# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.346 0.165 0.062 0.092 0.071 0.058 0.081 0.050 0.036 0.024 0.015 2 S 0.139 0.118 0.073 0.176 0.148 0.093 0.095 0.062 0.047 0.028 0.020 3 G 0.289 0.186 0.078 0.123 0.087 0.064 0.075 0.046 0.030 0.016 0.007 4 W 0.040 0.045 0.047 0.149 0.160 0.135 0.160 0.108 0.083 0.045 0.029 5 Y 0.041 0.032 0.059 0.074 0.085 0.107 0.183 0.155 0.121 0.092 0.051 6 E 0.014 0.040 0.097 0.202 0.182 0.144 0.144 0.078 0.053 0.030 0.016 7 L 0.004 0.003 0.012 0.011 0.020 0.032 0.104 0.166 0.219 0.240 0.188 8 S 0.033 0.054 0.129 0.210 0.174 0.117 0.128 0.065 0.048 0.031 0.011 9 K 0.047 0.092 0.209 0.187 0.135 0.113 0.112 0.047 0.031 0.019 0.008 10 S 0.135 0.175 0.127 0.158 0.119 0.096 0.087 0.046 0.028 0.019 0.010 11 S 0.295 0.353 0.059 0.098 0.055 0.043 0.047 0.024 0.014 0.008 0.004 12 N 0.528 0.180 0.049 0.097 0.056 0.032 0.026 0.015 0.009 0.005 0.003 13 D 0.540 0.177 0.066 0.096 0.048 0.028 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 14 Q 0.066 0.081 0.071 0.199 0.176 0.145 0.127 0.066 0.037 0.021 0.011 15 F 0.004 0.008 0.014 0.018 0.030 0.083 0.169 0.159 0.212 0.196 0.107 16 K 0.006 0.023 0.053 0.171 0.210 0.191 0.155 0.091 0.055 0.030 0.014 17 F 0.006 0.005 0.028 0.021 0.027 0.059 0.155 0.171 0.205 0.222 0.101 18 V 0.005 0.018 0.041 0.158 0.175 0.191 0.190 0.097 0.067 0.038 0.020 19 L 0.002 0.001 0.005 0.003 0.006 0.010 0.037 0.091 0.205 0.289 0.351 20 K 0.009 0.039 0.060 0.150 0.185 0.165 0.158 0.089 0.069 0.044 0.032 21 A 0.018 0.021 0.040 0.047 0.069 0.083 0.178 0.148 0.164 0.122 0.111 22 G 0.288 0.226 0.095 0.164 0.091 0.057 0.042 0.017 0.010 0.006 0.004 23 N 0.206 0.175 0.059 0.157 0.109 0.077 0.096 0.051 0.036 0.020 0.014 24 G 0.254 0.112 0.041 0.093 0.081 0.071 0.100 0.079 0.075 0.058 0.038 25 E 0.052 0.099 0.067 0.190 0.157 0.137 0.122 0.068 0.054 0.033 0.020 26 V 0.011 0.026 0.036 0.059 0.071 0.115 0.166 0.159 0.148 0.129 0.080 27 I 0.003 0.006 0.011 0.028 0.046 0.075 0.136 0.162 0.200 0.171 0.162 28 L 0.004 0.003 0.011 0.014 0.024 0.032 0.093 0.184 0.216 0.236 0.185 29 T 0.011 0.027 0.074 0.144 0.137 0.127 0.156 0.106 0.106 0.072 0.039 30 S 0.011 0.010 0.024 0.035 0.050 0.058 0.133 0.151 0.201 0.170 0.156 31 E 0.043 0.045 0.049 0.114 0.127 0.141 0.180 0.116 0.095 0.058 0.032 32 L 0.072 0.100 0.113 0.168 0.137 0.096 0.136 0.080 0.051 0.029 0.018 33 Y 0.038 0.031 0.044 0.066 0.083 0.114 0.203 0.144 0.121 0.096 0.061 34 T 0.189 0.197 0.119 0.185 0.117 0.069 0.057 0.030 0.019 0.011 0.006 35 G 0.147 0.181 0.112 0.145 0.109 0.082 0.099 0.056 0.034 0.023 0.011 36 K 0.054 0.061 0.054 0.120 0.143 0.167 0.184 0.096 0.062 0.043 0.018 37 S 0.385 0.154 0.154 0.145 0.063 0.040 0.032 0.016 0.007 0.004 0.001 38 G 0.112 0.188 0.122 0.261 0.146 0.081 0.053 0.021 0.009 0.003 0.002 39 A 0.003 0.002 0.005 0.005 0.013 0.012 0.055 0.125 0.180 0.201 0.398 40 M 0.055 0.069 0.190 0.227 0.219 0.121 0.071 0.027 0.012 0.007 0.003 41 N 0.028 0.079 0.393 0.252 0.125 0.065 0.033 0.014 0.006 0.003 0.001 42 G 0.037 0.041 0.041 0.098 0.128 0.107 0.201 0.161 0.090 0.055 0.041 43 I 0.002 0.002 0.003 0.005 0.011 0.024 0.082 0.110 0.242 0.256 0.261 44 E 0.037 0.066 0.395 0.263 0.144 0.053 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 45 S 0.012 0.020 0.082 0.116 0.146 0.168 0.227 0.113 0.062 0.033 0.021 46 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.025 0.055 0.188 0.243 0.473 47 Q 0.015 0.022 0.039 0.114 0.184 0.172 0.222 0.109 0.066 0.040 0.017 48 T 0.030 0.080 0.409 0.253 0.112 0.057 0.028 0.013 0.009 0.005 0.003 49 N 0.026 0.029 0.028 0.060 0.082 0.166 0.278 0.143 0.093 0.061 0.034 50 S 0.050 0.029 0.017 0.033 0.038 0.054 0.134 0.147 0.202 0.161 0.134 51 P 0.226 0.258 0.133 0.175 0.097 0.045 0.035 0.015 0.008 0.004 0.003 52 I 0.105 0.130 0.102 0.148 0.126 0.110 0.125 0.062 0.045 0.029 0.017 53 E 0.504 0.185 0.051 0.103 0.062 0.035 0.032 0.015 0.007 0.003 0.002 54 A 0.317 0.140 0.091 0.162 0.101 0.066 0.064 0.033 0.015 0.007 0.004 55 R 0.043 0.060 0.100 0.153 0.145 0.150 0.157 0.088 0.053 0.034 0.014 56 Y 0.021 0.029 0.062 0.089 0.104 0.158 0.236 0.131 0.090 0.059 0.020 57 A 0.033 0.084 0.324 0.217 0.123 0.089 0.069 0.031 0.017 0.010 0.003 58 K 0.035 0.047 0.186 0.170 0.148 0.141 0.142 0.069 0.034 0.021 0.007 59 E 0.120 0.110 0.193 0.190 0.124 0.087 0.087 0.048 0.022 0.014 0.004 60 V 0.068 0.086 0.131 0.142 0.119 0.137 0.158 0.080 0.044 0.027 0.009 61 A 0.133 0.142 0.192 0.143 0.104 0.085 0.090 0.050 0.030 0.021 0.010 62 K 0.210 0.316 0.157 0.147 0.075 0.041 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 63 N 0.466 0.171 0.068 0.102 0.064 0.039 0.039 0.025 0.014 0.009 0.005 64 D 0.444 0.189 0.055 0.099 0.060 0.049 0.052 0.027 0.014 0.008 0.004 65 K 0.132 0.157 0.109 0.239 0.160 0.092 0.056 0.030 0.015 0.008 0.004 66 P 0.049 0.048 0.046 0.060 0.077 0.144 0.208 0.148 0.108 0.078 0.035 67 Y 0.021 0.041 0.045 0.152 0.164 0.170 0.180 0.107 0.068 0.037 0.018 68 F 0.017 0.011 0.027 0.029 0.035 0.069 0.174 0.175 0.200 0.174 0.089 69 N 0.030 0.074 0.100 0.317 0.222 0.114 0.076 0.033 0.019 0.009 0.006 70 L 0.005 0.003 0.008 0.007 0.013 0.016 0.055 0.121 0.195 0.239 0.339 71 K 0.016 0.045 0.060 0.185 0.225 0.150 0.130 0.082 0.052 0.033 0.022 72 A 0.033 0.030 0.065 0.065 0.079 0.093 0.179 0.142 0.137 0.104 0.073 73 A 0.111 0.175 0.130 0.230 0.138 0.090 0.063 0.028 0.017 0.010 0.006 74 N 0.162 0.120 0.063 0.125 0.093 0.077 0.124 0.082 0.077 0.048 0.029 75 H 0.274 0.132 0.063 0.141 0.101 0.076 0.082 0.052 0.038 0.026 0.015 76 Q 0.064 0.104 0.103 0.184 0.142 0.125 0.110 0.065 0.051 0.033 0.019 77 I 0.024 0.039 0.040 0.072 0.087 0.132 0.184 0.151 0.121 0.093 0.057 78 I 0.013 0.017 0.022 0.046 0.061 0.079 0.150 0.166 0.181 0.141 0.123 79 G 0.040 0.026 0.042 0.058 0.065 0.074 0.140 0.150 0.164 0.144 0.095 80 T 0.049 0.080 0.092 0.208 0.161 0.110 0.118 0.071 0.058 0.034 0.019 81 S 0.036 0.031 0.031 0.064 0.077 0.085 0.151 0.153 0.158 0.125 0.088 82 Q 0.068 0.074 0.059 0.152 0.147 0.129 0.152 0.095 0.065 0.038 0.022 83 M 0.067 0.069 0.094 0.144 0.136 0.114 0.148 0.096 0.064 0.044 0.025 84 Y 0.017 0.016 0.028 0.044 0.059 0.109 0.202 0.159 0.163 0.132 0.072 85 S 0.097 0.150 0.112 0.190 0.131 0.091 0.102 0.052 0.040 0.023 0.011 86 S 0.077 0.074 0.094 0.114 0.108 0.107 0.163 0.099 0.079 0.055 0.031 87 T 0.188 0.152 0.153 0.212 0.128 0.070 0.052 0.022 0.013 0.007 0.003 88 A 0.220 0.075 0.089 0.132 0.108 0.095 0.129 0.078 0.040 0.024 0.011 89 A 0.056 0.150 0.128 0.189 0.141 0.105 0.090 0.059 0.039 0.028 0.014 90 R 0.015 0.027 0.037 0.067 0.105 0.131 0.250 0.166 0.101 0.069 0.032 91 D 0.160 0.135 0.296 0.190 0.098 0.059 0.035 0.014 0.007 0.004 0.002 92 N 0.131 0.130 0.192 0.224 0.134 0.087 0.061 0.025 0.010 0.004 0.002 93 G 0.111 0.094 0.046 0.103 0.106 0.077 0.139 0.131 0.092 0.062 0.040 94 I 0.003 0.003 0.005 0.009 0.022 0.053 0.146 0.143 0.227 0.226 0.162 95 K 0.042 0.079 0.462 0.249 0.107 0.037 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 96 S 0.030 0.051 0.119 0.215 0.188 0.168 0.142 0.054 0.020 0.008 0.005 97 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.023 0.059 0.180 0.236 0.489 98 M 0.013 0.012 0.020 0.083 0.191 0.194 0.267 0.121 0.054 0.033 0.012 99 E 0.035 0.071 0.640 0.175 0.049 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 100 N 0.030 0.034 0.029 0.098 0.118 0.220 0.309 0.097 0.040 0.017 0.008 101 G 0.013 0.010 0.004 0.005 0.006 0.011 0.043 0.073 0.203 0.294 0.338 102 K 0.102 0.293 0.141 0.259 0.142 0.037 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 103 T 0.441 0.162 0.126 0.131 0.067 0.033 0.020 0.010 0.005 0.003 0.002 104 T 0.274 0.079 0.030 0.075 0.082 0.098 0.146 0.097 0.062 0.033 0.025 105 T 0.167 0.281 0.058 0.223 0.117 0.061 0.050 0.025 0.011 0.005 0.002 106 I 0.010 0.009 0.015 0.019 0.030 0.063 0.118 0.119 0.209 0.218 0.189 107 K 0.160 0.176 0.141 0.241 0.148 0.061 0.042 0.018 0.008 0.004 0.002 108 D 0.093 0.143 0.149 0.193 0.114 0.102 0.096 0.050 0.031 0.020 0.008 109 L 0.055 0.067 0.045 0.107 0.120 0.150 0.177 0.114 0.082 0.052 0.031 110 T 0.438 0.217 0.065 0.115 0.056 0.035 0.035 0.020 0.011 0.006 0.002