# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.003 0.017 0.539 0.004 0.019 0.206 0.001 0.001 0.005 0.087 0.052 0.015 0.053 2 I 0.004 0.009 0.176 0.006 0.050 0.581 0.001 0.001 0.002 0.039 0.087 0.018 0.026 3 E 0.008 0.005 0.077 0.008 0.088 0.675 0.001 0.001 0.002 0.020 0.066 0.014 0.035 4 A 0.034 0.005 0.067 0.011 0.073 0.601 0.001 0.001 0.002 0.023 0.049 0.053 0.082 5 R 0.090 0.004 0.060 0.014 0.038 0.516 0.002 0.001 0.003 0.015 0.050 0.048 0.161 6 Y 0.168 0.003 0.054 0.021 0.022 0.424 0.003 0.001 0.003 0.015 0.037 0.107 0.143 7 A 0.251 0.002 0.047 0.015 0.014 0.284 0.002 0.001 0.003 0.007 0.019 0.169 0.187 8 K 0.320 0.002 0.036 0.006 0.011 0.206 0.002 0.001 0.002 0.005 0.010 0.131 0.268 9 E 0.406 0.003 0.032 0.008 0.008 0.135 0.003 0.001 0.002 0.004 0.008 0.248 0.142 10 V 0.285 0.007 0.056 0.006 0.011 0.130 0.003 0.001 0.002 0.008 0.021 0.129 0.343 11 A 0.099 0.012 0.233 0.011 0.022 0.103 0.002 0.001 0.002 0.026 0.141 0.109 0.239 12 K 0.009 0.001 0.090 0.010 0.017 0.026 0.001 0.001 0.001 0.076 0.664 0.067 0.037 13 N 0.001 0.001 0.025 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.090 0.841 0.013 0.019 14 D 0.001 0.001 0.059 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.317 0.584 0.016 0.015 15 K 0.022 0.018 0.410 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.155 0.029 0.281 0.068 16 P 0.057 0.011 0.099 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.015 0.009 0.030 0.753 17 Y 0.200 0.004 0.034 0.078 0.001 0.001 0.016 0.002 0.007 0.006 0.002 0.565 0.084 18 F 0.473 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.040 0.001 0.007 0.001 0.001 0.094 0.370 19 N 0.664 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.184 0.092 20 L 0.607 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.035 0.002 0.008 0.001 0.001 0.138 0.195 21 K 0.567 0.002 0.022 0.017 0.003 0.004 0.024 0.002 0.005 0.004 0.005 0.101 0.245 22 A 0.282 0.006 0.080 0.013 0.020 0.009 0.010 0.002 0.007 0.015 0.030 0.220 0.306 23 A 0.070 0.005 0.118 0.067 0.034 0.011 0.005 0.001 0.008 0.131 0.268 0.142 0.141 24 N 0.012 0.004 0.129 0.017 0.019 0.006 0.001 0.001 0.002 0.192 0.520 0.033 0.064 25 H 0.019 0.007 0.241 0.028 0.017 0.006 0.002 0.001 0.005 0.307 0.260 0.048 0.057 26 Q 0.109 0.020 0.211 0.024 0.009 0.011 0.010 0.006 0.019 0.108 0.030 0.332 0.111 27 I 0.185 0.010 0.043 0.004 0.003 0.007 0.067 0.037 0.059 0.012 0.006 0.048 0.517 28 I 0.292 0.013 0.055 0.136 0.006 0.011 0.126 0.068 0.055 0.014 0.007 0.137 0.079 29 G 0.228 0.012 0.079 0.027 0.006 0.010 0.073 0.035 0.081 0.022 0.016 0.221 0.189 30 T 0.120 0.020 0.184 0.033 0.015 0.028 0.031 0.016 0.063 0.057 0.051 0.084 0.296 31 S 0.030 0.010 0.367 0.039 0.019 0.036 0.009 0.006 0.044 0.155 0.078 0.121 0.086 32 Q 0.022 0.013 0.248 0.018 0.064 0.110 0.005 0.003 0.024 0.141 0.205 0.051 0.096 33 M 0.025 0.026 0.194 0.011 0.120 0.231 0.004 0.002 0.012 0.092 0.181 0.029 0.074 34 Y 0.021 0.020 0.214 0.009 0.092 0.279 0.003 0.002 0.013 0.121 0.110 0.069 0.048 35 S 0.016 0.029 0.250 0.005 0.068 0.248 0.002 0.001 0.008 0.107 0.116 0.031 0.119 36 S 0.005 0.016 0.258 0.005 0.057 0.431 0.001 0.001 0.003 0.099 0.082 0.017 0.027 37 T 0.001 0.002 0.024 0.001 0.020 0.898 0.001 0.001 0.001 0.017 0.033 0.002 0.002 38 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.024 0.910 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 0.001 0.002 39 A 0.001 0.002 0.024 0.001 0.049 0.882 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.001 0.003 40 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.043 0.927 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 41 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.049 0.861 0.001 0.001 0.001 0.004 0.081 0.001 0.001 42 N 0.001 0.001 0.008 0.001 0.058 0.789 0.001 0.001 0.001 0.008 0.133 0.001 0.001 43 G 0.001 0.002 0.044 0.001 0.019 0.856 0.001 0.001 0.001 0.025 0.042 0.003 0.005 44 I 0.003 0.002 0.100 0.002 0.018 0.817 0.001 0.001 0.004 0.016 0.021 0.005 0.010 45 K 0.004 0.002 0.030 0.009 0.029 0.860 0.001 0.001 0.003 0.014 0.033 0.010 0.005 46 S 0.005 0.001 0.013 0.002 0.018 0.889 0.001 0.001 0.005 0.011 0.039 0.003 0.012 47 V 0.007 0.002 0.021 0.002 0.025 0.884 0.002 0.002 0.005 0.007 0.032 0.003 0.010 48 M 0.013 0.004 0.067 0.007 0.046 0.738 0.002 0.002 0.009 0.018 0.054 0.026 0.014 49 E 0.005 0.007 0.098 0.003 0.048 0.501 0.001 0.001 0.007 0.051 0.242 0.014 0.023 50 N 0.001 0.008 0.159 0.003 0.036 0.187 0.001 0.001 0.004 0.152 0.429 0.005 0.015 51 G 0.001 0.005 0.413 0.003 0.014 0.032 0.001 0.001 0.004 0.346 0.160 0.013 0.008 52 K 0.001 0.010 0.361 0.004 0.028 0.038 0.001 0.001 0.005 0.217 0.317 0.007 0.013 53 T 0.001 0.017 0.355 0.006 0.039 0.051 0.001 0.001 0.007 0.178 0.322 0.008 0.014 54 T 0.004 0.018 0.590 0.011 0.035 0.048 0.001 0.001 0.020 0.162 0.044 0.033 0.031 55 T 0.020 0.038 0.422 0.017 0.035 0.059 0.008 0.005 0.050 0.092 0.037 0.067 0.149 56 I 0.068 0.033 0.174 0.025 0.089 0.139 0.027 0.016 0.078 0.045 0.036 0.072 0.198 57 K 0.062 0.021 0.200 0.063 0.107 0.156 0.018 0.009 0.049 0.051 0.087 0.101 0.077 58 D 0.038 0.025 0.246 0.011 0.098 0.117 0.009 0.006 0.047 0.065 0.117 0.090 0.131 59 L 0.017 0.027 0.439 0.011 0.034 0.058 0.005 0.004 0.035 0.131 0.077 0.044 0.118 60 T 0.005 0.011 0.666 0.007 0.011 0.017 0.001 0.001 0.012 0.147 0.039 0.051 0.032