# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.088 0.048 0.027 0.144 0.032 0.061 0.142 0.093 0.166 0.066 2 S 0.093 0.179 0.084 0.094 0.141 0.073 0.079 0.089 0.063 0.067 0.036 3 G 0.067 0.088 0.178 0.221 0.086 0.078 0.048 0.062 0.044 0.092 0.038 4 W 0.256 0.093 0.024 0.011 0.374 0.017 0.042 0.057 0.039 0.051 0.036 5 Y 0.209 0.176 0.017 0.004 0.531 0.006 0.007 0.011 0.005 0.007 0.026 6 E 0.216 0.157 0.027 0.002 0.541 0.003 0.005 0.008 0.003 0.003 0.037 7 L 0.345 0.151 0.032 0.004 0.345 0.007 0.008 0.019 0.009 0.014 0.067 8 S 0.149 0.280 0.063 0.007 0.388 0.009 0.013 0.029 0.013 0.012 0.037 9 K 0.159 0.201 0.079 0.015 0.278 0.023 0.039 0.079 0.033 0.038 0.057 10 S 0.109 0.214 0.279 0.028 0.156 0.014 0.025 0.071 0.031 0.024 0.048 11 S 0.034 0.087 0.063 0.080 0.047 0.094 0.086 0.262 0.168 0.058 0.021 12 N 0.016 0.330 0.176 0.124 0.036 0.060 0.107 0.059 0.049 0.030 0.012 13 D 0.034 0.020 0.034 0.067 0.018 0.032 0.024 0.025 0.033 0.486 0.227 14 Q 0.122 0.332 0.039 0.010 0.354 0.013 0.031 0.013 0.012 0.036 0.037 15 F 0.341 0.083 0.004 0.002 0.531 0.004 0.003 0.002 0.002 0.006 0.022 16 K 0.166 0.089 0.004 0.001 0.722 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 17 F 0.370 0.022 0.002 0.001 0.592 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 18 V 0.262 0.084 0.007 0.001 0.612 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 19 L 0.194 0.144 0.036 0.001 0.530 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.088 20 K 0.371 0.145 0.023 0.007 0.300 0.011 0.010 0.010 0.009 0.024 0.088 21 A 0.071 0.105 0.141 0.160 0.084 0.137 0.098 0.059 0.045 0.059 0.040 22 G 0.014 0.032 0.058 0.405 0.017 0.168 0.075 0.102 0.056 0.059 0.013 23 N 0.007 0.085 0.115 0.332 0.013 0.097 0.133 0.095 0.048 0.062 0.013 24 G 0.026 0.021 0.039 0.060 0.014 0.027 0.010 0.039 0.048 0.567 0.147 25 E 0.065 0.386 0.030 0.005 0.392 0.010 0.019 0.044 0.021 0.013 0.014 26 V 0.399 0.054 0.006 0.003 0.460 0.003 0.008 0.026 0.008 0.012 0.022 27 I 0.252 0.109 0.012 0.005 0.543 0.006 0.013 0.025 0.007 0.005 0.022 28 L 0.281 0.101 0.032 0.008 0.434 0.010 0.015 0.035 0.009 0.014 0.061 29 T 0.179 0.157 0.046 0.023 0.217 0.030 0.027 0.063 0.037 0.100 0.122 30 S 0.091 0.315 0.079 0.012 0.327 0.012 0.012 0.052 0.033 0.019 0.048 31 E 0.072 0.090 0.018 0.006 0.138 0.011 0.031 0.271 0.283 0.056 0.024 32 L 0.095 0.063 0.034 0.013 0.134 0.016 0.106 0.246 0.145 0.115 0.034 33 Y 0.149 0.100 0.040 0.019 0.163 0.024 0.069 0.153 0.074 0.137 0.072 34 T 0.041 0.133 0.087 0.089 0.080 0.077 0.095 0.158 0.066 0.130 0.043 35 G 0.034 0.123 0.244 0.158 0.047 0.030 0.018 0.114 0.055 0.139 0.037 36 K 0.028 0.084 0.043 0.013 0.058 0.012 0.022 0.507 0.167 0.050 0.016 37 S 0.010 0.040 0.018 0.007 0.017 0.014 0.025 0.638 0.179 0.043 0.010 38 G 0.016 0.035 0.018 0.007 0.023 0.007 0.014 0.624 0.134 0.100 0.023 39 A 0.017 0.017 0.010 0.003 0.024 0.004 0.010 0.780 0.097 0.033 0.007 40 M 0.007 0.010 0.007 0.004 0.009 0.007 0.022 0.848 0.073 0.009 0.003 41 N 0.012 0.025 0.012 0.008 0.009 0.008 0.041 0.781 0.066 0.032 0.006 42 G 0.016 0.019 0.011 0.005 0.021 0.004 0.006 0.766 0.090 0.051 0.011 43 I 0.017 0.016 0.005 0.003 0.027 0.004 0.006 0.788 0.117 0.010 0.005 44 E 0.011 0.008 0.003 0.004 0.010 0.004 0.048 0.854 0.050 0.006 0.002 45 S 0.034 0.033 0.012 0.005 0.047 0.004 0.044 0.726 0.051 0.035 0.009 46 V 0.071 0.048 0.009 0.005 0.085 0.006 0.025 0.583 0.102 0.046 0.020 47 Q 0.044 0.058 0.026 0.010 0.071 0.016 0.040 0.538 0.144 0.027 0.027 48 T 0.029 0.096 0.030 0.011 0.061 0.021 0.132 0.433 0.117 0.055 0.015 49 N 0.047 0.089 0.062 0.035 0.059 0.033 0.074 0.127 0.091 0.323 0.061 50 S 0.052 0.323 0.190 0.037 0.126 0.012 0.023 0.072 0.043 0.068 0.054 51 P 0.050 0.271 0.114 0.020 0.095 0.015 0.029 0.199 0.109 0.063 0.035 52 I 0.041 0.187 0.050 0.011 0.097 0.019 0.041 0.314 0.162 0.056 0.021 53 E 0.054 0.065 0.021 0.008 0.084 0.016 0.029 0.467 0.167 0.067 0.022 54 A 0.045 0.058 0.017 0.006 0.101 0.014 0.038 0.513 0.138 0.055 0.016 55 R 0.126 0.049 0.017 0.009 0.120 0.014 0.056 0.428 0.081 0.068 0.031 56 Y 0.109 0.128 0.041 0.017 0.186 0.028 0.036 0.299 0.073 0.050 0.034 57 A 0.161 0.078 0.024 0.013 0.180 0.019 0.035 0.332 0.078 0.047 0.033 58 K 0.134 0.119 0.031 0.008 0.193 0.010 0.038 0.349 0.057 0.036 0.027 59 E 0.113 0.170 0.051 0.005 0.243 0.008 0.032 0.269 0.033 0.030 0.045 60 V 0.102 0.173 0.054 0.010 0.198 0.011 0.026 0.302 0.052 0.030 0.040 61 A 0.058 0.062 0.066 0.016 0.056 0.024 0.070 0.477 0.101 0.038 0.031 62 K 0.024 0.093 0.054 0.046 0.038 0.093 0.107 0.358 0.108 0.059 0.019 63 N 0.012 0.447 0.196 0.124 0.038 0.034 0.061 0.031 0.019 0.026 0.012 64 D 0.037 0.017 0.024 0.058 0.016 0.015 0.011 0.014 0.022 0.503 0.283 65 K 0.052 0.535 0.125 0.017 0.207 0.008 0.010 0.007 0.008 0.011 0.018 66 P 0.241 0.183 0.041 0.015 0.359 0.030 0.031 0.019 0.018 0.023 0.041 67 Y 0.253 0.127 0.011 0.005 0.531 0.012 0.012 0.009 0.009 0.011 0.021 68 F 0.218 0.092 0.007 0.001 0.653 0.003 0.003 0.004 0.002 0.003 0.013 69 N 0.274 0.098 0.016 0.001 0.563 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.037 70 L 0.191 0.173 0.021 0.002 0.530 0.003 0.004 0.012 0.004 0.005 0.054 71 K 0.225 0.186 0.058 0.008 0.368 0.009 0.017 0.043 0.015 0.012 0.058 72 A 0.190 0.084 0.064 0.027 0.152 0.038 0.079 0.190 0.066 0.047 0.063 73 A 0.031 0.130 0.094 0.109 0.049 0.153 0.127 0.123 0.076 0.082 0.028 74 N 0.036 0.116 0.098 0.243 0.048 0.082 0.054 0.052 0.049 0.151 0.071 75 H 0.075 0.078 0.051 0.060 0.069 0.036 0.024 0.062 0.090 0.325 0.130 76 Q 0.089 0.308 0.042 0.014 0.345 0.021 0.029 0.044 0.037 0.038 0.032 77 I 0.407 0.069 0.014 0.007 0.386 0.007 0.013 0.020 0.013 0.023 0.041 78 I 0.206 0.118 0.047 0.030 0.319 0.049 0.048 0.049 0.025 0.048 0.061 79 G 0.117 0.219 0.158 0.054 0.244 0.027 0.016 0.044 0.019 0.035 0.067 80 T 0.119 0.173 0.049 0.029 0.172 0.028 0.027 0.153 0.081 0.100 0.069 81 S 0.082 0.203 0.067 0.019 0.208 0.021 0.025 0.195 0.091 0.049 0.040 82 Q 0.085 0.086 0.023 0.009 0.142 0.013 0.038 0.390 0.138 0.049 0.026 83 M 0.098 0.071 0.027 0.011 0.120 0.014 0.064 0.411 0.089 0.063 0.032 84 Y 0.085 0.097 0.033 0.015 0.113 0.019 0.038 0.403 0.084 0.074 0.039 85 S 0.035 0.115 0.058 0.018 0.050 0.028 0.044 0.435 0.087 0.101 0.029 86 S 0.050 0.133 0.041 0.006 0.084 0.005 0.009 0.541 0.070 0.044 0.018 87 T 0.004 0.012 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 0.837 0.123 0.007 0.002 88 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.915 0.059 0.006 0.001 89 A 0.004 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.905 0.050 0.018 0.002 90 R 0.003 0.003 0.004 0.001 0.003 0.004 0.020 0.890 0.049 0.021 0.003 91 D 0.002 0.025 0.010 0.004 0.005 0.012 0.058 0.835 0.038 0.010 0.003 92 N 0.007 0.523 0.226 0.034 0.020 0.015 0.016 0.101 0.021 0.027 0.011 93 G 0.030 0.020 0.033 0.033 0.011 0.011 0.005 0.180 0.052 0.393 0.232 94 I 0.041 0.071 0.028 0.007 0.066 0.007 0.010 0.576 0.150 0.029 0.016 95 K 0.021 0.032 0.010 0.007 0.026 0.013 0.059 0.738 0.076 0.011 0.006 96 S 0.049 0.071 0.028 0.008 0.060 0.007 0.031 0.632 0.074 0.028 0.013 97 V 0.036 0.023 0.005 0.002 0.051 0.003 0.012 0.711 0.115 0.034 0.008 98 M 0.032 0.030 0.017 0.008 0.046 0.013 0.028 0.620 0.165 0.026 0.015 99 E 0.022 0.071 0.026 0.015 0.041 0.023 0.175 0.485 0.094 0.038 0.010 100 N 0.062 0.077 0.055 0.030 0.069 0.025 0.058 0.136 0.079 0.336 0.073 101 G 0.098 0.208 0.085 0.046 0.150 0.022 0.026 0.080 0.085 0.117 0.082 102 K 0.033 0.203 0.115 0.051 0.073 0.055 0.126 0.160 0.096 0.061 0.028 103 T 0.141 0.110 0.035 0.011 0.186 0.013 0.024 0.083 0.080 0.224 0.093 104 T 0.079 0.343 0.020 0.005 0.356 0.013 0.020 0.071 0.054 0.022 0.018 105 T 0.161 0.145 0.037 0.004 0.428 0.008 0.030 0.085 0.030 0.025 0.046 106 I 0.281 0.080 0.012 0.006 0.282 0.007 0.010 0.082 0.067 0.095 0.078 107 K 0.064 0.189 0.049 0.024 0.243 0.075 0.096 0.110 0.070 0.044 0.036 108 D 0.261 0.100 0.031 0.003 0.414 0.004 0.010 0.040 0.021 0.051 0.063 109 L 0.080 0.080 0.022 0.009 0.130 0.013 0.028 0.196 0.256 0.144 0.042 110 T 0.069 0.166 0.074 0.023 0.133 0.034 0.051 0.219 0.119 0.075 0.037