0.654 103 T 0.052 0.039 0.001 0.037 0.021 0.044 0.101 0.003 0.001 0.029 0.674 104 T 0.029 0.037 0.002 0.068 0.073 0.087 0.100 0.003 0.001 0.042 0.558 105 T 0.064 0.044 0.002 0.072 0.061 0.197 0.082 0.005 0.001 0.063 0.410 106 I 0.087 0.009 0.001 0.029 0.059 0.077 0.084 0.003 0.001 0.112 0.538 107 K 0.037 0.007 0.002 0.054 0.101 0.073 0.103 0.002 0.001 0.068 0.554 108 D 0.030 0.007 0.001 0.027 0.034 0.079 0.085 0.001 0.001 0.034 0.702 109 L 0.024 0.010 0.001 0.018 0.048 0.052 0.087 0.001 0.001 0.025 0.734 110 T 0.032 0.019 0.001 0.025 0.056 0.096 0.115 0.002 0.001 0.039 0.615