# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.1173 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.142 0.103 0.105 0.137 0.150 0.126 0.085 0.067 0.039 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 2 S 0.126 0.114 0.110 0.133 0.138 0.117 0.102 0.062 0.045 0.028 0.017 0.005 0.002 0.002 3 G 0.082 0.078 0.093 0.128 0.145 0.133 0.100 0.088 0.064 0.043 0.024 0.013 0.005 0.003 4 W 0.030 0.033 0.042 0.076 0.139 0.136 0.134 0.125 0.110 0.077 0.051 0.024 0.012 0.009 5 Y 0.013 0.009 0.015 0.020 0.038 0.062 0.093 0.121 0.152 0.169 0.173 0.078 0.044 0.013 6 E 0.025 0.030 0.040 0.080 0.107 0.116 0.149 0.180 0.094 0.077 0.053 0.026 0.013 0.011 7 L 0.011 0.010 0.012 0.022 0.030 0.060 0.081 0.105 0.197 0.176 0.123 0.106 0.053 0.012 8 S 0.040 0.057 0.073 0.130 0.151 0.160 0.147 0.129 0.058 0.027 0.019 0.005 0.002 0.002 9 K 0.119 0.154 0.152 0.176 0.128 0.109 0.063 0.043 0.029 0.013 0.011 0.002 0.001 0.001 10 S 0.207 0.184 0.144 0.188 0.137 0.075 0.036 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 S 0.333 0.171 0.309 0.089 0.041 0.026 0.016 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.452 0.184 0.161 0.090 0.053 0.021 0.027 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.347 0.265 0.212 0.078 0.035 0.033 0.019 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.086 0.148 0.168 0.181 0.183 0.115 0.060 0.028 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 15 F 0.016 0.017 0.023 0.057 0.105 0.145 0.186 0.187 0.120 0.071 0.036 0.022 0.011 0.002 16 K 0.025 0.023 0.037 0.074 0.130 0.136 0.137 0.151 0.113 0.071 0.054 0.030 0.011 0.007 17 F 0.013 0.005 0.008 0.014 0.025 0.040 0.068 0.102 0.139 0.185 0.161 0.149 0.073 0.017 18 V 0.017 0.021 0.023 0.052 0.078 0.104 0.122 0.159 0.123 0.103 0.081 0.063 0.029 0.022 19 L 0.012 0.008 0.010 0.016 0.030 0.053 0.093 0.119 0.157 0.181 0.160 0.090 0.053 0.018 20 K 0.029 0.050 0.055 0.104 0.148 0.157 0.151 0.142 0.073 0.042 0.032 0.009 0.004 0.005 21 A 0.034 0.045 0.062 0.104 0.149 0.146 0.131 0.112 0.094 0.056 0.040 0.015 0.008 0.004 22 G 0.073 0.114 0.133 0.208 0.177 0.123 0.069 0.048 0.033 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 23 N 0.147 0.161 0.191 0.159 0.115 0.103 0.050 0.031 0.027 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 24 G 0.084 0.094 0.105 0.152 0.167 0.142 0.117 0.071 0.039 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 25 E 0.097 0.104 0.124 0.145 0.150 0.138 0.099 0.064 0.046 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 26 V 0.045 0.028 0.038 0.062 0.103 0.123 0.162 0.155 0.104 0.081 0.050 0.028 0.015 0.005 27 I 0.035 0.021 0.028 0.045 0.078 0.101 0.126 0.150 0.129 0.100 0.080 0.062 0.030 0.014 28 L 0.028 0.013 0.015 0.021 0.035 0.057 0.081 0.104 0.142 0.156 0.141 0.123 0.062 0.021 29 T 0.041 0.038 0.039 0.064 0.095 0.109 0.135 0.135 0.113 0.087 0.078 0.036 0.015 0.014 30 S 0.042 0.033 0.039 0.060 0.096 0.107 0.133 0.130 0.112 0.095 0.087 0.034 0.020 0.012 31 E 0.072 0.063 0.077 0.117 0.148 0.137 0.123 0.106 0.070 0.046 0.025 0.010 0.005 0.003 32 L 0.062 0.064 0.083 0.127 0.179 0.144 0.123 0.092 0.064 0.036 0.015 0.007 0.003 0.002 33 Y 0.108 0.091 0.084 0.129 0.172 0.139 0.108 0.082 0.044 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 34 T 0.338 0.206 0.149 0.113 0.077 0.055 0.030 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 35 G 0.252 0.142 0.138 0.139 0.126 0.095 0.054 0.026 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 36 K 0.204 0.137 0.177 0.160 0.128 0.091 0.052 0.026 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 37 S 0.635 0.157 0.098 0.048 0.027 0.017 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.249 0.224 0.196 0.136 0.087 0.062 0.023 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.051 0.037 0.041 0.098 0.164 0.186 0.168 0.135 0.063 0.029 0.017 0.007 0.004 0.001 40 M 0.142 0.159 0.201 0.184 0.132 0.085 0.047 0.023 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 41 N 0.379 0.193 0.139 0.111 0.074 0.050 0.024 0.015 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 42 G 0.043 0.056 0.065 0.149 0.198 0.198 0.129 0.077 0.048 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 43 I 0.026 0.024 0.041 0.077 0.141 0.171 0.186 0.167 0.078 0.039 0.029 0.011 0.007 0.003 44 E 0.322 0.198 0.135 0.107 0.083 0.065 0.038 0.021 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 45 S 0.111 0.104 0.118 0.175 0.167 0.129 0.078 0.057 0.029 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 46 V 0.033 0.024 0.029 0.067 0.125 0.165 0.198 0.155 0.091 0.045 0.039 0.015 0.009 0.003 47 Q 0.116 0.125 0.176 0.180 0.154 0.113 0.060 0.037 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 48 T 0.488 0.182 0.106 0.077 0.057 0.040 0.024 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 49 N 0.132 0.107 0.108 0.162 0.184 0.143 0.080 0.041 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 50 S 0.204 0.106 0.124 0.141 0.159 0.109 0.076 0.040 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 51 P 0.403 0.182 0.124 0.100 0.082 0.047 0.033 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 52 I 0.234 0.134 0.128 0.133 0.146 0.093 0.061 0.033 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 53 E 0.424 0.186 0.127 0.090 0.067 0.047 0.032 0.011 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 54 A 0.366 0.163 0.110 0.114 0.098 0.074 0.041 0.017 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 55 R 0.238 0.149 0.116 0.142 0.146 0.095 0.059 0.026 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.154 0.114 0.117 0.164 0.179 0.123 0.065 0.042 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 57 A 0.413 0.199 0.126 0.085 0.062 0.055 0.033 0.010 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 58 K 0.303 0.180 0.147 0.140 0.094 0.075 0.035 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.470 0.169 0.128 0.092 0.065 0.037 0.025 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.346 0.192 0.167 0.131 0.081 0.048 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.614 0.159 0.079 0.065 0.048 0.017 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 K 0.599 0.188 0.125 0.041 0.019 0.014 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 N 0.547 0.160 0.103 0.080 0.052 0.023 0.027 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.365 0.191 0.245 0.081 0.048 0.037 0.020 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.189 0.167 0.217 0.142 0.126 0.083 0.037 0.015 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 66 P 0.034 0.032 0.045 0.101 0.155 0.164 0.170 0.126 0.080 0.049 0.021 0.014 0.006 0.001 67 Y 0.028 0.023 0.037 0.083 0.143 0.138 0.150 0.149 0.101 0.063 0.040 0.028 0.011 0.005 68 F 0.019 0.008 0.012 0.022 0.037 0.059 0.086 0.122 0.150 0.173 0.118 0.126 0.056 0.012 69 N 0.033 0.036 0.039 0.075 0.109 0.122 0.136 0.154 0.100 0.072 0.063 0.034 0.013 0.014 70 L 0.016 0.011 0.013 0.020 0.038 0.061 0.099 0.120 0.150 0.159 0.167 0.079 0.049 0.017 71 K 0.041 0.059 0.069 0.115 0.153 0.150 0.135 0.123 0.071 0.040 0.027 0.009 0.005 0.004 72 A 0.054 0.054 0.066 0.106 0.141 0.135 0.124 0.109 0.089 0.057 0.037 0.018 0.008 0.004 73 A 0.076 0.109 0.113 0.182 0.169 0.133 0.087 0.062 0.039 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 74 N 0.127 0.129 0.139 0.170 0.140 0.128 0.067 0.043 0.032 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 75 H 0.099 0.112 0.120 0.151 0.163 0.135 0.097 0.060 0.036 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 76 Q 0.116 0.100 0.104 0.118 0.144 0.141 0.105 0.068 0.053 0.026 0.015 0.006 0.003 0.001 77 I 0.049 0.031 0.042 0.068 0.113 0.132 0.153 0.154 0.096 0.076 0.042 0.026 0.013 0.005 78 I 0.039 0.020 0.025 0.037 0.063 0.086 0.108 0.132 0.134 0.114 0.104 0.080 0.043 0.016 79 G 0.069 0.041 0.045 0.059 0.075 0.093 0.100 0.118 0.117 0.106 0.077 0.061 0.024 0.013 80 T 0.067 0.053 0.056 0.085 0.114 0.108 0.131 0.117 0.087 0.069 0.066 0.025 0.011 0.010 81 S 0.057 0.042 0.052 0.076 0.106 0.125 0.120 0.120 0.107 0.079 0.063 0.027 0.017 0.009 82 Q 0.096 0.079 0.096 0.128 0.155 0.126 0.114 0.088 0.054 0.036 0.017 0.007 0.003 0.002 83 M 0.090 0.079 0.083 0.118 0.158 0.129 0.112 0.087 0.068 0.041 0.020 0.010 0.004 0.002 84 Y 0.087 0.070 0.076 0.109 0.163 0.144 0.122 0.102 0.057 0.037 0.020 0.008 0.004 0.002 85 S 0.207 0.158 0.142 0.139 0.118 0.092 0.061 0.035 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 86 S 0.177 0.119 0.116 0.137 0.141 0.121 0.075 0.052 0.032 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 87 T 0.332 0.162 0.158 0.117 0.091 0.060 0.039 0.018 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 88 A 0.310 0.144 0.133 0.132 0.116 0.074 0.042 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 89 A 0.295 0.181 0.132 0.131 0.107 0.068 0.046 0.019 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 90 R 0.191 0.138 0.153 0.168 0.148 0.100 0.052 0.024 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 91 D 0.550 0.202 0.114 0.051 0.032 0.025 0.015 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.346 0.221 0.163 0.113 0.070 0.050 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 G 0.082 0.086 0.086 0.168 0.205 0.166 0.104 0.050 0.033 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 94 I 0.034 0.042 0.060 0.135 0.192 0.181 0.142 0.116 0.059 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 95 K 0.473 0.207 0.141 0.069 0.041 0.034 0.015 0.007 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 96 S 0.117 0.140 0.151 0.196 0.163 0.117 0.053 0.032 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 97 V 0.023 0.020 0.024 0.061 0.120 0.167 0.220 0.178 0.093 0.038 0.036 0.011 0.008 0.002 98 M 0.091 0.134 0.172 0.204 0.174 0.115 0.054 0.029 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 99 E 0.637 0.164 0.088 0.045 0.027 0.020 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 N 0.112 0.120 0.122 0.201 0.199 0.136 0.059 0.027 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 101 G 0.105 0.082 0.101 0.151 0.198 0.150 0.110 0.055 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 102 K 0.443 0.185 0.153 0.078 0.059 0.037 0.024 0.008 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 T 0.372 0.197 0.133 0.098 0.077 0.061 0.031 0.012 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 104 T 0.199 0.131 0.114 0.149 0.146 0.119 0.073 0.033 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 105 T 0.145 0.127 0.127 0.167 0.177 0.120 0.064 0.039 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 106 I 0.135 0.071 0.065 0.115 0.154 0.137 0.108 0.088 0.064 0.031 0.015 0.010 0.004 0.001 107 K 0.318 0.162 0.125 0.122 0.102 0.074 0.045 0.024 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 108 D 0.389 0.179 0.134 0.091 0.077 0.058 0.035 0.013 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 109 L 0.148 0.111 0.107 0.153 0.169 0.139 0.075 0.049 0.026 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 110 T 0.502 0.165 0.111 0.075 0.054 0.038 0.031 0.008 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001