# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7033 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.759 0.188 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 2 I 0.617 0.211 0.101 0.055 0.013 0.002 0.001 3 E 0.757 0.197 0.036 0.008 0.002 0.001 0.001 4 A 0.580 0.309 0.076 0.029 0.005 0.001 0.001 5 R 0.270 0.362 0.222 0.102 0.037 0.005 0.001 6 Y 0.065 0.109 0.216 0.326 0.235 0.048 0.001 7 A 0.163 0.323 0.282 0.147 0.072 0.012 0.001 8 K 0.124 0.215 0.314 0.246 0.087 0.013 0.001 9 E 0.415 0.345 0.163 0.058 0.017 0.002 0.001 10 V 0.404 0.307 0.183 0.089 0.016 0.002 0.001 11 A 0.530 0.232 0.154 0.067 0.015 0.002 0.001 12 K 0.757 0.191 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001 13 N 0.790 0.181 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 14 D 0.637 0.278 0.059 0.020 0.005 0.001 0.001 15 K 0.300 0.394 0.202 0.078 0.022 0.004 0.001 16 P 0.065 0.159 0.227 0.287 0.201 0.057 0.004 17 Y 0.022 0.095 0.243 0.333 0.206 0.094 0.007 18 F 0.012 0.030 0.057 0.116 0.288 0.430 0.067 19 N 0.021 0.110 0.249 0.325 0.197 0.086 0.011 20 L 0.010 0.025 0.049 0.140 0.318 0.387 0.071 21 K 0.019 0.098 0.212 0.294 0.239 0.127 0.012 22 A 0.047 0.093 0.163 0.284 0.265 0.134 0.013 23 A 0.241 0.348 0.234 0.116 0.045 0.015 0.001 24 N 0.209 0.264 0.208 0.192 0.089 0.035 0.004 25 H 0.154 0.200 0.209 0.210 0.155 0.064 0.009 26 Q 0.123 0.190 0.191 0.213 0.170 0.099 0.014 27 I 0.074 0.103 0.130 0.185 0.235 0.215 0.059 28 I 0.075 0.062 0.091 0.175 0.203 0.258 0.135 29 G 0.068 0.084 0.118 0.163 0.208 0.241 0.118 30 T 0.094 0.126 0.151 0.192 0.209 0.156 0.072 31 S 0.133 0.149 0.134 0.165 0.180 0.178 0.061 32 Q 0.145 0.246 0.200 0.180 0.143 0.073 0.012 33 M 0.093 0.155 0.185 0.240 0.206 0.107 0.014 34 Y 0.097 0.120 0.197 0.258 0.236 0.085 0.007 35 S 0.379 0.335 0.158 0.085 0.032 0.010 0.001 36 S 0.334 0.227 0.202 0.150 0.065 0.020 0.001 37 T 0.417 0.297 0.180 0.084 0.019 0.004 0.001 38 A 0.371 0.322 0.179 0.094 0.027 0.007 0.001 39 A 0.128 0.125 0.180 0.261 0.223 0.076 0.006 40 R 0.123 0.198 0.240 0.236 0.151 0.049 0.003 41 D 0.344 0.376 0.169 0.076 0.027 0.007 0.001 42 N 0.184 0.312 0.259 0.171 0.059 0.014 0.001 43 G 0.058 0.107 0.163 0.257 0.250 0.146 0.020 44 I 0.024 0.043 0.090 0.184 0.340 0.286 0.035 45 K 0.092 0.331 0.307 0.168 0.077 0.023 0.001 46 S 0.038 0.120 0.201 0.293 0.245 0.094 0.009 47 V 0.014 0.035 0.073 0.160 0.364 0.331 0.023 48 M 0.070 0.190 0.322 0.291 0.105 0.022 0.001 49 E 0.379 0.415 0.140 0.050 0.014 0.002 0.001 50 N 0.253 0.348 0.243 0.127 0.026 0.004 0.001 51 G 0.118 0.101 0.237 0.317 0.191 0.035 0.001 52 K 0.614 0.312 0.057 0.014 0.003 0.001 0.001 53 T 0.744 0.220 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 54 T 0.593 0.279 0.082 0.036 0.008 0.001 0.001 55 T 0.324 0.373 0.198 0.081 0.020 0.004 0.001 56 I 0.160 0.112 0.230 0.280 0.177 0.039 0.002 57 K 0.436 0.350 0.142 0.051 0.017 0.003 0.001 58 D 0.549 0.279 0.100 0.049 0.018 0.005 0.001 59 L 0.360 0.204 0.187 0.163 0.064 0.020 0.002 60 T 0.605 0.215 0.088 0.053 0.028 0.009 0.001