# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0586 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.987 2 I 0.014 0.011 0.002 0.014 0.041 0.130 0.071 0.001 0.001 0.001 0.715 3 E 0.083 0.074 0.002 0.020 0.041 0.095 0.140 0.001 0.001 0.007 0.536 4 A 0.104 0.240 0.003 0.017 0.047 0.065 0.085 0.002 0.001 0.003 0.434 5 R 0.122 0.355 0.008 0.015 0.054 0.067 0.058 0.003 0.001 0.002 0.315 6 Y 0.056 0.497 0.007 0.015 0.091 0.100 0.034 0.004 0.001 0.001 0.194 7 A 0.022 0.449 0.004 0.011 0.124 0.166 0.030 0.004 0.001 0.001 0.188 8 K 0.020 0.372 0.006 0.012 0.164 0.239 0.022 0.006 0.001 0.001 0.158 9 E 0.023 0.299 0.009 0.008 0.210 0.270 0.018 0.008 0.001 0.002 0.154 10 V 0.021 0.166 0.009 0.006 0.196 0.325 0.016 0.008 0.001 0.002 0.250 11 A 0.022 0.057 0.009 0.010 0.184 0.420 0.021 0.006 0.001 0.002 0.268 12 K 0.085 0.088 0.018 0.015 0.169 0.249 0.050 0.011 0.001 0.005 0.309 13 N 0.132 0.063 0.020 0.011 0.037 0.045 0.074 0.006 0.001 0.012 0.600 14 D 0.271 0.011 0.059 0.009 0.020 0.036 0.081 0.003 0.001 0.049 0.460 15 K 0.593 0.003 0.031 0.007 0.035 0.017 0.103 0.001 0.001 0.015 0.194 16 P 0.006 0.001 0.001 0.004 0.022 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.937 17 Y 0.003 0.001 0.001 0.023 0.248 0.544 0.033 0.001 0.001 0.001 0.146 18 F 0.008 0.004 0.001 0.067 0.275 0.494 0.035 0.001 0.001 0.001 0.116 19 N 0.004 0.006 0.001 0.062 0.310 0.514 0.021 0.001 0.001 0.001 0.081 20 L 0.003 0.008 0.001 0.065 0.362 0.478 0.012 0.001 0.001 0.001 0.071 21 K 0.004 0.012 0.001 0.036 0.279 0.562 0.016 0.001 0.001 0.001 0.089 22 A 0.005 0.021 0.001 0.038 0.256 0.601 0.013 0.001 0.001 0.001 0.062 23 A 0.016 0.061 0.003 0.032 0.270 0.447 0.042 0.004 0.001 0.002 0.123 24 N 0.138 0.067 0.006 0.043 0.105 0.195 0.052 0.008 0.001 0.009 0.377 25 H 0.211 0.023 0.037 0.059 0.045 0.080 0.076 0.004 0.001 0.023 0.443 26 Q 0.267 0.010 0.015 0.079 0.096 0.075 0.186 0.002 0.001 0.010 0.261 27 I 0.039 0.006 0.011 0.102 0.078 0.080 0.053 0.001 0.001 0.003 0.627 28 I 0.017 0.007 0.006 0.229 0.211 0.391 0.025 0.001 0.001 0.001 0.113 29 G 0.007 0.005 0.002 0.343 0.086 0.155 0.065 0.001 0.001 0.001 0.335 30 T 0.015 0.006 0.001 0.356 0.097 0.195 0.043 0.001 0.001 0.002 0.284 31 S 0.019 0.009 0.002 0.275 0.070 0.125 0.105 0.001 0.001 0.007 0.387 32 Q 0.043 0.009 0.002 0.075 0.028 0.068 0.177 0.001 0.001 0.007 0.590 33 M 0.053 0.023 0.002 0.058 0.016 0.038 0.384 0.001 0.001 0.007 0.418 34 Y 0.255 0.083 0.007 0.029 0.042 0.084 0.168 0.004 0.001 0.010 0.319 35 S 0.107 0.311 0.007 0.015 0.014 0.024 0.149 0.005 0.001 0.003 0.363 36 S 0.069 0.193 0.003 0.009 0.009 0.017 0.133 0.004 0.001 0.002 0.562 37 T 0.046 0.193 0.003 0.006 0.005 0.009 0.132 0.002 0.001 0.002 0.603 38 A 0.022 0.279 0.002 0.003 0.003 0.006 0.370 0.002 0.001 0.003 0.308 39 A 0.085 0.508 0.013 0.003 0.003 0.006 0.226 0.010 0.001 0.004 0.143 40 R 0.023 0.933 0.014 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.016 41 D 0.010 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.030 42 N 0.071 0.812 0.005 0.003 0.002 0.003 0.012 0.018 0.001 0.001 0.073 43 G 0.338 0.379 0.008 0.003 0.003 0.005 0.035 0.030 0.001 0.001 0.198 44 I 0.026 0.479 0.315 0.014 0.004 0.003 0.043 0.006 0.001 0.001 0.109 45 K 0.011 0.420 0.008 0.027 0.034 0.062 0.069 0.005 0.001 0.001 0.362 46 S 0.021 0.491 0.005 0.041 0.009 0.010 0.097 0.005 0.001 0.001 0.320 47 V 0.027 0.865 0.004 0.026 0.007 0.015 0.006 0.006 0.001 0.001 0.045 48 M 0.010 0.916 0.007 0.012 0.005 0.012 0.005 0.006 0.001 0.001 0.027 49 E 0.052 0.809 0.003 0.023 0.006 0.011 0.006 0.032 0.001 0.001 0.056 50 N 0.348 0.392 0.010 0.014 0.008 0.012 0.010 0.080 0.001 0.003 0.122 51 G 0.356 0.146 0.098 0.008 0.010 0.016 0.023 0.042 0.001 0.003 0.298 52 K 0.023 0.016 0.032 0.012 0.005 0.006 0.254 0.004 0.001 0.001 0.647 53 T 0.072 0.015 0.017 0.013 0.013 0.017 0.100 0.003 0.001 0.006 0.743 54 T 0.175 0.052 0.018 0.028 0.026 0.031 0.102 0.002 0.001 0.013 0.553 55 T 0.035 0.024 0.004 0.029 0.014 0.018 0.319 0.001 0.001 0.004 0.552 56 I 0.107 0.057 0.009 0.057 0.053 0.118 0.124 0.002 0.001 0.007 0.467 57 K 0.045 0.124 0.004 0.110 0.108 0.168 0.139 0.003 0.001 0.006 0.293 58 D 0.086 0.116 0.005 0.048 0.050 0.083 0.076 0.004 0.001 0.006 0.525 59 L 0.180 0.184 0.010 0.070 0.063 0.140 0.050 0.008 0.001 0.006 0.291 60 T 0.105 0.108 0.007 0.046 0.074 0.105 0.181 0.012 0.001 0.007 0.355