# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.012 0.018 0.023 0.031 0.107 0.041 0.690 2 S 0.020 0.009 0.018 0.025 0.058 0.125 0.023 0.721 3 G 0.023 0.022 0.049 0.074 0.261 0.110 0.067 0.394 4 W 0.003 0.003 0.046 0.173 0.256 0.092 0.042 0.386 5 Y 0.004 0.007 0.066 0.278 0.483 0.030 0.036 0.096 6 E 0.009 0.006 0.097 0.322 0.385 0.029 0.055 0.097 7 L 0.007 0.001 0.067 0.407 0.286 0.037 0.039 0.156 8 S 0.009 0.001 0.076 0.240 0.502 0.035 0.055 0.083 9 K 0.033 0.001 0.038 0.122 0.123 0.089 0.047 0.547 10 S 0.262 0.001 0.008 0.042 0.054 0.082 0.051 0.500 11 S 0.104 0.001 0.006 0.014 0.030 0.124 0.020 0.700 12 N 0.005 0.001 0.001 0.009 0.012 0.102 0.003 0.867 13 D 0.008 0.002 0.005 0.053 0.152 0.147 0.023 0.609 14 Q 0.003 0.005 0.022 0.313 0.429 0.050 0.039 0.138 15 F 0.002 0.003 0.019 0.261 0.467 0.040 0.029 0.179 16 K 0.001 0.003 0.034 0.571 0.337 0.008 0.031 0.016 17 F 0.003 0.003 0.016 0.375 0.521 0.009 0.011 0.062 18 V 0.002 0.002 0.021 0.477 0.450 0.007 0.014 0.026 19 L 0.004 0.001 0.025 0.426 0.401 0.025 0.030 0.088 20 K 0.026 0.001 0.024 0.283 0.373 0.040 0.064 0.189 21 A 0.391 0.002 0.016 0.062 0.104 0.049 0.044 0.332 22 G 0.086 0.002 0.012 0.024 0.057 0.103 0.025 0.689 23 N 0.003 0.001 0.002 0.015 0.022 0.119 0.004 0.834 24 G 0.003 0.001 0.010 0.107 0.235 0.096 0.026 0.522 25 E 0.003 0.004 0.111 0.320 0.368 0.028 0.083 0.083 26 V 0.005 0.003 0.074 0.290 0.288 0.039 0.050 0.251 27 I 0.002 0.002 0.177 0.410 0.303 0.021 0.038 0.047 28 L 0.010 0.004 0.087 0.242 0.329 0.044 0.027 0.257 29 T 0.060 0.027 0.064 0.189 0.232 0.068 0.080 0.281 30 S 0.295 0.043 0.035 0.045 0.063 0.097 0.145 0.277 31 E 0.036 0.068 0.027 0.057 0.061 0.140 0.135 0.478 32 L 0.059 0.165 0.025 0.018 0.055 0.092 0.066 0.519 33 Y 0.072 0.111 0.025 0.043 0.036 0.077 0.406 0.232 34 T 0.012 0.191 0.024 0.036 0.024 0.122 0.132 0.459 35 G 0.034 0.809 0.004 0.003 0.008 0.017 0.024 0.101 36 K 0.042 0.863 0.001 0.002 0.002 0.008 0.043 0.038 37 S 0.016 0.483 0.005 0.003 0.003 0.025 0.384 0.081 38 G 0.010 0.768 0.007 0.002 0.003 0.013 0.159 0.038 39 A 0.060 0.886 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.019 40 M 0.028 0.778 0.002 0.002 0.001 0.016 0.077 0.095 41 N 0.005 0.658 0.007 0.002 0.003 0.029 0.154 0.142 42 G 0.020 0.826 0.012 0.002 0.003 0.014 0.085 0.040 43 I 0.094 0.769 0.005 0.002 0.002 0.010 0.069 0.049 44 E 0.021 0.269 0.024 0.011 0.014 0.074 0.209 0.377 45 S 0.010 0.209 0.157 0.017 0.031 0.078 0.329 0.169 46 V 0.064 0.068 0.252 0.024 0.017 0.071 0.311 0.194 47 Q 0.169 0.042 0.087 0.014 0.010 0.092 0.178 0.406 48 T 0.013 0.022 0.035 0.006 0.008 0.134 0.030 0.751 49 N 0.023 0.032 0.030 0.004 0.006 0.143 0.026 0.737 50 S 0.090 0.211 0.023 0.008 0.007 0.115 0.094 0.453 51 P 0.113 0.351 0.008 0.004 0.004 0.068 0.056 0.397 52 I 0.106 0.570 0.006 0.004 0.006 0.041 0.080 0.188 53 E 0.042 0.600 0.011 0.009 0.013 0.047 0.076 0.202 54 A 0.039 0.639 0.013 0.014 0.036 0.032 0.085 0.142 55 R 0.026 0.587 0.019 0.038 0.060 0.034 0.108 0.127 56 Y 0.042 0.524 0.025 0.058 0.107 0.031 0.103 0.110 57 A 0.039 0.492 0.019 0.093 0.116 0.031 0.069 0.142 58 K 0.065 0.247 0.032 0.108 0.173 0.038 0.079 0.258 59 E 0.090 0.056 0.050 0.143 0.185 0.066 0.126 0.284 60 V 0.116 0.016 0.053 0.076 0.088 0.078 0.131 0.441 61 A 0.436 0.004 0.009 0.013 0.017 0.042 0.034 0.445 62 K 0.232 0.004 0.004 0.004 0.007 0.063 0.015 0.672 63 N 0.005 0.002 0.003 0.003 0.006 0.128 0.004 0.849 64 D 0.015 0.007 0.003 0.010 0.016 0.130 0.018 0.801 65 K 0.030 0.035 0.028 0.139 0.094 0.125 0.186 0.363 66 P 0.033 0.045 0.071 0.117 0.187 0.083 0.072 0.391 67 Y 0.023 0.045 0.080 0.159 0.302 0.057 0.090 0.244 68 F 0.012 0.048 0.078 0.290 0.322 0.036 0.040 0.174 69 N 0.016 0.032 0.039 0.256 0.476 0.023 0.040 0.119 70 L 0.015 0.007 0.049 0.384 0.284 0.034 0.097 0.131 71 K 0.080 0.005 0.028 0.213 0.248 0.054 0.096 0.275 72 A 0.422 0.006 0.015 0.045 0.079 0.051 0.037 0.347 73 A 0.080 0.007 0.017 0.018 0.043 0.100 0.024 0.711 74 N 0.011 0.004 0.006 0.018 0.023 0.146 0.014 0.777 75 H 0.005 0.004 0.013 0.052 0.077 0.126 0.037 0.686 76 Q 0.006 0.015 0.181 0.192 0.274 0.053 0.112 0.167 77 I 0.010 0.010 0.104 0.138 0.148 0.068 0.086 0.436 78 I 0.004 0.012 0.289 0.260 0.166 0.045 0.085 0.139 79 G 0.050 0.066 0.174 0.122 0.239 0.045 0.068 0.237 80 T 0.127 0.166 0.069 0.099 0.099 0.060 0.089 0.291 81 S 0.188 0.149 0.043 0.034 0.060 0.101 0.135 0.291 82 Q 0.080 0.153 0.036 0.038 0.065 0.084 0.281 0.262 83 M 0.054 0.059 0.041 0.024 0.046 0.117 0.280 0.379 84 Y 0.032 0.264 0.036 0.043 0.040 0.116 0.185 0.284 85 S 0.022 0.417 0.012 0.010 0.018 0.083 0.049 0.388 86 S 0.020 0.853 0.002 0.004 0.004 0.019 0.037 0.060 87 T 0.030 0.786 0.003 0.003 0.003 0.018 0.101 0.056 88 A 0.021 0.337 0.019 0.004 0.005 0.039 0.477 0.099 89 A 0.020 0.671 0.013 0.004 0.002 0.026 0.213 0.052 90 R 0.102 0.764 0.002 0.001 0.001 0.014 0.042 0.074 91 D 0.042 0.595 0.003 0.001 0.001 0.042 0.078 0.237 92 N 0.007 0.578 0.010 0.002 0.003 0.048 0.131 0.222 93 G 0.014 0.884 0.005 0.001 0.002 0.011 0.039 0.044 94 I 0.016 0.945 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.018 95 K 0.009 0.873 0.004 0.003 0.004 0.008 0.032 0.067 96 S 0.024 0.436 0.042 0.007 0.013 0.021 0.370 0.086 97 V 0.090 0.310 0.129 0.029 0.019 0.043 0.251 0.130 98 M 0.366 0.111 0.046 0.009 0.018 0.049 0.084 0.316 99 E 0.043 0.031 0.021 0.009 0.010 0.108 0.040 0.737 100 N 0.049 0.034 0.039 0.007 0.015 0.162 0.087 0.609 101 G 0.050 0.019 0.066 0.009 0.013 0.157 0.249 0.438 102 K 0.033 0.050 0.025 0.013 0.011 0.131 0.066 0.672 103 T 0.065 0.058 0.017 0.014 0.016 0.126 0.049 0.655 104 T 0.023 0.054 0.057 0.044 0.045 0.114 0.054 0.609 105 T 0.094 0.067 0.094 0.040 0.101 0.082 0.083 0.438 106 I 0.075 0.015 0.093 0.060 0.080 0.093 0.158 0.426 107 K 0.048 0.009 0.061 0.081 0.115 0.096 0.063 0.526 108 D 0.104 0.009 0.022 0.030 0.083 0.094 0.038 0.619 109 L 0.024 0.007 0.027 0.042 0.061 0.130 0.025 0.683 110 T 0.066 0.015 0.019 0.042 0.074 0.127 0.045 0.612