# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.992 2 I 0.031 0.018 0.003 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.005 0.129 0.623 3 E 0.062 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.005 0.123 0.646 4 A 0.162 0.210 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.011 0.110 0.424 5 R 0.139 0.420 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.015 0.059 0.275 6 Y 0.068 0.492 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.009 0.039 0.192 7 A 0.032 0.457 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.232 0.018 0.028 0.214 8 K 0.049 0.524 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.009 0.005 0.168 0.022 0.015 0.184 9 E 0.067 0.482 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.080 0.024 0.008 0.127 0.022 0.011 0.129 10 V 0.027 0.229 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.005 0.186 0.160 0.027 0.005 0.040 0.016 0.011 0.250 11 A 0.038 0.205 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.211 0.018 0.003 0.013 0.005 0.003 0.002 0.136 0.021 0.028 0.300 12 K 0.078 0.069 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.364 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.020 0.035 0.372 13 N 0.030 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.015 0.093 0.808 14 D 0.143 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.099 0.044 0.674 15 K 0.304 0.003 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.019 0.312 0.292 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.006 0.944 17 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.370 0.220 0.041 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.001 0.070 0.076 18 F 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.704 0.001 0.026 0.170 19 N 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.821 0.001 0.045 0.097 20 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.007 0.004 0.850 0.001 0.018 0.095 21 K 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.073 0.043 0.009 0.004 0.693 0.001 0.054 0.100 22 A 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.011 0.001 0.010 0.003 0.002 0.002 0.658 0.003 0.088 0.159 23 A 0.022 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.401 0.006 0.087 0.151 24 N 0.057 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.023 0.128 0.468 25 H 0.096 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.098 0.076 0.575 26 Q 0.261 0.004 0.061 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.024 0.364 0.201 27 I 0.006 0.007 0.006 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.003 0.048 0.697 28 I 0.003 0.006 0.002 0.001 0.219 0.071 0.054 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.508 0.002 0.055 0.060 29 G 0.007 0.012 0.002 0.001 0.012 0.035 0.054 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.007 0.406 0.003 0.075 0.356 30 T 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.714 0.002 0.053 0.202 31 S 0.017 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.403 0.005 0.141 0.396 32 Q 0.020 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.006 0.117 0.653 33 M 0.037 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.012 0.341 0.484 34 Y 0.223 0.108 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.031 0.178 0.303 35 S 0.079 0.294 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.018 0.088 0.380 36 S 0.081 0.258 0.017 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.034 0.103 0.419 37 T 0.062 0.240 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.014 0.102 0.492 38 A 0.014 0.146 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.279 0.542 39 A 0.064 0.186 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.460 0.256 40 R 0.052 0.858 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.016 0.063 41 D 0.015 0.880 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 0.077 42 N 0.098 0.724 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.074 0.010 0.088 43 G 0.171 0.622 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.015 0.112 44 I 0.021 0.701 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.007 0.034 0.143 45 K 0.023 0.704 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.010 0.030 0.156 46 S 0.035 0.746 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.011 0.014 0.163 47 V 0.053 0.810 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.011 0.007 0.077 48 M 0.037 0.795 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.010 0.026 0.078 49 E 0.065 0.637 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.042 0.023 0.185 50 N 0.209 0.456 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.089 0.010 0.184 51 G 0.204 0.205 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.048 0.051 0.414 52 K 0.037 0.043 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.014 0.139 0.677 53 T 0.050 0.045 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.016 0.151 0.646 54 T 0.217 0.070 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.034 0.108 0.437 55 T 0.073 0.073 0.011 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.012 0.194 0.533 56 I 0.074 0.100 0.016 0.001 0.004 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.196 0.009 0.073 0.503 57 K 0.051 0.148 0.004 0.001 0.003 0.007 0.009 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.325 0.008 0.114 0.311 58 D 0.088 0.147 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.004 0.005 0.005 0.003 0.124 0.024 0.080 0.495 59 L 0.190 0.181 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.249 0.030 0.050 0.275 60 T 0.106 0.155 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.152 0.028 0.207 0.321