# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0586 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.414 0.149 0.052 0.108 0.084 0.050 0.061 0.038 0.023 0.013 0.009 2 I 0.102 0.093 0.050 0.091 0.093 0.082 0.147 0.113 0.103 0.074 0.051 3 E 0.114 0.099 0.081 0.180 0.168 0.119 0.114 0.059 0.037 0.019 0.009 4 A 0.194 0.119 0.167 0.181 0.116 0.078 0.075 0.037 0.019 0.009 0.005 5 R 0.036 0.061 0.117 0.210 0.183 0.127 0.134 0.069 0.036 0.018 0.009 6 Y 0.010 0.009 0.029 0.031 0.047 0.074 0.186 0.173 0.186 0.166 0.089 7 A 0.021 0.065 0.300 0.242 0.155 0.094 0.067 0.028 0.017 0.010 0.003 8 K 0.036 0.048 0.286 0.177 0.142 0.116 0.108 0.047 0.022 0.014 0.004 9 E 0.080 0.066 0.178 0.163 0.129 0.114 0.136 0.069 0.035 0.022 0.007 10 V 0.048 0.065 0.123 0.125 0.107 0.137 0.191 0.096 0.059 0.038 0.012 11 A 0.077 0.130 0.248 0.149 0.104 0.092 0.090 0.047 0.031 0.024 0.010 12 K 0.162 0.307 0.192 0.155 0.082 0.045 0.032 0.014 0.006 0.003 0.002 13 N 0.550 0.172 0.061 0.082 0.046 0.027 0.027 0.017 0.009 0.006 0.003 14 D 0.496 0.189 0.051 0.091 0.052 0.040 0.040 0.021 0.011 0.006 0.003 15 K 0.154 0.150 0.093 0.215 0.155 0.096 0.067 0.037 0.019 0.010 0.006 16 P 0.046 0.045 0.046 0.059 0.076 0.133 0.207 0.148 0.116 0.083 0.042 17 Y 0.018 0.039 0.047 0.152 0.171 0.175 0.179 0.103 0.064 0.034 0.017 18 F 0.011 0.009 0.023 0.024 0.030 0.058 0.155 0.168 0.215 0.200 0.106 19 N 0.017 0.042 0.067 0.238 0.223 0.149 0.120 0.064 0.042 0.022 0.015 20 L 0.005 0.003 0.009 0.008 0.013 0.017 0.056 0.129 0.205 0.250 0.305 21 K 0.011 0.038 0.047 0.158 0.203 0.154 0.150 0.096 0.069 0.043 0.033 22 A 0.012 0.008 0.023 0.024 0.041 0.045 0.129 0.173 0.197 0.165 0.184 23 A 0.112 0.184 0.161 0.240 0.129 0.078 0.050 0.019 0.014 0.008 0.005 24 N 0.056 0.060 0.056 0.106 0.105 0.089 0.168 0.115 0.117 0.071 0.058 25 H 0.279 0.137 0.064 0.130 0.091 0.071 0.081 0.052 0.045 0.032 0.018 26 Q 0.049 0.083 0.091 0.172 0.134 0.124 0.130 0.075 0.069 0.044 0.029 27 I 0.022 0.041 0.051 0.082 0.094 0.130 0.170 0.149 0.112 0.091 0.058 28 I 0.007 0.012 0.019 0.041 0.058 0.074 0.149 0.181 0.187 0.147 0.124 29 G 0.014 0.011 0.026 0.031 0.040 0.050 0.118 0.171 0.201 0.198 0.141 30 T 0.025 0.045 0.083 0.166 0.145 0.114 0.140 0.096 0.094 0.058 0.033 31 S 0.022 0.021 0.032 0.053 0.065 0.071 0.143 0.158 0.179 0.145 0.111 32 Q 0.031 0.035 0.039 0.092 0.111 0.120 0.179 0.143 0.120 0.078 0.052 33 M 0.066 0.062 0.085 0.126 0.129 0.098 0.155 0.118 0.078 0.051 0.033 34 Y 0.028 0.025 0.048 0.068 0.086 0.105 0.198 0.154 0.130 0.100 0.058 35 S 0.105 0.117 0.103 0.166 0.131 0.103 0.122 0.063 0.048 0.029 0.014 36 S 0.136 0.181 0.137 0.160 0.103 0.080 0.095 0.045 0.033 0.021 0.010 37 T 0.165 0.126 0.118 0.189 0.144 0.096 0.085 0.038 0.022 0.013 0.006 38 A 0.415 0.128 0.109 0.129 0.072 0.049 0.050 0.026 0.012 0.007 0.003 39 A 0.058 0.182 0.143 0.222 0.142 0.098 0.072 0.039 0.023 0.014 0.007 40 R 0.012 0.015 0.024 0.042 0.079 0.108 0.232 0.197 0.131 0.099 0.062 41 D 0.143 0.115 0.310 0.200 0.107 0.062 0.036 0.014 0.007 0.004 0.001 42 N 0.049 0.086 0.198 0.229 0.158 0.125 0.092 0.037 0.015 0.007 0.003 43 G 0.043 0.039 0.034 0.066 0.080 0.061 0.137 0.159 0.158 0.120 0.104 44 I 0.003 0.002 0.005 0.008 0.022 0.048 0.137 0.147 0.228 0.223 0.178 45 K 0.023 0.069 0.457 0.256 0.120 0.045 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 46 S 0.011 0.014 0.048 0.084 0.126 0.162 0.245 0.154 0.079 0.044 0.032 47 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.008 0.029 0.066 0.202 0.256 0.427 48 M 0.017 0.018 0.034 0.098 0.173 0.168 0.251 0.116 0.068 0.042 0.016 49 E 0.041 0.104 0.474 0.230 0.083 0.039 0.016 0.006 0.004 0.003 0.001 50 N 0.048 0.046 0.031 0.088 0.104 0.172 0.272 0.122 0.064 0.035 0.018 51 G 0.114 0.068 0.018 0.034 0.033 0.046 0.110 0.118 0.166 0.170 0.122 52 K 0.189 0.292 0.115 0.211 0.109 0.042 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 53 T 0.401 0.174 0.089 0.125 0.077 0.049 0.040 0.021 0.012 0.008 0.004 54 T 0.303 0.127 0.041 0.102 0.091 0.087 0.107 0.065 0.041 0.022 0.015 55 T 0.236 0.263 0.066 0.186 0.102 0.056 0.046 0.025 0.011 0.006 0.003 56 I 0.032 0.028 0.031 0.055 0.069 0.106 0.160 0.136 0.156 0.135 0.093 57 K 0.170 0.143 0.108 0.202 0.147 0.087 0.076 0.037 0.018 0.009 0.004 58 D 0.098 0.156 0.160 0.210 0.120 0.092 0.080 0.041 0.024 0.014 0.006 59 L 0.046 0.056 0.050 0.095 0.109 0.143 0.189 0.124 0.093 0.062 0.035 60 T 0.363 0.224 0.087 0.139 0.071 0.040 0.036 0.020 0.011 0.006 0.003