# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.096 0.526 0.005 0.013 0.012 0.016 0.049 0.008 0.001 0.037 0.238 2 I 0.099 0.650 0.005 0.007 0.013 0.016 0.028 0.009 0.001 0.027 0.145 3 E 0.094 0.646 0.003 0.009 0.009 0.019 0.033 0.008 0.001 0.025 0.154 4 A 0.029 0.579 0.006 0.013 0.030 0.056 0.037 0.004 0.001 0.046 0.199 5 R 0.030 0.463 0.004 0.014 0.057 0.117 0.038 0.007 0.001 0.047 0.221 6 Y 0.053 0.494 0.005 0.011 0.050 0.077 0.040 0.011 0.002 0.045 0.211 7 A 0.070 0.426 0.005 0.017 0.099 0.137 0.031 0.007 0.001 0.052 0.154 8 K 0.058 0.297 0.004 0.018 0.065 0.147 0.055 0.007 0.001 0.053 0.296 9 E 0.040 0.085 0.008 0.046 0.140 0.277 0.060 0.007 0.007 0.105 0.226 10 V 0.060 0.014 0.112 0.012 0.092 0.134 0.050 0.008 0.101 0.162 0.254 11 A 0.296 0.003 0.001 0.010 0.026 0.035 0.050 0.005 0.002 0.027 0.545 12 K 0.596 0.001 0.001 0.003 0.007 0.009 0.024 0.002 0.001 0.016 0.342 13 N 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.067 0.001 0.001 0.002 0.919 14 D 0.007 0.004 0.001 0.005 0.023 0.064 0.091 0.001 0.001 0.014 0.791 15 K 0.005 0.002 0.001 0.007 0.516 0.217 0.051 0.001 0.001 0.020 0.179 16 P 0.002 0.005 0.001 0.044 0.182 0.470 0.038 0.001 0.001 0.023 0.235 17 Y 0.005 0.005 0.001 0.013 0.283 0.487 0.017 0.001 0.001 0.027 0.161 18 F 0.002 0.004 0.001 0.030 0.422 0.458 0.009 0.001 0.001 0.014 0.061 19 N 0.006 0.010 0.001 0.026 0.366 0.428 0.015 0.001 0.001 0.025 0.124 20 L 0.004 0.004 0.002 0.031 0.493 0.366 0.009 0.001 0.002 0.020 0.069 21 K 0.049 0.007 0.006 0.027 0.361 0.319 0.021 0.003 0.007 0.064 0.137 22 A 0.189 0.006 0.002 0.035 0.122 0.136 0.059 0.005 0.001 0.047 0.399 23 A 0.093 0.006 0.001 0.032 0.030 0.035 0.090 0.003 0.001 0.031 0.678 24 N 0.017 0.008 0.001 0.024 0.010 0.029 0.134 0.002 0.001 0.026 0.748 25 H 0.014 0.020 0.001 0.045 0.079 0.124 0.132 0.004 0.001 0.063 0.518 26 Q 0.012 0.012 0.001 0.100 0.220 0.276 0.052 0.002 0.001 0.081 0.244 27 I 0.012 0.011 0.001 0.158 0.154 0.220 0.062 0.002 0.001 0.080 0.300 28 I 0.015 0.014 0.002 0.179 0.176 0.217 0.068 0.002 0.001 0.067 0.259 29 G 0.016 0.036 0.004 0.193 0.141 0.177 0.081 0.003 0.001 0.055 0.293 30 T 0.076 0.181 0.004 0.066 0.045 0.074 0.100 0.018 0.001 0.091 0.343 31 S 0.104 0.180 0.004 0.027 0.028 0.040 0.098 0.015 0.001 0.199 0.304 32 Q 0.029 0.081 0.003 0.020 0.028 0.045 0.080 0.004 0.001 0.444 0.264 33 M 0.025 0.053 0.002 0.019 0.019 0.034 0.104 0.003 0.001 0.451 0.290 34 Y 0.036 0.208 0.007 0.031 0.033 0.040 0.119 0.009 0.002 0.080 0.436 35 S 0.063 0.391 0.007 0.013 0.017 0.017 0.053 0.013 0.002 0.029 0.395 36 S 0.091 0.668 0.004 0.004 0.004 0.007 0.025 0.019 0.001 0.030 0.146 37 T 0.099 0.678 0.004 0.003 0.005 0.006 0.027 0.011 0.001 0.034 0.132 38 A 0.072 0.486 0.027 0.009 0.005 0.008 0.049 0.006 0.005 0.155 0.178 39 A 0.091 0.316 0.093 0.011 0.006 0.006 0.067 0.017 0.023 0.210 0.161 40 R 0.415 0.358 0.002 0.002 0.002 0.003 0.022 0.021 0.001 0.022 0.151 41 D 0.041 0.413 0.002 0.004 0.004 0.005 0.036 0.003 0.001 0.028 0.464 42 N 0.010 0.371 0.004 0.019 0.005 0.011 0.060 0.001 0.001 0.194 0.324 43 G 0.011 0.696 0.002 0.005 0.004 0.006 0.032 0.006 0.001 0.193 0.045 44 I 0.038 0.831 0.002 0.003 0.007 0.003 0.018 0.019 0.001 0.019 0.059 45 K 0.030 0.714 0.004 0.034 0.009 0.022 0.023 0.003 0.001 0.061 0.101 46 S 0.048 0.224 0.010 0.022 0.008 0.028 0.056 0.006 0.004 0.449 0.144 47 V 0.130 0.121 0.042 0.033 0.019 0.024 0.114 0.035 0.011 0.231 0.239 48 M 0.251 0.034 0.012 0.021 0.019 0.027 0.087 0.010 0.005 0.078 0.457 49 E 0.023 0.008 0.002 0.010 0.006 0.016 0.084 0.001 0.001 0.024 0.826 50 N 0.030 0.010 0.002 0.011 0.007 0.015 0.134 0.002 0.001 0.037 0.752 51 G 0.147 0.011 0.003 0.006 0.012 0.012 0.156 0.004 0.001 0.079 0.570 52 K 0.028 0.016 0.001 0.009 0.008 0.016 0.144 0.003 0.001 0.027 0.748 53 T 0.042 0.039 0.001 0.016 0.013 0.028 0.126 0.004 0.001 0.029 0.702 54 T 0.026 0.048 0.004 0.042 0.081 0.091 0.119 0.006 0.001 0.062 0.520 55 T 0.048 0.057 0.002 0.057 0.062 0.124 0.086 0.006 0.001 0.056 0.501 56 I 0.072 0.023 0.004 0.056 0.074 0.097 0.086 0.006 0.002 0.122 0.458 57 K 0.042 0.013 0.004 0.066 0.097 0.116 0.105 0.003 0.002 0.077 0.476 58 D 0.077 0.014 0.002 0.033 0.032 0.068 0.091 0.004 0.001 0.054 0.625 59 L 0.032 0.013 0.002 0.027 0.036 0.041 0.113 0.003 0.001 0.037 0.695 60 T 0.065 0.027 0.002 0.026 0.035 0.046 0.112 0.005 0.001 0.056 0.627