# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7033 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.449 0.206 0.138 0.088 0.056 0.029 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 I 0.178 0.100 0.142 0.174 0.174 0.116 0.066 0.029 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 3 E 0.485 0.239 0.109 0.070 0.047 0.023 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 A 0.428 0.205 0.130 0.087 0.063 0.039 0.024 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 R 0.188 0.168 0.151 0.165 0.137 0.083 0.054 0.028 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 6 Y 0.061 0.042 0.076 0.116 0.206 0.173 0.134 0.100 0.047 0.025 0.010 0.006 0.003 0.001 7 A 0.222 0.159 0.150 0.161 0.122 0.076 0.058 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 8 K 0.224 0.134 0.148 0.161 0.126 0.085 0.053 0.034 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 9 E 0.391 0.203 0.120 0.107 0.081 0.045 0.031 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.250 0.170 0.172 0.167 0.113 0.068 0.036 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.519 0.165 0.111 0.088 0.059 0.028 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.576 0.187 0.101 0.070 0.038 0.015 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 N 0.453 0.205 0.136 0.105 0.054 0.024 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 D 0.480 0.217 0.129 0.078 0.047 0.025 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.164 0.204 0.168 0.149 0.123 0.085 0.060 0.024 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 16 P 0.019 0.017 0.040 0.075 0.147 0.184 0.170 0.162 0.093 0.047 0.024 0.013 0.006 0.002 17 Y 0.018 0.022 0.035 0.080 0.156 0.147 0.136 0.156 0.094 0.067 0.047 0.024 0.012 0.006 18 F 0.006 0.005 0.006 0.009 0.018 0.032 0.050 0.090 0.145 0.204 0.205 0.135 0.071 0.023 19 N 0.018 0.018 0.027 0.065 0.106 0.094 0.101 0.154 0.148 0.100 0.081 0.050 0.024 0.012 20 L 0.007 0.005 0.007 0.008 0.015 0.026 0.048 0.071 0.130 0.205 0.217 0.149 0.079 0.034 21 K 0.026 0.027 0.042 0.087 0.138 0.143 0.141 0.158 0.100 0.060 0.041 0.022 0.009 0.006 22 A 0.018 0.019 0.025 0.045 0.079 0.093 0.119 0.136 0.135 0.149 0.099 0.050 0.020 0.012 23 A 0.059 0.091 0.115 0.164 0.147 0.128 0.101 0.080 0.051 0.032 0.017 0.008 0.003 0.002 24 N 0.059 0.070 0.102 0.145 0.161 0.138 0.103 0.080 0.063 0.040 0.020 0.010 0.005 0.003 25 H 0.048 0.056 0.089 0.126 0.169 0.166 0.126 0.097 0.065 0.033 0.015 0.006 0.003 0.002 26 Q 0.067 0.057 0.070 0.089 0.118 0.131 0.125 0.114 0.097 0.063 0.036 0.018 0.010 0.005 27 I 0.048 0.030 0.037 0.056 0.087 0.114 0.137 0.136 0.117 0.097 0.073 0.041 0.017 0.010 28 I 0.035 0.019 0.021 0.026 0.046 0.062 0.083 0.104 0.128 0.147 0.144 0.111 0.047 0.027 29 G 0.032 0.023 0.027 0.031 0.050 0.068 0.091 0.117 0.135 0.146 0.127 0.083 0.047 0.022 30 T 0.053 0.039 0.043 0.063 0.086 0.095 0.113 0.123 0.118 0.100 0.076 0.048 0.025 0.015 31 S 0.048 0.038 0.045 0.071 0.106 0.115 0.116 0.121 0.110 0.094 0.066 0.038 0.018 0.013 32 Q 0.049 0.047 0.065 0.101 0.132 0.145 0.127 0.121 0.083 0.061 0.037 0.019 0.008 0.005 33 M 0.058 0.058 0.086 0.120 0.141 0.146 0.114 0.106 0.077 0.049 0.026 0.012 0.005 0.002 34 Y 0.074 0.066 0.094 0.132 0.168 0.146 0.107 0.086 0.062 0.034 0.017 0.008 0.003 0.001 35 S 0.139 0.120 0.146 0.172 0.142 0.117 0.078 0.041 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 36 S 0.154 0.115 0.146 0.140 0.136 0.119 0.089 0.049 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 37 T 0.419 0.227 0.129 0.089 0.066 0.033 0.018 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.349 0.219 0.143 0.121 0.083 0.044 0.019 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.120 0.085 0.135 0.175 0.172 0.142 0.096 0.042 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 40 R 0.184 0.152 0.162 0.164 0.141 0.092 0.054 0.027 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 41 D 0.485 0.250 0.099 0.064 0.044 0.025 0.016 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 N 0.175 0.158 0.144 0.149 0.118 0.101 0.069 0.037 0.026 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 43 G 0.062 0.065 0.087 0.125 0.153 0.150 0.156 0.098 0.051 0.026 0.013 0.007 0.004 0.001 44 I 0.029 0.029 0.042 0.057 0.124 0.130 0.147 0.154 0.108 0.082 0.049 0.028 0.015 0.005 45 K 0.173 0.114 0.107 0.132 0.124 0.095 0.077 0.067 0.054 0.027 0.017 0.008 0.003 0.002 46 S 0.065 0.048 0.072 0.139 0.157 0.131 0.101 0.101 0.085 0.046 0.029 0.014 0.008 0.003 47 V 0.022 0.019 0.033 0.053 0.092 0.147 0.187 0.168 0.109 0.087 0.046 0.022 0.009 0.004 48 M 0.070 0.104 0.147 0.182 0.162 0.133 0.082 0.055 0.033 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 49 E 0.360 0.222 0.138 0.092 0.076 0.042 0.030 0.015 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 50 N 0.208 0.205 0.158 0.163 0.116 0.072 0.041 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 51 G 0.156 0.115 0.154 0.156 0.161 0.114 0.085 0.031 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 52 K 0.398 0.238 0.132 0.091 0.066 0.034 0.023 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 T 0.424 0.232 0.115 0.090 0.064 0.033 0.021 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 T 0.227 0.136 0.132 0.144 0.129 0.097 0.065 0.033 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 55 T 0.142 0.133 0.151 0.168 0.177 0.098 0.063 0.035 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 56 I 0.059 0.040 0.067 0.095 0.157 0.165 0.140 0.122 0.073 0.044 0.022 0.010 0.005 0.001 57 K 0.199 0.168 0.148 0.162 0.122 0.084 0.050 0.032 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 58 D 0.310 0.175 0.130 0.110 0.100 0.062 0.049 0.027 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 59 L 0.093 0.087 0.107 0.153 0.181 0.148 0.092 0.067 0.037 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 60 T 0.249 0.163 0.142 0.125 0.123 0.080 0.056 0.030 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001