# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.440 0.200 0.178 0.098 0.058 0.023 0.003 2 S 0.393 0.254 0.201 0.107 0.029 0.013 0.002 3 G 0.397 0.278 0.199 0.073 0.035 0.017 0.002 4 W 0.068 0.144 0.238 0.263 0.194 0.079 0.014 5 Y 0.028 0.042 0.063 0.146 0.286 0.380 0.054 6 E 0.042 0.143 0.275 0.307 0.173 0.055 0.005 7 L 0.026 0.040 0.066 0.153 0.337 0.350 0.029 8 S 0.068 0.207 0.288 0.249 0.148 0.038 0.002 9 K 0.223 0.397 0.187 0.143 0.040 0.010 0.001 10 S 0.315 0.254 0.211 0.156 0.055 0.008 0.001 11 S 0.510 0.247 0.164 0.063 0.013 0.003 0.001 12 N 0.712 0.200 0.074 0.012 0.002 0.001 0.001 13 D 0.521 0.319 0.121 0.030 0.008 0.001 0.001 14 Q 0.157 0.374 0.266 0.142 0.047 0.014 0.001 15 F 0.005 0.019 0.052 0.181 0.454 0.276 0.013 16 K 0.014 0.049 0.163 0.272 0.292 0.173 0.036 17 F 0.008 0.028 0.052 0.090 0.230 0.472 0.121 18 V 0.013 0.056 0.159 0.326 0.273 0.144 0.029 19 L 0.007 0.010 0.021 0.064 0.242 0.494 0.162 20 K 0.046 0.158 0.280 0.260 0.168 0.076 0.011 21 A 0.087 0.153 0.207 0.285 0.190 0.071 0.006 22 G 0.308 0.334 0.195 0.114 0.036 0.012 0.001 23 N 0.539 0.267 0.139 0.035 0.013 0.006 0.001 24 G 0.110 0.244 0.202 0.245 0.144 0.051 0.005 25 E 0.096 0.190 0.246 0.264 0.142 0.058 0.005 26 V 0.034 0.066 0.113 0.233 0.321 0.205 0.028 27 I 0.026 0.027 0.043 0.070 0.138 0.452 0.243 28 L 0.030 0.032 0.047 0.103 0.180 0.372 0.236 29 T 0.080 0.108 0.143 0.242 0.212 0.139 0.076 30 S 0.121 0.119 0.144 0.171 0.189 0.183 0.075 31 E 0.189 0.187 0.181 0.167 0.124 0.118 0.034 32 L 0.185 0.219 0.222 0.164 0.125 0.074 0.011 33 Y 0.122 0.141 0.169 0.257 0.204 0.099 0.008 34 T 0.361 0.263 0.204 0.105 0.043 0.022 0.003 35 G 0.288 0.241 0.195 0.144 0.092 0.037 0.004 36 K 0.204 0.184 0.231 0.227 0.115 0.036 0.003 37 S 0.406 0.329 0.146 0.089 0.023 0.007 0.001 38 G 0.251 0.299 0.293 0.106 0.040 0.011 0.001 39 A 0.037 0.050 0.074 0.203 0.375 0.240 0.021 40 M 0.089 0.259 0.282 0.283 0.070 0.016 0.001 41 N 0.203 0.375 0.277 0.089 0.039 0.015 0.001 42 G 0.015 0.061 0.145 0.299 0.282 0.178 0.019 43 I 0.004 0.012 0.050 0.137 0.421 0.313 0.063 44 E 0.050 0.359 0.301 0.200 0.066 0.021 0.003 45 S 0.017 0.090 0.236 0.335 0.251 0.065 0.007 46 V 0.004 0.008 0.020 0.073 0.341 0.495 0.059 47 Q 0.025 0.127 0.308 0.330 0.161 0.045 0.005 48 T 0.108 0.406 0.279 0.139 0.052 0.016 0.001 49 N 0.052 0.115 0.183 0.308 0.233 0.103 0.005 50 S 0.123 0.167 0.208 0.267 0.172 0.058 0.005 51 P 0.435 0.360 0.135 0.051 0.015 0.003 0.001 52 I 0.480 0.267 0.146 0.077 0.025 0.005 0.001 53 E 0.680 0.218 0.079 0.018 0.004 0.001 0.001 54 A 0.389 0.351 0.138 0.086 0.030 0.006 0.001 55 R 0.191 0.217 0.243 0.202 0.120 0.028 0.001 56 Y 0.103 0.134 0.210 0.287 0.208 0.057 0.002 57 A 0.271 0.363 0.213 0.110 0.035 0.007 0.001 58 K 0.196 0.245 0.219 0.208 0.108 0.024 0.001 59 E 0.390 0.300 0.189 0.087 0.027 0.006 0.001 60 V 0.377 0.287 0.180 0.119 0.032 0.005 0.001 61 A 0.626 0.223 0.102 0.039 0.009 0.001 0.001 62 K 0.719 0.188 0.071 0.019 0.003 0.001 0.001 63 N 0.778 0.149 0.062 0.009 0.002 0.001 0.001 64 D 0.565 0.293 0.100 0.035 0.007 0.001 0.001 65 K 0.435 0.333 0.158 0.054 0.017 0.004 0.001 66 P 0.045 0.110 0.162 0.264 0.301 0.113 0.006 67 Y 0.028 0.069 0.188 0.289 0.273 0.136 0.019 68 F 0.024 0.075 0.119 0.187 0.299 0.255 0.041 69 N 0.038 0.123 0.251 0.327 0.181 0.069 0.011 70 L 0.012 0.016 0.030 0.085 0.334 0.437 0.085 71 K 0.052 0.167 0.285 0.268 0.155 0.065 0.008 72 A 0.110 0.182 0.204 0.263 0.176 0.060 0.006 73 A 0.262 0.352 0.201 0.128 0.042 0.014 0.002 74 N 0.342 0.256 0.206 0.106 0.059 0.028 0.004 75 H 0.191 0.281 0.209 0.203 0.084 0.029 0.003 76 Q 0.222 0.278 0.237 0.161 0.073 0.027 0.003 77 I 0.065 0.096 0.152 0.240 0.258 0.167 0.022 78 I 0.053 0.050 0.072 0.125 0.204 0.375 0.121 79 G 0.081 0.122 0.143 0.214 0.217 0.166 0.056 80 T 0.134 0.174 0.183 0.211 0.149 0.102 0.048 81 S 0.107 0.127 0.153 0.188 0.194 0.169 0.062 82 Q 0.157 0.203 0.178 0.179 0.131 0.119 0.033 83 M 0.128 0.160 0.199 0.211 0.187 0.099 0.017 84 Y 0.123 0.121 0.152 0.224 0.220 0.140 0.020 85 S 0.210 0.213 0.226 0.183 0.111 0.049 0.008 86 S 0.264 0.197 0.188 0.185 0.109 0.052 0.005 87 T 0.502 0.249 0.156 0.062 0.022 0.009 0.001 88 A 0.355 0.274 0.166 0.133 0.053 0.018 0.001 89 A 0.359 0.255 0.213 0.102 0.051 0.020 0.002 90 R 0.220 0.221 0.212 0.209 0.101 0.034 0.003 91 D 0.539 0.270 0.131 0.049 0.009 0.002 0.001 92 N 0.374 0.363 0.184 0.054 0.019 0.006 0.001 93 G 0.033 0.086 0.179 0.264 0.315 0.116 0.007 94 I 0.009 0.024 0.095 0.224 0.422 0.207 0.019 95 K 0.133 0.474 0.251 0.113 0.024 0.005 0.001 96 S 0.025 0.159 0.354 0.300 0.138 0.022 0.001 97 V 0.004 0.007 0.018 0.077 0.440 0.429 0.024 98 M 0.014 0.087 0.280 0.377 0.197 0.042 0.003 99 E 0.193 0.515 0.209 0.062 0.016 0.004 0.001 100 N 0.061 0.204 0.315 0.282 0.117 0.021 0.001 101 G 0.063 0.083 0.152 0.334 0.284 0.081 0.004 102 K 0.470 0.362 0.129 0.031 0.007 0.001 0.001 103 T 0.665 0.259 0.059 0.014 0.002 0.001 0.001 104 T 0.395 0.288 0.194 0.089 0.031 0.004 0.001 105 T 0.344 0.454 0.129 0.060 0.011 0.002 0.001 106 I 0.136 0.163 0.224 0.274 0.184 0.020 0.001 107 K 0.488 0.354 0.101 0.049 0.007 0.001 0.001 108 D 0.488 0.304 0.124 0.060 0.022 0.002 0.001 109 L 0.468 0.248 0.166 0.091 0.025 0.003 0.001 110 T 0.739 0.186 0.056 0.016 0.003 0.001 0.001