# TARGET T0472 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0472.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0586 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.553 0.216 0.145 0.053 0.024 0.008 0.001 2 I 0.356 0.220 0.178 0.145 0.072 0.027 0.003 3 E 0.547 0.252 0.133 0.052 0.013 0.004 0.001 4 A 0.406 0.333 0.143 0.078 0.030 0.008 0.001 5 R 0.190 0.235 0.266 0.185 0.094 0.027 0.002 6 Y 0.049 0.052 0.095 0.241 0.375 0.178 0.011 7 A 0.117 0.302 0.296 0.195 0.072 0.017 0.001 8 K 0.118 0.218 0.217 0.243 0.156 0.048 0.002 9 E 0.231 0.293 0.249 0.152 0.061 0.014 0.001 10 V 0.335 0.307 0.179 0.133 0.039 0.007 0.001 11 A 0.545 0.237 0.133 0.066 0.017 0.002 0.001 12 K 0.741 0.168 0.072 0.017 0.003 0.001 0.001 13 N 0.800 0.142 0.052 0.006 0.001 0.001 0.001 14 D 0.542 0.322 0.093 0.034 0.007 0.001 0.001 15 K 0.400 0.357 0.151 0.066 0.020 0.005 0.001 16 P 0.034 0.082 0.139 0.260 0.337 0.140 0.007 17 Y 0.022 0.057 0.181 0.285 0.288 0.145 0.022 18 F 0.013 0.040 0.071 0.123 0.272 0.382 0.100 19 N 0.027 0.077 0.184 0.295 0.228 0.145 0.045 20 L 0.008 0.011 0.019 0.053 0.226 0.485 0.197 21 K 0.040 0.130 0.252 0.270 0.181 0.103 0.024 22 A 0.051 0.092 0.133 0.241 0.282 0.173 0.029 23 A 0.126 0.293 0.238 0.204 0.088 0.044 0.007 24 N 0.162 0.190 0.197 0.179 0.159 0.094 0.019 25 H 0.141 0.245 0.205 0.227 0.115 0.056 0.011 26 Q 0.176 0.237 0.232 0.192 0.102 0.052 0.008 27 I 0.057 0.088 0.136 0.232 0.269 0.181 0.036 28 I 0.042 0.039 0.048 0.086 0.155 0.403 0.228 29 G 0.064 0.075 0.086 0.146 0.188 0.270 0.171 30 T 0.101 0.127 0.140 0.212 0.173 0.143 0.106 31 S 0.098 0.104 0.130 0.162 0.189 0.198 0.118 32 Q 0.118 0.134 0.144 0.170 0.168 0.195 0.071 33 M 0.123 0.148 0.191 0.190 0.196 0.129 0.024 34 Y 0.129 0.120 0.158 0.216 0.217 0.143 0.018 35 S 0.234 0.213 0.218 0.177 0.108 0.044 0.006 36 S 0.374 0.248 0.181 0.122 0.052 0.020 0.002 37 T 0.599 0.207 0.123 0.049 0.017 0.005 0.001 38 A 0.523 0.276 0.109 0.068 0.018 0.005 0.001 39 A 0.428 0.269 0.193 0.068 0.031 0.010 0.001 40 R 0.165 0.212 0.225 0.239 0.116 0.040 0.003 41 D 0.404 0.323 0.165 0.085 0.019 0.004 0.001 42 N 0.187 0.333 0.269 0.128 0.065 0.017 0.001 43 G 0.016 0.037 0.084 0.187 0.326 0.315 0.035 44 I 0.006 0.020 0.087 0.199 0.413 0.237 0.037 45 K 0.068 0.390 0.296 0.184 0.047 0.013 0.002 46 S 0.014 0.080 0.237 0.323 0.272 0.068 0.006 47 V 0.006 0.009 0.025 0.086 0.405 0.430 0.038 48 M 0.027 0.127 0.303 0.326 0.173 0.040 0.003 49 E 0.225 0.461 0.207 0.079 0.022 0.006 0.001 50 N 0.126 0.240 0.274 0.226 0.105 0.028 0.001 51 G 0.235 0.203 0.218 0.222 0.097 0.024 0.002 52 K 0.605 0.284 0.080 0.024 0.006 0.001 0.001 53 T 0.694 0.214 0.067 0.020 0.004 0.001 0.001 54 T 0.604 0.223 0.117 0.041 0.013 0.002 0.001 55 T 0.407 0.390 0.129 0.058 0.014 0.003 0.001 56 I 0.167 0.182 0.216 0.242 0.166 0.027 0.001 57 K 0.375 0.334 0.158 0.104 0.024 0.004 0.001 58 D 0.481 0.305 0.122 0.066 0.023 0.003 0.001 59 L 0.415 0.243 0.181 0.116 0.040 0.005 0.001 60 T 0.762 0.175 0.046 0.014 0.002 0.001 0.001