# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.6079 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.301 0.161 0.151 0.118 0.101 0.067 0.044 0.026 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 2 I 0.164 0.094 0.099 0.145 0.172 0.133 0.082 0.047 0.032 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 3 E 0.230 0.190 0.167 0.161 0.116 0.057 0.038 0.019 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 4 A 0.391 0.144 0.122 0.099 0.083 0.065 0.041 0.023 0.014 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 5 R 0.155 0.119 0.139 0.169 0.164 0.096 0.068 0.043 0.024 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 6 Y 0.061 0.034 0.047 0.088 0.130 0.163 0.147 0.157 0.078 0.057 0.021 0.010 0.004 0.001 7 A 0.139 0.115 0.112 0.164 0.166 0.092 0.072 0.073 0.036 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 8 K 0.217 0.123 0.132 0.145 0.118 0.093 0.063 0.047 0.027 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 9 E 0.300 0.135 0.151 0.130 0.136 0.076 0.033 0.018 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 10 V 0.256 0.124 0.148 0.195 0.153 0.060 0.029 0.018 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.439 0.163 0.113 0.137 0.082 0.037 0.013 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.547 0.211 0.107 0.081 0.033 0.012 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 N 0.580 0.218 0.099 0.059 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 D 0.462 0.270 0.138 0.064 0.035 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.175 0.162 0.154 0.145 0.171 0.089 0.054 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 16 P 0.025 0.023 0.037 0.082 0.147 0.182 0.167 0.145 0.075 0.060 0.038 0.012 0.006 0.002 17 Y 0.029 0.036 0.045 0.090 0.126 0.140 0.147 0.114 0.102 0.061 0.052 0.041 0.011 0.008 18 F 0.012 0.005 0.009 0.018 0.023 0.045 0.069 0.141 0.170 0.188 0.144 0.111 0.049 0.015 19 N 0.012 0.016 0.023 0.041 0.073 0.077 0.104 0.185 0.164 0.120 0.071 0.065 0.031 0.017 20 L 0.008 0.004 0.007 0.011 0.018 0.043 0.056 0.097 0.118 0.203 0.186 0.129 0.086 0.033 21 K 0.021 0.028 0.052 0.110 0.179 0.136 0.146 0.087 0.097 0.067 0.030 0.024 0.008 0.014 22 A 0.019 0.014 0.022 0.045 0.068 0.116 0.125 0.118 0.133 0.138 0.108 0.055 0.026 0.012 23 A 0.035 0.060 0.086 0.156 0.168 0.158 0.136 0.103 0.057 0.021 0.010 0.005 0.002 0.002 24 N 0.035 0.053 0.062 0.126 0.156 0.146 0.118 0.122 0.085 0.056 0.024 0.009 0.004 0.002 25 H 0.079 0.094 0.105 0.134 0.158 0.146 0.102 0.078 0.053 0.027 0.015 0.006 0.002 0.001 26 Q 0.148 0.131 0.131 0.136 0.125 0.094 0.080 0.054 0.045 0.025 0.018 0.006 0.003 0.002 27 I 0.043 0.032 0.057 0.087 0.130 0.152 0.143 0.123 0.103 0.061 0.036 0.018 0.010 0.006 28 I 0.032 0.019 0.027 0.044 0.079 0.105 0.124 0.155 0.134 0.105 0.074 0.054 0.036 0.013 29 G 0.039 0.022 0.025 0.049 0.067 0.093 0.120 0.145 0.123 0.119 0.091 0.059 0.034 0.013 30 T 0.048 0.041 0.051 0.089 0.107 0.122 0.121 0.085 0.101 0.082 0.078 0.045 0.017 0.012 31 S 0.058 0.040 0.050 0.078 0.100 0.122 0.128 0.089 0.120 0.083 0.073 0.038 0.014 0.008 32 Q 0.063 0.071 0.081 0.120 0.130 0.128 0.127 0.111 0.074 0.044 0.033 0.011 0.005 0.002 33 M 0.070 0.073 0.089 0.105 0.131 0.142 0.124 0.110 0.070 0.043 0.026 0.010 0.004 0.002 34 Y 0.079 0.059 0.089 0.117 0.159 0.155 0.125 0.096 0.058 0.036 0.016 0.007 0.003 0.001 35 S 0.174 0.127 0.146 0.153 0.153 0.085 0.061 0.045 0.031 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 36 S 0.273 0.147 0.133 0.138 0.120 0.079 0.044 0.031 0.019 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 37 T 0.314 0.197 0.160 0.139 0.097 0.041 0.023 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 38 A 0.402 0.165 0.132 0.121 0.077 0.052 0.026 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 39 A 0.412 0.221 0.147 0.100 0.069 0.028 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.157 0.113 0.115 0.192 0.165 0.118 0.068 0.037 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 41 D 0.411 0.266 0.159 0.074 0.048 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 N 0.288 0.182 0.166 0.136 0.101 0.061 0.030 0.019 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 43 G 0.058 0.054 0.063 0.136 0.198 0.171 0.137 0.088 0.058 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 44 I 0.017 0.025 0.041 0.085 0.146 0.183 0.155 0.159 0.087 0.056 0.030 0.009 0.005 0.001 45 K 0.293 0.204 0.148 0.127 0.077 0.053 0.039 0.023 0.015 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 46 S 0.089 0.080 0.129 0.141 0.154 0.142 0.110 0.058 0.045 0.024 0.017 0.007 0.002 0.001 47 V 0.023 0.018 0.030 0.060 0.127 0.167 0.168 0.172 0.124 0.062 0.030 0.012 0.006 0.002 48 M 0.101 0.141 0.162 0.205 0.144 0.097 0.070 0.040 0.019 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 49 E 0.493 0.186 0.125 0.068 0.054 0.033 0.018 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 50 N 0.153 0.119 0.137 0.178 0.185 0.102 0.060 0.032 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 51 G 0.198 0.137 0.129 0.152 0.139 0.098 0.066 0.041 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 52 K 0.371 0.188 0.154 0.114 0.082 0.046 0.023 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 53 T 0.452 0.171 0.149 0.089 0.064 0.034 0.020 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 54 T 0.306 0.148 0.129 0.128 0.121 0.077 0.041 0.025 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 55 T 0.250 0.174 0.134 0.144 0.129 0.070 0.046 0.031 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 56 I 0.110 0.061 0.081 0.124 0.157 0.159 0.124 0.093 0.046 0.029 0.010 0.004 0.001 0.001 57 K 0.316 0.157 0.142 0.134 0.104 0.068 0.037 0.020 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 58 D 0.409 0.162 0.139 0.107 0.087 0.042 0.024 0.012 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 59 L 0.175 0.093 0.107 0.158 0.157 0.128 0.082 0.046 0.026 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 60 T 0.367 0.182 0.153 0.106 0.076 0.051 0.031 0.017 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001