# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0586 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 I 0.049 0.038 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.010 0.090 0.615 3 E 0.081 0.248 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.006 0.156 0.441 4 A 0.211 0.283 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.035 0.056 0.322 5 R 0.304 0.281 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.045 0.037 0.220 6 Y 0.104 0.387 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.018 0.047 0.185 7 A 0.028 0.333 0.043 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.366 0.015 0.057 0.145 8 K 0.039 0.438 0.021 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.002 0.165 0.014 0.045 0.256 9 E 0.034 0.357 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.098 0.022 0.004 0.238 0.012 0.045 0.154 10 V 0.046 0.248 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.051 0.001 0.220 0.032 0.004 0.004 0.089 0.022 0.037 0.233 11 A 0.035 0.278 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.244 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.130 0.023 0.049 0.207 12 K 0.046 0.148 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.384 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.030 0.083 0.203 13 N 0.045 0.146 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.034 0.083 0.640 14 D 0.124 0.027 0.056 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.297 0.063 0.375 15 K 0.275 0.003 0.352 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.132 0.193 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.989 17 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.498 0.181 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.220 0.001 0.024 0.047 18 F 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.016 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.766 0.001 0.016 0.168 19 N 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.007 0.855 0.001 0.016 0.068 20 L 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.115 0.045 0.015 0.620 0.002 0.023 0.114 21 K 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.034 0.003 0.096 0.037 0.017 0.009 0.458 0.002 0.068 0.235 22 A 0.014 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.094 0.010 0.004 0.008 0.002 0.001 0.002 0.513 0.005 0.042 0.243 23 A 0.045 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.231 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.012 0.108 0.372 24 N 0.087 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.061 0.092 0.533 25 H 0.142 0.034 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.154 0.066 0.409 26 Q 0.167 0.013 0.221 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.021 0.202 0.200 27 I 0.014 0.017 0.007 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.216 0.002 0.070 0.649 28 I 0.013 0.021 0.004 0.003 0.121 0.048 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.615 0.003 0.042 0.101 29 G 0.012 0.030 0.003 0.001 0.005 0.010 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.004 0.496 0.006 0.053 0.358 30 T 0.013 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.691 0.004 0.052 0.206 31 S 0.022 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.448 0.006 0.126 0.356 32 Q 0.040 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.006 0.173 0.557 33 M 0.111 0.037 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.013 0.278 0.402 34 Y 0.151 0.096 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.012 0.285 0.309 35 S 0.137 0.215 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.013 0.148 0.395 36 S 0.081 0.360 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.022 0.074 0.403 37 T 0.043 0.239 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.015 0.079 0.592 38 A 0.017 0.224 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.360 0.377 39 A 0.121 0.400 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.210 0.245 40 R 0.053 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.004 0.076 41 D 0.014 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.047 42 N 0.091 0.716 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.103 0.004 0.082 43 G 0.384 0.397 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.002 0.064 44 I 0.046 0.491 0.271 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.013 0.013 0.144 45 K 0.024 0.488 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.011 0.104 0.238 46 S 0.080 0.629 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.012 0.030 0.211 47 V 0.045 0.795 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.008 0.013 0.095 48 M 0.018 0.814 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.007 0.039 0.073 49 E 0.059 0.721 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.020 0.039 0.120 50 N 0.261 0.413 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.134 0.016 0.123 51 G 0.403 0.139 0.099 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.067 0.024 0.244 52 K 0.016 0.048 0.090 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.007 0.115 0.684 53 T 0.080 0.025 0.036 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.030 0.157 0.583 54 T 0.225 0.081 0.011 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.016 0.105 0.480 55 T 0.049 0.056 0.004 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.005 0.186 0.607 56 I 0.090 0.120 0.008 0.002 0.009 0.011 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.183 0.014 0.128 0.411 57 K 0.072 0.231 0.004 0.001 0.002 0.004 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.002 0.251 0.011 0.139 0.257 58 D 0.090 0.197 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.112 0.017 0.106 0.460 59 L 0.195 0.210 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.228 0.030 0.062 0.248 60 T 0.081 0.203 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.020 0.167 0.401