# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.981 2 I 0.021 0.029 0.001 0.026 0.042 0.136 0.151 0.001 0.001 0.003 0.590 3 E 0.097 0.167 0.001 0.022 0.034 0.044 0.115 0.001 0.001 0.008 0.510 4 A 0.116 0.394 0.002 0.009 0.040 0.052 0.056 0.002 0.001 0.004 0.324 5 R 0.164 0.507 0.004 0.009 0.036 0.040 0.069 0.003 0.001 0.003 0.165 6 Y 0.092 0.553 0.006 0.007 0.086 0.089 0.019 0.004 0.001 0.002 0.142 7 A 0.057 0.489 0.015 0.013 0.118 0.149 0.025 0.003 0.001 0.002 0.130 8 K 0.027 0.453 0.008 0.011 0.165 0.129 0.031 0.004 0.001 0.001 0.172 9 E 0.015 0.423 0.002 0.007 0.173 0.254 0.017 0.004 0.001 0.001 0.103 10 V 0.025 0.388 0.002 0.010 0.161 0.240 0.014 0.008 0.001 0.001 0.151 11 A 0.033 0.338 0.003 0.011 0.265 0.189 0.023 0.007 0.001 0.001 0.132 12 K 0.134 0.331 0.005 0.012 0.116 0.109 0.044 0.015 0.001 0.004 0.230 13 N 0.254 0.209 0.012 0.012 0.046 0.082 0.051 0.026 0.001 0.012 0.297 14 D 0.428 0.029 0.035 0.010 0.018 0.032 0.027 0.015 0.001 0.056 0.349 15 K 0.192 0.003 0.157 0.011 0.018 0.013 0.227 0.002 0.001 0.003 0.373 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.966 17 Y 0.007 0.002 0.001 0.023 0.214 0.650 0.018 0.001 0.001 0.001 0.085 18 F 0.029 0.008 0.001 0.041 0.361 0.372 0.033 0.001 0.001 0.002 0.154 19 N 0.010 0.006 0.001 0.021 0.379 0.507 0.016 0.001 0.001 0.001 0.059 20 L 0.003 0.008 0.001 0.009 0.366 0.574 0.006 0.001 0.001 0.001 0.034 21 K 0.003 0.010 0.001 0.014 0.344 0.552 0.022 0.001 0.001 0.001 0.054 22 A 0.009 0.026 0.001 0.012 0.518 0.334 0.026 0.001 0.001 0.002 0.073 23 A 0.022 0.061 0.001 0.017 0.234 0.389 0.106 0.002 0.001 0.003 0.165 24 N 0.161 0.031 0.003 0.024 0.086 0.164 0.126 0.007 0.001 0.036 0.364 25 H 0.392 0.026 0.026 0.034 0.040 0.083 0.070 0.007 0.001 0.052 0.270 26 Q 0.225 0.012 0.085 0.083 0.036 0.039 0.371 0.003 0.001 0.023 0.124 27 I 0.037 0.009 0.014 0.127 0.059 0.055 0.103 0.003 0.001 0.006 0.585 28 I 0.017 0.008 0.007 0.307 0.129 0.369 0.030 0.001 0.001 0.003 0.129 29 G 0.018 0.008 0.002 0.267 0.130 0.236 0.063 0.001 0.001 0.003 0.271 30 T 0.014 0.009 0.001 0.127 0.092 0.209 0.074 0.001 0.001 0.002 0.470 31 S 0.022 0.018 0.002 0.103 0.095 0.201 0.095 0.001 0.001 0.004 0.460 32 Q 0.021 0.017 0.002 0.056 0.037 0.072 0.268 0.001 0.001 0.012 0.513 33 M 0.074 0.036 0.004 0.037 0.020 0.043 0.312 0.001 0.001 0.019 0.453 34 Y 0.133 0.214 0.007 0.034 0.028 0.051 0.173 0.003 0.001 0.013 0.344 35 S 0.057 0.415 0.008 0.017 0.026 0.034 0.105 0.003 0.001 0.005 0.330 36 S 0.045 0.414 0.006 0.008 0.011 0.026 0.091 0.005 0.001 0.003 0.391 37 T 0.109 0.419 0.006 0.008 0.005 0.018 0.046 0.006 0.001 0.005 0.379 38 A 0.072 0.561 0.011 0.003 0.004 0.005 0.097 0.004 0.001 0.002 0.240 39 A 0.056 0.742 0.007 0.003 0.004 0.004 0.063 0.005 0.001 0.002 0.114 40 R 0.046 0.871 0.005 0.003 0.002 0.005 0.006 0.008 0.001 0.001 0.054 41 D 0.034 0.881 0.004 0.002 0.003 0.003 0.011 0.006 0.001 0.001 0.056 42 N 0.124 0.671 0.006 0.002 0.002 0.002 0.013 0.022 0.001 0.003 0.156 43 G 0.167 0.699 0.021 0.002 0.001 0.003 0.012 0.022 0.001 0.001 0.071 44 I 0.034 0.791 0.071 0.011 0.002 0.002 0.018 0.004 0.001 0.001 0.066 45 K 0.006 0.823 0.008 0.007 0.012 0.008 0.018 0.002 0.001 0.001 0.115 46 S 0.007 0.867 0.001 0.004 0.003 0.007 0.017 0.004 0.001 0.001 0.090 47 V 0.013 0.942 0.001 0.005 0.003 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 48 M 0.005 0.958 0.001 0.002 0.011 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.012 49 E 0.064 0.879 0.002 0.002 0.003 0.002 0.009 0.013 0.001 0.001 0.024 50 N 0.327 0.479 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.138 0.001 0.001 0.045 51 G 0.375 0.148 0.341 0.007 0.003 0.004 0.009 0.041 0.001 0.002 0.070 52 K 0.019 0.026 0.128 0.009 0.003 0.002 0.091 0.014 0.001 0.001 0.706 53 T 0.107 0.057 0.019 0.037 0.014 0.037 0.093 0.010 0.001 0.007 0.619 54 T 0.183 0.105 0.016 0.046 0.014 0.019 0.098 0.004 0.001 0.005 0.510 55 T 0.034 0.049 0.006 0.043 0.023 0.035 0.238 0.003 0.001 0.005 0.564 56 I 0.104 0.124 0.012 0.077 0.036 0.077 0.100 0.003 0.001 0.005 0.461 57 K 0.057 0.272 0.003 0.074 0.107 0.109 0.092 0.003 0.001 0.006 0.276 58 D 0.087 0.196 0.003 0.027 0.042 0.063 0.118 0.011 0.001 0.005 0.447 59 L 0.279 0.241 0.011 0.042 0.041 0.092 0.038 0.012 0.001 0.003 0.241 60 T 0.083 0.135 0.014 0.033 0.063 0.074 0.146 0.010 0.001 0.006 0.436