# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0586 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.125 0.207 0.063 0.010 0.197 0.012 0.033 0.167 0.083 0.052 0.051 2 I 0.088 0.234 0.050 0.013 0.190 0.021 0.043 0.194 0.087 0.048 0.032 3 E 0.121 0.085 0.029 0.015 0.171 0.024 0.044 0.294 0.110 0.068 0.040 4 A 0.100 0.096 0.028 0.013 0.203 0.022 0.046 0.309 0.108 0.052 0.024 5 R 0.204 0.070 0.024 0.015 0.191 0.023 0.072 0.242 0.057 0.061 0.041 6 Y 0.168 0.166 0.046 0.014 0.317 0.019 0.019 0.135 0.037 0.030 0.047 7 A 0.223 0.113 0.025 0.010 0.310 0.015 0.021 0.187 0.041 0.021 0.034 8 K 0.209 0.141 0.033 0.005 0.287 0.007 0.027 0.217 0.028 0.015 0.030 9 E 0.162 0.185 0.042 0.004 0.309 0.005 0.024 0.196 0.018 0.014 0.041 10 V 0.113 0.164 0.046 0.009 0.236 0.012 0.028 0.292 0.040 0.022 0.039 11 A 0.075 0.060 0.070 0.016 0.060 0.023 0.067 0.469 0.091 0.033 0.035 12 K 0.019 0.080 0.053 0.062 0.031 0.125 0.102 0.367 0.101 0.046 0.016 13 N 0.007 0.481 0.201 0.147 0.023 0.034 0.053 0.019 0.013 0.015 0.008 14 D 0.023 0.008 0.013 0.040 0.008 0.011 0.006 0.006 0.013 0.532 0.340 15 K 0.044 0.600 0.083 0.011 0.211 0.007 0.009 0.005 0.006 0.009 0.015 16 P 0.315 0.128 0.020 0.008 0.409 0.020 0.019 0.009 0.009 0.018 0.045 17 Y 0.208 0.131 0.007 0.003 0.615 0.007 0.006 0.003 0.003 0.004 0.013 18 F 0.222 0.057 0.003 0.001 0.701 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 19 N 0.302 0.069 0.010 0.001 0.575 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.035 20 L 0.200 0.145 0.024 0.002 0.551 0.003 0.003 0.006 0.003 0.004 0.059 21 K 0.259 0.153 0.035 0.009 0.383 0.011 0.018 0.032 0.015 0.018 0.067 22 A 0.256 0.108 0.064 0.023 0.228 0.026 0.056 0.086 0.041 0.039 0.073 23 A 0.055 0.059 0.050 0.096 0.059 0.165 0.112 0.145 0.090 0.128 0.043 24 N 0.042 0.156 0.116 0.244 0.073 0.090 0.061 0.060 0.050 0.073 0.036 25 H 0.060 0.039 0.036 0.078 0.045 0.052 0.028 0.079 0.111 0.358 0.115 26 Q 0.076 0.299 0.052 0.021 0.283 0.029 0.046 0.066 0.050 0.049 0.030 27 I 0.412 0.062 0.010 0.006 0.401 0.005 0.011 0.022 0.012 0.022 0.037 28 I 0.245 0.129 0.031 0.013 0.414 0.023 0.032 0.032 0.014 0.020 0.046 29 G 0.174 0.182 0.094 0.023 0.330 0.021 0.016 0.037 0.014 0.028 0.082 30 T 0.127 0.231 0.068 0.038 0.188 0.030 0.025 0.086 0.047 0.083 0.077 31 S 0.095 0.259 0.093 0.020 0.248 0.019 0.020 0.108 0.058 0.037 0.044 32 Q 0.081 0.105 0.024 0.008 0.143 0.015 0.044 0.329 0.176 0.051 0.025 33 M 0.100 0.080 0.035 0.013 0.137 0.018 0.073 0.307 0.106 0.088 0.043 34 Y 0.100 0.120 0.039 0.016 0.136 0.022 0.042 0.280 0.088 0.105 0.053 35 S 0.043 0.159 0.095 0.026 0.072 0.036 0.054 0.282 0.075 0.120 0.039 36 S 0.067 0.231 0.070 0.009 0.123 0.008 0.012 0.330 0.063 0.062 0.025 37 T 0.007 0.022 0.005 0.001 0.013 0.002 0.005 0.761 0.166 0.014 0.004 38 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.872 0.099 0.008 0.001 39 A 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.009 0.871 0.071 0.031 0.002 40 R 0.004 0.005 0.005 0.001 0.005 0.005 0.013 0.856 0.074 0.027 0.003 41 D 0.002 0.015 0.007 0.003 0.004 0.009 0.070 0.833 0.045 0.009 0.002 42 N 0.020 0.179 0.093 0.027 0.029 0.018 0.033 0.407 0.070 0.100 0.023 43 G 0.051 0.050 0.028 0.021 0.046 0.012 0.010 0.462 0.103 0.144 0.071 44 I 0.056 0.043 0.016 0.008 0.082 0.009 0.015 0.607 0.135 0.017 0.012 45 K 0.048 0.026 0.010 0.010 0.038 0.013 0.128 0.637 0.062 0.019 0.009 46 S 0.101 0.125 0.038 0.010 0.189 0.009 0.037 0.387 0.047 0.031 0.025 47 V 0.115 0.073 0.012 0.005 0.159 0.006 0.023 0.454 0.090 0.039 0.025 48 M 0.084 0.088 0.052 0.013 0.134 0.017 0.037 0.402 0.103 0.027 0.042 49 E 0.038 0.131 0.041 0.023 0.068 0.041 0.167 0.327 0.089 0.055 0.019 50 N 0.052 0.105 0.079 0.077 0.070 0.040 0.059 0.085 0.070 0.281 0.083 51 G 0.070 0.180 0.162 0.106 0.102 0.025 0.022 0.054 0.066 0.137 0.078 52 K 0.036 0.240 0.147 0.046 0.085 0.042 0.102 0.122 0.093 0.058 0.030 53 T 0.119 0.124 0.047 0.019 0.149 0.021 0.033 0.086 0.096 0.214 0.092 54 T 0.068 0.343 0.040 0.012 0.258 0.020 0.029 0.090 0.074 0.041 0.024 55 T 0.148 0.173 0.045 0.006 0.379 0.009 0.024 0.096 0.039 0.039 0.042 56 I 0.252 0.094 0.014 0.006 0.295 0.008 0.012 0.106 0.077 0.074 0.062 57 K 0.076 0.196 0.047 0.019 0.270 0.049 0.070 0.135 0.068 0.035 0.036 58 D 0.260 0.089 0.025 0.005 0.348 0.007 0.017 0.077 0.034 0.074 0.065 59 L 0.104 0.099 0.027 0.012 0.168 0.017 0.040 0.188 0.162 0.132 0.049 60 T 0.083 0.200 0.091 0.023 0.171 0.029 0.044 0.173 0.081 0.061 0.044