# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0586 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.039 0.050 0.169 0.204 0.013 0.152 0.008 0.019 0.005 0.003 0.175 0.039 0.106 0.003 0.005 0.010 2 I 0.012 0.084 0.022 0.241 0.011 0.135 0.008 0.014 0.011 0.006 0.113 0.216 0.111 0.006 0.005 0.006 3 E 0.013 0.105 0.082 0.250 0.004 0.052 0.008 0.013 0.007 0.002 0.091 0.129 0.210 0.003 0.014 0.017 4 A 0.015 0.034 0.119 0.214 0.004 0.117 0.010 0.004 0.010 0.004 0.040 0.084 0.301 0.005 0.004 0.036 5 R 0.023 0.066 0.246 0.262 0.002 0.030 0.007 0.003 0.002 0.001 0.030 0.044 0.254 0.003 0.005 0.020 6 Y 0.008 0.026 0.112 0.519 0.001 0.036 0.004 0.002 0.002 0.001 0.015 0.024 0.224 0.001 0.004 0.021 7 A 0.006 0.025 0.168 0.523 0.003 0.058 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.172 0.002 0.001 0.013 8 K 0.005 0.032 0.038 0.639 0.002 0.060 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 0.014 0.180 0.001 0.002 0.004 9 E 0.003 0.060 0.042 0.553 0.006 0.116 0.005 0.003 0.003 0.001 0.021 0.022 0.153 0.002 0.002 0.007 10 V 0.008 0.067 0.070 0.487 0.015 0.090 0.011 0.010 0.002 0.001 0.057 0.028 0.135 0.004 0.006 0.009 11 A 0.004 0.020 0.019 0.023 0.293 0.308 0.072 0.008 0.003 0.002 0.037 0.035 0.102 0.063 0.005 0.007 12 K 0.005 0.033 0.010 0.009 0.156 0.014 0.105 0.084 0.002 0.001 0.240 0.014 0.036 0.242 0.039 0.010 13 N 0.003 0.022 0.009 0.004 0.001 0.003 0.005 0.134 0.022 0.007 0.007 0.034 0.012 0.004 0.714 0.022 14 D 0.031 0.024 0.088 0.010 0.001 0.002 0.007 0.002 0.162 0.009 0.003 0.003 0.010 0.003 0.008 0.638 15 K 0.827 0.007 0.137 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 16 P 0.028 0.005 0.793 0.059 0.001 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.003 0.112 0.039 0.837 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.003 0.005 0.986 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 N 0.001 0.007 0.061 0.911 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.003 0.002 0.954 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.001 0.053 0.010 0.835 0.027 0.050 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 22 A 0.001 0.008 0.005 0.264 0.569 0.095 0.007 0.012 0.001 0.002 0.024 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 23 A 0.001 0.037 0.013 0.036 0.542 0.061 0.037 0.165 0.003 0.005 0.035 0.013 0.007 0.039 0.006 0.002 24 N 0.004 0.033 0.007 0.039 0.007 0.048 0.007 0.436 0.059 0.047 0.075 0.026 0.022 0.005 0.176 0.010 25 H 0.050 0.125 0.043 0.039 0.001 0.010 0.004 0.012 0.372 0.032 0.050 0.048 0.018 0.002 0.010 0.184 26 Q 0.717 0.018 0.154 0.066 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.009 0.005 0.001 0.002 0.014 27 I 0.026 0.004 0.859 0.051 0.002 0.043 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 28 I 0.004 0.083 0.115 0.741 0.005 0.024 0.002 0.005 0.001 0.001 0.006 0.003 0.009 0.001 0.001 0.002 29 G 0.001 0.011 0.010 0.770 0.073 0.098 0.005 0.004 0.002 0.004 0.006 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 30 T 0.009 0.093 0.065 0.562 0.020 0.105 0.002 0.065 0.004 0.002 0.037 0.013 0.017 0.001 0.002 0.003 31 S 0.007 0.028 0.019 0.193 0.019 0.456 0.005 0.012 0.029 0.035 0.069 0.087 0.037 0.002 0.001 0.003 32 Q 0.031 0.106 0.056 0.130 0.009 0.061 0.004 0.014 0.004 0.002 0.398 0.091 0.077 0.002 0.006 0.007 33 M 0.013 0.113 0.058 0.212 0.005 0.047 0.009 0.006 0.012 0.005 0.050 0.359 0.079 0.003 0.007 0.023 34 Y 0.018 0.027 0.182 0.091 0.005 0.117 0.028 0.004 0.003 0.002 0.032 0.056 0.392 0.004 0.014 0.026 35 S 0.009 0.087 0.131 0.174 0.002 0.077 0.006 0.011 0.003 0.002 0.083 0.048 0.328 0.002 0.006 0.031 36 S 0.011 0.018 0.012 0.033 0.002 0.387 0.006 0.002 0.004 0.003 0.060 0.117 0.335 0.004 0.002 0.006 37 T 0.004 0.010 0.008 0.009 0.001 0.031 0.004 0.002 0.001 0.001 0.469 0.049 0.403 0.005 0.002 0.003 38 A 0.001 0.017 0.006 0.008 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.037 0.501 0.402 0.005 0.010 0.005 39 A 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.917 0.003 0.009 0.017 40 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.913 0.022 0.003 0.007 41 D 0.001 0.007 0.006 0.002 0.003 0.002 0.039 0.004 0.001 0.001 0.028 0.025 0.556 0.281 0.035 0.009 42 N 0.003 0.008 0.015 0.017 0.001 0.003 0.004 0.007 0.004 0.001 0.010 0.052 0.525 0.005 0.215 0.131 43 G 0.016 0.001 0.020 0.003 0.001 0.003 0.005 0.001 0.005 0.005 0.005 0.010 0.791 0.002 0.002 0.133 44 I 0.019 0.003 0.009 0.006 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 0.008 0.906 0.007 0.001 0.003 45 K 0.001 0.079 0.022 0.082 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.061 0.718 0.004 0.007 0.007 46 S 0.001 0.002 0.013 0.028 0.001 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.890 0.004 0.003 0.013 47 V 0.002 0.004 0.024 0.018 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.893 0.003 0.004 0.006 48 M 0.002 0.017 0.014 0.039 0.018 0.021 0.091 0.005 0.002 0.001 0.008 0.024 0.649 0.089 0.008 0.011 49 E 0.003 0.012 0.018 0.020 0.056 0.009 0.158 0.018 0.002 0.001 0.020 0.006 0.177 0.424 0.058 0.018 50 N 0.013 0.047 0.075 0.040 0.002 0.009 0.012 0.096 0.023 0.006 0.009 0.016 0.077 0.009 0.388 0.177 51 G 0.144 0.014 0.082 0.024 0.005 0.057 0.027 0.004 0.070 0.118 0.016 0.015 0.141 0.010 0.016 0.256 52 K 0.332 0.087 0.074 0.037 0.003 0.071 0.005 0.013 0.003 0.002 0.187 0.031 0.119 0.004 0.012 0.021 53 T 0.021 0.255 0.111 0.131 0.002 0.116 0.006 0.006 0.018 0.003 0.042 0.196 0.061 0.004 0.004 0.023 54 T 0.035 0.064 0.404 0.253 0.002 0.028 0.008 0.003 0.002 0.001 0.038 0.043 0.093 0.002 0.009 0.014 55 T 0.010 0.052 0.179 0.199 0.003 0.211 0.010 0.002 0.003 0.001 0.034 0.082 0.183 0.002 0.002 0.027 56 I 0.014 0.022 0.073 0.179 0.022 0.133 0.024 0.005 0.002 0.001 0.131 0.039 0.333 0.013 0.003 0.006 57 K 0.003 0.255 0.063 0.235 0.004 0.027 0.007 0.019 0.003 0.001 0.025 0.135 0.188 0.005 0.018 0.011 58 D 0.006 0.022 0.046 0.188 0.010 0.127 0.018 0.004 0.021 0.003 0.021 0.033 0.402 0.006 0.011 0.081 59 L 0.037 0.035 0.180 0.079 0.031 0.042 0.056 0.013 0.005 0.002 0.091 0.029 0.301 0.048 0.011 0.040 60 T 0.020 0.130 0.094 0.092 0.016 0.124 0.029 0.080 0.007 0.005 0.027 0.069 0.173 0.020 0.091 0.024