# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.113 0.142 0.055 0.018 0.163 0.015 0.030 0.254 0.096 0.070 0.045 2 I 0.076 0.102 0.027 0.010 0.129 0.018 0.031 0.362 0.162 0.055 0.029 3 E 0.063 0.054 0.020 0.009 0.089 0.023 0.042 0.452 0.150 0.070 0.028 4 A 0.056 0.095 0.038 0.008 0.144 0.016 0.044 0.425 0.100 0.052 0.019 5 R 0.109 0.094 0.025 0.007 0.150 0.012 0.037 0.375 0.080 0.071 0.039 6 Y 0.107 0.139 0.033 0.009 0.198 0.012 0.020 0.325 0.077 0.043 0.037 7 A 0.124 0.109 0.023 0.007 0.249 0.012 0.026 0.336 0.066 0.024 0.024 8 K 0.107 0.130 0.028 0.007 0.190 0.010 0.021 0.353 0.086 0.030 0.038 9 E 0.119 0.112 0.041 0.010 0.241 0.012 0.045 0.302 0.058 0.029 0.030 10 V 0.074 0.099 0.017 0.007 0.162 0.015 0.032 0.402 0.127 0.041 0.023 11 A 0.067 0.072 0.048 0.014 0.072 0.013 0.056 0.456 0.144 0.035 0.024 12 K 0.012 0.008 0.011 0.020 0.012 0.079 0.146 0.463 0.180 0.054 0.015 13 N 0.021 0.576 0.162 0.045 0.061 0.026 0.044 0.025 0.014 0.020 0.006 14 D 0.022 0.004 0.005 0.006 0.009 0.007 0.005 0.011 0.014 0.684 0.234 15 K 0.019 0.707 0.118 0.001 0.139 0.001 0.004 0.004 0.002 0.003 0.003 16 P 0.282 0.120 0.011 0.004 0.453 0.022 0.029 0.012 0.008 0.008 0.049 17 Y 0.304 0.106 0.011 0.015 0.465 0.012 0.022 0.011 0.008 0.007 0.039 18 F 0.169 0.100 0.010 0.002 0.696 0.004 0.004 0.004 0.001 0.002 0.009 19 N 0.297 0.051 0.004 0.001 0.620 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.021 20 L 0.307 0.116 0.011 0.003 0.446 0.003 0.003 0.005 0.003 0.008 0.094 21 K 0.241 0.129 0.033 0.025 0.331 0.044 0.057 0.028 0.012 0.033 0.067 22 A 0.200 0.112 0.079 0.049 0.250 0.021 0.023 0.068 0.072 0.066 0.060 23 A 0.052 0.053 0.042 0.099 0.067 0.169 0.176 0.150 0.101 0.066 0.025 24 N 0.114 0.176 0.123 0.068 0.183 0.044 0.050 0.040 0.042 0.113 0.048 25 H 0.106 0.104 0.036 0.020 0.121 0.034 0.049 0.068 0.076 0.283 0.102 26 Q 0.118 0.232 0.031 0.004 0.501 0.006 0.022 0.038 0.018 0.016 0.014 27 I 0.343 0.065 0.005 0.002 0.524 0.004 0.006 0.014 0.007 0.005 0.025 28 I 0.209 0.128 0.026 0.022 0.362 0.053 0.042 0.043 0.017 0.029 0.070 29 G 0.217 0.145 0.065 0.029 0.300 0.024 0.022 0.055 0.022 0.056 0.065 30 T 0.075 0.112 0.054 0.040 0.118 0.034 0.041 0.126 0.100 0.244 0.057 31 S 0.097 0.242 0.103 0.013 0.289 0.011 0.014 0.098 0.062 0.042 0.027 32 Q 0.038 0.060 0.021 0.006 0.062 0.019 0.049 0.354 0.282 0.088 0.021 33 M 0.051 0.088 0.028 0.008 0.094 0.013 0.053 0.389 0.146 0.102 0.028 34 Y 0.108 0.083 0.023 0.009 0.130 0.013 0.028 0.307 0.108 0.124 0.066 35 S 0.041 0.126 0.059 0.017 0.087 0.029 0.044 0.351 0.126 0.099 0.022 36 S 0.050 0.162 0.073 0.009 0.128 0.008 0.018 0.401 0.092 0.041 0.017 37 T 0.008 0.013 0.005 0.002 0.014 0.005 0.021 0.654 0.241 0.032 0.005 38 A 0.010 0.026 0.010 0.004 0.020 0.008 0.042 0.715 0.120 0.038 0.007 39 A 0.031 0.035 0.012 0.005 0.033 0.007 0.031 0.559 0.111 0.145 0.031 40 R 0.020 0.025 0.015 0.006 0.028 0.008 0.019 0.624 0.149 0.086 0.019 41 D 0.011 0.031 0.015 0.010 0.019 0.024 0.050 0.678 0.124 0.031 0.009 42 N 0.024 0.085 0.066 0.023 0.037 0.023 0.054 0.431 0.082 0.152 0.024 43 G 0.039 0.047 0.019 0.008 0.047 0.005 0.013 0.608 0.082 0.104 0.030 44 I 0.035 0.013 0.002 0.001 0.037 0.002 0.004 0.729 0.154 0.012 0.010 45 K 0.009 0.012 0.006 0.003 0.016 0.019 0.032 0.778 0.112 0.010 0.004 46 S 0.045 0.035 0.011 0.003 0.079 0.005 0.038 0.680 0.065 0.026 0.011 47 V 0.069 0.027 0.007 0.003 0.072 0.003 0.019 0.571 0.168 0.036 0.025 48 M 0.042 0.044 0.019 0.008 0.084 0.022 0.052 0.515 0.166 0.029 0.020 49 E 0.040 0.169 0.052 0.012 0.089 0.027 0.192 0.281 0.083 0.035 0.019 50 N 0.062 0.065 0.064 0.033 0.063 0.032 0.098 0.085 0.055 0.360 0.082 51 G 0.081 0.300 0.205 0.034 0.185 0.016 0.016 0.048 0.036 0.047 0.032 52 K 0.048 0.101 0.046 0.040 0.069 0.066 0.098 0.211 0.170 0.106 0.046 53 T 0.073 0.088 0.060 0.044 0.109 0.026 0.060 0.155 0.128 0.193 0.064 54 T 0.056 0.253 0.108 0.018 0.152 0.021 0.033 0.139 0.083 0.098 0.039 55 T 0.104 0.232 0.063 0.007 0.236 0.008 0.023 0.145 0.060 0.076 0.046 56 I 0.308 0.090 0.014 0.005 0.248 0.008 0.011 0.147 0.082 0.032 0.055 57 K 0.049 0.136 0.041 0.021 0.148 0.113 0.092 0.266 0.080 0.032 0.023 58 D 0.207 0.087 0.036 0.013 0.260 0.011 0.030 0.137 0.051 0.111 0.059 59 L 0.099 0.119 0.052 0.020 0.180 0.021 0.036 0.180 0.116 0.132 0.044 60 T 0.089 0.274 0.148 0.027 0.230 0.024 0.033 0.084 0.035 0.032 0.024