# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.291 0.005 0.610 0.016 0.002 0.039 0.002 0.001 0.002 0.001 0.033 2 I 0.737 0.078 0.088 0.062 0.016 0.011 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 3 E 0.755 0.048 0.082 0.063 0.024 0.016 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 4 A 0.694 0.065 0.070 0.098 0.028 0.016 0.020 0.002 0.005 0.002 0.001 5 R 0.600 0.154 0.086 0.100 0.025 0.019 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 6 Y 0.338 0.342 0.133 0.059 0.075 0.022 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 7 A 0.488 0.191 0.199 0.024 0.028 0.049 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 8 K 0.591 0.181 0.110 0.027 0.015 0.057 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 9 E 0.615 0.169 0.082 0.059 0.023 0.033 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 10 V 0.475 0.315 0.081 0.039 0.040 0.029 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 11 A 0.681 0.040 0.101 0.082 0.012 0.054 0.015 0.001 0.011 0.001 0.001 12 K 0.563 0.046 0.021 0.307 0.016 0.006 0.022 0.010 0.004 0.005 0.001 13 N 0.047 0.024 0.031 0.497 0.012 0.008 0.360 0.012 0.008 0.002 0.001 14 D 0.018 0.019 0.035 0.110 0.022 0.017 0.562 0.201 0.008 0.009 0.001 15 K 0.010 0.332 0.603 0.008 0.019 0.004 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 16 P 0.040 0.019 0.871 0.009 0.002 0.027 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 17 Y 0.009 0.848 0.041 0.008 0.078 0.006 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 18 F 0.003 0.829 0.069 0.002 0.082 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 19 N 0.011 0.439 0.356 0.006 0.029 0.092 0.004 0.001 0.061 0.001 0.002 20 L 0.050 0.434 0.375 0.015 0.038 0.046 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 21 K 0.063 0.700 0.120 0.016 0.068 0.022 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 22 A 0.075 0.506 0.227 0.029 0.093 0.043 0.004 0.001 0.019 0.003 0.001 23 A 0.280 0.249 0.082 0.195 0.126 0.013 0.021 0.007 0.007 0.020 0.001 24 N 0.010 0.021 0.023 0.289 0.031 0.013 0.568 0.028 0.010 0.006 0.001 25 H 0.039 0.101 0.090 0.056 0.073 0.017 0.402 0.189 0.014 0.017 0.001 26 Q 0.028 0.622 0.272 0.017 0.025 0.017 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 27 I 0.011 0.722 0.205 0.008 0.023 0.024 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 28 I 0.012 0.817 0.081 0.007 0.045 0.022 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 29 G 0.035 0.439 0.141 0.013 0.293 0.037 0.004 0.002 0.025 0.011 0.001 30 T 0.067 0.604 0.128 0.024 0.134 0.023 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 31 S 0.151 0.258 0.235 0.031 0.205 0.039 0.024 0.011 0.018 0.026 0.001 32 Q 0.425 0.132 0.201 0.070 0.055 0.065 0.023 0.005 0.020 0.003 0.002 33 M 0.354 0.168 0.155 0.145 0.050 0.056 0.041 0.005 0.021 0.004 0.001 34 Y 0.278 0.304 0.132 0.113 0.089 0.045 0.014 0.002 0.022 0.001 0.001 35 S 0.413 0.121 0.195 0.112 0.066 0.058 0.014 0.002 0.016 0.003 0.001 36 S 0.601 0.062 0.135 0.097 0.044 0.035 0.009 0.001 0.010 0.005 0.001 37 T 0.942 0.006 0.017 0.022 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.946 0.007 0.011 0.025 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.914 0.008 0.013 0.053 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.946 0.011 0.015 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 41 D 0.943 0.002 0.007 0.038 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 42 N 0.328 0.004 0.012 0.509 0.004 0.005 0.125 0.011 0.003 0.001 0.001 43 G 0.362 0.012 0.063 0.069 0.056 0.008 0.114 0.248 0.003 0.066 0.001 44 I 0.720 0.051 0.171 0.024 0.006 0.020 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 45 K 0.830 0.044 0.056 0.035 0.010 0.017 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 46 S 0.728 0.066 0.067 0.073 0.038 0.016 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 47 V 0.614 0.199 0.081 0.045 0.017 0.035 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 48 M 0.521 0.258 0.117 0.036 0.017 0.027 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 49 E 0.560 0.114 0.085 0.152 0.028 0.027 0.016 0.002 0.015 0.001 0.001 50 N 0.079 0.028 0.069 0.465 0.017 0.041 0.258 0.016 0.024 0.003 0.001 51 G 0.080 0.039 0.139 0.037 0.129 0.012 0.087 0.195 0.018 0.263 0.001 52 K 0.456 0.035 0.361 0.091 0.015 0.020 0.009 0.002 0.003 0.005 0.004 53 T 0.204 0.114 0.163 0.297 0.070 0.036 0.064 0.015 0.022 0.013 0.002 54 T 0.251 0.252 0.268 0.086 0.089 0.017 0.015 0.005 0.014 0.003 0.001 55 T 0.221 0.252 0.365 0.051 0.030 0.052 0.010 0.002 0.015 0.001 0.002 56 I 0.185 0.508 0.212 0.029 0.026 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 57 K 0.253 0.439 0.152 0.037 0.054 0.033 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 58 D 0.202 0.180 0.214 0.076 0.055 0.143 0.051 0.008 0.069 0.002 0.001 59 L 0.365 0.188 0.178 0.165 0.028 0.039 0.016 0.003 0.017 0.002 0.001 60 T 0.277 0.215 0.201 0.146 0.075 0.028 0.024 0.004 0.021 0.007 0.001