# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7033 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.018 0.113 0.081 0.148 0.010 0.218 0.005 0.014 0.003 0.001 0.229 0.044 0.106 0.002 0.003 0.006 2 I 0.007 0.073 0.015 0.148 0.005 0.106 0.004 0.007 0.005 0.002 0.154 0.350 0.114 0.003 0.003 0.004 3 E 0.009 0.059 0.045 0.078 0.004 0.072 0.007 0.007 0.005 0.002 0.067 0.222 0.401 0.004 0.007 0.013 4 A 0.009 0.021 0.039 0.067 0.002 0.047 0.006 0.005 0.003 0.002 0.107 0.094 0.571 0.003 0.007 0.018 5 R 0.013 0.057 0.073 0.074 0.001 0.029 0.006 0.002 0.004 0.001 0.034 0.098 0.566 0.003 0.006 0.033 6 Y 0.011 0.014 0.081 0.113 0.001 0.031 0.010 0.001 0.002 0.001 0.017 0.034 0.662 0.002 0.003 0.017 7 A 0.008 0.025 0.110 0.116 0.002 0.038 0.006 0.002 0.001 0.001 0.014 0.020 0.642 0.003 0.003 0.010 8 K 0.007 0.036 0.075 0.294 0.001 0.032 0.003 0.003 0.002 0.001 0.025 0.036 0.463 0.003 0.004 0.014 9 E 0.007 0.038 0.076 0.316 0.004 0.056 0.010 0.001 0.003 0.001 0.011 0.025 0.418 0.008 0.002 0.025 10 V 0.010 0.036 0.115 0.227 0.017 0.042 0.030 0.006 0.001 0.001 0.035 0.012 0.424 0.012 0.010 0.020 11 A 0.005 0.031 0.039 0.051 0.208 0.155 0.084 0.019 0.004 0.003 0.029 0.036 0.238 0.075 0.009 0.016 12 K 0.003 0.010 0.007 0.007 0.170 0.011 0.139 0.061 0.002 0.002 0.067 0.007 0.031 0.448 0.029 0.005 13 N 0.002 0.014 0.005 0.004 0.001 0.008 0.003 0.218 0.019 0.006 0.007 0.017 0.010 0.004 0.671 0.010 14 D 0.022 0.022 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.013 0.002 0.002 0.005 0.001 0.004 0.656 15 K 0.818 0.002 0.147 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 16 P 0.010 0.017 0.772 0.062 0.002 0.131 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.001 0.161 0.018 0.811 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.002 0.004 0.014 0.969 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 N 0.002 0.008 0.092 0.891 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.002 0.007 0.967 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.001 0.050 0.013 0.754 0.104 0.063 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.001 0.010 0.001 0.101 0.529 0.302 0.003 0.026 0.002 0.003 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.139 0.004 0.030 0.208 0.046 0.013 0.330 0.008 0.010 0.170 0.017 0.001 0.016 0.004 0.001 24 N 0.007 0.183 0.006 0.048 0.002 0.034 0.002 0.214 0.220 0.041 0.014 0.052 0.002 0.001 0.164 0.011 25 H 0.085 0.056 0.162 0.041 0.001 0.004 0.002 0.001 0.234 0.030 0.009 0.007 0.009 0.001 0.002 0.356 26 Q 0.519 0.010 0.386 0.071 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 27 I 0.004 0.005 0.564 0.128 0.058 0.222 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 28 I 0.001 0.229 0.021 0.706 0.004 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 29 G 0.001 0.017 0.008 0.699 0.025 0.203 0.002 0.002 0.008 0.013 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.006 30 T 0.059 0.153 0.175 0.360 0.016 0.063 0.005 0.042 0.004 0.002 0.077 0.009 0.025 0.001 0.003 0.004 31 S 0.002 0.029 0.017 0.135 0.011 0.675 0.003 0.006 0.010 0.009 0.030 0.045 0.024 0.001 0.001 0.002 32 Q 0.015 0.175 0.020 0.081 0.007 0.035 0.002 0.011 0.002 0.002 0.510 0.074 0.054 0.002 0.005 0.006 33 M 0.013 0.102 0.076 0.200 0.007 0.030 0.012 0.004 0.013 0.003 0.024 0.374 0.097 0.007 0.006 0.030 34 Y 0.023 0.029 0.371 0.133 0.004 0.058 0.035 0.004 0.001 0.001 0.014 0.012 0.272 0.004 0.009 0.030 35 S 0.008 0.143 0.228 0.210 0.002 0.100 0.006 0.012 0.003 0.004 0.028 0.026 0.173 0.002 0.007 0.048 36 S 0.004 0.006 0.006 0.018 0.004 0.717 0.002 0.001 0.002 0.002 0.049 0.049 0.137 0.002 0.001 0.002 37 T 0.002 0.028 0.005 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.810 0.047 0.091 0.002 0.001 0.002 38 A 0.001 0.030 0.005 0.007 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.793 0.130 0.005 0.008 0.003 39 A 0.002 0.003 0.029 0.007 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.851 0.005 0.006 0.060 40 R 0.006 0.007 0.024 0.005 0.005 0.015 0.029 0.002 0.001 0.001 0.009 0.012 0.837 0.014 0.009 0.024 41 D 0.005 0.007 0.014 0.004 0.048 0.015 0.055 0.023 0.002 0.003 0.041 0.057 0.216 0.485 0.021 0.005 42 N 0.006 0.013 0.013 0.010 0.001 0.015 0.002 0.079 0.010 0.004 0.052 0.042 0.228 0.003 0.496 0.029 43 G 0.011 0.011 0.028 0.008 0.001 0.005 0.004 0.001 0.044 0.027 0.017 0.046 0.291 0.002 0.003 0.501 44 I 0.191 0.001 0.031 0.004 0.001 0.080 0.007 0.001 0.001 0.001 0.030 0.034 0.613 0.003 0.002 0.002 45 K 0.001 0.279 0.133 0.013 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.072 0.038 0.441 0.001 0.003 0.008 46 S 0.001 0.012 0.008 0.136 0.001 0.048 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.067 0.696 0.001 0.001 0.020 47 V 0.002 0.003 0.120 0.012 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 0.816 0.003 0.002 0.003 48 M 0.001 0.017 0.017 0.061 0.006 0.027 0.015 0.004 0.001 0.001 0.009 0.050 0.756 0.019 0.007 0.010 49 E 0.005 0.018 0.022 0.028 0.011 0.023 0.019 0.010 0.002 0.002 0.034 0.022 0.574 0.162 0.027 0.039 50 N 0.017 0.064 0.071 0.044 0.003 0.011 0.019 0.018 0.016 0.003 0.018 0.028 0.203 0.022 0.201 0.264 51 G 0.064 0.016 0.182 0.029 0.003 0.092 0.096 0.002 0.012 0.006 0.015 0.017 0.264 0.017 0.025 0.161 52 K 0.130 0.193 0.187 0.047 0.002 0.076 0.008 0.018 0.002 0.002 0.108 0.021 0.137 0.006 0.021 0.042 53 T 0.032 0.247 0.131 0.192 0.002 0.100 0.009 0.004 0.030 0.003 0.030 0.107 0.061 0.007 0.009 0.036 54 T 0.045 0.053 0.459 0.266 0.001 0.016 0.004 0.002 0.002 0.001 0.029 0.024 0.071 0.001 0.008 0.017 55 T 0.016 0.042 0.276 0.410 0.006 0.127 0.005 0.002 0.002 0.001 0.006 0.032 0.057 0.002 0.001 0.015 56 I 0.014 0.024 0.126 0.405 0.042 0.151 0.017 0.005 0.001 0.001 0.079 0.008 0.113 0.009 0.002 0.004 57 K 0.003 0.192 0.055 0.359 0.012 0.117 0.006 0.055 0.004 0.002 0.026 0.073 0.077 0.004 0.010 0.005 58 D 0.008 0.053 0.019 0.161 0.015 0.332 0.011 0.014 0.030 0.009 0.089 0.032 0.173 0.004 0.007 0.042 59 L 0.036 0.106 0.119 0.071 0.045 0.027 0.070 0.011 0.008 0.005 0.237 0.058 0.116 0.043 0.008 0.040 60 T 0.026 0.068 0.095 0.063 0.017 0.141 0.061 0.068 0.009 0.005 0.027 0.133 0.127 0.023 0.127 0.010