# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0586 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.117 0.376 0.009 0.011 0.013 0.018 0.057 0.013 0.003 0.083 0.299 2 I 0.168 0.475 0.011 0.010 0.012 0.014 0.036 0.014 0.004 0.050 0.207 3 E 0.103 0.419 0.008 0.011 0.016 0.019 0.047 0.011 0.004 0.052 0.309 4 A 0.053 0.451 0.007 0.013 0.022 0.033 0.043 0.010 0.003 0.049 0.316 5 R 0.041 0.381 0.007 0.015 0.043 0.055 0.050 0.012 0.003 0.063 0.329 6 Y 0.040 0.444 0.009 0.020 0.060 0.063 0.053 0.010 0.003 0.060 0.237 7 A 0.049 0.304 0.008 0.034 0.079 0.118 0.055 0.013 0.003 0.067 0.270 8 K 0.054 0.166 0.006 0.048 0.095 0.113 0.062 0.008 0.003 0.081 0.366 9 E 0.056 0.054 0.015 0.066 0.102 0.136 0.079 0.006 0.007 0.127 0.352 10 V 0.101 0.020 0.025 0.030 0.052 0.081 0.116 0.009 0.010 0.084 0.473 11 A 0.556 0.009 0.004 0.007 0.010 0.021 0.047 0.007 0.003 0.032 0.305 12 K 0.237 0.002 0.001 0.005 0.006 0.009 0.053 0.001 0.001 0.019 0.665 13 N 0.004 0.002 0.001 0.004 0.005 0.007 0.087 0.001 0.001 0.008 0.883 14 D 0.004 0.004 0.001 0.007 0.027 0.069 0.136 0.001 0.001 0.025 0.727 15 K 0.008 0.005 0.001 0.018 0.157 0.215 0.107 0.001 0.001 0.068 0.422 16 P 0.004 0.009 0.001 0.046 0.269 0.443 0.036 0.001 0.001 0.029 0.162 17 Y 0.001 0.015 0.001 0.060 0.358 0.411 0.023 0.001 0.001 0.017 0.115 18 F 0.001 0.015 0.001 0.056 0.267 0.610 0.009 0.001 0.001 0.012 0.031 19 N 0.003 0.029 0.001 0.055 0.267 0.571 0.013 0.001 0.001 0.025 0.036 20 L 0.007 0.030 0.003 0.038 0.389 0.410 0.016 0.001 0.001 0.042 0.064 21 K 0.059 0.027 0.009 0.046 0.188 0.347 0.067 0.003 0.003 0.114 0.136 22 A 0.098 0.027 0.010 0.049 0.097 0.156 0.080 0.005 0.003 0.078 0.397 23 A 0.089 0.027 0.003 0.038 0.073 0.083 0.107 0.005 0.001 0.037 0.537 24 N 0.036 0.025 0.001 0.027 0.059 0.174 0.105 0.003 0.001 0.047 0.521 25 H 0.007 0.018 0.001 0.051 0.143 0.198 0.103 0.001 0.001 0.038 0.440 26 Q 0.006 0.005 0.001 0.080 0.200 0.440 0.052 0.001 0.001 0.081 0.134 27 I 0.005 0.005 0.001 0.078 0.281 0.226 0.076 0.001 0.001 0.081 0.246 28 I 0.006 0.005 0.001 0.188 0.231 0.197 0.068 0.001 0.001 0.102 0.202 29 G 0.011 0.017 0.001 0.112 0.140 0.237 0.089 0.001 0.001 0.058 0.333 30 T 0.062 0.094 0.001 0.051 0.086 0.111 0.057 0.006 0.001 0.060 0.470 31 S 0.162 0.110 0.001 0.032 0.064 0.085 0.057 0.006 0.001 0.192 0.289 32 Q 0.030 0.071 0.001 0.041 0.039 0.073 0.092 0.003 0.001 0.237 0.412 33 M 0.025 0.046 0.003 0.060 0.062 0.078 0.086 0.003 0.001 0.266 0.369 34 Y 0.041 0.168 0.005 0.035 0.080 0.066 0.106 0.004 0.002 0.085 0.407 35 S 0.033 0.425 0.003 0.010 0.030 0.031 0.053 0.006 0.001 0.042 0.368 36 S 0.042 0.791 0.001 0.003 0.010 0.015 0.016 0.006 0.001 0.027 0.088 37 T 0.034 0.872 0.001 0.002 0.006 0.006 0.009 0.002 0.001 0.028 0.039 38 A 0.035 0.407 0.008 0.006 0.008 0.009 0.044 0.005 0.003 0.344 0.131 39 A 0.059 0.594 0.033 0.004 0.006 0.007 0.028 0.009 0.013 0.158 0.089 40 R 0.169 0.673 0.006 0.002 0.003 0.004 0.013 0.009 0.005 0.024 0.093 41 D 0.045 0.670 0.004 0.004 0.007 0.005 0.011 0.006 0.002 0.031 0.215 42 N 0.025 0.524 0.003 0.004 0.006 0.009 0.047 0.005 0.002 0.147 0.228 43 G 0.013 0.849 0.004 0.001 0.002 0.003 0.013 0.005 0.002 0.053 0.055 44 I 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.015 45 K 0.014 0.874 0.003 0.003 0.004 0.006 0.005 0.002 0.001 0.047 0.040 46 S 0.031 0.239 0.022 0.008 0.011 0.015 0.037 0.007 0.008 0.464 0.159 47 V 0.217 0.245 0.067 0.014 0.010 0.019 0.047 0.018 0.035 0.188 0.140 48 M 0.370 0.044 0.011 0.016 0.008 0.008 0.050 0.009 0.010 0.072 0.403 49 E 0.034 0.010 0.002 0.011 0.006 0.010 0.063 0.004 0.002 0.033 0.824 50 N 0.023 0.010 0.002 0.007 0.004 0.006 0.107 0.002 0.001 0.042 0.797 51 G 0.107 0.010 0.004 0.020 0.011 0.016 0.182 0.006 0.002 0.122 0.520 52 K 0.055 0.019 0.001 0.017 0.008 0.011 0.165 0.003 0.001 0.026 0.696 53 T 0.061 0.054 0.001 0.028 0.020 0.038 0.093 0.003 0.001 0.031 0.670 54 T 0.041 0.047 0.001 0.044 0.062 0.085 0.100 0.003 0.001 0.054 0.563 55 T 0.057 0.064 0.002 0.051 0.066 0.178 0.079 0.004 0.001 0.073 0.427 56 I 0.074 0.012 0.001 0.023 0.072 0.095 0.083 0.003 0.001 0.128 0.508 57 K 0.041 0.009 0.002 0.043 0.119 0.096 0.099 0.002 0.001 0.083 0.505 58 D 0.026 0.007 0.001 0.024 0.042 0.094 0.087 0.001 0.001 0.036 0.682 59 L 0.021 0.009 0.001 0.019 0.065 0.074 0.088 0.001 0.001 0.028 0.692 60 T 0.030 0.015 0.001 0.026 0.067 0.121 0.111 0.002 0.001 0.038 0.590