# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.096 0.317 0.019 0.021 0.026 0.070 0.069 0.383 2 I 0.119 0.612 0.008 0.014 0.019 0.030 0.053 0.145 3 E 0.064 0.561 0.011 0.015 0.024 0.041 0.038 0.247 4 A 0.026 0.628 0.009 0.021 0.036 0.031 0.028 0.221 5 R 0.029 0.580 0.015 0.040 0.082 0.040 0.042 0.173 6 Y 0.051 0.593 0.013 0.047 0.069 0.038 0.041 0.149 7 A 0.019 0.616 0.017 0.069 0.087 0.028 0.033 0.132 8 K 0.034 0.435 0.022 0.072 0.091 0.039 0.050 0.258 9 E 0.084 0.117 0.046 0.224 0.126 0.036 0.253 0.114 10 V 0.133 0.024 0.043 0.092 0.075 0.058 0.181 0.393 11 A 0.825 0.002 0.003 0.004 0.005 0.014 0.017 0.130 12 K 0.215 0.001 0.001 0.002 0.002 0.041 0.009 0.728 13 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.001 0.949 14 D 0.007 0.002 0.005 0.004 0.018 0.106 0.010 0.848 15 K 0.024 0.014 0.030 0.199 0.090 0.120 0.077 0.446 16 P 0.013 0.042 0.087 0.145 0.202 0.047 0.048 0.417 17 Y 0.008 0.045 0.101 0.177 0.320 0.033 0.037 0.279 18 F 0.002 0.035 0.161 0.393 0.317 0.011 0.020 0.060 19 N 0.009 0.093 0.223 0.201 0.286 0.018 0.059 0.111 20 L 0.018 0.059 0.168 0.339 0.197 0.015 0.151 0.054 21 K 0.061 0.082 0.150 0.182 0.206 0.038 0.147 0.134 22 A 0.211 0.037 0.068 0.043 0.072 0.091 0.079 0.398 23 A 0.120 0.038 0.035 0.047 0.052 0.095 0.046 0.567 24 N 0.028 0.051 0.012 0.013 0.047 0.077 0.028 0.743 25 H 0.016 0.027 0.035 0.032 0.111 0.138 0.065 0.576 26 Q 0.012 0.011 0.079 0.327 0.237 0.061 0.128 0.146 27 I 0.019 0.012 0.101 0.136 0.160 0.086 0.122 0.364 28 I 0.021 0.019 0.240 0.125 0.196 0.091 0.060 0.249 29 G 0.021 0.028 0.190 0.116 0.211 0.086 0.049 0.300 30 T 0.089 0.099 0.060 0.055 0.104 0.087 0.098 0.409 31 S 0.153 0.089 0.041 0.049 0.075 0.105 0.162 0.325 32 Q 0.054 0.036 0.036 0.035 0.066 0.142 0.301 0.329 33 M 0.025 0.032 0.024 0.018 0.038 0.116 0.313 0.434 34 Y 0.039 0.132 0.022 0.038 0.055 0.137 0.072 0.504 35 S 0.045 0.285 0.013 0.017 0.031 0.083 0.040 0.485 36 S 0.043 0.702 0.005 0.006 0.007 0.029 0.050 0.157 37 T 0.058 0.761 0.008 0.003 0.003 0.022 0.061 0.083 38 A 0.041 0.327 0.020 0.007 0.005 0.037 0.440 0.122 39 A 0.070 0.691 0.012 0.002 0.002 0.028 0.125 0.070 40 R 0.146 0.683 0.004 0.001 0.001 0.016 0.077 0.072 41 D 0.039 0.640 0.007 0.002 0.004 0.024 0.045 0.239 42 N 0.016 0.251 0.022 0.007 0.016 0.075 0.252 0.362 43 G 0.014 0.541 0.015 0.004 0.004 0.045 0.291 0.085 44 I 0.028 0.864 0.014 0.004 0.004 0.013 0.030 0.043 45 K 0.053 0.586 0.045 0.007 0.012 0.041 0.050 0.206 46 S 0.032 0.189 0.111 0.012 0.015 0.039 0.501 0.101 47 V 0.202 0.196 0.125 0.016 0.014 0.058 0.218 0.172 48 M 0.313 0.047 0.037 0.012 0.012 0.073 0.053 0.454 49 E 0.011 0.007 0.008 0.003 0.004 0.073 0.029 0.863 50 N 0.028 0.018 0.010 0.004 0.009 0.120 0.089 0.724 51 G 0.065 0.036 0.012 0.016 0.012 0.152 0.128 0.578 52 K 0.070 0.143 0.010 0.010 0.014 0.087 0.043 0.622 53 T 0.107 0.322 0.010 0.009 0.017 0.069 0.032 0.435 54 T 0.037 0.238 0.051 0.052 0.052 0.088 0.066 0.415 55 T 0.086 0.291 0.038 0.040 0.071 0.067 0.088 0.318 56 I 0.093 0.044 0.065 0.051 0.061 0.061 0.384 0.241 57 K 0.054 0.031 0.049 0.085 0.091 0.092 0.212 0.387 58 D 0.075 0.020 0.018 0.024 0.046 0.064 0.067 0.686 59 L 0.021 0.008 0.016 0.028 0.048 0.121 0.027 0.730 60 T 0.041 0.013 0.021 0.042 0.081 0.102 0.052 0.648