# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7033 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.002 0.003 0.014 0.020 0.134 0.004 0.033 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.031 0.161 0.111 0.120 0.317 0.001 2 I 0.003 0.004 0.035 0.057 0.039 0.006 0.064 0.130 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.036 0.018 0.312 0.038 0.107 0.141 0.001 3 E 0.006 0.007 0.034 0.029 0.065 0.011 0.152 0.362 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.025 0.010 0.147 0.038 0.040 0.063 0.001 4 A 0.012 0.013 0.038 0.049 0.047 0.014 0.164 0.432 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.018 0.007 0.089 0.031 0.032 0.039 0.001 5 R 0.016 0.021 0.022 0.033 0.078 0.008 0.088 0.539 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.012 0.009 0.075 0.031 0.024 0.025 0.001 6 Y 0.023 0.035 0.046 0.049 0.043 0.007 0.043 0.622 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.018 0.005 0.044 0.016 0.019 0.017 0.001 7 A 0.057 0.070 0.037 0.068 0.139 0.009 0.049 0.440 0.008 0.004 0.003 0.002 0.007 0.003 0.012 0.008 0.040 0.011 0.015 0.015 0.002 8 K 0.074 0.091 0.048 0.097 0.099 0.011 0.065 0.372 0.007 0.004 0.002 0.002 0.007 0.003 0.019 0.005 0.043 0.014 0.016 0.019 0.002 9 E 0.044 0.046 0.042 0.090 0.158 0.016 0.067 0.332 0.006 0.009 0.002 0.002 0.006 0.002 0.013 0.009 0.059 0.039 0.029 0.026 0.003 10 V 0.030 0.040 0.093 0.129 0.140 0.019 0.071 0.163 0.005 0.009 0.002 0.002 0.005 0.002 0.021 0.009 0.083 0.049 0.066 0.060 0.002 11 A 0.023 0.024 0.067 0.061 0.182 0.006 0.109 0.062 0.006 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.006 0.098 0.108 0.095 0.114 0.002 12 K 0.009 0.005 0.099 0.102 0.094 0.003 0.112 0.008 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.232 0.045 0.080 0.173 0.001 13 N 0.001 0.002 0.034 0.049 0.037 0.001 0.405 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.271 0.046 0.030 0.111 0.001 14 D 0.003 0.004 0.032 0.011 0.073 0.001 0.435 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.054 0.219 0.047 0.102 0.001 15 K 0.012 0.008 0.243 0.080 0.098 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.018 0.031 0.058 0.101 0.309 0.002 16 P 0.029 0.048 0.041 0.024 0.658 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 0.007 0.027 0.029 0.034 0.013 0.016 0.027 0.006 17 Y 0.091 0.147 0.169 0.127 0.071 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.030 0.030 0.089 0.031 0.143 0.012 0.006 0.003 0.006 0.004 0.019 18 F 0.206 0.256 0.047 0.074 0.171 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.027 0.033 0.068 0.039 0.025 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 19 N 0.333 0.299 0.023 0.038 0.116 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.027 0.038 0.046 0.027 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 20 L 0.286 0.276 0.033 0.063 0.084 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.026 0.057 0.053 0.047 0.021 0.001 0.002 0.002 0.002 0.021 21 K 0.231 0.308 0.036 0.054 0.163 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.014 0.015 0.040 0.019 0.056 0.022 0.003 0.003 0.006 0.003 0.019 22 A 0.215 0.218 0.064 0.102 0.096 0.002 0.010 0.003 0.004 0.002 0.019 0.015 0.032 0.040 0.090 0.021 0.011 0.013 0.020 0.011 0.010 23 A 0.097 0.051 0.089 0.109 0.211 0.003 0.050 0.002 0.003 0.004 0.009 0.012 0.015 0.026 0.114 0.029 0.051 0.014 0.033 0.072 0.005 24 N 0.020 0.034 0.051 0.097 0.090 0.002 0.150 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.012 0.078 0.059 0.082 0.068 0.068 0.165 0.007 25 H 0.027 0.033 0.031 0.017 0.203 0.003 0.147 0.003 0.001 0.001 0.008 0.011 0.017 0.016 0.073 0.121 0.101 0.086 0.039 0.050 0.011 26 Q 0.056 0.064 0.245 0.078 0.050 0.004 0.023 0.008 0.002 0.001 0.016 0.016 0.033 0.056 0.172 0.044 0.017 0.024 0.033 0.040 0.019 27 I 0.074 0.069 0.017 0.015 0.378 0.002 0.007 0.006 0.002 0.001 0.020 0.023 0.041 0.119 0.035 0.124 0.008 0.009 0.026 0.008 0.018 28 I 0.058 0.079 0.074 0.058 0.023 0.001 0.003 0.005 0.003 0.001 0.028 0.029 0.082 0.163 0.338 0.013 0.005 0.003 0.008 0.005 0.019 29 G 0.086 0.088 0.024 0.031 0.132 0.002 0.012 0.010 0.008 0.001 0.045 0.061 0.120 0.181 0.039 0.088 0.013 0.005 0.016 0.019 0.019 30 T 0.068 0.087 0.038 0.055 0.087 0.002 0.016 0.018 0.005 0.001 0.021 0.028 0.052 0.169 0.184 0.057 0.049 0.011 0.019 0.022 0.010 31 S 0.038 0.046 0.031 0.038 0.100 0.008 0.061 0.073 0.004 0.002 0.011 0.014 0.019 0.063 0.148 0.106 0.072 0.032 0.051 0.078 0.004 32 Q 0.021 0.023 0.045 0.044 0.051 0.013 0.089 0.111 0.003 0.003 0.007 0.007 0.013 0.025 0.133 0.050 0.189 0.041 0.061 0.069 0.002 33 M 0.010 0.015 0.023 0.022 0.052 0.017 0.228 0.217 0.004 0.002 0.005 0.004 0.011 0.010 0.036 0.031 0.153 0.057 0.049 0.054 0.001 34 Y 0.008 0.009 0.032 0.020 0.028 0.013 0.147 0.352 0.007 0.002 0.003 0.002 0.005 0.004 0.031 0.008 0.144 0.063 0.066 0.055 0.001 35 S 0.005 0.006 0.021 0.029 0.048 0.008 0.071 0.412 0.009 0.001 0.002 0.002 0.006 0.004 0.012 0.015 0.220 0.022 0.034 0.072 0.001 36 S 0.015 0.014 0.016 0.034 0.051 0.007 0.058 0.472 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.009 0.148 0.028 0.048 0.075 0.001 37 T 0.002 0.002 0.003 0.009 0.009 0.005 0.018 0.575 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.336 0.008 0.009 0.011 0.001 38 A 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.013 0.040 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.011 0.009 0.007 0.001 39 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.017 0.026 0.882 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.013 0.015 0.005 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.037 0.858 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.003 0.004 0.003 0.001 41 D 0.001 0.001 0.012 0.020 0.005 0.014 0.229 0.169 0.239 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.189 0.011 0.010 0.008 0.001 42 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.829 0.053 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.009 0.007 0.051 0.001 43 G 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.003 0.016 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.791 0.063 0.059 0.001 44 I 0.002 0.003 0.015 0.007 0.065 0.003 0.010 0.144 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.070 0.340 0.033 0.172 0.115 0.001 45 K 0.002 0.002 0.082 0.018 0.010 0.011 0.033 0.452 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.192 0.004 0.130 0.006 0.017 0.025 0.001 46 S 0.007 0.006 0.008 0.013 0.057 0.019 0.067 0.622 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.011 0.024 0.030 0.042 0.051 0.024 0.001 47 V 0.003 0.004 0.015 0.013 0.017 0.007 0.019 0.628 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.012 0.085 0.008 0.130 0.016 0.020 0.010 0.001 48 M 0.004 0.004 0.019 0.016 0.021 0.013 0.081 0.578 0.011 0.004 0.002 0.001 0.003 0.009 0.026 0.022 0.136 0.012 0.021 0.017 0.001 49 E 0.003 0.003 0.020 0.021 0.022 0.037 0.247 0.235 0.013 0.005 0.001 0.001 0.003 0.009 0.039 0.013 0.255 0.023 0.021 0.027 0.001 50 N 0.002 0.004 0.010 0.016 0.047 0.012 0.304 0.105 0.009 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.019 0.159 0.139 0.066 0.081 0.001 51 G 0.002 0.002 0.026 0.014 0.018 0.005 0.042 0.041 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.013 0.140 0.139 0.268 0.256 0.001 52 K 0.001 0.001 0.018 0.020 0.054 0.008 0.099 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.021 0.397 0.045 0.074 0.205 0.001 53 T 0.002 0.003 0.019 0.016 0.038 0.013 0.402 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.016 0.144 0.121 0.079 0.074 0.001 54 T 0.003 0.003 0.078 0.052 0.047 0.006 0.092 0.045 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.044 0.042 0.140 0.058 0.148 0.224 0.002 55 T 0.006 0.009 0.054 0.037 0.160 0.008 0.057 0.047 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.009 0.052 0.072 0.068 0.114 0.114 0.177 0.003 56 I 0.012 0.012 0.074 0.057 0.099 0.005 0.031 0.046 0.005 0.001 0.005 0.005 0.011 0.019 0.092 0.083 0.132 0.053 0.156 0.100 0.003 57 K 0.014 0.018 0.105 0.069 0.103 0.009 0.075 0.062 0.004 0.001 0.007 0.006 0.017 0.019 0.185 0.024 0.134 0.022 0.042 0.080 0.003 58 D 0.020 0.019 0.048 0.055 0.117 0.011 0.198 0.052 0.002 0.001 0.005 0.005 0.007 0.016 0.045 0.058 0.076 0.076 0.105 0.081 0.002 59 L 0.009 0.011 0.059 0.055 0.120 0.007 0.069 0.035 0.003 0.001 0.005 0.005 0.011 0.018 0.109 0.062 0.173 0.067 0.070 0.108 0.003 60 T 0.011 0.012 0.071 0.069 0.075 0.004 0.057 0.030 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.042 0.049 0.097 0.048 0.164 0.253 0.002