# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0586 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.096 0.104 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.068 0.115 0.556 2 I 0.153 0.160 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.061 0.092 0.444 3 E 0.071 0.099 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.055 0.117 0.548 4 A 0.011 0.166 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.261 0.034 0.107 0.402 5 R 0.014 0.139 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.360 0.063 0.078 0.315 6 Y 0.017 0.217 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.418 0.056 0.047 0.218 7 A 0.028 0.180 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.004 0.459 0.087 0.037 0.179 8 K 0.036 0.090 0.004 0.002 0.003 0.013 0.047 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.327 0.094 0.053 0.319 9 E 0.030 0.049 0.011 0.004 0.022 0.068 0.037 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.199 0.229 0.056 0.286 10 V 0.031 0.005 0.064 0.004 0.279 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.135 0.057 0.342 11 A 0.446 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.034 0.032 0.462 12 K 0.172 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.037 0.051 0.724 13 N 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.117 0.856 14 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.028 0.124 0.664 15 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.211 0.144 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.027 0.127 0.361 16 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.044 0.005 0.039 0.021 0.005 0.002 0.597 0.033 0.037 0.198 17 Y 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.242 0.221 0.068 0.011 0.288 0.026 0.023 0.106 18 F 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.050 0.135 0.019 0.682 0.020 0.010 0.057 19 N 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.011 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.008 0.762 0.063 0.012 0.070 20 L 0.008 0.005 0.004 0.002 0.070 0.055 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.631 0.089 0.021 0.091 21 K 0.035 0.001 0.021 0.002 0.343 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.299 0.097 0.031 0.161 22 A 0.398 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.047 0.042 0.406 23 A 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.061 0.080 0.683 24 N 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.012 0.145 0.805 25 H 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.065 0.110 0.510 26 Q 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.316 0.199 0.042 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.120 0.076 0.052 0.178 27 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.018 0.004 0.110 0.049 0.008 0.004 0.461 0.076 0.044 0.204 28 I 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.259 0.079 0.009 0.236 0.041 0.039 0.130 29 G 0.033 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.044 0.051 0.012 0.517 0.095 0.054 0.171 30 T 0.090 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.299 0.162 0.110 0.317 31 S 0.162 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.139 0.147 0.307 32 Q 0.031 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.348 0.131 0.135 0.332 33 M 0.027 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.266 0.221 0.114 0.344 34 Y 0.023 0.097 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.186 0.123 0.294 35 S 0.010 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.094 0.136 0.508 36 S 0.059 0.761 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.083 0.017 0.066 37 T 0.065 0.817 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 0.012 0.031 38 A 0.015 0.342 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.531 0.020 0.082 39 A 0.034 0.584 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.288 0.012 0.058 40 R 0.065 0.851 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.008 0.039 41 D 0.029 0.843 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.012 0.087 42 N 0.013 0.692 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.096 0.036 0.141 43 G 0.015 0.724 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.171 0.019 0.051 44 I 0.033 0.882 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.010 0.038 45 K 0.022 0.826 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.018 0.012 0.095 46 S 0.042 0.483 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.227 0.034 0.144 47 V 0.129 0.138 0.052 0.003 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.343 0.056 0.227 48 M 0.392 0.021 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.057 0.066 0.422 49 E 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.041 0.063 0.842 50 N 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.055 0.159 0.734 51 G 0.091 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.135 0.133 0.601 52 K 0.046 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.042 0.101 0.754 53 T 0.042 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.021 0.093 0.773 54 T 0.018 0.066 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.099 0.061 0.140 0.594 55 T 0.101 0.126 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.006 0.005 0.008 0.004 0.150 0.126 0.091 0.361 56 I 0.190 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.005 0.003 0.116 0.225 0.064 0.346 57 K 0.027 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.329 0.116 0.089 0.395 58 D 0.050 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.056 0.097 0.601 59 L 0.041 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.049 0.112 0.595 60 T 0.080 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.076 0.137 0.534