# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0586 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.004 0.007 0.018 0.014 0.257 0.003 0.047 0.091 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 0.046 0.179 0.059 0.078 0.167 0.001 2 I 0.008 0.008 0.059 0.067 0.045 0.007 0.103 0.180 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.094 0.016 0.237 0.033 0.056 0.067 0.001 3 E 0.015 0.024 0.034 0.043 0.098 0.007 0.135 0.263 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.025 0.016 0.174 0.035 0.037 0.071 0.001 4 A 0.023 0.033 0.032 0.050 0.101 0.021 0.172 0.277 0.009 0.004 0.003 0.003 0.008 0.004 0.013 0.021 0.116 0.044 0.026 0.039 0.002 5 R 0.046 0.071 0.043 0.056 0.134 0.006 0.150 0.214 0.009 0.003 0.004 0.004 0.009 0.005 0.027 0.018 0.085 0.058 0.026 0.029 0.003 6 Y 0.072 0.117 0.034 0.033 0.268 0.002 0.065 0.209 0.002 0.001 0.004 0.005 0.011 0.004 0.014 0.032 0.022 0.033 0.024 0.042 0.005 7 A 0.097 0.143 0.121 0.099 0.111 0.004 0.021 0.214 0.003 0.001 0.010 0.008 0.016 0.008 0.047 0.014 0.022 0.022 0.015 0.018 0.007 8 K 0.124 0.170 0.026 0.041 0.290 0.005 0.014 0.195 0.002 0.001 0.011 0.008 0.024 0.006 0.012 0.022 0.013 0.009 0.009 0.009 0.009 9 E 0.099 0.156 0.092 0.155 0.129 0.005 0.018 0.198 0.004 0.002 0.012 0.008 0.022 0.006 0.035 0.010 0.011 0.010 0.012 0.010 0.005 10 V 0.078 0.113 0.041 0.106 0.241 0.007 0.035 0.168 0.008 0.005 0.008 0.007 0.017 0.004 0.024 0.020 0.054 0.019 0.019 0.021 0.006 11 A 0.042 0.069 0.086 0.183 0.142 0.013 0.069 0.120 0.029 0.016 0.004 0.003 0.006 0.001 0.019 0.006 0.062 0.030 0.050 0.048 0.002 12 K 0.011 0.010 0.055 0.114 0.160 0.012 0.087 0.027 0.041 0.040 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.004 0.290 0.035 0.041 0.059 0.001 13 N 0.004 0.007 0.025 0.044 0.136 0.003 0.359 0.010 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.135 0.063 0.051 0.143 0.001 14 D 0.003 0.006 0.020 0.022 0.247 0.002 0.234 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.061 0.249 0.062 0.070 0.001 15 K 0.014 0.014 0.392 0.167 0.052 0.003 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.005 0.035 0.035 0.092 0.135 0.001 16 P 0.027 0.036 0.042 0.034 0.645 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.002 0.011 0.027 0.016 0.024 0.050 0.056 0.006 17 Y 0.086 0.101 0.261 0.164 0.074 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.018 0.013 0.032 0.011 0.147 0.018 0.008 0.004 0.021 0.016 0.013 18 F 0.224 0.241 0.073 0.099 0.091 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.035 0.032 0.066 0.024 0.033 0.021 0.008 0.002 0.007 0.007 0.022 19 N 0.202 0.278 0.022 0.043 0.221 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.033 0.030 0.066 0.022 0.018 0.021 0.003 0.003 0.003 0.002 0.015 20 L 0.250 0.341 0.050 0.081 0.055 0.001 0.005 0.027 0.001 0.001 0.014 0.024 0.058 0.021 0.042 0.009 0.004 0.002 0.003 0.003 0.011 21 K 0.236 0.368 0.026 0.041 0.157 0.001 0.008 0.032 0.001 0.001 0.014 0.012 0.032 0.013 0.023 0.009 0.008 0.005 0.003 0.004 0.008 22 A 0.198 0.202 0.077 0.199 0.108 0.005 0.020 0.019 0.020 0.010 0.013 0.012 0.031 0.009 0.019 0.009 0.012 0.006 0.017 0.010 0.005 23 A 0.102 0.108 0.056 0.074 0.224 0.002 0.059 0.010 0.013 0.007 0.004 0.004 0.016 0.010 0.076 0.023 0.155 0.014 0.015 0.023 0.005 24 N 0.036 0.063 0.050 0.093 0.128 0.003 0.220 0.005 0.005 0.003 0.004 0.004 0.011 0.008 0.039 0.021 0.056 0.068 0.048 0.132 0.005 25 H 0.024 0.040 0.028 0.018 0.330 0.001 0.065 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.013 0.048 0.137 0.044 0.115 0.047 0.066 0.006 26 Q 0.049 0.054 0.325 0.128 0.036 0.003 0.011 0.003 0.001 0.001 0.016 0.007 0.032 0.031 0.160 0.025 0.012 0.021 0.036 0.031 0.018 27 I 0.093 0.086 0.035 0.028 0.200 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.046 0.033 0.095 0.119 0.040 0.084 0.006 0.011 0.036 0.016 0.063 28 I 0.071 0.077 0.078 0.054 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.030 0.061 0.179 0.310 0.033 0.005 0.003 0.008 0.005 0.020 29 G 0.076 0.089 0.036 0.060 0.063 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.032 0.037 0.061 0.276 0.098 0.103 0.011 0.004 0.012 0.021 0.016 30 T 0.053 0.084 0.029 0.052 0.115 0.002 0.015 0.007 0.002 0.001 0.018 0.020 0.052 0.179 0.167 0.077 0.059 0.016 0.014 0.026 0.013 31 S 0.049 0.061 0.050 0.082 0.093 0.006 0.067 0.032 0.005 0.001 0.015 0.014 0.043 0.064 0.104 0.079 0.063 0.034 0.056 0.072 0.008 32 Q 0.040 0.044 0.081 0.071 0.083 0.007 0.039 0.054 0.003 0.001 0.006 0.006 0.015 0.017 0.095 0.036 0.212 0.044 0.048 0.091 0.005 33 M 0.026 0.041 0.031 0.036 0.152 0.020 0.124 0.161 0.006 0.002 0.008 0.005 0.019 0.012 0.025 0.043 0.120 0.064 0.042 0.057 0.005 34 Y 0.023 0.025 0.069 0.072 0.054 0.015 0.111 0.193 0.007 0.002 0.006 0.004 0.012 0.007 0.056 0.028 0.136 0.049 0.060 0.066 0.003 35 S 0.011 0.013 0.030 0.034 0.124 0.005 0.078 0.158 0.006 0.002 0.003 0.003 0.006 0.004 0.031 0.028 0.174 0.074 0.060 0.156 0.001 36 S 0.004 0.005 0.024 0.029 0.044 0.008 0.044 0.256 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.010 0.125 0.055 0.126 0.238 0.001 37 T 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.008 0.019 0.201 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.694 0.014 0.012 0.017 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.091 0.762 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.007 0.005 0.009 0.001 39 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.068 0.833 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.023 0.006 0.019 0.001 40 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.037 0.758 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.154 0.009 0.009 0.008 0.001 41 D 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.019 0.047 0.725 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.158 0.006 0.002 0.004 0.001 42 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.097 0.830 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.004 0.002 0.003 0.001 43 G 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.002 0.019 0.752 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.091 0.060 0.009 0.015 0.001 44 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 0.034 0.781 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.120 0.007 0.006 0.007 0.001 45 K 0.002 0.003 0.004 0.002 0.004 0.026 0.040 0.856 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.028 0.008 0.001 0.004 0.001 46 S 0.004 0.005 0.002 0.004 0.025 0.019 0.054 0.776 0.011 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.011 0.027 0.015 0.012 0.018 0.001 47 V 0.004 0.011 0.006 0.007 0.079 0.001 0.022 0.619 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.025 0.030 0.067 0.034 0.025 0.048 0.001 48 M 0.005 0.006 0.015 0.015 0.009 0.028 0.111 0.600 0.027 0.006 0.001 0.001 0.003 0.006 0.019 0.009 0.093 0.012 0.017 0.016 0.002 49 E 0.006 0.006 0.012 0.021 0.033 0.033 0.183 0.281 0.060 0.019 0.002 0.001 0.004 0.005 0.012 0.010 0.218 0.046 0.023 0.025 0.002 50 N 0.002 0.004 0.010 0.014 0.042 0.007 0.378 0.091 0.015 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.012 0.169 0.087 0.060 0.081 0.001 51 G 0.002 0.002 0.025 0.021 0.037 0.004 0.090 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.168 0.170 0.171 0.240 0.001 52 K 0.001 0.002 0.020 0.013 0.061 0.006 0.081 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.303 0.106 0.089 0.251 0.001 53 T 0.002 0.003 0.029 0.031 0.065 0.009 0.124 0.049 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.016 0.103 0.095 0.245 0.195 0.001 54 T 0.003 0.003 0.049 0.031 0.058 0.005 0.049 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.021 0.358 0.051 0.111 0.168 0.001 55 T 0.004 0.008 0.026 0.028 0.158 0.008 0.134 0.124 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 0.037 0.088 0.075 0.095 0.188 0.001 56 I 0.006 0.008 0.030 0.040 0.128 0.005 0.101 0.144 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.059 0.048 0.156 0.076 0.089 0.091 0.001 57 K 0.012 0.018 0.083 0.075 0.073 0.012 0.154 0.198 0.004 0.002 0.003 0.002 0.006 0.004 0.052 0.014 0.157 0.032 0.039 0.060 0.002 58 D 0.012 0.015 0.036 0.082 0.185 0.023 0.156 0.092 0.012 0.006 0.005 0.003 0.008 0.003 0.015 0.027 0.059 0.082 0.105 0.074 0.002 59 L 0.009 0.013 0.047 0.056 0.167 0.003 0.081 0.039 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.058 0.028 0.217 0.064 0.083 0.119 0.001 60 T 0.007 0.010 0.054 0.064 0.094 0.007 0.121 0.041 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.034 0.021 0.117 0.074 0.126 0.214 0.001