# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7033 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.097 0.265 0.098 0.012 0.211 0.009 0.019 0.134 0.081 0.042 0.031 2 I 0.070 0.080 0.020 0.005 0.096 0.010 0.033 0.358 0.243 0.054 0.030 3 E 0.037 0.060 0.025 0.015 0.061 0.029 0.055 0.450 0.161 0.082 0.025 4 A 0.053 0.106 0.026 0.006 0.100 0.008 0.027 0.460 0.121 0.073 0.021 5 R 0.066 0.060 0.014 0.005 0.099 0.009 0.038 0.447 0.128 0.105 0.030 6 Y 0.087 0.179 0.031 0.006 0.185 0.010 0.021 0.324 0.079 0.051 0.027 7 A 0.171 0.065 0.010 0.003 0.195 0.008 0.026 0.353 0.084 0.049 0.035 8 K 0.109 0.126 0.026 0.004 0.193 0.010 0.031 0.353 0.075 0.045 0.027 9 E 0.131 0.156 0.027 0.004 0.261 0.008 0.029 0.250 0.046 0.052 0.036 10 V 0.133 0.163 0.034 0.006 0.222 0.011 0.026 0.223 0.053 0.082 0.047 11 A 0.086 0.101 0.160 0.030 0.093 0.020 0.048 0.276 0.081 0.059 0.047 12 K 0.025 0.029 0.040 0.103 0.025 0.128 0.125 0.330 0.111 0.067 0.018 13 N 0.016 0.432 0.168 0.117 0.044 0.048 0.084 0.032 0.014 0.036 0.009 14 D 0.024 0.013 0.019 0.052 0.016 0.016 0.007 0.011 0.026 0.561 0.253 15 K 0.074 0.493 0.105 0.009 0.244 0.006 0.009 0.014 0.010 0.015 0.020 16 P 0.293 0.120 0.018 0.006 0.474 0.011 0.023 0.013 0.009 0.010 0.024 17 Y 0.224 0.193 0.029 0.013 0.433 0.014 0.016 0.011 0.007 0.015 0.046 18 F 0.243 0.069 0.008 0.001 0.657 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.008 19 N 0.275 0.080 0.009 0.001 0.575 0.002 0.003 0.003 0.002 0.005 0.044 20 L 0.325 0.123 0.010 0.001 0.463 0.003 0.006 0.007 0.005 0.006 0.051 21 K 0.212 0.133 0.027 0.018 0.338 0.039 0.036 0.023 0.013 0.034 0.128 22 A 0.187 0.178 0.107 0.042 0.183 0.031 0.037 0.073 0.029 0.061 0.071 23 A 0.020 0.039 0.042 0.236 0.034 0.195 0.176 0.100 0.064 0.071 0.024 24 N 0.111 0.164 0.133 0.093 0.192 0.024 0.030 0.067 0.044 0.108 0.034 25 H 0.026 0.046 0.046 0.057 0.038 0.054 0.043 0.184 0.273 0.171 0.062 26 Q 0.116 0.252 0.065 0.009 0.230 0.011 0.042 0.098 0.054 0.083 0.041 27 I 0.334 0.098 0.010 0.003 0.434 0.004 0.011 0.036 0.017 0.021 0.033 28 I 0.161 0.163 0.052 0.028 0.320 0.043 0.037 0.070 0.023 0.035 0.069 29 G 0.157 0.150 0.074 0.041 0.226 0.034 0.032 0.115 0.032 0.065 0.073 30 T 0.108 0.109 0.066 0.040 0.154 0.029 0.044 0.174 0.083 0.135 0.056 31 S 0.065 0.196 0.101 0.022 0.152 0.015 0.026 0.215 0.120 0.064 0.025 32 Q 0.029 0.045 0.012 0.005 0.050 0.009 0.036 0.431 0.319 0.050 0.015 33 M 0.054 0.060 0.016 0.005 0.082 0.011 0.062 0.383 0.167 0.132 0.028 34 Y 0.074 0.149 0.052 0.010 0.141 0.013 0.031 0.337 0.070 0.084 0.039 35 S 0.073 0.105 0.042 0.016 0.098 0.022 0.044 0.338 0.075 0.135 0.053 36 S 0.061 0.216 0.100 0.011 0.123 0.007 0.010 0.334 0.069 0.045 0.025 37 T 0.006 0.015 0.004 0.002 0.010 0.004 0.015 0.764 0.160 0.016 0.004 38 A 0.013 0.024 0.007 0.002 0.019 0.004 0.020 0.700 0.149 0.056 0.006 39 A 0.012 0.023 0.005 0.001 0.018 0.002 0.012 0.779 0.093 0.051 0.006 40 R 0.009 0.009 0.011 0.004 0.009 0.008 0.048 0.726 0.140 0.027 0.007 41 D 0.019 0.030 0.027 0.028 0.017 0.039 0.109 0.588 0.078 0.055 0.011 42 N 0.007 0.364 0.140 0.085 0.023 0.055 0.087 0.135 0.026 0.061 0.017 43 G 0.032 0.016 0.014 0.024 0.021 0.006 0.004 0.044 0.031 0.416 0.392 44 I 0.131 0.128 0.018 0.003 0.151 0.004 0.015 0.372 0.097 0.028 0.053 45 K 0.033 0.069 0.018 0.022 0.055 0.052 0.089 0.573 0.063 0.014 0.012 46 S 0.119 0.109 0.009 0.002 0.153 0.004 0.008 0.508 0.029 0.048 0.010 47 V 0.080 0.037 0.004 0.001 0.109 0.003 0.012 0.636 0.082 0.022 0.013 48 M 0.043 0.018 0.010 0.010 0.047 0.025 0.060 0.624 0.123 0.022 0.018 49 E 0.032 0.185 0.038 0.016 0.059 0.028 0.159 0.348 0.069 0.050 0.015 50 N 0.045 0.039 0.049 0.048 0.042 0.022 0.037 0.070 0.059 0.440 0.150 51 G 0.059 0.325 0.181 0.032 0.137 0.020 0.021 0.084 0.046 0.061 0.034 52 K 0.063 0.188 0.094 0.049 0.105 0.041 0.080 0.155 0.099 0.083 0.043 53 T 0.112 0.121 0.075 0.028 0.146 0.017 0.041 0.133 0.106 0.148 0.072 54 T 0.066 0.297 0.072 0.015 0.228 0.022 0.034 0.147 0.059 0.039 0.021 55 T 0.188 0.170 0.034 0.006 0.339 0.007 0.019 0.098 0.035 0.053 0.051 56 I 0.240 0.060 0.012 0.005 0.207 0.008 0.021 0.186 0.121 0.067 0.073 57 K 0.041 0.073 0.030 0.049 0.088 0.109 0.139 0.275 0.112 0.057 0.027 58 D 0.179 0.092 0.054 0.012 0.247 0.009 0.029 0.154 0.058 0.120 0.045 59 L 0.100 0.106 0.036 0.008 0.173 0.015 0.047 0.163 0.146 0.154 0.052 60 T 0.073 0.353 0.148 0.019 0.201 0.015 0.025 0.068 0.037 0.033 0.028