# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.106 0.524 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.062 0.043 0.227 2 I 0.183 0.528 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.054 0.031 0.164 3 E 0.085 0.448 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.041 0.064 0.306 4 A 0.051 0.351 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.061 0.062 0.280 5 R 0.036 0.323 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.095 0.056 0.300 6 Y 0.026 0.347 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.299 0.089 0.036 0.188 7 A 0.023 0.328 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.282 0.068 0.028 0.251 8 K 0.058 0.228 0.008 0.002 0.001 0.003 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.339 0.054 0.029 0.250 9 E 0.048 0.094 0.028 0.010 0.019 0.188 0.045 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.148 0.177 0.027 0.193 10 V 0.014 0.010 0.098 0.005 0.304 0.019 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.136 0.039 0.270 11 A 0.338 0.003 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.049 0.035 0.497 12 K 0.178 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.034 0.049 0.718 13 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.067 0.909 14 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.027 0.078 0.832 15 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.280 0.112 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.061 0.067 0.332 16 P 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.002 0.007 0.001 0.004 0.001 0.560 0.081 0.050 0.262 17 Y 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.141 0.131 0.083 0.009 0.307 0.085 0.028 0.186 18 F 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.118 0.025 0.690 0.044 0.009 0.043 19 N 0.015 0.023 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.685 0.061 0.024 0.130 20 L 0.010 0.010 0.003 0.001 0.027 0.037 0.033 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.625 0.098 0.034 0.108 21 K 0.025 0.010 0.010 0.001 0.057 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.416 0.109 0.088 0.265 22 A 0.219 0.020 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.100 0.097 0.384 23 A 0.140 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.047 0.101 0.613 24 N 0.042 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.040 0.121 0.689 25 H 0.013 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.077 0.140 0.587 26 Q 0.013 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.034 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.297 0.142 0.083 0.336 27 I 0.019 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.012 0.003 0.019 0.006 0.005 0.003 0.383 0.132 0.066 0.324 28 I 0.013 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 0.040 0.018 0.005 0.453 0.094 0.061 0.254 29 G 0.015 0.020 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.011 0.005 0.405 0.097 0.084 0.341 30 T 0.052 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.099 0.096 0.443 31 S 0.168 0.103 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.279 0.081 0.262 32 Q 0.021 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.402 0.108 0.296 33 M 0.024 0.059 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.414 0.106 0.318 34 Y 0.044 0.231 0.008 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.162 0.098 0.323 35 S 0.029 0.394 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.071 0.080 0.369 36 S 0.053 0.769 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.054 0.015 0.096 37 T 0.074 0.780 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 0.017 0.065 38 A 0.040 0.359 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.372 0.048 0.154 39 A 0.108 0.281 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.354 0.047 0.168 40 R 0.303 0.246 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.055 0.065 0.297 41 D 0.025 0.220 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.111 0.593 42 N 0.016 0.190 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.104 0.136 0.507 43 G 0.026 0.680 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.090 0.046 0.132 44 I 0.072 0.711 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.030 0.032 0.132 45 K 0.032 0.775 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.024 0.019 0.101 46 S 0.108 0.313 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.307 0.030 0.123 47 V 0.094 0.114 0.040 0.003 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.242 0.082 0.244 48 M 0.229 0.026 0.020 0.002 0.004 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.077 0.086 0.416 49 E 0.048 0.012 0.010 0.002 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.069 0.079 0.666 50 N 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.039 0.116 0.786 51 G 0.071 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.126 0.134 0.616 52 K 0.032 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.050 0.151 0.682 53 T 0.060 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.051 0.102 0.681 54 T 0.038 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.101 0.063 0.134 0.585 55 T 0.053 0.050 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.284 0.086 0.080 0.415 56 I 0.102 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.005 0.005 0.004 0.111 0.129 0.088 0.516 57 K 0.050 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.004 0.311 0.056 0.089 0.453 58 D 0.022 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.146 0.031 0.099 0.685 59 L 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.022 0.105 0.717 60 T 0.046 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.047 0.118 0.636