# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 I 0.013 0.008 0.013 0.019 0.082 0.110 0.002 0.752 3 E 0.090 0.037 0.014 0.017 0.034 0.162 0.007 0.640 4 A 0.135 0.173 0.009 0.023 0.027 0.119 0.011 0.503 5 R 0.322 0.269 0.012 0.020 0.028 0.085 0.009 0.256 6 Y 0.125 0.502 0.015 0.055 0.061 0.048 0.011 0.184 7 A 0.050 0.439 0.020 0.088 0.152 0.047 0.008 0.196 8 K 0.024 0.507 0.011 0.100 0.119 0.030 0.008 0.202 9 E 0.031 0.573 0.012 0.094 0.132 0.024 0.008 0.125 10 V 0.036 0.568 0.012 0.101 0.133 0.025 0.007 0.118 11 A 0.023 0.580 0.013 0.105 0.124 0.020 0.012 0.124 12 K 0.108 0.330 0.019 0.056 0.069 0.046 0.045 0.327 13 N 0.167 0.146 0.009 0.030 0.028 0.112 0.118 0.390 14 D 0.382 0.044 0.013 0.020 0.012 0.024 0.284 0.222 15 K 0.334 0.006 0.048 0.027 0.034 0.340 0.018 0.193 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 17 Y 0.014 0.001 0.050 0.158 0.562 0.101 0.002 0.113 18 F 0.052 0.003 0.068 0.290 0.343 0.053 0.002 0.188 19 N 0.008 0.003 0.053 0.331 0.492 0.016 0.001 0.095 20 L 0.007 0.003 0.034 0.360 0.545 0.011 0.001 0.040 21 K 0.009 0.008 0.034 0.285 0.517 0.026 0.002 0.119 22 A 0.012 0.015 0.053 0.294 0.527 0.028 0.004 0.068 23 A 0.030 0.030 0.041 0.223 0.326 0.086 0.014 0.250 24 N 0.097 0.016 0.040 0.081 0.120 0.100 0.061 0.485 25 H 0.245 0.020 0.139 0.083 0.060 0.091 0.066 0.297 26 Q 0.151 0.007 0.190 0.061 0.092 0.279 0.017 0.204 27 I 0.019 0.007 0.137 0.082 0.124 0.068 0.005 0.558 28 I 0.014 0.011 0.394 0.140 0.232 0.057 0.004 0.148 29 G 0.009 0.017 0.321 0.151 0.159 0.066 0.004 0.272 30 T 0.013 0.023 0.206 0.079 0.235 0.066 0.005 0.373 31 S 0.032 0.033 0.097 0.063 0.160 0.152 0.009 0.455 32 Q 0.093 0.027 0.042 0.027 0.061 0.275 0.014 0.461 33 M 0.099 0.079 0.028 0.023 0.042 0.220 0.013 0.497 34 Y 0.141 0.215 0.045 0.038 0.061 0.180 0.022 0.297 35 S 0.154 0.296 0.029 0.026 0.035 0.125 0.018 0.316 36 S 0.090 0.306 0.030 0.020 0.040 0.074 0.016 0.425 37 T 0.031 0.216 0.018 0.009 0.028 0.047 0.007 0.645 38 A 0.034 0.248 0.010 0.007 0.019 0.214 0.009 0.458 39 A 0.067 0.518 0.004 0.004 0.009 0.173 0.010 0.215 40 R 0.077 0.821 0.003 0.002 0.003 0.014 0.005 0.075 41 D 0.049 0.844 0.005 0.002 0.002 0.022 0.008 0.067 42 N 0.130 0.739 0.007 0.005 0.003 0.016 0.023 0.078 43 G 0.184 0.651 0.014 0.005 0.007 0.014 0.022 0.102 44 I 0.027 0.781 0.047 0.012 0.021 0.021 0.007 0.085 45 K 0.023 0.697 0.035 0.015 0.025 0.072 0.009 0.125 46 S 0.027 0.820 0.013 0.008 0.011 0.019 0.006 0.096 47 V 0.038 0.800 0.017 0.006 0.018 0.015 0.008 0.099 48 M 0.014 0.895 0.011 0.006 0.008 0.015 0.005 0.046 49 E 0.047 0.840 0.007 0.006 0.007 0.012 0.024 0.057 50 N 0.379 0.379 0.011 0.006 0.006 0.008 0.095 0.115 51 G 0.447 0.178 0.054 0.015 0.013 0.021 0.062 0.210 52 K 0.020 0.026 0.050 0.008 0.012 0.109 0.013 0.761 53 T 0.054 0.033 0.019 0.011 0.024 0.122 0.017 0.720 54 T 0.243 0.051 0.050 0.016 0.024 0.143 0.012 0.461 55 T 0.053 0.042 0.034 0.020 0.023 0.238 0.009 0.581 56 I 0.088 0.079 0.075 0.042 0.091 0.109 0.008 0.508 57 K 0.050 0.159 0.049 0.099 0.160 0.112 0.006 0.366 58 D 0.062 0.180 0.028 0.080 0.119 0.077 0.018 0.437 59 L 0.185 0.155 0.074 0.058 0.124 0.067 0.024 0.312 60 T 0.094 0.127 0.029 0.074 0.090 0.149 0.021 0.414