# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7033 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.627 0.162 0.035 0.068 0.041 0.021 0.023 0.013 0.007 0.004 0.002 2 I 0.090 0.100 0.038 0.082 0.084 0.097 0.162 0.109 0.111 0.080 0.048 3 E 0.210 0.173 0.080 0.179 0.137 0.083 0.071 0.035 0.018 0.009 0.004 4 A 0.282 0.134 0.150 0.174 0.095 0.061 0.055 0.028 0.013 0.006 0.003 5 R 0.046 0.069 0.113 0.208 0.174 0.126 0.134 0.072 0.034 0.016 0.008 6 Y 0.011 0.012 0.027 0.042 0.059 0.097 0.206 0.179 0.168 0.138 0.059 7 A 0.019 0.061 0.273 0.231 0.151 0.103 0.082 0.041 0.022 0.013 0.004 8 K 0.034 0.049 0.290 0.182 0.138 0.107 0.107 0.053 0.023 0.014 0.004 9 E 0.075 0.074 0.192 0.173 0.128 0.105 0.126 0.070 0.032 0.019 0.006 10 V 0.055 0.073 0.119 0.124 0.107 0.126 0.182 0.105 0.060 0.036 0.012 11 A 0.109 0.139 0.198 0.142 0.104 0.085 0.098 0.056 0.033 0.024 0.011 12 K 0.214 0.325 0.180 0.141 0.067 0.030 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 13 N 0.578 0.170 0.053 0.076 0.042 0.024 0.025 0.016 0.008 0.005 0.002 14 D 0.449 0.214 0.052 0.096 0.055 0.043 0.045 0.024 0.012 0.007 0.003 15 K 0.170 0.164 0.097 0.213 0.148 0.089 0.058 0.033 0.015 0.008 0.004 16 P 0.062 0.051 0.049 0.067 0.079 0.148 0.204 0.138 0.101 0.070 0.031 17 Y 0.022 0.049 0.054 0.161 0.167 0.171 0.173 0.097 0.060 0.030 0.014 18 F 0.014 0.011 0.022 0.025 0.030 0.056 0.146 0.162 0.216 0.206 0.112 19 N 0.029 0.069 0.090 0.278 0.223 0.128 0.088 0.045 0.028 0.014 0.009 20 L 0.012 0.006 0.013 0.014 0.024 0.026 0.074 0.153 0.198 0.223 0.258 21 K 0.018 0.054 0.053 0.173 0.216 0.142 0.134 0.091 0.059 0.035 0.025 22 A 0.017 0.013 0.024 0.033 0.053 0.052 0.139 0.175 0.185 0.155 0.155 23 A 0.172 0.212 0.157 0.224 0.105 0.055 0.038 0.016 0.011 0.006 0.004 24 N 0.111 0.095 0.070 0.139 0.111 0.086 0.144 0.088 0.079 0.044 0.031 25 H 0.295 0.146 0.066 0.134 0.087 0.065 0.075 0.051 0.040 0.027 0.016 26 Q 0.044 0.065 0.062 0.133 0.118 0.128 0.159 0.106 0.092 0.057 0.037 27 I 0.032 0.048 0.056 0.087 0.097 0.119 0.160 0.146 0.112 0.087 0.056 28 I 0.013 0.017 0.025 0.049 0.073 0.081 0.151 0.174 0.176 0.137 0.104 29 G 0.031 0.023 0.038 0.053 0.062 0.068 0.131 0.152 0.179 0.163 0.099 30 T 0.028 0.046 0.063 0.140 0.135 0.109 0.155 0.115 0.107 0.066 0.036 31 S 0.039 0.036 0.040 0.078 0.088 0.088 0.146 0.145 0.151 0.114 0.074 32 Q 0.048 0.050 0.051 0.114 0.126 0.122 0.184 0.129 0.091 0.053 0.031 33 M 0.064 0.064 0.093 0.142 0.138 0.104 0.150 0.106 0.068 0.045 0.025 34 Y 0.027 0.022 0.035 0.053 0.071 0.111 0.195 0.150 0.148 0.121 0.067 35 S 0.103 0.206 0.121 0.196 0.124 0.076 0.079 0.041 0.030 0.017 0.007 36 S 0.076 0.080 0.067 0.105 0.100 0.105 0.173 0.109 0.090 0.063 0.033 37 T 0.286 0.149 0.144 0.179 0.102 0.057 0.045 0.020 0.010 0.005 0.003 38 A 0.264 0.133 0.124 0.187 0.105 0.067 0.065 0.031 0.013 0.007 0.003 39 A 0.024 0.045 0.045 0.072 0.081 0.094 0.131 0.131 0.150 0.130 0.099 40 R 0.011 0.017 0.023 0.056 0.103 0.130 0.276 0.174 0.106 0.071 0.033 41 D 0.071 0.108 0.470 0.203 0.078 0.037 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 42 N 0.052 0.076 0.129 0.181 0.154 0.170 0.143 0.059 0.022 0.010 0.004 43 G 0.112 0.089 0.036 0.101 0.089 0.061 0.128 0.140 0.115 0.079 0.049 44 I 0.003 0.002 0.004 0.008 0.019 0.047 0.127 0.138 0.224 0.239 0.189 45 K 0.027 0.085 0.431 0.271 0.121 0.041 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 46 S 0.013 0.016 0.047 0.072 0.121 0.131 0.214 0.168 0.097 0.064 0.058 47 V 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.014 0.041 0.079 0.205 0.257 0.384 48 M 0.015 0.014 0.026 0.081 0.160 0.173 0.277 0.121 0.072 0.045 0.015 49 E 0.041 0.083 0.512 0.231 0.074 0.032 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 50 N 0.046 0.051 0.037 0.112 0.121 0.179 0.278 0.100 0.045 0.021 0.010 51 G 0.028 0.020 0.007 0.011 0.012 0.018 0.052 0.080 0.188 0.267 0.317 52 K 0.111 0.309 0.121 0.241 0.143 0.040 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 53 T 0.416 0.161 0.110 0.127 0.076 0.045 0.031 0.017 0.009 0.006 0.003 54 T 0.362 0.117 0.038 0.092 0.080 0.082 0.107 0.062 0.034 0.016 0.010 55 T 0.217 0.305 0.052 0.209 0.096 0.045 0.040 0.021 0.009 0.004 0.002 56 I 0.007 0.006 0.007 0.010 0.017 0.032 0.068 0.086 0.202 0.251 0.314 57 K 0.142 0.220 0.156 0.259 0.145 0.040 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 58 D 0.083 0.100 0.113 0.159 0.118 0.130 0.130 0.077 0.047 0.030 0.013 59 L 0.065 0.088 0.042 0.115 0.122 0.140 0.169 0.115 0.075 0.043 0.026 60 T 0.384 0.165 0.046 0.103 0.067 0.053 0.076 0.050 0.032 0.017 0.007