# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.218 0.114 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.018 0.063 0.444 2 S 0.066 0.137 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.017 0.118 0.458 3 G 0.121 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.220 0.030 0.071 0.521 4 W 0.184 0.028 0.022 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.286 0.009 0.108 0.351 5 Y 0.011 0.014 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.805 0.002 0.036 0.120 6 E 0.007 0.020 0.003 0.001 0.035 0.019 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.738 0.003 0.031 0.112 7 L 0.006 0.028 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.056 0.051 0.017 0.651 0.003 0.029 0.121 8 S 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.093 0.497 0.159 0.015 0.170 0.001 0.011 0.031 9 K 0.008 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.148 0.004 0.289 0.047 0.025 0.008 0.201 0.007 0.041 0.187 10 S 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.639 0.066 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.070 0.005 0.051 0.082 11 S 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.442 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.004 0.186 0.254 12 N 0.015 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.043 0.363 0.503 13 D 0.241 0.002 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.437 0.097 0.173 14 Q 0.310 0.005 0.091 0.018 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.013 0.354 0.170 15 F 0.004 0.003 0.002 0.004 0.096 0.018 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.601 0.001 0.102 0.156 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.283 0.535 0.061 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.001 0.007 0.013 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.195 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.628 0.001 0.014 0.096 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.020 0.013 0.881 0.001 0.009 0.028 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.128 0.403 0.158 0.020 0.234 0.001 0.008 0.041 20 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.102 0.003 0.261 0.029 0.017 0.009 0.460 0.001 0.023 0.085 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.592 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.216 0.001 0.013 0.070 22 G 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.552 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.001 0.072 0.261 23 N 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.015 0.139 0.739 24 G 0.273 0.003 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.172 0.049 0.354 25 E 0.167 0.003 0.094 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.242 0.005 0.278 0.187 26 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.141 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.284 0.001 0.027 0.536 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.309 0.382 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.234 0.001 0.006 0.014 28 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.018 0.035 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 0.012 0.012 0.733 0.002 0.024 0.118 29 T 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.894 0.001 0.019 0.057 30 S 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.003 0.005 0.005 0.004 0.616 0.002 0.101 0.234 31 E 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.282 0.005 0.192 0.473 32 L 0.056 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.171 0.012 0.295 0.439 33 Y 0.187 0.053 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.086 0.029 0.295 0.329 34 T 0.171 0.185 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.015 0.117 0.430 35 G 0.092 0.331 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.031 0.085 0.413 36 K 0.153 0.258 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.034 0.082 0.396 37 S 0.014 0.222 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.078 0.663 38 G 0.058 0.302 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.117 0.478 39 A 0.062 0.694 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.028 0.189 40 M 0.023 0.874 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.012 0.070 41 N 0.043 0.852 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.005 0.079 42 G 0.131 0.688 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.074 0.004 0.094 43 I 0.058 0.703 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.006 0.092 44 E 0.013 0.745 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.062 0.117 45 S 0.060 0.743 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.014 0.150 46 V 0.062 0.839 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 0.005 0.060 47 Q 0.035 0.849 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.010 0.019 0.061 48 T 0.080 0.723 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.020 0.025 0.123 49 N 0.287 0.469 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.078 0.015 0.095 50 S 0.374 0.137 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.029 0.068 0.300 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 52 I 0.036 0.024 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.011 0.269 0.599 53 E 0.172 0.134 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 0.193 0.472 54 A 0.151 0.225 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 0.046 0.544 55 R 0.192 0.513 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.020 0.029 0.213 56 Y 0.108 0.696 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.013 0.031 0.113 57 A 0.049 0.715 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.018 0.023 0.119 58 K 0.079 0.671 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.020 0.022 0.145 59 E 0.085 0.634 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.003 0.001 0.041 0.020 0.033 0.160 60 V 0.079 0.500 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.001 0.034 0.006 0.001 0.001 0.044 0.027 0.030 0.243 61 A 0.044 0.511 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.055 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.024 0.046 0.229 62 K 0.095 0.319 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.058 0.074 0.284 63 N 0.097 0.215 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.044 0.062 0.527 64 D 0.139 0.049 0.049 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.156 0.074 0.472 65 K 0.285 0.005 0.256 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.012 0.132 0.265 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.993 67 Y 0.004 0.001 0.001 0.001 0.284 0.122 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.374 0.001 0.051 0.121 68 F 0.007 0.002 0.001 0.001 0.005 0.012 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.773 0.001 0.018 0.164 69 N 0.006 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.020 0.010 0.776 0.001 0.024 0.107 70 L 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.088 0.201 0.067 0.017 0.479 0.002 0.021 0.100 71 K 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.064 0.004 0.132 0.027 0.010 0.007 0.461 0.002 0.060 0.197 72 A 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.241 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.333 0.004 0.039 0.264 73 A 0.027 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.302 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.009 0.107 0.365 74 N 0.067 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.060 0.133 0.619 75 H 0.202 0.013 0.049 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.149 0.069 0.423 76 Q 0.151 0.009 0.187 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.011 0.219 0.223 77 I 0.006 0.007 0.003 0.004 0.050 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.268 0.001 0.064 0.589 78 I 0.006 0.007 0.002 0.002 0.163 0.152 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.487 0.002 0.035 0.091 79 G 0.007 0.013 0.001 0.001 0.003 0.008 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.475 0.004 0.063 0.392 80 T 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.713 0.002 0.058 0.192 81 S 0.017 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.450 0.004 0.118 0.375 82 Q 0.057 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.007 0.171 0.546 83 M 0.149 0.054 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.013 0.243 0.367 84 Y 0.163 0.137 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.013 0.205 0.298 85 S 0.123 0.203 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.014 0.126 0.431 86 S 0.101 0.320 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.021 0.072 0.408 87 T 0.037 0.267 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.010 0.074 0.567 88 A 0.018 0.273 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.005 0.349 0.331 89 A 0.145 0.475 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.172 0.171 90 R 0.068 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.004 0.065 91 D 0.020 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.002 0.059 92 N 0.122 0.575 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.153 0.007 0.133 93 G 0.438 0.225 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.008 0.115 94 I 0.040 0.254 0.382 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.007 0.039 0.254 95 K 0.020 0.290 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.007 0.144 0.445 96 S 0.091 0.503 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.038 0.339 97 V 0.046 0.820 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.008 0.010 0.094 98 M 0.014 0.874 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 0.019 0.066 99 E 0.046 0.799 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.017 0.100 100 N 0.343 0.423 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.111 0.006 0.088 101 G 0.471 0.216 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.052 0.009 0.152 102 K 0.018 0.071 0.088 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.006 0.066 0.700 103 T 0.089 0.033 0.037 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.028 0.108 0.598 104 T 0.260 0.084 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.015 0.076 0.441 105 T 0.048 0.044 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.005 0.173 0.586 106 I 0.074 0.085 0.008 0.002 0.009 0.009 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.004 0.003 0.311 0.012 0.106 0.354 107 K 0.054 0.144 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.004 0.003 0.002 0.353 0.009 0.122 0.282 108 D 0.067 0.108 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.165 0.019 0.113 0.499 109 L 0.133 0.098 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.280 0.023 0.087 0.347 110 T 0.042 0.084 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.014 0.300 0.434