# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7033 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.060 0.530 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.068 0.039 0.281 2 I 0.085 0.751 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.041 0.016 0.090 3 E 0.042 0.775 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.036 0.016 0.114 4 A 0.031 0.749 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.033 0.020 0.123 5 R 0.033 0.740 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.030 0.021 0.126 6 Y 0.060 0.715 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.043 0.023 0.098 7 A 0.098 0.598 0.016 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.060 0.022 0.151 8 K 0.131 0.392 0.018 0.006 0.002 0.006 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.062 0.039 0.244 9 E 0.097 0.056 0.105 0.005 0.079 0.156 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.161 0.034 0.208 10 V 0.095 0.015 0.149 0.002 0.107 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.129 0.048 0.401 11 A 0.458 0.002 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.031 0.033 0.453 12 K 0.279 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.033 0.647 13 N 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.087 0.880 14 D 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.025 0.109 0.756 15 K 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.123 0.047 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.092 0.064 0.095 0.389 16 P 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.018 0.003 0.035 0.014 0.006 0.005 0.302 0.067 0.102 0.419 17 Y 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.108 0.186 0.087 0.011 0.343 0.078 0.026 0.140 18 F 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.039 0.091 0.016 0.583 0.056 0.026 0.157 19 N 0.005 0.015 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.780 0.044 0.017 0.091 20 L 0.015 0.010 0.008 0.001 0.043 0.065 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.453 0.162 0.037 0.165 21 K 0.029 0.008 0.013 0.001 0.024 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.432 0.162 0.063 0.261 22 A 0.301 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.063 0.074 0.423 23 A 0.127 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.034 0.097 0.665 24 N 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.017 0.143 0.707 25 H 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.048 0.096 0.533 26 Q 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.078 0.054 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.519 0.108 0.033 0.119 27 I 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.002 0.039 0.012 0.007 0.005 0.585 0.062 0.040 0.220 28 I 0.004 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.050 0.029 0.006 0.691 0.035 0.021 0.103 29 G 0.010 0.032 0.005 0.001 0.010 0.006 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.022 0.011 0.589 0.076 0.041 0.161 30 T 0.034 0.066 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.513 0.105 0.056 0.213 31 S 0.101 0.112 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.245 0.070 0.282 32 Q 0.034 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.331 0.080 0.321 33 M 0.021 0.070 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.276 0.110 0.389 34 Y 0.037 0.214 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.131 0.096 0.130 0.357 35 S 0.014 0.514 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.045 0.072 0.319 36 S 0.031 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.009 0.030 37 T 0.037 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.010 0.025 38 A 0.015 0.221 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.666 0.015 0.060 39 A 0.018 0.460 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.353 0.020 0.067 40 R 0.374 0.497 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.017 0.067 41 D 0.027 0.464 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.120 0.043 0.337 42 N 0.005 0.423 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.246 0.055 0.233 43 G 0.010 0.669 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.219 0.026 0.053 44 I 0.036 0.811 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.059 0.020 0.055 45 K 0.013 0.746 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.056 0.031 0.112 46 S 0.015 0.299 0.038 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.035 0.460 0.038 0.100 47 V 0.143 0.297 0.065 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.220 0.073 0.135 48 M 0.281 0.098 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.081 0.086 0.394 49 E 0.074 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.076 0.085 0.705 50 N 0.020 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.063 0.159 0.711 51 G 0.045 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.091 0.163 0.656 52 K 0.038 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.057 0.143 0.688 53 T 0.072 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.040 0.144 0.616 54 T 0.029 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.093 0.055 0.130 0.626 55 T 0.092 0.062 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.004 0.194 0.083 0.109 0.423 56 I 0.092 0.009 0.007 0.001 0.007 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.004 0.002 0.148 0.177 0.103 0.422 57 K 0.021 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.252 0.101 0.106 0.501 58 D 0.112 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.027 0.085 0.670 59 L 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.013 0.123 0.790 60 T 0.047 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.023 0.124 0.677