# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.197 0.220 0.242 0.101 0.092 0.028 0.043 0.012 0.051 0.012 0.001 2 S 0.218 0.150 0.275 0.154 0.052 0.016 0.088 0.008 0.023 0.011 0.004 3 G 0.084 0.040 0.109 0.036 0.325 0.011 0.031 0.214 0.006 0.143 0.001 4 W 0.253 0.382 0.171 0.089 0.059 0.017 0.012 0.002 0.013 0.001 0.001 5 Y 0.024 0.650 0.166 0.012 0.107 0.016 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 6 E 0.038 0.745 0.127 0.003 0.028 0.037 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 7 L 0.059 0.481 0.337 0.015 0.021 0.061 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 8 S 0.177 0.363 0.216 0.063 0.070 0.063 0.006 0.001 0.035 0.003 0.002 9 K 0.343 0.280 0.190 0.077 0.045 0.023 0.010 0.001 0.026 0.002 0.002 10 S 0.334 0.191 0.186 0.117 0.047 0.039 0.037 0.005 0.034 0.007 0.002 11 S 0.570 0.078 0.106 0.163 0.027 0.007 0.021 0.005 0.015 0.005 0.002 12 N 0.100 0.036 0.054 0.512 0.029 0.010 0.203 0.039 0.007 0.009 0.001 13 D 0.025 0.031 0.058 0.144 0.077 0.016 0.319 0.300 0.007 0.023 0.001 14 Q 0.042 0.420 0.344 0.099 0.035 0.018 0.026 0.002 0.012 0.001 0.001 15 F 0.012 0.491 0.353 0.054 0.050 0.028 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 16 K 0.007 0.801 0.066 0.008 0.099 0.007 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 17 F 0.001 0.754 0.108 0.001 0.121 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 18 V 0.004 0.832 0.089 0.001 0.027 0.032 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 19 L 0.005 0.740 0.178 0.003 0.027 0.022 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 20 K 0.030 0.656 0.157 0.008 0.045 0.056 0.004 0.001 0.040 0.002 0.001 21 A 0.069 0.242 0.470 0.059 0.067 0.022 0.023 0.002 0.032 0.009 0.007 22 G 0.155 0.058 0.104 0.080 0.105 0.016 0.085 0.165 0.018 0.209 0.005 23 N 0.028 0.039 0.064 0.439 0.043 0.008 0.333 0.027 0.011 0.006 0.002 24 G 0.006 0.015 0.050 0.008 0.115 0.005 0.125 0.567 0.002 0.107 0.001 25 E 0.022 0.520 0.364 0.022 0.031 0.026 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 26 V 0.007 0.578 0.329 0.005 0.011 0.061 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 27 I 0.051 0.669 0.162 0.017 0.020 0.068 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 28 L 0.057 0.624 0.121 0.026 0.125 0.025 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 29 T 0.073 0.448 0.178 0.048 0.143 0.058 0.017 0.002 0.031 0.002 0.001 30 S 0.105 0.365 0.184 0.050 0.199 0.031 0.017 0.005 0.038 0.004 0.001 31 E 0.346 0.313 0.172 0.083 0.033 0.023 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 32 L 0.265 0.248 0.174 0.159 0.073 0.034 0.027 0.003 0.013 0.002 0.001 33 Y 0.248 0.326 0.172 0.088 0.072 0.031 0.025 0.004 0.031 0.003 0.001 34 T 0.354 0.181 0.276 0.094 0.017 0.023 0.030 0.002 0.019 0.002 0.002 35 G 0.174 0.036 0.178 0.062 0.151 0.066 0.045 0.114 0.015 0.159 0.002 36 K 0.841 0.021 0.073 0.044 0.005 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 37 S 0.932 0.014 0.025 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.886 0.011 0.018 0.043 0.017 0.007 0.006 0.006 0.002 0.003 0.001 39 A 0.964 0.003 0.010 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 M 0.987 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 N 0.924 0.004 0.005 0.057 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 42 G 0.932 0.004 0.014 0.027 0.009 0.002 0.004 0.006 0.002 0.002 0.001 43 I 0.983 0.004 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.980 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.928 0.013 0.010 0.032 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 46 V 0.938 0.016 0.012 0.027 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 Q 0.861 0.045 0.036 0.031 0.006 0.006 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 48 T 0.653 0.055 0.046 0.202 0.017 0.005 0.013 0.001 0.007 0.001 0.001 49 N 0.171 0.038 0.101 0.509 0.023 0.035 0.082 0.025 0.012 0.004 0.001 50 S 0.092 0.148 0.442 0.032 0.077 0.023 0.038 0.006 0.120 0.021 0.001 51 P 0.460 0.010 0.460 0.025 0.003 0.019 0.003 0.001 0.002 0.004 0.013 52 I 0.553 0.074 0.199 0.125 0.009 0.021 0.005 0.002 0.009 0.001 0.001 53 E 0.739 0.051 0.109 0.065 0.007 0.009 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 54 A 0.725 0.077 0.099 0.061 0.014 0.008 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 55 R 0.618 0.140 0.105 0.092 0.011 0.017 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 56 Y 0.334 0.300 0.178 0.089 0.051 0.020 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 57 A 0.521 0.164 0.201 0.055 0.016 0.025 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 58 K 0.511 0.209 0.109 0.100 0.036 0.014 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 59 E 0.461 0.211 0.178 0.050 0.033 0.033 0.009 0.001 0.023 0.001 0.001 60 V 0.464 0.233 0.182 0.059 0.021 0.016 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 61 A 0.526 0.129 0.180 0.069 0.018 0.030 0.017 0.003 0.019 0.005 0.003 62 K 0.496 0.090 0.068 0.256 0.020 0.007 0.034 0.007 0.017 0.004 0.002 63 N 0.082 0.022 0.040 0.268 0.042 0.006 0.358 0.143 0.008 0.029 0.002 64 D 0.010 0.020 0.042 0.124 0.028 0.019 0.516 0.223 0.005 0.011 0.001 65 K 0.004 0.406 0.486 0.005 0.055 0.009 0.004 0.001 0.028 0.003 0.001 66 P 0.029 0.026 0.838 0.012 0.004 0.062 0.002 0.001 0.002 0.002 0.023 67 Y 0.017 0.679 0.111 0.039 0.113 0.018 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 68 F 0.004 0.672 0.150 0.004 0.143 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 69 N 0.016 0.496 0.282 0.006 0.034 0.132 0.005 0.001 0.026 0.001 0.002 70 L 0.032 0.613 0.227 0.011 0.032 0.047 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 71 K 0.086 0.415 0.323 0.010 0.042 0.064 0.007 0.001 0.043 0.004 0.003 72 A 0.263 0.189 0.383 0.045 0.039 0.030 0.010 0.001 0.027 0.005 0.006 73 A 0.395 0.104 0.135 0.234 0.037 0.014 0.046 0.009 0.015 0.008 0.003 74 N 0.045 0.023 0.045 0.233 0.067 0.013 0.373 0.167 0.009 0.024 0.001 75 H 0.034 0.071 0.167 0.124 0.042 0.035 0.434 0.077 0.009 0.006 0.001 76 Q 0.021 0.423 0.441 0.034 0.024 0.035 0.012 0.001 0.008 0.001 0.001 77 I 0.020 0.318 0.464 0.022 0.003 0.165 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 78 I 0.088 0.568 0.177 0.087 0.021 0.044 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 79 G 0.069 0.227 0.106 0.025 0.466 0.042 0.011 0.011 0.015 0.026 0.001 80 T 0.082 0.461 0.192 0.044 0.133 0.046 0.010 0.001 0.029 0.001 0.001 81 S 0.140 0.312 0.249 0.045 0.140 0.049 0.014 0.005 0.038 0.007 0.001 82 Q 0.474 0.221 0.157 0.068 0.035 0.020 0.008 0.001 0.012 0.002 0.001 83 M 0.446 0.241 0.109 0.106 0.044 0.021 0.018 0.002 0.010 0.001 0.001 84 Y 0.383 0.233 0.144 0.126 0.055 0.018 0.019 0.002 0.018 0.002 0.001 85 S 0.478 0.121 0.167 0.094 0.048 0.030 0.029 0.010 0.015 0.006 0.002 86 S 0.608 0.101 0.132 0.073 0.030 0.027 0.009 0.003 0.015 0.003 0.001 87 T 0.899 0.017 0.033 0.042 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 A 0.903 0.024 0.021 0.037 0.004 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 89 A 0.829 0.020 0.039 0.081 0.007 0.012 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 90 R 0.910 0.013 0.040 0.025 0.003 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 91 D 0.958 0.005 0.011 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.263 0.005 0.013 0.681 0.003 0.003 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 93 G 0.157 0.006 0.035 0.026 0.055 0.007 0.166 0.450 0.007 0.093 0.001 94 I 0.824 0.016 0.131 0.020 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.937 0.013 0.013 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 S 0.852 0.052 0.024 0.026 0.032 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 97 V 0.957 0.018 0.010 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 M 0.914 0.036 0.027 0.012 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 99 E 0.811 0.021 0.019 0.118 0.012 0.003 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 100 N 0.204 0.027 0.077 0.445 0.030 0.018 0.136 0.042 0.012 0.008 0.001 101 G 0.240 0.095 0.315 0.084 0.071 0.024 0.052 0.037 0.037 0.044 0.002 102 K 0.466 0.060 0.293 0.116 0.008 0.017 0.024 0.002 0.005 0.004 0.005 103 T 0.280 0.100 0.116 0.321 0.058 0.033 0.046 0.032 0.009 0.004 0.001 104 T 0.210 0.301 0.256 0.098 0.075 0.024 0.012 0.004 0.019 0.001 0.001 105 T 0.211 0.349 0.289 0.064 0.019 0.042 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 106 I 0.236 0.425 0.192 0.055 0.016 0.050 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 107 K 0.337 0.350 0.165 0.062 0.045 0.018 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 108 D 0.195 0.184 0.231 0.115 0.080 0.082 0.058 0.010 0.035 0.007 0.002 109 L 0.337 0.173 0.220 0.158 0.033 0.037 0.018 0.003 0.017 0.002 0.001 110 T 0.245 0.253 0.209 0.145 0.052 0.028 0.031 0.005 0.027 0.005 0.001