# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.032 0.073 0.107 0.163 0.012 0.230 0.008 0.012 0.005 0.006 0.122 0.056 0.162 0.002 0.003 0.010 2 I 0.010 0.067 0.027 0.172 0.009 0.157 0.006 0.009 0.005 0.002 0.206 0.160 0.160 0.004 0.003 0.005 3 E 0.008 0.185 0.088 0.189 0.003 0.035 0.007 0.008 0.006 0.001 0.026 0.199 0.220 0.002 0.012 0.010 4 A 0.014 0.021 0.106 0.241 0.002 0.090 0.006 0.008 0.006 0.003 0.043 0.031 0.390 0.003 0.009 0.028 5 R 0.022 0.082 0.257 0.273 0.001 0.026 0.002 0.003 0.002 0.001 0.037 0.026 0.243 0.001 0.006 0.020 6 Y 0.018 0.013 0.110 0.441 0.002 0.099 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 0.030 0.239 0.001 0.002 0.010 7 A 0.009 0.059 0.150 0.412 0.005 0.069 0.004 0.003 0.001 0.001 0.030 0.017 0.229 0.003 0.001 0.007 8 K 0.002 0.039 0.038 0.669 0.003 0.046 0.002 0.004 0.001 0.001 0.016 0.014 0.160 0.001 0.003 0.004 9 E 0.004 0.043 0.078 0.461 0.015 0.091 0.013 0.004 0.003 0.002 0.031 0.013 0.212 0.006 0.003 0.020 10 V 0.014 0.070 0.061 0.393 0.019 0.144 0.017 0.018 0.002 0.001 0.038 0.026 0.167 0.008 0.009 0.014 11 A 0.006 0.056 0.058 0.069 0.140 0.230 0.041 0.023 0.005 0.007 0.083 0.036 0.186 0.026 0.012 0.021 12 K 0.007 0.034 0.017 0.011 0.083 0.014 0.125 0.030 0.002 0.003 0.136 0.014 0.042 0.441 0.027 0.014 13 N 0.005 0.013 0.010 0.006 0.001 0.017 0.005 0.115 0.008 0.005 0.010 0.018 0.018 0.002 0.757 0.011 14 D 0.022 0.049 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.007 0.003 0.002 0.005 0.001 0.003 0.750 15 K 0.890 0.006 0.066 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 16 P 0.007 0.002 0.931 0.040 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.001 0.067 0.037 0.891 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 N 0.001 0.001 0.070 0.921 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.002 0.003 0.979 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.001 0.017 0.002 0.731 0.111 0.132 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.001 0.018 0.002 0.143 0.601 0.149 0.003 0.044 0.001 0.003 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.089 0.005 0.030 0.430 0.057 0.034 0.116 0.010 0.017 0.101 0.015 0.002 0.089 0.004 0.002 24 N 0.004 0.024 0.002 0.015 0.001 0.024 0.002 0.457 0.026 0.011 0.022 0.024 0.006 0.001 0.377 0.003 25 H 0.017 0.042 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.457 0.030 0.008 0.010 0.006 0.001 0.002 0.391 26 Q 0.888 0.005 0.063 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.003 27 I 0.007 0.005 0.808 0.044 0.017 0.084 0.015 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.002 0.001 0.002 28 I 0.002 0.225 0.047 0.630 0.008 0.028 0.002 0.020 0.001 0.001 0.015 0.005 0.011 0.001 0.003 0.002 29 G 0.004 0.033 0.027 0.610 0.030 0.160 0.007 0.006 0.033 0.023 0.012 0.024 0.017 0.002 0.001 0.011 30 T 0.044 0.103 0.137 0.376 0.012 0.100 0.005 0.036 0.005 0.005 0.088 0.020 0.057 0.001 0.005 0.006 31 S 0.009 0.043 0.038 0.107 0.025 0.418 0.012 0.010 0.012 0.016 0.083 0.164 0.050 0.006 0.002 0.006 32 Q 0.017 0.156 0.063 0.150 0.007 0.048 0.007 0.031 0.005 0.001 0.294 0.093 0.098 0.005 0.018 0.007 33 M 0.012 0.082 0.099 0.195 0.006 0.044 0.016 0.008 0.022 0.009 0.029 0.251 0.149 0.006 0.014 0.059 34 Y 0.053 0.032 0.195 0.130 0.007 0.109 0.022 0.006 0.005 0.005 0.045 0.037 0.299 0.004 0.012 0.040 35 S 0.021 0.154 0.166 0.216 0.002 0.065 0.004 0.011 0.003 0.003 0.069 0.048 0.206 0.002 0.006 0.024 36 S 0.012 0.017 0.024 0.052 0.002 0.481 0.002 0.003 0.002 0.005 0.046 0.107 0.240 0.001 0.002 0.005 37 T 0.003 0.010 0.011 0.011 0.002 0.053 0.002 0.002 0.001 0.001 0.585 0.038 0.277 0.003 0.001 0.002 38 A 0.001 0.038 0.006 0.019 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.581 0.306 0.001 0.005 0.001 39 A 0.001 0.002 0.005 0.007 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.924 0.003 0.003 0.016 40 R 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.025 0.008 0.914 0.008 0.003 0.007 41 D 0.005 0.010 0.017 0.004 0.003 0.006 0.040 0.008 0.001 0.001 0.020 0.027 0.412 0.373 0.052 0.023 42 N 0.005 0.009 0.029 0.009 0.001 0.003 0.004 0.010 0.003 0.002 0.008 0.011 0.388 0.002 0.437 0.080 43 G 0.020 0.005 0.033 0.004 0.001 0.013 0.003 0.001 0.005 0.004 0.009 0.010 0.544 0.003 0.002 0.346 44 I 0.048 0.001 0.012 0.002 0.001 0.168 0.004 0.001 0.001 0.001 0.049 0.038 0.672 0.002 0.001 0.001 45 K 0.001 0.224 0.015 0.014 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.067 0.142 0.526 0.001 0.002 0.002 46 S 0.001 0.002 0.003 0.040 0.001 0.012 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.044 0.872 0.005 0.001 0.011 47 V 0.001 0.003 0.188 0.011 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.758 0.002 0.004 0.004 48 M 0.001 0.011 0.028 0.034 0.013 0.022 0.056 0.004 0.001 0.001 0.012 0.017 0.692 0.082 0.006 0.022 49 E 0.009 0.009 0.023 0.023 0.023 0.019 0.084 0.024 0.003 0.001 0.024 0.007 0.257 0.392 0.073 0.030 50 N 0.005 0.090 0.068 0.029 0.002 0.006 0.031 0.024 0.012 0.004 0.020 0.015 0.160 0.020 0.354 0.160 51 G 0.095 0.028 0.119 0.032 0.006 0.048 0.074 0.005 0.020 0.023 0.017 0.037 0.179 0.013 0.024 0.279 52 K 0.249 0.140 0.189 0.052 0.002 0.071 0.013 0.016 0.004 0.003 0.085 0.032 0.095 0.004 0.014 0.033 53 T 0.026 0.357 0.198 0.135 0.001 0.086 0.005 0.003 0.015 0.003 0.020 0.079 0.039 0.001 0.006 0.025 54 T 0.042 0.078 0.368 0.347 0.001 0.044 0.003 0.003 0.002 0.001 0.032 0.024 0.045 0.001 0.003 0.008 55 T 0.011 0.032 0.193 0.168 0.003 0.419 0.002 0.003 0.001 0.002 0.041 0.051 0.069 0.001 0.001 0.004 56 I 0.004 0.042 0.064 0.186 0.013 0.102 0.006 0.005 0.001 0.001 0.390 0.036 0.142 0.005 0.001 0.002 57 K 0.002 0.156 0.063 0.358 0.006 0.017 0.008 0.012 0.003 0.001 0.014 0.192 0.150 0.003 0.010 0.006 58 D 0.007 0.014 0.074 0.271 0.012 0.105 0.015 0.010 0.010 0.006 0.010 0.011 0.375 0.007 0.009 0.062 59 L 0.024 0.042 0.190 0.118 0.081 0.067 0.095 0.011 0.003 0.004 0.117 0.013 0.171 0.034 0.007 0.023 60 T 0.018 0.107 0.077 0.129 0.032 0.119 0.035 0.112 0.006 0.006 0.054 0.090 0.108 0.028 0.062 0.015