# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.002 0.004 0.018 0.021 0.180 0.003 0.026 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.036 0.136 0.060 0.120 0.307 0.001 2 I 0.003 0.004 0.081 0.037 0.039 0.005 0.053 0.137 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.006 0.469 0.042 0.034 0.051 0.001 3 E 0.007 0.015 0.034 0.051 0.091 0.021 0.236 0.283 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.149 0.026 0.025 0.032 0.001 4 A 0.011 0.028 0.039 0.128 0.063 0.012 0.226 0.228 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.008 0.114 0.032 0.029 0.053 0.001 5 R 0.029 0.061 0.020 0.082 0.224 0.004 0.141 0.173 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.013 0.012 0.103 0.048 0.023 0.053 0.001 6 Y 0.085 0.148 0.066 0.126 0.182 0.002 0.075 0.159 0.002 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.019 0.011 0.026 0.024 0.029 0.029 0.002 7 A 0.173 0.174 0.108 0.164 0.105 0.001 0.012 0.145 0.002 0.001 0.005 0.005 0.014 0.002 0.011 0.004 0.017 0.011 0.032 0.009 0.006 8 K 0.167 0.166 0.053 0.050 0.283 0.001 0.007 0.170 0.002 0.001 0.005 0.007 0.012 0.001 0.012 0.005 0.019 0.006 0.021 0.008 0.008 9 E 0.092 0.164 0.087 0.179 0.182 0.002 0.011 0.170 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.043 0.003 0.019 0.005 0.011 0.017 0.005 10 V 0.083 0.075 0.023 0.063 0.576 0.001 0.011 0.062 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.015 0.003 0.053 0.008 0.008 0.007 0.003 11 A 0.101 0.080 0.164 0.226 0.197 0.002 0.036 0.057 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.031 0.002 0.025 0.010 0.031 0.022 0.002 12 K 0.039 0.010 0.035 0.059 0.252 0.001 0.022 0.006 0.043 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.467 0.012 0.007 0.015 0.001 13 N 0.003 0.003 0.010 0.021 0.112 0.001 0.688 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.039 0.008 0.016 0.085 0.001 14 D 0.003 0.007 0.028 0.026 0.120 0.001 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.627 0.017 0.028 0.001 15 K 0.026 0.048 0.391 0.182 0.132 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.018 0.016 0.031 0.019 0.033 0.081 0.004 16 P 0.053 0.174 0.022 0.036 0.624 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.015 0.002 0.009 0.007 0.004 0.004 0.014 0.009 0.010 17 Y 0.199 0.376 0.110 0.074 0.113 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.008 0.025 0.003 0.041 0.007 0.003 0.002 0.003 0.003 0.010 18 F 0.317 0.413 0.023 0.046 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.012 0.067 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 19 N 0.363 0.386 0.023 0.016 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.025 0.053 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 20 L 0.395 0.454 0.024 0.046 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.027 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 21 K 0.342 0.387 0.035 0.050 0.108 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.008 0.006 0.015 0.004 0.006 0.005 0.003 0.002 0.003 0.002 0.017 22 A 0.265 0.342 0.077 0.134 0.053 0.002 0.010 0.009 0.002 0.002 0.003 0.008 0.024 0.009 0.025 0.003 0.015 0.003 0.006 0.005 0.004 23 A 0.171 0.130 0.088 0.100 0.110 0.004 0.070 0.013 0.015 0.017 0.006 0.006 0.013 0.013 0.032 0.015 0.144 0.014 0.009 0.025 0.004 24 N 0.025 0.040 0.030 0.049 0.117 0.004 0.312 0.011 0.003 0.004 0.003 0.004 0.006 0.008 0.039 0.024 0.070 0.026 0.035 0.188 0.004 25 H 0.029 0.044 0.046 0.026 0.251 0.004 0.140 0.019 0.002 0.001 0.006 0.005 0.010 0.008 0.022 0.036 0.071 0.204 0.029 0.043 0.004 26 Q 0.086 0.089 0.349 0.125 0.056 0.004 0.016 0.027 0.002 0.001 0.007 0.006 0.022 0.020 0.067 0.020 0.036 0.011 0.022 0.024 0.010 27 I 0.111 0.131 0.028 0.031 0.337 0.002 0.009 0.020 0.002 0.001 0.023 0.035 0.057 0.046 0.023 0.032 0.025 0.007 0.039 0.006 0.036 28 I 0.091 0.174 0.116 0.092 0.045 0.003 0.012 0.035 0.001 0.001 0.012 0.024 0.047 0.053 0.212 0.019 0.028 0.007 0.008 0.011 0.007 29 G 0.075 0.160 0.038 0.146 0.158 0.004 0.023 0.046 0.002 0.001 0.023 0.015 0.038 0.038 0.066 0.044 0.052 0.014 0.013 0.027 0.013 30 T 0.068 0.114 0.048 0.072 0.155 0.003 0.036 0.034 0.005 0.002 0.016 0.016 0.036 0.036 0.177 0.052 0.047 0.023 0.023 0.030 0.008 31 S 0.080 0.092 0.104 0.152 0.080 0.003 0.048 0.040 0.007 0.002 0.013 0.012 0.020 0.017 0.063 0.023 0.072 0.021 0.062 0.081 0.007 32 Q 0.024 0.023 0.059 0.041 0.139 0.006 0.056 0.054 0.005 0.001 0.003 0.002 0.003 0.004 0.032 0.031 0.340 0.063 0.038 0.075 0.002 33 M 0.007 0.017 0.020 0.024 0.058 0.026 0.346 0.137 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.037 0.022 0.128 0.059 0.042 0.061 0.001 34 Y 0.013 0.018 0.047 0.059 0.049 0.008 0.137 0.152 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.052 0.022 0.146 0.084 0.105 0.090 0.002 35 S 0.013 0.011 0.041 0.048 0.078 0.005 0.074 0.134 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.040 0.020 0.203 0.060 0.088 0.166 0.001 36 S 0.005 0.006 0.019 0.028 0.071 0.004 0.047 0.156 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.019 0.026 0.063 0.032 0.162 0.347 0.001 37 T 0.001 0.001 0.015 0.003 0.014 0.001 0.011 0.133 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.746 0.035 0.012 0.012 0.001 38 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.011 0.106 0.793 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.053 0.005 0.007 0.007 0.001 39 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.080 0.837 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.035 0.011 0.007 0.006 0.001 40 R 0.001 0.001 0.009 0.006 0.004 0.004 0.021 0.734 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.169 0.013 0.011 0.007 0.001 41 D 0.001 0.001 0.002 0.007 0.004 0.010 0.151 0.487 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.283 0.006 0.005 0.014 0.001 42 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.345 0.523 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.066 0.016 0.005 0.016 0.001 43 G 0.001 0.001 0.006 0.006 0.007 0.004 0.047 0.679 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.115 0.070 0.023 0.015 0.001 44 I 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.002 0.009 0.797 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.127 0.006 0.019 0.004 0.001 45 K 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.009 0.016 0.879 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.062 0.002 0.001 0.002 0.001 46 S 0.001 0.003 0.001 0.005 0.005 0.008 0.029 0.880 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.029 0.006 0.002 0.005 0.001 47 V 0.002 0.003 0.005 0.006 0.008 0.003 0.021 0.806 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.005 0.086 0.012 0.006 0.004 0.001 48 M 0.007 0.004 0.019 0.015 0.010 0.019 0.101 0.579 0.049 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.008 0.118 0.012 0.011 0.011 0.001 49 E 0.005 0.005 0.007 0.026 0.022 0.044 0.355 0.109 0.052 0.015 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 0.009 0.260 0.020 0.015 0.028 0.001 50 N 0.002 0.002 0.008 0.012 0.027 0.006 0.338 0.041 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.011 0.151 0.175 0.093 0.083 0.001 51 G 0.001 0.001 0.016 0.012 0.016 0.002 0.035 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.073 0.158 0.295 0.341 0.001 52 K 0.001 0.001 0.018 0.012 0.044 0.007 0.043 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.023 0.222 0.098 0.104 0.378 0.001 53 T 0.001 0.002 0.031 0.022 0.048 0.008 0.103 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.023 0.167 0.109 0.192 0.213 0.001 54 T 0.003 0.004 0.055 0.036 0.059 0.007 0.095 0.073 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.037 0.025 0.177 0.055 0.167 0.193 0.002 55 T 0.007 0.013 0.051 0.058 0.109 0.010 0.116 0.144 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.006 0.036 0.037 0.096 0.083 0.120 0.097 0.003 56 I 0.016 0.018 0.054 0.056 0.158 0.005 0.059 0.139 0.004 0.001 0.005 0.005 0.009 0.008 0.073 0.065 0.133 0.043 0.092 0.052 0.003 57 K 0.022 0.024 0.098 0.121 0.087 0.014 0.076 0.163 0.005 0.001 0.003 0.004 0.011 0.010 0.118 0.018 0.105 0.020 0.037 0.061 0.002 58 D 0.021 0.022 0.031 0.085 0.243 0.008 0.103 0.092 0.007 0.002 0.004 0.005 0.009 0.009 0.044 0.042 0.094 0.044 0.069 0.063 0.003 59 L 0.017 0.017 0.076 0.091 0.135 0.004 0.074 0.067 0.005 0.001 0.004 0.004 0.009 0.006 0.109 0.024 0.135 0.050 0.068 0.100 0.002 60 T 0.014 0.018 0.065 0.086 0.155 0.006 0.090 0.075 0.004 0.001 0.003 0.003 0.005 0.004 0.041 0.027 0.085 0.072 0.091 0.151 0.002