# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7033 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 I 0.018 0.013 0.019 0.027 0.083 0.147 0.003 0.691 3 E 0.106 0.064 0.019 0.016 0.034 0.081 0.006 0.674 4 A 0.111 0.190 0.018 0.023 0.047 0.122 0.010 0.479 5 R 0.153 0.274 0.028 0.027 0.050 0.116 0.014 0.337 6 Y 0.095 0.435 0.024 0.045 0.072 0.075 0.011 0.244 7 A 0.054 0.409 0.025 0.064 0.109 0.063 0.014 0.263 8 K 0.057 0.440 0.019 0.060 0.092 0.035 0.015 0.282 9 E 0.068 0.475 0.019 0.077 0.102 0.027 0.013 0.220 10 V 0.053 0.355 0.024 0.082 0.097 0.027 0.016 0.345 11 A 0.050 0.334 0.062 0.079 0.117 0.054 0.018 0.285 12 K 0.112 0.176 0.036 0.061 0.068 0.088 0.046 0.413 13 N 0.123 0.075 0.028 0.022 0.031 0.161 0.060 0.500 14 D 0.222 0.029 0.053 0.019 0.027 0.073 0.080 0.497 15 K 0.232 0.018 0.084 0.051 0.043 0.218 0.019 0.335 16 P 0.002 0.001 0.005 0.005 0.004 0.022 0.001 0.961 17 Y 0.005 0.001 0.055 0.198 0.569 0.025 0.001 0.146 18 F 0.017 0.010 0.077 0.255 0.360 0.040 0.002 0.240 19 N 0.011 0.014 0.084 0.250 0.439 0.025 0.002 0.175 20 L 0.011 0.017 0.091 0.318 0.437 0.015 0.002 0.110 21 K 0.008 0.019 0.052 0.341 0.380 0.029 0.004 0.166 22 A 0.014 0.033 0.069 0.210 0.454 0.050 0.006 0.164 23 A 0.035 0.076 0.054 0.201 0.239 0.155 0.020 0.219 24 N 0.152 0.056 0.026 0.051 0.096 0.133 0.056 0.429 25 H 0.256 0.048 0.072 0.039 0.090 0.076 0.073 0.346 26 Q 0.230 0.012 0.119 0.082 0.057 0.307 0.024 0.170 27 I 0.014 0.005 0.084 0.047 0.071 0.148 0.003 0.628 28 I 0.005 0.001 0.213 0.268 0.426 0.015 0.001 0.070 29 G 0.008 0.006 0.229 0.088 0.202 0.078 0.002 0.387 30 T 0.010 0.008 0.243 0.124 0.204 0.089 0.003 0.317 31 S 0.010 0.010 0.126 0.087 0.246 0.075 0.004 0.442 32 Q 0.023 0.018 0.054 0.048 0.070 0.166 0.007 0.613 33 M 0.064 0.039 0.044 0.044 0.074 0.303 0.014 0.418 34 Y 0.146 0.179 0.071 0.042 0.099 0.137 0.012 0.314 35 S 0.084 0.289 0.024 0.021 0.042 0.118 0.015 0.407 36 S 0.085 0.283 0.035 0.013 0.079 0.065 0.016 0.424 37 T 0.024 0.272 0.010 0.004 0.014 0.080 0.007 0.589 38 A 0.020 0.190 0.005 0.005 0.006 0.518 0.009 0.248 39 A 0.073 0.519 0.010 0.004 0.006 0.258 0.007 0.123 40 R 0.079 0.834 0.005 0.003 0.004 0.019 0.005 0.051 41 D 0.025 0.908 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.055 42 N 0.067 0.825 0.004 0.001 0.002 0.006 0.031 0.063 43 G 0.336 0.390 0.026 0.006 0.006 0.032 0.104 0.100 44 I 0.050 0.342 0.288 0.025 0.019 0.110 0.015 0.150 45 K 0.016 0.322 0.174 0.044 0.059 0.089 0.007 0.290 46 S 0.016 0.519 0.019 0.008 0.016 0.078 0.005 0.340 47 V 0.028 0.674 0.065 0.014 0.030 0.052 0.004 0.132 48 M 0.023 0.767 0.033 0.018 0.028 0.027 0.006 0.096 49 E 0.079 0.697 0.016 0.014 0.020 0.030 0.030 0.114 50 N 0.213 0.501 0.014 0.009 0.016 0.021 0.091 0.135 51 G 0.310 0.367 0.052 0.015 0.020 0.029 0.058 0.149 52 K 0.050 0.057 0.067 0.017 0.010 0.152 0.026 0.622 53 T 0.102 0.037 0.070 0.020 0.037 0.137 0.028 0.568 54 T 0.230 0.055 0.068 0.027 0.042 0.139 0.021 0.417 55 T 0.098 0.031 0.078 0.031 0.032 0.277 0.015 0.437 56 I 0.073 0.056 0.188 0.055 0.101 0.099 0.008 0.420 57 K 0.034 0.055 0.092 0.085 0.101 0.213 0.009 0.411 58 D 0.105 0.057 0.041 0.036 0.061 0.144 0.026 0.531 59 L 0.173 0.159 0.081 0.039 0.081 0.109 0.022 0.335 60 T 0.080 0.091 0.041 0.049 0.066 0.223 0.024 0.425