# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7033 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.069 0.477 0.003 0.006 0.006 0.011 0.047 0.010 0.001 0.033 0.336 2 I 0.105 0.554 0.005 0.008 0.009 0.019 0.034 0.016 0.002 0.036 0.213 3 E 0.117 0.496 0.007 0.005 0.009 0.019 0.035 0.010 0.002 0.061 0.240 4 A 0.081 0.570 0.005 0.011 0.015 0.028 0.030 0.008 0.001 0.036 0.214 5 R 0.054 0.489 0.009 0.010 0.021 0.045 0.037 0.014 0.003 0.053 0.266 6 Y 0.076 0.325 0.010 0.014 0.059 0.091 0.058 0.012 0.003 0.069 0.281 7 A 0.082 0.297 0.004 0.008 0.059 0.096 0.043 0.006 0.002 0.054 0.349 8 K 0.082 0.163 0.007 0.012 0.061 0.088 0.068 0.007 0.002 0.067 0.443 9 E 0.081 0.043 0.026 0.017 0.073 0.116 0.089 0.010 0.012 0.135 0.399 10 V 0.238 0.013 0.029 0.016 0.066 0.081 0.065 0.009 0.011 0.078 0.395 11 A 0.335 0.003 0.004 0.006 0.026 0.026 0.051 0.004 0.002 0.031 0.511 12 K 0.198 0.002 0.002 0.004 0.014 0.016 0.073 0.001 0.001 0.028 0.661 13 N 0.006 0.002 0.001 0.007 0.010 0.018 0.093 0.001 0.001 0.012 0.852 14 D 0.012 0.003 0.001 0.009 0.026 0.027 0.083 0.001 0.001 0.015 0.823 15 K 0.006 0.002 0.001 0.023 0.245 0.165 0.095 0.001 0.001 0.064 0.398 16 P 0.004 0.010 0.001 0.167 0.197 0.307 0.036 0.001 0.001 0.047 0.230 17 Y 0.006 0.008 0.001 0.085 0.182 0.423 0.037 0.001 0.001 0.033 0.225 18 F 0.001 0.002 0.001 0.094 0.292 0.423 0.023 0.001 0.001 0.010 0.153 19 N 0.004 0.003 0.001 0.096 0.277 0.494 0.012 0.001 0.001 0.034 0.079 20 L 0.005 0.001 0.002 0.094 0.375 0.313 0.034 0.001 0.001 0.057 0.118 21 K 0.086 0.003 0.008 0.067 0.200 0.197 0.068 0.003 0.002 0.086 0.280 22 A 0.285 0.002 0.003 0.025 0.072 0.088 0.068 0.002 0.001 0.073 0.382 23 A 0.059 0.003 0.001 0.017 0.014 0.031 0.113 0.001 0.001 0.031 0.730 24 N 0.006 0.002 0.001 0.026 0.025 0.060 0.109 0.001 0.001 0.024 0.747 25 H 0.005 0.002 0.001 0.040 0.144 0.110 0.088 0.001 0.001 0.042 0.569 26 Q 0.003 0.001 0.001 0.119 0.358 0.288 0.035 0.001 0.001 0.083 0.112 27 I 0.003 0.004 0.001 0.280 0.169 0.196 0.029 0.001 0.001 0.073 0.244 28 I 0.005 0.002 0.001 0.275 0.213 0.229 0.045 0.001 0.001 0.063 0.166 29 G 0.002 0.004 0.001 0.217 0.180 0.235 0.050 0.001 0.001 0.039 0.272 30 T 0.055 0.091 0.001 0.089 0.125 0.168 0.065 0.006 0.001 0.075 0.325 31 S 0.183 0.127 0.002 0.034 0.035 0.049 0.095 0.009 0.001 0.189 0.277 32 Q 0.023 0.108 0.003 0.037 0.019 0.047 0.163 0.005 0.001 0.168 0.425 33 M 0.022 0.056 0.006 0.060 0.028 0.065 0.096 0.004 0.001 0.345 0.317 34 Y 0.032 0.179 0.004 0.083 0.029 0.038 0.116 0.009 0.001 0.153 0.356 35 S 0.026 0.727 0.001 0.003 0.006 0.006 0.021 0.007 0.001 0.050 0.154 36 S 0.015 0.895 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.026 0.048 37 T 0.019 0.896 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.030 0.041 38 A 0.044 0.517 0.023 0.007 0.003 0.007 0.033 0.013 0.006 0.261 0.085 39 A 0.067 0.211 0.090 0.007 0.004 0.007 0.034 0.022 0.033 0.426 0.099 40 R 0.487 0.370 0.005 0.002 0.002 0.002 0.014 0.009 0.002 0.028 0.080 41 D 0.036 0.325 0.002 0.002 0.002 0.004 0.050 0.004 0.001 0.064 0.510 42 N 0.007 0.358 0.003 0.006 0.002 0.008 0.087 0.003 0.001 0.100 0.425 43 G 0.011 0.640 0.003 0.006 0.006 0.011 0.036 0.006 0.001 0.172 0.107 44 I 0.022 0.706 0.002 0.005 0.008 0.004 0.018 0.003 0.001 0.147 0.085 45 K 0.016 0.720 0.003 0.009 0.012 0.015 0.016 0.002 0.001 0.139 0.068 46 S 0.038 0.326 0.028 0.023 0.004 0.021 0.042 0.020 0.013 0.339 0.145 47 V 0.319 0.111 0.046 0.059 0.013 0.021 0.056 0.041 0.024 0.156 0.155 48 M 0.368 0.043 0.007 0.011 0.013 0.016 0.051 0.005 0.002 0.067 0.417 49 E 0.018 0.010 0.003 0.007 0.007 0.015 0.108 0.001 0.001 0.051 0.778 50 N 0.024 0.013 0.005 0.016 0.006 0.012 0.198 0.002 0.001 0.075 0.648 51 G 0.097 0.013 0.004 0.018 0.012 0.012 0.178 0.007 0.002 0.079 0.577 52 K 0.042 0.027 0.001 0.017 0.018 0.022 0.138 0.004 0.001 0.028 0.704 53 T 0.036 0.036 0.002 0.013 0.009 0.022 0.088 0.002 0.001 0.049 0.740 54 T 0.017 0.029 0.002 0.039 0.043 0.064 0.138 0.002 0.001 0.062 0.603 55 T 0.087 0.056 0.005 0.083 0.038 0.102 0.092 0.009 0.002 0.081 0.446 56 I 0.105 0.006 0.004 0.040 0.050 0.069 0.119 0.004 0.002 0.104 0.496 57 K 0.042 0.005 0.002 0.069 0.061 0.099 0.112 0.001 0.001 0.044 0.565 58 D 0.023 0.005 0.001 0.034 0.026 0.063 0.108 0.001 0.001 0.025 0.714 59 L 0.014 0.003 0.001 0.028 0.035 0.045 0.160 0.001 0.001 0.024 0.689 60 T 0.039 0.012 0.002 0.048 0.065 0.081 0.122 0.002 0.001 0.041 0.587