# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.519 0.159 0.048 0.091 0.065 0.039 0.036 0.021 0.012 0.008 0.003 2 I 0.170 0.109 0.049 0.099 0.100 0.106 0.129 0.086 0.074 0.051 0.026 3 E 0.099 0.148 0.072 0.182 0.168 0.112 0.111 0.053 0.033 0.017 0.007 4 A 0.187 0.074 0.100 0.126 0.109 0.107 0.130 0.075 0.049 0.030 0.013 5 R 0.039 0.065 0.124 0.244 0.207 0.129 0.105 0.042 0.026 0.014 0.005 6 Y 0.004 0.008 0.025 0.028 0.031 0.053 0.169 0.184 0.220 0.175 0.102 7 A 0.013 0.028 0.127 0.161 0.177 0.135 0.186 0.081 0.049 0.033 0.010 8 K 0.020 0.036 0.267 0.197 0.161 0.110 0.118 0.043 0.028 0.016 0.005 9 E 0.047 0.044 0.142 0.140 0.144 0.139 0.196 0.067 0.045 0.026 0.009 10 V 0.076 0.069 0.104 0.131 0.118 0.112 0.193 0.091 0.059 0.035 0.013 11 A 0.100 0.072 0.144 0.132 0.103 0.109 0.142 0.079 0.060 0.039 0.020 12 K 0.182 0.281 0.208 0.159 0.079 0.041 0.031 0.011 0.005 0.003 0.001 13 N 0.381 0.176 0.078 0.115 0.101 0.056 0.052 0.024 0.009 0.004 0.002 14 D 0.533 0.156 0.068 0.080 0.053 0.042 0.035 0.015 0.009 0.006 0.003 15 K 0.123 0.182 0.112 0.245 0.177 0.088 0.047 0.014 0.008 0.003 0.001 16 P 0.020 0.018 0.033 0.039 0.057 0.098 0.196 0.205 0.163 0.100 0.072 17 Y 0.008 0.039 0.073 0.190 0.238 0.196 0.131 0.053 0.037 0.026 0.009 18 F 0.001 0.005 0.023 0.019 0.027 0.039 0.110 0.217 0.223 0.193 0.143 19 N 0.007 0.032 0.085 0.216 0.242 0.128 0.134 0.072 0.045 0.029 0.010 20 L 0.001 0.002 0.009 0.008 0.006 0.016 0.053 0.078 0.227 0.310 0.290 21 K 0.008 0.021 0.052 0.173 0.186 0.125 0.179 0.089 0.089 0.047 0.031 22 A 0.006 0.011 0.034 0.039 0.040 0.082 0.154 0.136 0.209 0.170 0.119 23 A 0.046 0.090 0.118 0.281 0.221 0.102 0.080 0.027 0.018 0.012 0.006 24 N 0.052 0.045 0.043 0.070 0.067 0.086 0.165 0.171 0.137 0.091 0.072 25 H 0.133 0.105 0.068 0.181 0.153 0.100 0.101 0.058 0.048 0.036 0.017 26 Q 0.084 0.083 0.085 0.148 0.132 0.122 0.148 0.079 0.065 0.035 0.018 27 I 0.013 0.020 0.025 0.043 0.052 0.085 0.165 0.166 0.196 0.135 0.100 28 I 0.008 0.008 0.011 0.015 0.019 0.031 0.098 0.132 0.217 0.229 0.233 29 G 0.006 0.010 0.017 0.018 0.023 0.033 0.089 0.136 0.210 0.236 0.220 30 T 0.015 0.024 0.042 0.056 0.070 0.076 0.148 0.141 0.157 0.153 0.117 31 S 0.016 0.014 0.021 0.045 0.062 0.077 0.162 0.171 0.174 0.145 0.113 32 Q 0.024 0.022 0.029 0.064 0.092 0.097 0.168 0.172 0.147 0.116 0.070 33 M 0.033 0.048 0.072 0.136 0.139 0.128 0.153 0.099 0.086 0.072 0.034 34 Y 0.013 0.017 0.034 0.053 0.065 0.102 0.176 0.171 0.155 0.131 0.082 35 S 0.069 0.114 0.148 0.179 0.140 0.094 0.098 0.058 0.044 0.042 0.013 36 S 0.083 0.106 0.106 0.126 0.112 0.129 0.158 0.076 0.050 0.038 0.016 37 T 0.290 0.124 0.124 0.173 0.100 0.070 0.060 0.026 0.016 0.011 0.005 38 A 0.370 0.082 0.117 0.115 0.086 0.066 0.083 0.036 0.023 0.015 0.008 39 A 0.104 0.211 0.166 0.195 0.114 0.074 0.069 0.027 0.021 0.014 0.006 40 R 0.007 0.013 0.031 0.061 0.078 0.170 0.255 0.148 0.121 0.070 0.047 41 D 0.244 0.089 0.305 0.204 0.097 0.030 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 42 N 0.055 0.104 0.180 0.222 0.180 0.134 0.087 0.022 0.010 0.005 0.002 43 G 0.007 0.016 0.022 0.023 0.024 0.043 0.136 0.130 0.221 0.199 0.179 44 I 0.001 0.003 0.010 0.018 0.032 0.109 0.242 0.198 0.179 0.125 0.084 45 K 0.045 0.051 0.643 0.181 0.047 0.017 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 46 S 0.005 0.016 0.054 0.087 0.125 0.184 0.258 0.147 0.069 0.036 0.019 47 V 0.001 0.002 0.005 0.004 0.004 0.007 0.036 0.086 0.196 0.323 0.335 48 M 0.003 0.010 0.055 0.113 0.156 0.258 0.241 0.081 0.044 0.029 0.010 49 E 0.080 0.078 0.643 0.131 0.041 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 50 N 0.040 0.045 0.038 0.096 0.121 0.177 0.265 0.109 0.058 0.035 0.015 51 G 0.109 0.063 0.023 0.038 0.033 0.053 0.122 0.114 0.162 0.159 0.124 52 K 0.240 0.319 0.130 0.152 0.082 0.037 0.023 0.009 0.005 0.003 0.001 53 T 0.319 0.191 0.146 0.157 0.082 0.043 0.031 0.015 0.008 0.004 0.002 54 T 0.184 0.099 0.040 0.095 0.106 0.112 0.144 0.084 0.064 0.046 0.025 55 T 0.192 0.268 0.070 0.200 0.120 0.065 0.049 0.017 0.010 0.005 0.002 56 I 0.021 0.021 0.035 0.053 0.057 0.097 0.166 0.154 0.164 0.130 0.102 57 K 0.166 0.140 0.154 0.215 0.153 0.068 0.053 0.024 0.014 0.009 0.004 58 D 0.121 0.199 0.129 0.164 0.107 0.081 0.088 0.044 0.032 0.024 0.011 59 L 0.043 0.040 0.033 0.078 0.096 0.157 0.184 0.144 0.104 0.071 0.049 60 T 0.573 0.169 0.103 0.082 0.032 0.016 0.011 0.006 0.004 0.003 0.001