# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.044 0.011 0.023 0.043 0.077 0.054 0.003 0.001 0.004 0.564 2 S 0.033 0.021 0.004 0.030 0.038 0.065 0.045 0.001 0.001 0.002 0.760 3 G 0.133 0.016 0.005 0.042 0.107 0.108 0.077 0.002 0.001 0.005 0.505 4 W 0.105 0.023 0.004 0.051 0.090 0.110 0.084 0.001 0.001 0.003 0.530 5 Y 0.019 0.012 0.004 0.072 0.313 0.436 0.033 0.001 0.001 0.001 0.108 6 E 0.004 0.007 0.002 0.053 0.337 0.442 0.027 0.001 0.001 0.001 0.127 7 L 0.003 0.008 0.001 0.039 0.322 0.529 0.009 0.001 0.001 0.001 0.088 8 S 0.003 0.007 0.001 0.038 0.377 0.490 0.011 0.001 0.001 0.001 0.071 9 K 0.005 0.004 0.001 0.018 0.224 0.426 0.017 0.001 0.001 0.002 0.304 10 S 0.008 0.003 0.003 0.041 0.214 0.454 0.072 0.001 0.001 0.003 0.202 11 S 0.046 0.006 0.003 0.023 0.083 0.102 0.163 0.001 0.001 0.009 0.565 12 N 0.023 0.007 0.005 0.014 0.021 0.022 0.252 0.001 0.001 0.046 0.609 13 D 0.304 0.005 0.020 0.004 0.036 0.048 0.116 0.001 0.001 0.299 0.168 14 Q 0.326 0.006 0.010 0.016 0.044 0.037 0.337 0.001 0.001 0.031 0.194 15 F 0.025 0.006 0.004 0.022 0.448 0.343 0.045 0.001 0.001 0.002 0.104 16 K 0.001 0.003 0.001 0.023 0.408 0.511 0.018 0.001 0.001 0.001 0.036 17 F 0.001 0.002 0.001 0.021 0.390 0.563 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 18 V 0.001 0.001 0.001 0.020 0.365 0.596 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 19 L 0.001 0.001 0.001 0.015 0.471 0.497 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 20 K 0.001 0.001 0.001 0.005 0.357 0.599 0.003 0.001 0.001 0.001 0.034 21 A 0.001 0.001 0.001 0.010 0.265 0.688 0.006 0.001 0.001 0.001 0.027 22 G 0.008 0.004 0.001 0.018 0.273 0.402 0.082 0.001 0.001 0.003 0.208 23 N 0.054 0.005 0.004 0.025 0.064 0.104 0.091 0.001 0.001 0.019 0.633 24 G 0.305 0.002 0.014 0.031 0.030 0.053 0.112 0.001 0.001 0.099 0.353 25 E 0.372 0.002 0.006 0.072 0.054 0.030 0.291 0.001 0.001 0.013 0.159 26 V 0.015 0.002 0.002 0.096 0.227 0.259 0.034 0.001 0.001 0.001 0.365 27 I 0.002 0.001 0.001 0.106 0.253 0.598 0.010 0.001 0.001 0.001 0.029 28 L 0.002 0.002 0.001 0.348 0.152 0.358 0.025 0.001 0.001 0.001 0.111 29 T 0.007 0.004 0.001 0.248 0.217 0.401 0.023 0.001 0.001 0.001 0.099 30 S 0.017 0.008 0.001 0.243 0.171 0.293 0.070 0.001 0.001 0.006 0.190 31 E 0.021 0.006 0.001 0.043 0.040 0.099 0.181 0.001 0.001 0.005 0.604 32 L 0.018 0.008 0.001 0.031 0.013 0.037 0.524 0.001 0.001 0.004 0.362 33 Y 0.185 0.048 0.006 0.023 0.043 0.071 0.241 0.003 0.001 0.014 0.366 34 T 0.059 0.199 0.006 0.011 0.011 0.017 0.148 0.003 0.001 0.004 0.542 35 G 0.053 0.150 0.004 0.009 0.008 0.017 0.140 0.003 0.001 0.002 0.613 36 K 0.090 0.255 0.005 0.010 0.007 0.013 0.154 0.003 0.001 0.004 0.459 37 S 0.032 0.406 0.002 0.005 0.004 0.008 0.173 0.003 0.001 0.003 0.364 38 G 0.070 0.414 0.009 0.006 0.003 0.007 0.203 0.007 0.001 0.003 0.277 39 A 0.047 0.868 0.016 0.002 0.001 0.001 0.017 0.006 0.001 0.001 0.042 40 M 0.010 0.925 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.050 41 N 0.031 0.838 0.002 0.003 0.001 0.002 0.016 0.008 0.001 0.001 0.100 42 G 0.145 0.642 0.004 0.002 0.001 0.002 0.025 0.016 0.001 0.001 0.161 43 I 0.026 0.843 0.042 0.003 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.068 44 E 0.009 0.703 0.005 0.004 0.003 0.005 0.023 0.005 0.001 0.001 0.244 45 S 0.028 0.728 0.003 0.007 0.001 0.002 0.039 0.008 0.001 0.001 0.183 46 V 0.027 0.933 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.022 47 Q 0.008 0.948 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.022 48 T 0.057 0.813 0.008 0.006 0.002 0.003 0.004 0.039 0.001 0.001 0.068 49 N 0.336 0.408 0.020 0.009 0.002 0.004 0.007 0.104 0.001 0.002 0.108 50 S 0.231 0.293 0.155 0.006 0.015 0.008 0.036 0.057 0.001 0.003 0.197 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.995 52 I 0.012 0.011 0.009 0.009 0.015 0.053 0.128 0.001 0.001 0.002 0.761 53 E 0.134 0.045 0.002 0.006 0.007 0.013 0.118 0.001 0.001 0.010 0.664 54 A 0.117 0.153 0.004 0.008 0.008 0.013 0.130 0.001 0.001 0.003 0.563 55 R 0.173 0.360 0.011 0.013 0.018 0.024 0.092 0.003 0.001 0.004 0.302 56 Y 0.055 0.661 0.004 0.011 0.025 0.031 0.037 0.004 0.001 0.002 0.172 57 A 0.029 0.724 0.003 0.008 0.026 0.038 0.021 0.006 0.001 0.001 0.144 58 K 0.043 0.648 0.006 0.009 0.038 0.063 0.024 0.010 0.001 0.001 0.158 59 E 0.065 0.522 0.012 0.007 0.062 0.080 0.028 0.018 0.001 0.002 0.204 60 V 0.057 0.351 0.024 0.006 0.076 0.127 0.027 0.020 0.001 0.003 0.309 61 A 0.052 0.145 0.028 0.014 0.105 0.214 0.041 0.015 0.001 0.003 0.382 62 K 0.117 0.142 0.027 0.016 0.078 0.103 0.067 0.017 0.001 0.006 0.426 63 N 0.171 0.078 0.028 0.012 0.028 0.033 0.072 0.009 0.001 0.012 0.557 64 D 0.260 0.014 0.060 0.010 0.016 0.029 0.085 0.004 0.001 0.034 0.487 65 K 0.442 0.005 0.039 0.011 0.040 0.020 0.139 0.001 0.001 0.015 0.287 66 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.012 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.961 67 Y 0.005 0.001 0.002 0.032 0.204 0.463 0.051 0.001 0.001 0.001 0.241 68 F 0.016 0.005 0.001 0.084 0.271 0.434 0.045 0.001 0.001 0.002 0.143 69 N 0.005 0.006 0.001 0.068 0.308 0.472 0.025 0.001 0.001 0.001 0.114 70 L 0.004 0.006 0.001 0.077 0.344 0.470 0.012 0.001 0.001 0.001 0.085 71 K 0.004 0.007 0.001 0.046 0.288 0.541 0.016 0.001 0.001 0.001 0.097 72 A 0.005 0.011 0.001 0.044 0.243 0.591 0.015 0.001 0.001 0.001 0.089 73 A 0.019 0.032 0.003 0.049 0.235 0.452 0.052 0.002 0.001 0.004 0.152 74 N 0.155 0.024 0.005 0.048 0.081 0.146 0.071 0.005 0.001 0.015 0.450 75 H 0.317 0.009 0.039 0.049 0.031 0.049 0.067 0.002 0.001 0.026 0.411 76 Q 0.238 0.004 0.012 0.097 0.088 0.065 0.179 0.001 0.001 0.007 0.309 77 I 0.020 0.001 0.005 0.109 0.084 0.081 0.045 0.001 0.001 0.001 0.653 78 I 0.010 0.003 0.003 0.222 0.216 0.399 0.027 0.001 0.001 0.001 0.119 79 G 0.004 0.002 0.001 0.309 0.079 0.158 0.067 0.001 0.001 0.002 0.377 80 T 0.011 0.003 0.001 0.290 0.074 0.196 0.042 0.001 0.001 0.002 0.382 81 S 0.018 0.007 0.001 0.309 0.062 0.129 0.096 0.001 0.001 0.006 0.371 82 Q 0.073 0.012 0.002 0.090 0.034 0.081 0.143 0.001 0.001 0.008 0.558 83 M 0.110 0.058 0.003 0.073 0.025 0.058 0.247 0.001 0.001 0.006 0.419 84 Y 0.236 0.133 0.007 0.030 0.050 0.110 0.117 0.005 0.001 0.006 0.306 85 S 0.136 0.298 0.006 0.013 0.014 0.026 0.120 0.006 0.001 0.003 0.378 86 S 0.091 0.214 0.003 0.008 0.009 0.015 0.127 0.005 0.001 0.002 0.526 87 T 0.034 0.220 0.004 0.005 0.005 0.008 0.164 0.002 0.001 0.002 0.555 88 A 0.015 0.335 0.002 0.003 0.003 0.006 0.373 0.002 0.001 0.003 0.258 89 A 0.054 0.586 0.009 0.003 0.004 0.008 0.191 0.010 0.001 0.004 0.130 90 R 0.012 0.958 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.007 91 D 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 92 N 0.054 0.864 0.004 0.003 0.001 0.002 0.008 0.021 0.001 0.001 0.042 93 G 0.498 0.234 0.006 0.002 0.003 0.005 0.031 0.049 0.001 0.001 0.172 94 I 0.017 0.203 0.699 0.011 0.002 0.001 0.021 0.003 0.001 0.001 0.042 95 K 0.009 0.263 0.009 0.034 0.046 0.103 0.081 0.005 0.001 0.002 0.449 96 S 0.014 0.233 0.005 0.054 0.007 0.008 0.185 0.003 0.001 0.001 0.491 97 V 0.039 0.773 0.003 0.066 0.007 0.019 0.009 0.006 0.001 0.001 0.077 98 M 0.010 0.922 0.006 0.014 0.003 0.008 0.005 0.005 0.001 0.001 0.027 99 E 0.050 0.823 0.003 0.031 0.003 0.006 0.005 0.028 0.001 0.001 0.051 100 N 0.388 0.377 0.007 0.014 0.005 0.007 0.008 0.078 0.001 0.002 0.112 101 G 0.399 0.177 0.109 0.008 0.009 0.014 0.012 0.043 0.001 0.002 0.227 102 K 0.025 0.021 0.026 0.018 0.010 0.010 0.181 0.006 0.001 0.001 0.702 103 T 0.071 0.012 0.018 0.019 0.013 0.017 0.056 0.003 0.001 0.004 0.785 104 T 0.223 0.046 0.024 0.083 0.044 0.054 0.081 0.003 0.001 0.011 0.431 105 T 0.029 0.013 0.004 0.069 0.020 0.024 0.314 0.001 0.001 0.003 0.525 106 I 0.077 0.027 0.011 0.145 0.074 0.169 0.083 0.001 0.001 0.006 0.407 107 K 0.030 0.041 0.002 0.207 0.102 0.181 0.132 0.001 0.001 0.006 0.297 108 D 0.080 0.031 0.003 0.071 0.040 0.071 0.094 0.002 0.001 0.006 0.602 109 L 0.205 0.065 0.007 0.116 0.056 0.131 0.061 0.004 0.001 0.006 0.350 110 T 0.061 0.040 0.004 0.057 0.058 0.088 0.313 0.005 0.001 0.009 0.366